# TARGET T0242 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.68025 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.004 0.003 0.055 0.020 0.053 0.844 2 G 0.042 0.003 0.005 0.045 0.034 0.167 0.705 3 K 0.310 0.014 0.010 0.066 0.169 0.042 0.389 4 V 0.752 0.006 0.007 0.036 0.024 0.010 0.165 5 F 0.843 0.008 0.006 0.051 0.018 0.006 0.068 6 L 0.856 0.008 0.005 0.041 0.015 0.006 0.069 7 T 0.760 0.009 0.008 0.042 0.038 0.016 0.127 8 N 0.598 0.009 0.019 0.060 0.075 0.048 0.191 9 A 0.445 0.020 0.047 0.061 0.095 0.102 0.230 10 F 0.394 0.047 0.035 0.043 0.206 0.073 0.202 11 S 0.196 0.029 0.055 0.098 0.113 0.047 0.462 12 I 0.002 0.001 0.320 0.630 0.004 0.030 0.012 13 N 0.001 0.001 0.418 0.534 0.006 0.035 0.005 14 M 0.001 0.001 0.447 0.510 0.003 0.033 0.005 15 L 0.002 0.002 0.279 0.656 0.009 0.042 0.009 16 K 0.003 0.002 0.197 0.537 0.019 0.228 0.015 17 E 0.005 0.002 0.080 0.258 0.095 0.534 0.026 18 F 0.017 0.007 0.004 0.006 0.440 0.025 0.502 19 P 0.029 0.004 0.020 0.006 0.143 0.137 0.660 20 T 0.318 0.008 0.030 0.009 0.276 0.137 0.222 21 T 0.880 0.012 0.006 0.003 0.012 0.004 0.083 22 I 0.970 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.020 23 T 0.954 0.004 0.001 0.005 0.003 0.002 0.030 24 I 0.738 0.008 0.023 0.027 0.021 0.024 0.158 25 D 0.332 0.003 0.037 0.014 0.237 0.101 0.277 26 K 0.258 0.013 0.105 0.021 0.218 0.111 0.276 27 L 0.282 0.097 0.013 0.023 0.239 0.020 0.326 28 D 0.079 0.014 0.010 0.016 0.039 0.009 0.833 29 E 0.002 0.001 0.206 0.731 0.004 0.049 0.008 30 E 0.002 0.001 0.128 0.805 0.003 0.058 0.004 31 D 0.004 0.001 0.188 0.740 0.005 0.042 0.019 32 F 0.022 0.006 0.036 0.838 0.013 0.035 0.050 33 C 0.041 0.006 0.028 0.815 0.017 0.039 0.055 34 L 0.060 0.004 0.031 0.764 0.025 0.090 0.026 35 K 0.094 0.004 0.027 0.598 0.047 0.159 0.071 36 L 0.257 0.008 0.025 0.318 0.091 0.076 0.224 37 E 0.305 0.023 0.029 0.264 0.044 0.083 0.252 38 L 0.429 0.015 0.029 0.134 0.076 0.056 0.260 39 R 0.483 0.035 0.019 0.112 0.049 0.065 0.237 40 L 0.224 0.029 0.027 0.066 0.070 0.073 0.511 41 E 0.123 0.012 0.030 0.078 0.109 0.308 0.339 42 D 0.021 0.003 0.031 0.063 0.098 0.728 0.057 43 G 0.055 0.003 0.023 0.054 0.256 0.409 0.200 44 T 0.184 0.025 0.023 0.074 0.220 0.096 0.378 45 L 0.519 0.061 0.029 0.210 0.046 0.039 0.096 46 I 0.536 0.022 0.052 0.241 0.036 0.021 0.092 47 N 0.440 0.012 0.074 0.309 0.042 0.041 0.082 48 A 0.260 0.007 0.148 0.350 0.047 0.092 0.095 49 I 0.167 0.026 0.094 0.314 0.123 0.146 0.129 50 G 0.058 0.015 0.065 0.214 0.184 0.172 0.292 51 H 0.011 0.004 0.043 0.558 0.097 0.078 0.209 52 D 0.001 0.001 0.025 0.936 0.007 0.024 0.007 53 S 0.001 0.001 0.024 0.950 0.004 0.016 0.005 54 T 0.001 0.001 0.012 0.976 0.001 0.009 0.003 55 I 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.005 0.001 56 N 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.009 0.001 57 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.010 0.002 58 V 0.001 0.001 0.005 0.977 0.002 0.013 0.002 59 N 0.001 0.001 0.011 0.964 0.002 