# TARGET T0242 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.547 0.263 0.121 0.051 0.016 0.003 0.001 2 G 0.210 0.328 0.230 0.162 0.059 0.011 0.001 3 K 0.045 0.193 0.263 0.286 0.160 0.050 0.003 4 V 0.005 0.015 0.035 0.126 0.328 0.403 0.086 5 F 0.004 0.015 0.040 0.110 0.267 0.383 0.182 6 L 0.001 0.001 0.004 0.013 0.040 0.251 0.690 7 T 0.004 0.007 0.013 0.041 0.102 0.309 0.524 8 N 0.003 0.007 0.016 0.035 0.084 0.318 0.537 9 A 0.002 0.005 0.012 0.037 0.108 0.342 0.494 10 F 0.004 0.013 0.027 0.071 0.166 0.370 0.350 11 S 0.012 0.040 0.072 0.143 0.252 0.342 0.139 12 I 0.023 0.058 0.090 0.179 0.265 0.306 0.079 13 N 0.059 0.174 0.222 0.236 0.185 0.109 0.016 14 M 0.033 0.081 0.156 0.291 0.278 0.148 0.012 15 L 0.111 0.251 0.242 0.232 0.127 0.035 0.002 16 K 0.311 0.337 0.200 0.113 0.033 0.006 0.001 17 E 0.461 0.357 0.124 0.043 0.012 0.002 0.001 18 F 0.241 0.333 0.247 0.140 0.035 0.005 0.001 19 P 0.212 0.386 0.240 0.120 0.036 0.006 0.001 20 T 0.022 0.090 0.175 0.308 0.295 0.105 0.004 21 T 0.019 0.138 0.321 0.335 0.150 0.035 0.001 22 I 0.003 0.009 0.030 0.129 0.373 0.422 0.034 23 T 0.014 0.112 0.245 0.337 0.228 0.061 0.003 24 I 0.006 0.025 0.074 0.239 0.382 0.254 0.019 25 D 0.104 0.391 0.274 0.149 0.060 0.020 0.002 26 K 0.099 0.368 0.303 0.167 0.052 0.011 0.001 27 L 0.015 0.049 0.134 0.320 0.349 0.127 0.006 28 D 0.191 0.375 0.264 0.129 0.035 0.006 0.001 29 E 0.347 0.346 0.185 0.085 0.031 0.006 0.001 30 E 0.334 0.326 0.202 0.105 0.027 0.005 0.001 31 D 0.278 0.285 0.221 0.146 0.059 0.011 0.001 32 F 0.115 0.154 0.185 0.261 0.219 0.063 0.003 33 C 0.216 0.270 0.236 0.182 0.077 0.018 0.001 34 L 0.461 0.307 0.131 0.070 0.024 0.007 0.001 35 K 0.433 0.257 0.148 0.093 0.048 0.019 0.002 36 L 0.240 0.147 0.164 0.205 0.165 0.073 0.007 37 E 0.428 0.277 0.162 0.087 0.035 0.010 0.001 38 L 0.245 0.206 0.200 0.191 0.121 0.034 0.003 39 R 0.327 0.272 0.187 0.137 0.060 0.017 0.001 40 L 0.356 0.245 0.176 0.140 0.065 0.017 0.001 41 E 0.528 0.284 0.120 0.052 0.014 0.002 0.001 42 D 0.480 0.221 0.130 0.106 0.049 0.013 0.001 43 G 0.359 0.281 0.180 0.112 0.052 0.014 0.002 44 T 0.273 0.326 0.218 0.125 0.045 0.011 0.002 45 L 0.068 0.097 0.139 0.239 0.274 0.161 0.022 46 I 0.069 0.092 0.119 0.197 0.256 0.228 0.040 47 N 0.091 0.210 0.224 0.223 0.154 0.081 0.018 48 A 0.039 0.066 0.121 0.210 0.266 0.237 0.062 49 I 0.037 0.059 0.071 0.148 0.238 0.318 0.127 50 G 0.061 0.087 0.108 0.183 0.215 0.233 0.112 51 H 0.068 0.102 0.116 0.186 0.261 0.213 0.054 52 D 0.098 0.188 0.245 0.250 0.146 0.062 0.010 53 S 0.039 0.072 0.110 0.236 0.262 0.219 0.061 54 T 0.022 0.037 0.048 0.109 0.217 0.410 0.157 55 I 0.020 0.052 0.099 0.236 0.333 0.225 0.035 56 N 0.039 0.171 0.298 0.285 0.152 0.049 0.006 57 L 0.017 0.026 0.051 0.140 0.289 0.391 0.086 58 V 0.013 0.018 0.023 0.075 0.235 0.509 