# TARGET T0242 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.157 0.090 0.051 0.147 0.034 0.043 0.091 0.086 0.127 0.067 2 G 0.070 0.216 0.129 0.073 0.177 0.028 0.021 0.069 0.045 0.137 0.038 3 K 0.232 0.123 0.027 0.009 0.403 0.007 0.028 0.065 0.023 0.038 0.044 4 V 0.288 0.116 0.010 0.006 0.524 0.004 0.005 0.018 0.005 0.004 0.020 5 F 0.119 0.190 0.023 0.004 0.618 0.006 0.007 0.013 0.002 0.003 0.014 6 L 0.497 0.038 0.004 0.001 0.367 0.002 0.003 0.018 0.004 0.005 0.063 7 T 0.128 0.103 0.031 0.070 0.181 0.137 0.115 0.103 0.035 0.039 0.057 8 N 0.220 0.129 0.082 0.028 0.327 0.012 0.010 0.044 0.023 0.031 0.092 9 A 0.074 0.081 0.034 0.025 0.117 0.033 0.060 0.243 0.183 0.113 0.038 10 F 0.096 0.155 0.056 0.038 0.154 0.023 0.050 0.116 0.078 0.179 0.055 11 S 0.087 0.288 0.167 0.047 0.179 0.014 0.015 0.088 0.047 0.042 0.027 12 I 0.041 0.093 0.043 0.020 0.072 0.020 0.029 0.360 0.242 0.057 0.023 13 N 0.064 0.065 0.032 0.013 0.086 0.016 0.051 0.353 0.177 0.102 0.042 14 M 0.059 0.096 0.047 0.015 0.091 0.014 0.030 0.263 0.141 0.198 0.046 15 L 0.059 0.188 0.108 0.030 0.124 0.019 0.037 0.216 0.116 0.075 0.027 16 K 0.023 0.104 0.053 0.030 0.062 0.044 0.114 0.384 0.149 0.030 0.006 17 E 0.037 0.038 0.026 0.026 0.054 0.040 0.115 0.150 0.128 0.343 0.042 18 F 0.095 0.280 0.181 0.051 0.212 0.019 0.022 0.035 0.026 0.043 0.036 19 P 0.164 0.119 0.021 0.018 0.224 0.037 0.062 0.097 0.091 0.084 0.085 20 T 0.123 0.205 0.035 0.009 0.487 0.005 0.008 0.025 0.020 0.051 0.031 21 T 0.303 0.055 0.004 0.001 0.598 0.001 0.002 0.005 0.002 0.006 0.024 22 I 0.234 0.108 0.009 0.001 0.624 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 23 T 0.237 0.193 0.036 0.005 0.436 0.005 0.003 0.005 0.002 0.008 0.070 24 I 0.168 0.080 0.023 0.059 0.190 0.055 0.022 0.088 0.141 0.088 0.087 25 D 0.033 0.087 0.078 0.097 0.059 0.068 0.086 0.238 0.155 0.072 0.026 26 K 0.088 0.110 0.046 0.008 0.105 0.008 0.020 0.058 0.059 0.397 0.101 27 L 0.113 0.390 0.085 0.012 0.290 0.009 0.007 0.034 0.016 0.017 0.030 28 D 0.036 0.478 0.227 0.025 0.079 0.007 0.010 0.075 0.023 0.022 0.017 29 E 0.025 0.015 0.008 0.003 0.032 0.005 0.008 0.553 0.282 0.057 0.013 30 E 0.010 0.029 0.008 0.005 0.018 0.006 0.012 0.734 0.162 0.010 0.005 31 D 0.012 0.013 0.006 0.003 0.023 0.005 0.036 0.706 0.112 0.072 0.011 32 F 0.014 0.012 0.007 0.005 0.017 0.007 0.016 0.670 0.152 0.090 0.010 33 C 0.015 0.032 0.014 0.015 0.030 0.009 0.030 0.616 0.178 0.051 0.010 34 L 0.007 0.036 0.016 0.008 0.022 0.014 0.067 0.596 0.171 0.057 0.006 35 K 0.057 0.037 0.016 0.010 0.054 0.013 0.105 0.430 0.126 0.122 0.029 36 L 0.074 0.203 0.053 0.013 0.195 0.016 0.036 0.207 0.104 0.067 0.032 37 E 0.177 0.057 0.022 0.017 0.156 0.021 0.037 0.216 0.129 0.090 0.077 38 L 0.093 0.217 0.054 0.015 0.286 0.019 0.022 0.128 0.083 0.055 0.028 39 R 0.189 0.113 0.022 0.005 0.366 0.005 0.015 0.062 0.048 