0.019 0.002 60 T 0.001 0.001 0.014 0.943 0.002 0.039 0.002 61 L 0.002 0.002 0.012 0.914 0.007 0.051 0.012 62 C 0.004 0.002 0.019 0.782 0.015 0.157 0.021 63 G 0.013 0.002 0.033 0.436 0.082 0.374 0.060 64 T 0.075 0.009 0.031 0.348 0.180 0.097 0.260 65 Q 0.256 0.042 0.046 0.241 0.118 0.096 0.201 66 L 0.351 0.023 0.074 0.194 0.074 0.071 0.213 67 Q 0.298 0.011 0.128 0.107 0.128 0.116 0.213 68 K 0.278 0.008 0.153 0.075 0.143 0.215 0.128 69 N 0.391 0.005 0.031 0.009 0.160 0.233 0.171 70 R 0.844 0.007 0.004 0.001 0.027 0.024 0.093 71 V 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.036 72 E 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 73 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 74 K 0.958 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 75 M 0.693 0.006 0.001 0.001 0.007 0.004 0.288 76 N 0.238 0.003 0.005 0.002 0.078 0.092 0.582 77 E 0.015 0.002 0.015 0.005 0.086 0.866 0.012 78 G 0.029 0.001 0.018 0.002 0.144 0.717 0.088 79 D 0.062 0.003 0.005 0.001 0.366 0.027 0.536 80 E 0.795 0.013 0.002 0.001 0.058 0.020 0.110 81 A 0.964 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.029 82 L 0.989 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 83 I 0.991 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 84 I 0.982 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 85 M 0.975 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.012 86 I 0.899 0.002 0.002 0.022 0.009 0.018 0.048 87 S 0.676 0.003 0.008 0.038 0.102 0.063 0.111 88 Q 0.655 0.005 0.013 0.061 0.117 0.037 0.110 89 R 0.571 0.031 0.033 0.089 0.096 0.045 0.136 90 L 0.369 0.013 0.071 0.163 0.066 0.111 0.208 91 E 0.295 0.009 0.062 0.199 0.065 0.200 0.169 92 E 0.059 0.005 0.040 0.137 0.051 0.656 0.052 93 G 0.027 0.001 0.015 0.019 0.121 0.770 0.047 94 K 0.281 0.015 0.019 0.035 0.169 0.098 0.383 95 V 0.595 0.106 0.006 0.012 0.048 0.025 0.207 96 L 0.289 0.052 0.001 0.006 0.052 0.003 0.598 97 S 0.062 0.012 0.001 0.005 0.023 0.001 0.896 98 D 0.001 0.001 0.014 0.971 0.002 0.006 0.005 99 K 0.001 0.001 0.012 0.984 0.001 0.003 0.001 100 E 0.001 0.001 0.027 0.969 0.001 0.002 0.001 101 I 0.001 0.001 0.013 0.979 0.001 0.005 0.002 102 K 0.001 0.001 0.016 0.969 0.001 0.012 0.001 103 D 0.003 0.001 0.014 0.947 0.001 0.032 0.003 104 M 0.008 0.002 0.016 0.927 0.006 0.028 0.012 105 Y 0.033 0.004 0.051 0.704 0.063 0.088 0.057 106 R 0.017 0.005 0.069 0.422 0.029 0.436 0.021 107 Q 0.003 0.001 0.014 0.019 0.044 0.908 0.012 108 G 0.012 0.001 0.006 0.002 0.246 0.651 0.083 109 K 0.446 0.019 0.003 0.001 0.056 0.025 0.450 110 I 0.923 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.063 111 S 0.964 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.022 112 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 113 Y 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 114 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 115 V 0.821 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.167 116 W 0.244 0.002 0.001 0.001 0.027 0.004 0.723