# TARGET T0242 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.68025 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.290 0.156 0.060 0.117 0.075 0.063 0.065 0.050 0.049 0.041 0.035 2 G 0.166 0.146 0.044 0.157 0.146 0.103 0.109 0.056 0.038 0.023 0.011 3 K 0.070 0.111 0.065 0.207 0.222 0.157 0.101 0.037 0.019 0.007 0.004 4 V 0.003 0.005 0.003 0.022 0.040 0.063 0.177 0.219 0.216 0.158 0.093 5 F 0.004 0.007 0.015 0.046 0.079 0.119 0.202 0.190 0.175 0.102 0.061 6 L 0.004 0.003 0.010 0.012 0.012 0.019 0.086 0.146 0.222 0.250 0.237 7 T 0.002 0.004 0.014 0.030 0.036 0.063 0.139 0.191 0.225 0.186 0.110 8 N 0.002 0.008 0.013 0.020 0.020 0.036 0.140 0.187 0.245 0.206 0.122 9 A 0.018 0.013 0.032 0.033 0.033 0.043 0.113 0.148 0.182 0.205 0.179 10 F 0.008 0.013 0.031 0.039 0.050 0.068 0.151 0.145 0.178 0.174 0.142 11 S 0.004 0.033 0.048 0.085 0.076 0.068 0.135 0.148 0.177 0.139 0.087 12 I 0.016 0.015 0.039 0.071 0.098 0.156 0.205 0.116 0.132 0.092 0.060 13 N 0.179 0.076 0.182 0.116 0.096 0.097 0.122 0.053 0.041 0.022 0.016 14 M 0.003 0.008 0.015 0.044 0.055 0.098 0.220 0.193 0.173 0.118 0.074 15 L 0.003 0.003 0.009 0.009 0.012 0.021 0.074 0.108 0.202 0.268 0.291 16 K 0.029 0.053 0.206 0.223 0.202 0.137 0.099 0.029 0.014 0.005 0.003 17 E 0.175 0.203 0.284 0.205 0.080 0.034 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 18 F 0.010 0.013 0.007 0.031 0.054 0.099 0.216 0.180 0.160 0.138 0.092 19 P 0.225 0.218 0.069 0.163 0.117 0.085 0.069 0.028 0.016 0.007 0.004 20 T 0.164 0.118 0.075 0.143 0.132 0.116 0.120 0.058 0.039 0.023 0.011 21 T 0.075 0.106 0.066 0.255 0.197 0.142 0.099 0.033 0.016 0.008 0.003 22 I 0.003 0.003 0.003 0.008 0.012 0.026 0.090 0.142 0.237 0.250 0.227 23 T 0.013 0.068 0.069 0.204 0.173 0.153 0.153 0.074 0.049 0.028 0.016 24 I 0.012 0.017 0.027 0.068 0.094 0.119 0.205 0.169 0.149 0.094 0.044 25 D 0.153 0.137 0.136 0.215 0.145 0.089 0.071 0.027 0.016 0.007 0.004 26 K 0.068 0.107 0.077 0.201 0.161 0.133 0.140 0.056 0.035 0.016 0.006 27 L 0.016 0.013 0.012 0.020 0.031 0.050 0.122 0.148 0.202 0.213 0.172 28 D 0.134 0.403 0.162 0.174 0.076 0.030 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 29 E 0.269 0.202 0.139 0.176 0.102 0.056 0.035 0.012 0.006 0.002 0.001 30 E 0.390 0.156 0.073 0.144 0.092 0.063 0.050 0.017 0.009 0.004 0.002 31 D 0.248 0.156 0.134 0.205 0.106 0.072 0.047 0.016 0.009 0.004 0.002 32 F 0.011 0.019 0.030 0.048 0.062 0.106 0.219 0.178 0.167 0.108 0.052 33 C 0.010 0.017 0.070 0.061 0.078 0.143 0.234 0.158 0.121 0.072 0.036 34 L 0.042 0.053 0.325 0.219 0.136 0.087 0.075 0.031 0.018 0.010 0.005 35 K 0.029 0.059 0.169 0.233 0.193 0.146 0.096 0.036 0.020 0.011 0.006 36 L 0.022 0.012 0.047 0.035 0.041 0.077 0.180 0.160 0.187 0.152 0.087 37 E 0.078 0.093 0.173 0.235 0.186 0.103 0.085 0.026 0.013 0.005 0.002 38 L 0.011 0.026 0.157 0.072 0.076 0.099 0.188 0.133 0.114 0.083 0.040 39 R 0.067 0.137 0.146 0.234 0.162 0.111 0.090 0.026 0.015 0.008 0.006 