# TARGET T0242 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.94507 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.235 0.064 0.143 0.409 0.030 0.010 0.078 0.012 0.012 0.006 0.001 2 G 0.064 0.018 0.071 0.040 0.075 0.003 0.170 0.451 0.002 0.106 0.001 3 K 0.096 0.415 0.352 0.042 0.045 0.031 0.006 0.001 0.009 0.002 0.001 4 V 0.034 0.650 0.238 0.007 0.015 0.029 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 5 F 0.047 0.702 0.160 0.005 0.018 0.037 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 6 L 0.060 0.427 0.316 0.009 0.013 0.118 0.002 0.001 0.054 0.001 0.001 7 T 0.129 0.442 0.198 0.044 0.085 0.048 0.010 0.002 0.035 0.005 0.001 8 N 0.128 0.146 0.170 0.078 0.126 0.127 0.142 0.019 0.052 0.010 0.002 9 A 0.317 0.245 0.092 0.182 0.089 0.029 0.016 0.012 0.013 0.005 0.001 10 F 0.177 0.369 0.165 0.078 0.119 0.035 0.030 0.008 0.015 0.005 0.001 11 S 0.236 0.320 0.197 0.051 0.073 0.047 0.017 0.005 0.046 0.007 0.001 12 I 0.725 0.102 0.073 0.041 0.022 0.013 0.007 0.002 0.010 0.004 0.001 13 N 0.694 0.022 0.081 0.066 0.004 0.072 0.038 0.003 0.018 0.001 0.001 14 M 0.809 0.024 0.032 0.110 0.003 0.010 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 15 L 0.712 0.053 0.119 0.066 0.006 0.017 0.015 0.002 0.009 0.001 0.001 16 K 0.794 0.034 0.091 0.051 0.011 0.005 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 17 E 0.385 0.061 0.055 0.441 0.015 0.009 0.019 0.006 0.008 0.001 0.001 18 F 0.027 0.241 0.382 0.007 0.038 0.017 0.015 0.001 0.269 0.002 0.001 19 P 0.310 0.009 0.552 0.038 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 20 T 0.059 0.459 0.200 0.095 0.144 0.019 0.007 0.003 0.011 0.002 0.001 21 T 0.010 0.772 0.137 0.006 0.044 0.014 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 22 I 0.004 0.829 0.105 0.002 0.027 0.015 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 23 T 0.004 0.737 0.181 0.002 0.014 0.043 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 24 I 0.066 0.483 0.234 0.013 0.059 0.089 0.005 0.001 0.050 0.001 0.001 25 D 0.533 0.117 0.123 0.097 0.023 0.061 0.020 0.001 0.023 0.001 0.001 26 K 0.198 0.282 0.086 0.298 0.065 0.020 0.023 0.001 0.025 0.001 0.002 27 L 0.047 0.409 0.404 0.041 0.044 0.035 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 28 D 0.015 0.144 0.457 0.010 0.065 0.203 0.006 0.001 0.093 0.005 0.001 29 E 0.929 0.005 0.006 0.051 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 30 E 0.944 0.002 0.005 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.888 0.003 0.008 0.087 0.002 0.002 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 32 F 0.862 0.007 0.021 0.088 0.003 0.005 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 33 C 0.886 0.016 0.028 0.048 0.004 0.007 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 34 L 0.873 0.025 0.037 0.045 0.006 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 35 K 0.758 0.039 0.053 0.090 0.012 0.012 0.021 0.004 0.009 0.001 0.001 36 L 0.697 0.068 0.073 0.112 0.012 0.011 0.015 0.003 0.008 0.001 0.001 37 E 0.758 0.057 0.061 0.060 0.007 0.019 0.022 0.003 0.011 0.001 0.001 38 L 0.525 0.147 0.169 0.092 0.022 0.020 0.008 0.002 0.014 0.001 0.001 39 R 0.466 0.145 0.176 0.085 0.013 0.057 0.021 0.002 0.031 0.001 0.001 40 L 0.328 0.137 0.370 0.073 0.012 0.051 0.009 0.002 0.017 0.001 0.001 41 E 0.642 0.095 0.116 0.081 0.013 0.017 0.012 0.003 0.014 0.007 0.001 42 D 0.206 0.022 0.086 0.357 0.015 0.020 0.254 0.011 0.020 0.008 0.001 43 G 0.082 0.009 0.075 0.031 0.026 0.003 0.121 0.617 0.001 0.035 0.001 44 T 0.272 0.265 0.354 0.044 0.032 0.016 0.003 0.002 0.008 0.002 0.001 45 L 0.266 0.263 0.375 0.014 0.013 0.050 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 46 I 0.488 0.328 0.060 0.052 0.013 0.031 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 47 N 0.327 0.246 0.290 0.034 0.027 0.049 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 48 A 0.574 0.155 0.068 0.071 0.064 0.029 0.015 0.007 0.011 0.004 0.002 49 I 0.288 0.163 0.105 0.354 0.031 0.015 0.015 0.002 0.025 0.001 0.001 50 G 0.086 0.017 0.102 0.059 0.130 0.014 0.069 0.219 0.003 0.301 0.001 51 H 0.311 0.164 0.269 0.054 0.057 0.072 0.007 0.002 0.053 0.011 0.001 52 D 0.918 0.002 0.011 0.048 0.002 0.005 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 53 S 0.989 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 T 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 T 