# TARGET T0242 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.68025 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.008 0.033 0.010 0.635 0.243 2 G 0.153 0.005 0.008 0.005 0.356 0.473 3 K 0.684 0.010 0.002 0.003 0.079 0.223 4 V 0.962 0.003 0.001 0.001 0.010 0.024 5 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 6 L 0.987 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 7 T 0.945 0.002 0.001 0.011 0.009 0.033 8 N 0.664 0.002 0.002 0.020 0.071 0.240 9 A 0.424 0.006 0.012 0.059 0.206 0.294 10 F 0.257 0.032 0.032 0.139 0.222 0.319 11 S 0.180 0.031 0.059 0.283 0.212 0.235 12 I 0.041 0.003 0.210 0.537 0.134 0.076 13 N 0.040 0.004 0.239 0.547 0.117 0.053 14 M 0.027 0.008 0.189 0.633 0.100 0.044 15 L 0.033 0.008 0.157 0.394 0.300 0.108 16 K 0.024 0.005 0.132 0.282 0.398 0.157 17 E 0.024 0.007 0.102 0.143 0.455 0.268 18 F 0.032 0.012 0.018 0.011 0.560 0.367 19 P 0.039 0.002 0.015 0.003 0.476 0.464 20 T 0.343 0.006 0.015 0.004 0.270 0.362 21 T 0.937 0.005 0.002 0.002 0.022 0.032 22 I 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 23 T 0.975 0.002 0.001 0.002 0.005 0.016 24 I 0.885 0.003 0.005 0.009 0.035 0.062 25 D 0.506 0.003 0.019 0.012 0.204 0.256 26 K 0.292 0.009 0.046 0.015 0.326 0.313 27 L 0.194 0.037 0.029 0.020 0.284 0.436 28 D 0.147 0.025 0.030 0.047 0.217 0.534 29 E 0.018 0.002 0.316 0.499 0.108 0.058 30 E 0.026 0.002 0.259 0.583 0.091 0.039 31 D 0.024 0.002 0.215 0.648 0.087 0.024 32 F 0.052 0.007 0.077 0.727 0.080 0.058 33 C 0.105 0.007 0.066 0.641 0.116 0.066 34 L 0.184 0.005 0.070 0.545 0.129 0.067 35 K 0.194 0.003 0.048 0.537 0.117 0.101 36 L 0.321 0.006 0.038 0.391 0.110 0.134 37 E 0.475 0.006 0.018 0.242 0.091 0.168 38 L 0.599 0.014 0.017 0.185 0.058 0.126 39 R 0.552 0.021 0.009 0.103 0.119 0.196 40 L 0.395 0.034 0.023 0.056 0.373 0.120 41 E 0.159 0.016 0.020 0.024 0.621 0.160 42 D 0.060 0.006 0.024 0.023 0.768 0.120 43 G 0.083 0.004 0.024 0.030 0.726 0.133 44 T 0.327 0.014 0.035 0.052 0.313 0.259 45 L 0.741 0.033 0.018 0.050 0.090 0.069 46 I 0.818 0.011 0.013 0.065 0.042 0.051 47 N 0.729 0.005 0.015 0.109 0.064 0.078 48 A 0.551 0.005 0.030 0.175 0.110 0.129 49 I 0.294 0.029 0.022 0.194 0.149 0.312 50 G 0.131 0.018 0.006 0.104 0.200 0.541 51 H 0.027 0.003 0.006 0.605 0.074 0.284 52 D 0.004 0.001 0.004 0.969 0.010 0.013 53 S 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 54 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 55 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 56 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 59 N 0.001 0.001 0.005 0.983 0.007 0.003 60 T 0.001 0.001 0.008 0.970 0.012 0.009 61 L 0.003 0.001 0.011 0.923 0.031 0.030 62 C 0.005 0.006 0.018 0.762 0.088 0.121 63 G 0.006 0.003 0.031 0.505 0.231 0.224 64 T 0.021 0.005 0.031 0.396 0.280 0.267 65 Q 0.047 0.015 0.033 0.450 0.201 0.254 66 L 0.076 0.012 0.060 0.341 0.313 0.197 67 Q 0.111 0.011 0.071 0.211 0.394 0.202 68 K 0.307 0.012 0.067 0.094 0.362 0.158 69 N 0.408 0.008 0.022 0.040 0.288 0.233 70 R 0.638 0.004 0.008 0.014 0.120 0.215 71 V 0.867 0.003 0.001 0.005 0.030 0.094 72 E 0.928 0.002 0.001 0.004 0.014 0.052 73 V 0.938 0.003 0.001 0.003 0.009 0.047 74 K 0.928 0.003 0.001 0.002 0.020 0.046 75 M 0.769 0.015 0.002 0.002 0.085 0.127 76 N 0.276 0.006 0.007 0.002 0.648 0.060 77 E 0.085 0.006 0.030 0.004 0.833 0.043 78 G 0.058 0.006 0.026 0.002 0.837 0.069 79 D 0.190 0.011 0.024 0.001 0.654 0.122 80 E 0.583 0.009 0.014 0.001 0.163 0.230 81 A 0.913 0.006 0.003 0.001 0.030 0.047 82 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 83 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 84 I 0.987 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 85 M 0.980 0.001 0.001 0.007 0.004 0.009 86 I 0.947 0.001 0.001 0.021 0.011 0.020 87 S 0.823 0.002 0.003 0.060 0.055 0.057 88 Q 0.719 0.006 0.008 0.083 0.121 0.064 89 R 0.502 0.016 0.025 0.097 0.200 0.161 90 L 0.225 0.018 0.071 0.119 0.460 0.107 91 E 0.135 0.006 0.099 0.151 0.540 0.067 92 E 0.082 0.007 0.058 0.222 0.519 0.113 93 G 0.072 0.006 0.035 0.058 0.613 0.217 94 K 0.195 0.008 0.011 0.011 0.268 0.506 95 V 0.550 0.052 0.008 0.007 0.078 0.305 96 L 0.355 0.051 0.002 0.004 0.085 0.504 97 S 0.085 0.006 0.001 0.004 0.043 0.862 98 D 0.003 0.001 0.013 0.934 0.015 0.035 99 K 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 100 E 0.001 0.001 0.011 0.983 0.004 0.001 101 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 103 D 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 104 M 0.002 0.001 0.005 0.980 0.008 0.004 105 Y 0.001 0.001 0.007 0.956 0.033 0.001 106 R 0.002 0.001 0.012 0.853 0.128 0.003 107 Q 0.001 0.001 0.012 0.436 0.507 0.043 108 G 0.007 0.002 0.003 0.006 0.653 0.328 109 K 0.138 0.017 0.001 0.001 0.145 0.698 110 I 0.901 0.006 0.001 0.001 0.025 0.067 111 S 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 112 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 113 Y 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 114 E 0.962 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 115 V 0.769 0.007 0.001 0.003 0.029 0.191 116 W 0.377 0.008 0.002 0.003 0.113 0.496