40 L 0.007 0.008 0.009 0.015 0.027 0.052 0.169 0.172 0.213 0.174 0.154 41 E 0.353 0.357 0.119 0.101 0.040 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 42 D 0.333 0.259 0.084 0.172 0.089 0.037 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 43 G 0.451 0.163 0.040 0.102 0.091 0.065 0.048 0.020 0.012 0.005 0.003 44 T 0.034 0.132 0.130 0.334 0.207 0.103 0.044 0.010 0.004 0.001 0.001 45 L 0.004 0.006 0.009 0.028 0.049 0.085 0.215 0.211 0.189 0.128 0.076 46 I 0.015 0.010 0.022 0.039 0.058 0.102 0.200 0.180 0.168 0.119 0.087 47 N 0.023 0.072 0.126 0.285 0.183 0.118 0.094 0.047 0.028 0.015 0.008 48 A 0.011 0.021 0.026 0.044 0.055 0.099 0.183 0.153 0.162 0.140 0.105 49 I 0.029 0.020 0.020 0.036 0.047 0.051 0.129 0.147 0.172 0.174 0.174 50 G 0.047 0.129 0.049 0.111 0.111 0.113 0.164 0.092 0.078 0.059 0.046 51 H 0.040 0.085 0.074 0.138 0.150 0.133 0.156 0.088 0.068 0.043 0.026 52 D 0.684 0.130 0.070 0.063 0.030 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 53 S 0.068 0.065 0.066 0.132 0.130 0.154 0.201 0.084 0.050 0.029 0.021 54 T 0.007 0.016 0.031 0.036 0.032 0.045 0.117 0.133 0.199 0.206 0.176 55 I 0.017 0.012 0.040 0.041 0.057 0.138 0.286 0.148 0.125 0.082 0.054 56 N 0.032 0.049 0.460 0.263 0.114 0.047 0.023 0.007 0.003 0.002 0.001 57 L 0.004 0.010 0.056 0.041 0.055 0.095 0.237 0.161 0.136 0.115 0.088 58 V 0.003 0.004 0.066 0.032 0.022 0.019 0.066 0.102 0.186 0.244 0.258 59 N 0.009 0.030 0.270 0.159 0.197 0.162 0.123 0.031 0.014 0.005 0.002 60 T 0.041 0.059 0.486 0.194 0.107 0.066 0.035 0.007 0.003 0.001 0.001 61 L 0.007 0.012 0.039 0.030 0.046 0.071 0.210 0.163 0.185 0.148 0.090 62 C 0.014 0.027 0.058 0.061 0.058 0.085 0.229 0.158 0.131 0.099 0.079 63 G 0.175 0.150 0.368 0.184 0.077 0.028 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 64 T 0.080 0.105 0.184 0.114 0.103 0.114 0.161 0.069 0.039 0.021 0.010 65 Q 0.263 0.280 0.216 0.155 0.052 0.020 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 66 L 0.013 0.015 0.027 0.025 0.035 0.057 0.160 0.122 0.195 0.187 0.164 67 Q 0.299 0.130 0.285 0.172 0.063 0.029 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 68 K 0.060 0.094 0.246 0.305 0.163 0.082 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 69 N 0.019 0.016 0.030 0.033 0.038 0.084 0.229 0.197 0.162 0.121 0.069 70 R 0.008 0.024 0.116 0.294 0.239 0.175 0.084 0.030 0.017 0.010 0.004 71 V 0.003 0.008 0.051 0.020 0.029 0.043 0.163 0.182 0.215 0.178 0.108 72 E 0.010 0.042 0.162 0.451 0.229 0.075 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 73 V 0.003 0.004 0.008 0.009 0.019 0.033 0.157 0.167 0.247 0.220 0.133 74 K 0.027 0.095 0.138 0.381 0.226 0.086 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 75 M 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.014 0.069 0.104 0.214 0.252 0.332 76 N 0.070 0.262 0.203 0.274 0.122 0.044 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 77 E 0.575 0.248 0.054 0.080 0.024 