0.106 0.069 40 L 0.193 0.195 0.062 0.013 0.299 0.014 0.018 0.073 0.040 0.045 0.049 41 E 0.056 0.161 0.113 0.064 0.125 0.070 0.066 0.128 0.061 0.121 0.035 42 D 0.143 0.182 0.084 0.035 0.267 0.008 0.009 0.094 0.070 0.066 0.043 43 G 0.017 0.016 0.008 0.011 0.024 0.008 0.025 0.405 0.334 0.127 0.025 44 T 0.011 0.133 0.052 0.012 0.065 0.012 0.070 0.501 0.095 0.046 0.003 45 L 0.208 0.031 0.005 0.003 0.185 0.005 0.019 0.406 0.066 0.037 0.035 46 I 0.073 0.065 0.018 0.038 0.133 0.069 0.091 0.382 0.079 0.025 0.027 47 N 0.152 0.075 0.044 0.013 0.220 0.010 0.023 0.224 0.085 0.060 0.093 48 A 0.098 0.078 0.034 0.014 0.116 0.019 0.060 0.289 0.121 0.134 0.038 49 I 0.021 0.218 0.089 0.060 0.076 0.078 0.169 0.164 0.064 0.046 0.014 50 G 0.062 0.075 0.124 0.162 0.051 0.024 0.009 0.052 0.033 0.273 0.135 51 H 0.070 0.177 0.089 0.022 0.172 0.017 0.022 0.270 0.112 0.032 0.016 52 D 0.005 0.014 0.010 0.008 0.007 0.015 0.027 0.679 0.185 0.040 0.010 53 S 0.005 0.012 0.004 0.001 0.011 0.001 0.013 0.812 0.102 0.035 0.004 54 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.899 0.087 0.008 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.060 0.001 0.001 56 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.956 0.036 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.948 0.038 0.005 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.895 0.093 0.006 0.001 59 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.876 0.092 0.004 0.001 60 T 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.071 0.831 0.063 0.019 0.002 61 L 0.006 0.003 0.003 0.005 0.005 0.035 0.173 0.617 0.098 0.050 0.006 62 C 0.035 0.189 0.028 0.010 0.099 0.014 0.059 0.419 0.092 0.037 0.016 63 G 0.024 0.011 0.005 0.015 0.017 0.029 0.027 0.283 0.127 0.406 0.056 64 T 0.040 0.291 0.124 0.021 0.157 0.017 0.032 0.212 0.055 0.039 0.011 65 Q 0.108 0.101 0.038 0.012 0.116 0.009 0.026 0.397 0.082 0.062 0.049 66 L 0.063 0.059 0.021 0.012 0.065 0.018 0.035 0.520 0.132 0.048 0.026 67 Q 0.050 0.053 0.027 0.026 0.095 0.033 0.044 0.502 0.115 0.044 0.012 68 K 0.062 0.087 0.040 0.025 0.099 0.030 0.111 0.386 0.086 0.057 0.016 69 N 0.125 0.098 0.044 0.026 0.218 0.015 0.031 0.176 0.048 0.154 0.065 70 R 0.166 0.155 0.021 0.009 0.340 0.020 0.026 0.149 0.035 0.047 0.032 71 V 0.241 0.085 0.014 0.004 0.565 0.006 0.006 0.040 0.007 0.009 0.023 72 E 0.341 0.069 0.011 0.009 0.454 0.014 0.010 0.044 0.008 0.006 0.034 73 V 0.161 0.180 0.025 0.004 0.547 0.006 0.006 0.037 0.007 0.004 0.022 74 K 0.344 0.087 0.011 0.001 0.405 0.002 0.006 0.024 0.006 0.028 0.087 75 M 0.105 0.347 0.143 0.031 0.253 0.020 0.013 0.026 0.010 0.023 0.029 76 N 0.036 0.269 0.347 0.157 0.057 0.038 0.013 0.037 0.016 0.017 0.013 77 E 0.009 0.050 0.066 0.076 0.023 0.079 0.168 0.326 0.179 0.019 0.004 78 G 0.020 0.051 0.038 0.034 0.023 0.024 0.030 0.096 0.150 0.435 0.098 79 D 0.105 