# TARGET T0242 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.68025 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.018 0.376 0.023 0.042 0.050 0.004 0.002 0.009 0.147 0.216 0.027 0.068 2 G 0.034 0.004 0.411 0.043 0.023 0.023 0.005 0.002 0.011 0.265 0.075 0.054 0.049 3 K 0.174 0.005 0.188 0.030 0.014 0.050 0.054 0.034 0.067 0.106 0.017 0.083 0.178 4 V 0.254 0.004 0.028 0.004 0.003 0.028 0.159 0.243 0.096 0.011 0.002 0.093 0.076 5 F 0.252 0.002 0.007 0.010 0.001 0.013 0.204 0.390 0.060 0.002 0.001 0.029 0.030 6 L 0.303 0.002 0.028 0.010 0.001 0.020 0.210 0.234 0.110 0.001 0.003 0.035 0.043 7 T 0.166 0.003 0.169 0.043 0.008 0.041 0.077 0.122 0.169 0.037 0.039 0.060 0.066 8 N 0.038 0.004 0.201 0.035 0.015 0.037 0.015 0.023 0.119 0.235 0.187 0.042 0.050 9 A 0.020 0.014 0.405 0.008 0.039 0.072 0.007 0.011 0.054 0.084 0.209 0.024 0.053 10 F 0.025 0.073 0.413 0.002 0.034 0.099 0.012 0.010 0.047 0.111 0.069 0.047 0.058 11 S 0.013 0.023 0.434 0.006 0.046 0.191 0.005 0.008 0.042 0.056 0.069 0.027 0.079 12 I 0.003 0.003 0.072 0.003 0.206 0.565 0.001 0.001 0.003 0.044 0.085 0.007 0.008 13 N 0.001 0.002 0.040 0.001 0.284 0.538 0.001 0.001 0.001 0.021 0.106 0.002 0.005 14 M 0.001 0.003 0.016 0.001 0.284 0.562 0.001 0.001 0.001 0.009 0.117 0.001 0.004 15 L 0.001 0.007 0.048 0.001 0.195 0.607 0.001 0.001 0.001 0.022 0.113 0.001 0.004 16 K 0.001 0.004 0.077 0.002 0.177 0.412 0.001 0.001 0.001 0.043 0.270 0.007 0.004 17 E 0.001 0.005 0.071 0.003 0.114 0.164 0.001 0.001 0.001 0.073 0.560 0.001 0.007 18 F 0.001 0.005 0.504 0.002 0.007 0.013 0.001 0.001 0.003 0.410 0.048 0.005 0.003 19 P 0.001 0.003 0.745 0.011 0.017 0.006 0.001 0.001 0.007 0.134 0.063 0.001 0.013 20 T 0.003 0.009 0.280 0.023 0.029 0.012 0.006 0.009 0.199 0.318 0.025 0.065 0.022 21 T 0.038 0.022 0.093 0.016 0.028 0.021 0.045 0.109 0.421 0.033 0.011 0.028 0.134 22 I 0.049 0.021 0.054 0.004 0.005 0.016 0.123 0.259 0.337 0.007 0.005 0.063 0.057 23 T 0.056 0.008 0.115 0.007 0.002 0.011 0.045 0.307 0.318 0.003 0.004 0.063 0.062 24 I 0.082 0.011 0.215 0.015 0.058 0.041 0.029 0.108 0.194 0.022 0.047 0.032 0.146 25 D 0.014 0.006 0.242 0.038 0.132 0.045 0.005 0.009 0.041 0.183 0.194 0.063 0.028 26 K 0.003 0.011 0.253 0.010 0.143 0.029 0.001 0.001 0.019 0.179 0.279 0.013 0.058 27 L 0.001 0.031 0.603 0.004 0.013 0.021 0.001 0.001 0.007 0.246 0.031 0.018 0.025 28 D 0.001 0.014 0.744 0.002 0.012 0.025 0.001 0.001 0.001 0.154 0.036 0.006 0.007 29 E 0.001 0.002 0.076 0.001 0.101 0.610 0.001 0.001 0.001 0.051 0.153 0.001 0.005 30 E 0.001 0.002 0.042 0.001 0.091 0.721 0.001 0.001 0.001 0.039 0.092 0.004 0.004 31 D 0.002 0.002 0.048 0.001 0.061 0.816 0.001 0.001 0.002 0.013 0.042 0.005 0.008 32 F 0.007 0.006 0.044 0.001 0.030 0.846 0.001 0.001 0.002 0.014 0.025 0.007 0.015 33 C 0.023 0.007 0.053 0.014 0.025 0.760 0.003 0.001 0.004 0.017 0.050 0.016 0.027 34 L 0.038 0.005 0.055 0.016 0.033 0.584 0.003 0.001 0.004 0.062 0.107 0.057 0.034 35 K 0.072 0.004 0.148 0.022 0.024 0.339 0.006 0.001 0.007 0.069 0.130 0.035 0.143 36 L 0.065 0.009 0.233 0.006 0.012 0.196 0.007 0.001 0.018 0.093 0.073 