# TARGET T0242 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.68025 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.188 0.046 0.165 0.254 0.066 0.009 0.148 0.082 0.010 0.032 0.001 2 G 0.146 0.044 0.170 0.064 0.109 0.005 0.109 0.224 0.004 0.124 0.001 3 K 0.119 0.367 0.375 0.044 0.037 0.035 0.007 0.002 0.010 0.002 0.001 4 V 0.051 0.622 0.239 0.012 0.016 0.033 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 5 F 0.064 0.683 0.159 0.007 0.020 0.035 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 6 L 0.087 0.408 0.312 0.011 0.013 0.117 0.003 0.001 0.046 0.001 0.002 7 T 0.196 0.360 0.201 0.060 0.076 0.051 0.011 0.002 0.037 0.005 0.001 8 N 0.161 0.123 0.156 0.081 0.123 0.133 0.136 0.021 0.053 0.012 0.002 9 A 0.430 0.132 0.063 0.248 0.049 0.033 0.017 0.009 0.012 0.005 0.001 10 F 0.295 0.242 0.176 0.083 0.115 0.036 0.028 0.007 0.012 0.005 0.001 11 S 0.358 0.172 0.178 0.052 0.070 0.086 0.013 0.005 0.059 0.007 0.001 12 I 0.959 0.005 0.006 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 N 0.947 0.002 0.006 0.036 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 M 0.891 0.001 0.003 0.090 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 15 L 0.797 0.022 0.057 0.106 0.002 0.009 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 16 K 0.861 0.042 0.059 0.022 0.006 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.507 0.019 0.045 0.411 0.003 0.005 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 18 F 0.047 0.149 0.484 0.011 0.045 0.014 0.029 0.004 0.210 0.007 0.001 19 P 0.575 0.006 0.305 0.054 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 20 T 0.144 0.408 0.215 0.095 0.099 0.015 0.007 0.004 0.010 0.003 0.001 21 T 0.058 0.584 0.234 0.021 0.048 0.026 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 22 I 0.026 0.740 0.148 0.008 0.034 0.021 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 23 T 0.019 0.744 0.143 0.007 0.020 0.042 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 24 I 0.095 0.466 0.243 0.019 0.038 0.079 0.005 0.001 0.053 0.001 0.001 25 D 0.344 0.168 0.209 0.062 0.043 0.086 0.049 0.004 0.033 0.003 0.001 26 K 0.305 0.205 0.100 0.216 0.050 0.036 0.047 0.004 0.032 0.002 0.002 27 L 0.115 0.339 0.386 0.053 0.045 0.036 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 28 D 0.067 0.125 0.373 0.033 0.052 0.233 0.018 0.002 0.090 0.006 0.001 29 E 0.885 0.012 0.010 0.074 0.004 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 30 E 0.904 0.009 0.012 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.841 0.014 0.020 0.099 0.005 0.006 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 32 F 0.832 0.022 0.029 0.088 0.005 0.010 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 33 C 0.848 0.040 0.033 0.051 0.006 0.008 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 34 L 0.865 0.034 0.038 0.040 0.008 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 35 K 0.633 0.061 0.071 0.163 0.012 0.020 0.023 0.003 0.014 0.001 0.001 36 L 0.355 0.232 0.186 0.124 0.038 0.016 0.024 0.005 0.018 0.002 0.001 37 E 0.433 0.200 0.167 0.062 0.018 0.052 0.035 0.003 0.027 0.002 0.001 38 L 0.196 0.370 0.277 0.064 0.033 0.029 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 39 R 0.224 0.272 0.260 0.044 0.027 0.085 0.027 0.003 0.056 0.002 0.001 40 L 0.317 0.117 0.412 0.061 0.017 0.047 0.009 0.002 0.014 0.002 0.002 41 E 0.649 0.076 0.135 0.077 0.012 0.017 0.010 0.004 0.012 0.006 0.001 42 D 0.211 0.025 0.112 0.381 0.014 0.020 0.200 0.010 0.019 0.007 0.001 43 G 0.068 0.009 0.078 0.028 0.030 0.003 0.130 0.616 0.001 0.037 0.001 44 T 0.253 0.259 0.377 0.043 0.034 0.017 0.003 0.002 0.008 0.003 0.001 45 L 0.272 0.255 0.377 0.016 0.013 0.049 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 46 I 0.503 0.313 0.060 0.053 0.013 0.031 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 47 N 0.357 0.230 0.274 0.037 0.027 0.049 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 48 A 0.590 0.145 0.066 0.073 0.061 0.027 0.015 0.007 0.011 0.004 0.002 49 I 0.287 0.157 0.103 0.367 0.030 