0.282 0.052 0.008 0.309 0.010 0.019 0.025 0.028 0.117 0.045 80 E 0.184 0.179 0.037 0.006 0.420 0.011 0.037 0.039 0.018 0.035 0.034 81 A 0.316 0.091 0.006 0.001 0.545 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.031 82 L 0.162 0.090 0.006 0.006 0.709 0.007 0.003 0.004 0.001 0.002 0.010 83 I 0.315 0.018 0.001 0.001 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 84 I 0.322 0.026 0.001 0.001 0.630 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 85 M 0.320 0.077 0.008 0.001 0.570 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 86 I 0.511 0.038 0.005 0.002 0.275 0.003 0.002 0.008 0.003 0.008 0.145 87 S 0.119 0.170 0.068 0.113 0.175 0.077 0.076 0.075 0.031 0.041 0.054 88 Q 0.087 0.192 0.162 0.073 0.126 0.029 0.038 0.073 0.045 0.121 0.054 89 R 0.071 0.341 0.098 0.019 0.304 0.014 0.017 0.063 0.029 0.024 0.020 90 L 0.120 0.163 0.083 0.026 0.100 0.030 0.065 0.228 0.121 0.032 0.031 91 E 0.018 0.023 0.066 0.046 0.025 0.108 0.177 0.370 0.125 0.033 0.010 92 E 0.028 0.454 0.138 0.052 0.101 0.018 0.022 0.078 0.049 0.040 0.020 93 G 0.034 0.059 0.039 0.032 0.054 0.011 0.005 0.029 0.057 0.526 0.154 94 K 0.062 0.377 0.112 0.005 0.288 0.005 0.012 0.059 0.032 0.032 0.016 95 V 0.286 0.193 0.028 0.001 0.345 0.002 0.007 0.041 0.017 0.017 0.063 96 L 0.094 0.216 0.092 0.041 0.226 0.067 0.084 0.086 0.028 0.038 0.028 97 S 0.020 0.493 0.380 0.014 0.068 0.001 0.001 0.007 0.003 0.007 0.006 98 D 0.007 0.010 0.004 0.003 0.016 0.004 0.005 0.631 0.291 0.023 0.006 99 K 0.003 0.010 0.004 0.002 0.007 0.004 0.014 0.856 0.092 0.006 0.002 100 E 0.005 0.011 0.003 0.001 0.009 0.001 0.006 0.830 0.086 0.047 0.003 101 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.871 0.102 0.016 0.002 102 K 0.002 0.008 0.002 0.002 0.006 0.002 0.008 0.868 0.098 0.003 0.001 103 D 0.003 0.004 0.003 0.001 0.008 0.003 0.016 0.853 0.085 0.022 0.002 104 M 0.006 0.007 0.002 0.002 0.016 0.003 0.024 0.827 0.088 0.022 0.002 105 Y 0.025 0.011 0.004 0.003 0.016 0.006 0.038 0.629 0.199 0.050 0.019 106 R 0.007 0.008 0.008 0.007 0.013 0.020 0.096 0.664 0.147 0.026 0.004 107 Q 0.010 0.278 0.162 0.104 0.044 0.039 0.104 0.138 0.062 0.053 0.006 108 G 0.024 0.200 0.167 0.107 0.056 0.028 0.019 0.043 0.055 0.244 0.055 109 K 0.239 0.112 0.015 0.004 0.300 0.006 0.021 0.043 0.060 0.113 0.087 110 I 0.292 0.089 0.004 0.001 0.575 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 111 S 0.236 0.073 0.010 0.006 0.600 0.010 0.010 0.005 0.002 0.009 0.039 112 F 0.417 0.046 0.008 0.004 0.445 0.002 0.001 0.005 0.003 0.010 0.059 113 Y 0.151 0.173 0.029 0.012 0.587 0.008 0.006 0.005 0.002 0.005 0.020 114 E 0.271 0.085 0.011 0.001 0.601 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.024 115 V 0.296 0.103 0.021 0.010 0.382 0.011 0.012 0.022 0.011 0.023 0.108 116 W 0.139 0.179 0.075 0.051 0.290 0.046 0.051 0.048 0.022 0.043 0.056