0.198 0.090 37 E 0.105 0.017 0.234 0.013 0.010 0.130 0.012 0.001 0.023 0.038 0.035 0.048 0.334 38 L 0.115 0.011 0.144 0.009 0.006 0.073 0.016 0.002 0.021 0.043 0.014 0.444 0.103 39 R 0.103 0.023 0.203 0.009 0.007 0.093 0.014 0.005 0.038 0.031 0.039 0.071 0.363 40 L 0.029 0.026 0.359 0.007 0.023 0.162 0.009 0.005 0.024 0.052 0.148 0.049 0.107 41 E 0.007 0.008 0.161 0.004 0.023 0.089 0.002 0.001 0.008 0.083 0.545 0.048 0.020 42 D 0.001 0.002 0.082 0.003 0.016 0.038 0.001 0.001 0.002 0.109 0.735 0.003 0.008 43 G 0.001 0.003 0.223 0.004 0.018 0.078 0.001 0.001 0.002 0.219 0.430 0.016 0.005 44 T 0.023 0.041 0.427 0.005 0.014 0.076 0.010 0.007 0.020 0.098 0.058 0.053 0.166 45 L 0.110 0.078 0.082 0.008 0.034 0.172 0.045 0.027 0.055 0.025 0.028 0.057 0.279 46 I 0.136 0.016 0.063 0.152 0.059 0.253 0.041 0.038 0.040 0.021 0.030 0.087 0.063 47 N 0.092 0.007 0.060 0.030 0.083 0.384 0.025 0.028 0.040 0.048 0.057 0.077 0.070 48 A 0.066 0.007 0.060 0.004 0.073 0.419 0.018 0.018 0.030 0.030 0.101 0.038 0.136 49 I 0.031 0.042 0.112 0.007 0.021 0.415 0.011 0.009 0.019 0.100 0.129 0.070 0.036 50 G 0.007 0.022 0.319 0.007 0.009 0.277 0.001 0.002 0.007 0.177 0.123 0.008 0.042 51 H 0.001 0.003 0.064 0.001 0.009 0.785 0.001 0.001 0.001 0.097 0.032 0.003 0.004 52 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 53 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 54 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 57 L 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 58 V 0.001 0.002 0.008 0.001 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 59 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.953 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.001 0.002 60 T 0.001 0.001 0.008 0.002 0.036 0.908 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.003 0.003 61 L 0.002 0.002 0.021 0.001 0.041 0.877 0.001 0.001 0.004 0.008 0.036 0.002 0.005 62 C 0.002 0.010 0.034 0.003 0.018 0.727 0.001 0.002 0.006 0.035 0.149 0.004 0.007 63 G 0.002 0.003 0.068 0.011 0.030 0.366 0.001 0.001 0.003 0.072 0.433 0.006 0.005 64 T 0.012 0.008 0.241 0.004 0.031 0.357 0.002 0.002 0.005 0.122 0.157 0.025 0.034 65 Q 0.020 0.034 0.379 0.003 0.027 0.203 0.004 0.001 0.008 0.068 0.092 0.033 0.129 66 L 0.010 0.014 0.362 0.013 0.055 0.308 0.002 0.001 0.004 0.060 0.077 0.018 0.078 67 Q 0.017 0.005 0.125 0.077 0.147 0.258 0.003 0.001 0.004 0.099 0.156 0.084 0.026 68 K 0.047 0.006 0.083 0.025 0.145 0.110 0.009 0.001 0.014 0.098 0.189 0.037 0.238 69 N 0.192 0.004 0.218 0.136 0.016 0.017 0.021 0.001 0.021 0.069 0.053 0.115 0.136 70 R 0.488 0.003 0.040 0.016 0.002 0.004 0.049 0.004 0.020 0.023 0.005 0.173 0.174 71 V 0.676 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.074 0.010 0.016 0.003 0.001 0.071 0.130 72 E 0.809 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.060 0.006 0.009 0.001 0.001 0.069 0.038 73 V 0.621 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.113 0.009 0.032 0.002 0.001 0.076 0.121 74 K 0.321 0.003 0.090 0.009 0.001 0.001 0.070 0.012 0.094 0.005 0.002 0.189 0.206 75 M 0.101 0.017 0.282 0.037 0.003 0.001 0.024 0.002 0.041 