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.945 0.002 0.003 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 C 0.674 0.009 0.035 0.270 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 63 G 0.296 0.002 0.020 0.080 0.006 0.005 0.164 0.406 0.002 0.019 0.001 64 T 0.400 0.204 0.255 0.079 0.022 0.024 0.003 0.001 0.010 0.002 0.001 65 Q 0.390 0.214 0.156 0.084 0.022 0.076 0.018 0.002 0.035 0.001 0.001 66 L 0.313 0.175 0.367 0.034 0.010 0.053 0.005 0.001 0.041 0.001 0.001 67 Q 0.721 0.074 0.100 0.061 0.008 0.021 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 68 K 0.330 0.287 0.108 0.123 0.099 0.014 0.022 0.004 0.011 0.003 0.001 69 N 0.024 0.148 0.089 0.417 0.041 0.055 0.163 0.009 0.053 0.001 0.001 70 R 0.014 0.527 0.193 0.021 0.169 0.019 0.037 0.004 0.014 0.003 0.001 71 V 0.001 0.833 0.105 0.002 0.030 0.012 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 72 E 0.002 0.413 0.521 0.001 0.005 0.047 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 73 V 0.002 0.838 0.060 0.001 0.037 0.021 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 74 K 0.003 0.578 0.304 0.001 0.004 0.078 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 75 M 0.024 0.416 0.433 0.011 0.032 0.067 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 76 N 0.014 0.328 0.475 0.014 0.069 0.052 0.003 0.001 0.041 0.002 0.001 77 E 0.508 0.032 0.344 0.089 0.009 0.004 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 78 G 0.046 0.001 0.009 0.094 0.006 0.001 0.041 0.760 0.001 0.041 0.001 79 D 0.006 0.061 0.724 0.025 0.005 0.119 0.011 0.001 0.048 0.001 0.001 80 E 0.106 0.351 0.419 0.048 0.021 0.024 0.018 0.002 0.009 0.001 0.003 81 A 0.065 0.449 0.431 0.013 0.024 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 82 L 0.026 0.712 0.145 0.010 0.082 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 83 I 0.009 0.816 0.122 0.002 0.033 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 84 I 0.009 0.830 0.101 0.001 0.020 0.017 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 85 M 0.018 0.593 0.303 0.002 0.007 0.059 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 86 I 0.102 0.532 0.230 0.016 0.020 0.063 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 87 S 0.567 0.140 0.096 0.098 0.063 0.015 0.005 0.002 0.006 0.007 0.001 88 Q 0.280 0.347 0.087 0.079 0.155 0.013 0.015 0.002 0.021 0.002 0.001 89 R 0.245 0.274 0.261 0.060 0.038 0.058 0.011 0.003 0.045 0.003 0.002 90 L 0.282 0.229 0.271 0.082 0.036 0.055 0.010 0.003 0.028 0.002 0.002 91 E 0.320 0.291 0.162 0.064 0.091 0.026 0.015 0.006 0.017 0.008 0.001 92 E 0.257 0.193 0.214 0.253 0.025 0.026 0.014 0.003 0.013 0.001 0.001 93 G 0.093 0.035 0.070 0.041 0.256 0.002 0.088 0.240 0.004 0.173 0.001 94 K 0.110 0.399 0.306 0.028 0.088 0.037 0.015 0.002 0.014 0.001 0.001 95 V 0.061 0.300 0.527 0.008 0.004 0.082 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 96 L 0.243 0.162 0.133 0.418 0.014 0.022 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 97 S 0.003 0.317 0.243 0.002 0.410 0.009 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 98 D 0.889 0.017 0.026 0.027 0.011 0.012 0.005 0.003 0.007 0.002 0.001 99 K 0.982 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.960 0.001 0.004 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 I 0.988 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 M 0.972 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Y 0.976 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 R 0.963 0.009 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.418 0.014 0.029 0.529 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 108 G 0.013 0.004 0.016 0.037 0.045 0.001 0.182 0.659 0.003 0.041 0.001 109 K 0.072 0.255 0.276 0.105 0.081 0.101 0.090 0.003 0.011 0.005 0.002 110 I 0.002 0.747 0.176 0.002 0.035 0.017 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 111 S 0.021 0.568 0.289 0.012 0.027 0.067 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 112 F 0.003 0.852 0.046 0.002 0.077 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 113 Y 0.003 0.851 0.037 0.001 0.067 0.008 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 114 E 0.008 0.555 0.354 0.001 0.022 0.040 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 115 V 0.040 0.601 0.203 0.023 0.017 0.065 0.002 0.001 0.048 0.001 0.001 116 W 0.096 0.323 0.304 0.046 0.107 0.059 0.015 0.004 0.031 0.013 0.001