0.128 59 N 0.033 0.129 0.231 0.320 0.208 0.072 0.006 60 T 0.064 0.197 0.273 0.276 0.142 0.044 0.004 61 L 0.043 0.074 0.108 0.207 0.302 0.235 0.032 62 C 0.048 0.093 0.150 0.288 0.277 0.132 0.012 63 G 0.252 0.402 0.221 0.094 0.025 0.005 0.001 64 T 0.265 0.323 0.202 0.143 0.056 0.011 0.001 65 Q 0.252 0.370 0.227 0.112 0.033 0.006 0.001 66 L 0.055 0.100 0.181 0.355 0.262 0.045 0.001 67 Q 0.422 0.410 0.130 0.033 0.005 0.001 0.001 68 K 0.296 0.398 0.187 0.087 0.025 0.006 0.001 69 N 0.082 0.167 0.247 0.278 0.179 0.045 0.003 70 R 0.028 0.129 0.220 0.296 0.243 0.079 0.005 71 V 0.010 0.024 0.057 0.161 0.309 0.380 0.059 72 E 0.009 0.058 0.176 0.305 0.281 0.158 0.013 73 V 0.004 0.015 0.032 0.099 0.315 0.475 0.059 74 K 0.011 0.087 0.276 0.378 0.197 0.049 0.002 75 M 0.021 0.058 0.129 0.349 0.355 0.084 0.003 76 N 0.400 0.411 0.140 0.041 0.008 0.001 0.001 77 E 0.670 0.258 0.055 0.014 0.002 0.001 0.001 78 G 0.475 0.310 0.139 0.059 0.014 0.002 0.001 79 D 0.114 0.222 0.240 0.254 0.143 0.026 0.001 80 E 0.151 0.286 0.284 0.194 0.069 0.016 0.001 81 A 0.040 0.072 0.118 0.219 0.271 0.248 0.033 82 L 0.007 0.014 0.037 0.108 0.269 0.438 0.128 83 I 0.014 0.042 0.077 0.163 0.260 0.310 0.133 84 I 0.011 0.022 0.037 0.074 0.152 0.363 0.340 85 M 0.010 0.029 0.065 0.173 0.245 0.308 0.170 86 I 0.004 0.008 0.018 0.055 0.193 0.464 0.257 87 S 0.019 0.059 0.115 0.227 0.277 0.220 0.084 88 Q 0.030 0.077 0.120 0.196 0.229 0.243 0.104 89 R 0.027 0.043 0.070 0.144 0.265 0.346 0.106 90 L 0.045 0.086 0.095 0.146 0.228 0.297 0.102 91 E 0.090 0.115 0.133 0.209 0.202 0.184 0.066 92 E 0.111 0.128 0.133 0.149 0.170 0.224 0.085 93 G 0.093 0.097 0.107 0.201 0.204 0.226 0.072 94 K 0.039 0.078 0.106 0.176 0.270 0.269 0.063 95 V 0.032 0.050 0.089 0.158 0.284 0.334 0.053 96 L 0.008 0.028 0.062 0.143 0.271 0.400 0.088 97 S 0.039 0.151 0.231 0.325 0.195 0.055 0.004 98 D 0.075 0.229 0.356 0.246 0.081 0.011 0.001 99 K 0.718 0.251 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 100 E 0.172 0.399 0.290 0.112 0.025 0.003 0.001 101 I 0.006 0.028 0.125 0.401 0.386 0.054 0.001 102 K 0.119 0.515 0.272 0.076 0.015 0.002 0.001 103 D 0.247 0.484 0.206 0.054 0.008 0.002 0.001 104 M 0.020 0.065 0.141 0.334 0.358 0.080 0.002 105 Y 0.064 0.172 0.306 0.310 0.127 0.020 0.001 106 R 0.467 0.380 0.114 0.033 0.005 0.001 0.001 107 Q 0.441 0.387 0.132 0.032 0.007 0.001 0.001 108 G 0.149 0.281 0.269 0.218 0.072 0.012 0.001 109 K 0.081 0.331 0.355 0.187 0.041 0.005 0.001 110 I 0.011 0.014 0.033 0.141 0.423 0.350 0.028 111 S 0.016 0.109 0.281 0.353 0.194 0.044 0.002 112 F 0.010 0.012 0.032 0.108 0.260 0.474 0.104 113 Y 0.038 0.087 0.095 0.173 0.265 0.295 0.047 114 E 0.076 0.124 0.161 0.212 0.202 0.179 0.045 115 V 0.148 0.131 0.127 0.174 0.194 0.179 0.045 116 W 0.309 0.193 0.148 0.144 0.118 0.074 0.015