0.027 0.019 0.040 0.405 76 N 0.010 0.010 0.411 0.018 0.016 0.003 0.003 0.001 0.014 0.167 0.212 0.086 0.050 77 E 0.001 0.002 0.022 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.097 0.846 0.004 0.004 78 G 0.001 0.001 0.030 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.836 0.002 0.003 79 D 0.013 0.010 0.456 0.009 0.015 0.005 0.002 0.001 0.002 0.205 0.121 0.065 0.096 80 E 0.212 0.021 0.154 0.011 0.006 0.007 0.043 0.002 0.005 0.103 0.030 0.124 0.282 81 A 0.527 0.004 0.031 0.008 0.001 0.003 0.097 0.005 0.005 0.007 0.001 0.101 0.210 82 L 0.656 0.001 0.019 0.017 0.001 0.005 0.085 0.003 0.003 0.004 0.001 0.148 0.059 83 I 0.730 0.001 0.005 0.003 0.001 0.009 0.100 0.006 0.006 0.001 0.001 0.035 0.104 84 I 0.728 0.001 0.006 0.005 0.001 0.013 0.087 0.003 0.003 0.001 0.001 0.116 0.036 85 M 0.640 0.001 0.017 0.002 0.001 0.043 0.088 0.006 0.009 0.002 0.001 0.058 0.132 86 I 0.395 0.003 0.060 0.039 0.005 0.197 0.052 0.005 0.010 0.008 0.009 0.056 0.163 87 S 0.142 0.004 0.068 0.073 0.029 0.467 0.013 0.001 0.009 0.036 0.036 0.057 0.065 88 Q 0.056 0.002 0.064 0.012 0.057 0.590 0.004 0.001 0.006 0.056 0.047 0.042 0.062 89 R 0.033 0.010 0.074 0.004 0.054 0.627 0.004 0.001 0.009 0.032 0.046 0.037 0.068 90 L 0.026 0.014 0.142 0.007 0.066 0.485 0.004 0.003 0.008 0.029 0.101 0.025 0.091 91 E 0.021 0.015 0.070 0.010 0.062 0.342 0.003 0.001 0.003 0.046 0.355 0.046 0.025 92 E 0.003 0.004 0.076 0.010 0.045 0.150 0.001 0.001 0.002 0.064 0.625 0.007 0.013 93 G 0.004 0.003 0.260 0.010 0.048 0.044 0.001 0.001 0.001 0.192 0.413 0.011 0.015 94 K 0.021 0.008 0.345 0.002 0.051 0.040 0.003 0.001 0.013 0.184 0.171 0.054 0.107 95 V 0.028 0.064 0.173 0.001 0.028 0.030 0.009 0.001 0.032 0.087 0.048 0.025 0.475 96 L 0.010 0.059 0.457 0.007 0.005 0.014 0.003 0.001 0.021 0.120 0.018 0.262 0.023 97 S 0.001 0.011 0.797 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.051 0.003 0.003 0.124 98 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 104 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 105 Y 0.001 0.005 0.022 0.001 0.013 0.885 0.001 0.001 0.001 0.013 0.059 0.001 0.001 106 R 0.001 0.009 0.061 0.002 0.054 0.623 0.001 0.001 0.001 0.027 0.218 0.003 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.036 0.002 0.023 0.101 0.001 0.001 0.001 0.068 0.768 0.001 0.001 108 G 0.001 0.001 0.072 0.003 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.145 0.759 0.001 0.001 109 K 0.003 0.020 0.619 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.052 0.161 0.044 0.033 0.057 110 I 0.015 0.029 0.362 0.002 0.001 0.001 0.022 0.007 0.224 0.020 0.001 0.070 0.247 111 S 0.072 0.009 0.173 0.273 0.001 0.001 0.064 0.026 0.135 0.021 0.002 0.156 0.067 112 F 0.188 0.003 0.039 0.012 0.006 0.002 0.187 0.067 0.168 0.008 0.004 0.059 0.256 113 Y 0.291 0.001 0.032 0.073 0.007 0.003 0.225 0.075 0.091 0.007 0.005 0.117 0.074 114 E 0.274 0.002 0.047 0.009 0.004 0.002 0.150 0.036 0.126 0.009 0.003 0.213 0.124 115 V 0.097 0.006 0.219 0.017 0.002 0.002 0.046 0.018 0.092 0.013 0.004 0.049 0.435 116 W 0.030 0.011 0.595 0.034 0.005 0.003 0.009 0.003 0.036 0.029 0.008 0.146 0.091