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 78 G 0.767 0.136 0.029 0.047 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 D 0.004 0.024 0.011 0.069 0.125 0.202 0.262 0.140 0.104 0.041 0.017 80 E 0.059 0.190 0.157 0.308 0.175 0.074 0.029 0.005 0.002 0.001 0.001 81 A 0.012 0.011 0.018 0.036 0.055 0.108 0.238 0.178 0.161 0.112 0.071 82 L 0.004 0.005 0.010 0.038 0.052 0.086 0.248 0.219 0.167 0.117 0.054 83 I 0.003 0.013 0.026 0.072 0.069 0.099 0.181 0.156 0.167 0.131 0.082 84 I 0.005 0.010 0.060 0.043 0.038 0.057 0.150 0.163 0.188 0.173 0.113 85 M 0.007 0.024 0.065 0.143 0.161 0.148 0.204 0.123 0.073 0.036 0.014 86 I 0.004 0.012 0.039 0.033 0.029 0.031 0.117 0.138 0.223 0.227 0.149 87 S 0.041 0.057 0.181 0.215 0.205 0.133 0.109 0.035 0.017 0.005 0.002 88 Q 0.088 0.107 0.261 0.236 0.128 0.083 0.063 0.020 0.009 0.003 0.001 89 R 0.029 0.066 0.108 0.143 0.136 0.129 0.161 0.100 0.068 0.042 0.017 90 L 0.036 0.038 0.071 0.074 0.070 0.087 0.177 0.135 0.139 0.099 0.075 91 E 0.084 0.065 0.212 0.140 0.147 0.121 0.128 0.055 0.030 0.014 0.006 92 E 0.049 0.079 0.143 0.153 0.122 0.125 0.166 0.080 0.047 0.025 0.011 93 G 0.179 0.091 0.106 0.144 0.107 0.076 0.091 0.073 0.063 0.048 0.021 94 K 0.073 0.101 0.084 0.141 0.139 0.137 0.159 0.072 0.049 0.031 0.015 95 V 0.034 0.030 0.096 0.064 0.064 0.079 0.177 0.145 0.157 0.104 0.049 96 L 0.005 0.011 0.017 0.029 0.062 0.097 0.210 0.191 0.159 0.135 0.084 97 S 0.006 0.336 0.165 0.178 0.092 0.058 0.066 0.040 0.029 0.019 0.011 98 D 0.132 0.093 0.074 0.212 0.260 0.141 0.060 0.017 0.008 0.002 0.001 99 K 0.935 0.043 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.005 0.011 0.084 0.116 0.190 0.347 0.144 0.069 0.026 0.008 101 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.062 0.124 0.228 0.281 0.291 102 K 0.001 0.006 0.213 0.274 0.246 0.167 0.067 0.017 0.006 0.002 0.001 103 D 0.007 0.037 0.592 0.205 0.097 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 104 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.035 0.190 0.195 0.226 0.198 0.141 105 Y 0.001 0.001 0.003 0.009 0.021 0.056 0.240 0.255 0.230 0.129 0.055 106 R 0.034 0.098 0.510 0.221 0.086 0.033 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.199 0.199 0.194 0.216 0.102 0.054 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 108 G 0.406 0.126 0.025 0.074 0.054 0.063 0.092 0.069 0.049 0.030 0.013 109 K 0.024 0.102 0.052 0.280 0.257 0.182 0.078 0.016 0.006 0.002 0.001 110 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.014 0.067 0.143 0.294 0.275 0.193 111 S 0.009 0.049 0.044 0.321 0.275 0.162 0.096 0.029 0.011 0.003 0.001 112 F 0.004 0.011 0.007 0.023 0.027 0.043 0.117 0.181 0.231 0.218 0.139 113 Y 0.005 0.010 0.013 0.065 0.095 0.140 0.206 0.173 0.163 0.084 0.046 114 E 0.027 0.063 0.053 0.167 0.143 0.121 0.180 0.111 0.078 0.040 0.017 115 V 0.013 0.022 0.021 0.073 0.072 0.072 0.132 0.160 0.188 0.160 0.087 116 W 0.033 0.060 0.032 0.151 0.178 0.159 0.163 0.103 0.074 0.033 0.015