0.014 0.015 0.002 0.024 0.001 0.001 50 G 0.080 0.017 0.100 0.057 0.129 0.013 0.071 0.223 0.003 0.307 0.001 51 H 0.294 0.169 0.278 0.055 0.058 0.072 0.007 0.002 0.053 0.011 0.001 52 D 0.915 0.002 0.012 0.050 0.002 0.005 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 53 S 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 T 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 T 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.947 0.002 0.003 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 C 0.680 0.009 0.033 0.267 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 63 G 0.306 0.002 0.020 0.081 0.006 0.005 0.162 0.396 0.002 0.019 0.001 64 T 0.411 0.194 0.253 0.081 0.021 0.023 0.004 0.001 0.009 0.002 0.001 65 Q 0.400 0.201 0.155 0.087 0.022 0.076 0.019 0.002 0.035 0.001 0.001 66 L 0.328 0.173 0.355 0.036 0.010 0.051 0.005 0.001 0.040 0.001 0.001 67 Q 0.722 0.076 0.097 0.061 0.008 0.020 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 68 K 0.337 0.280 0.109 0.124 0.096 0.013 0.022 0.004 0.011 0.003 0.001 69 N 0.024 0.142 0.086 0.420 0.040 0.055 0.172 0.010 0.052 0.001 0.001 70 R 0.014 0.527 0.192 0.022 0.166 0.019 0.038 0.004 0.015 0.003 0.001 71 V 0.001 0.831 0.105 0.002 0.031 0.012 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 72 E 0.002 0.415 0.518 0.001 0.005 0.047 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 73 V 0.003 0.838 0.061 0.001 0.038 0.020 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 74 K 0.003 0.586 0.298 0.001 0.005 0.076 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 75 M 0.024 0.419 0.430 0.011 0.031 0.066 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 76 N 0.015 0.333 0.468 0.015 0.069 0.052 0.003 0.001 0.041 0.002 0.001 77 E 0.494 0.035 0.351 0.091 0.010 0.005 0.008 0.001 0.003 0.002 0.001 78 G 0.046 0.001 0.010 0.092 0.006 0.001 0.043 0.757 0.001 0.043 0.001 79 D 0.006 0.062 0.720 0.026 0.005 0.119 0.012 0.001 0.048 0.001 0.001 80 E 0.104 0.355 0.415 0.048 0.022 0.023 0.018 0.002 0.009 0.001 0.003 81 A 0.064 0.454 0.426 0.013 0.024 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 82 L 0.025 0.713 0.144 0.010 0.083 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 83 I 0.008 0.812 0.127 0.002 0.032 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 84 I 0.008 0.828 0.102 0.001 0.020 0.017 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 85 M 0.017 0.596 0.301 0.002 0.007 0.058 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 86 I 0.096 0.542 0.226 0.015 0.020 0.062 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 87 S 0.558 0.144 0.101 0.095 0.065 0.016 0.005 0.002 0.006 0.007 0.001 88 Q 0.275 0.349 0.089 0.079 0.154 0.013 0.016 0.002 0.021 0.002 0.001 89 R 0.246 0.275 0.260 0.063 0.036 0.057 0.011 0.003 0.044 0.003 0.002 90 L 0.281 0.231 0.279 0.079 0.035 0.054 0.010 0.003 0.026 0.002 0.001 91 E 0.333 0.285 0.157 0.066 0.087 0.024 0.016 0.006 0.017 0.008 0.001 92 E 0.246 0.179 0.226 0.265 0.026 0.024 0.015 0.003 0.014 0.001 0.001 93 G 0.069 0.023 0.061 0.040 0.191 0.002 0.107 0.323 0.003 0.181 0.001 94 K 0.104 0.370 0.336 0.031 0.081 0.040 0.018 0.002 0.015 0.001 0.001 95 V 0.053 0.356 0.488 0.009 0.006 0.070 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 96 L 0.156 0.315 0.204 0.260 0.027 0.028 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 97 S 0.002 0.279 0.397 0.001 0.293 0.014 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 98 D 0.983 0.002 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 I 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 M 0.942 0.001 0.002 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Y 0.912 0.007 0.013 0.049 0.001 0.004 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 106 R 0.919 0.014 0.018 0.036 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 107 Q 0.305 0.016 0.048 0.605 0.008 0.003 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 108 G 0.007 0.003 0.012 0.024 0.036 0.001 0.200 0.691 0.002 0.025 0.001 109 K 0.057 0.412 0.297 0.055 0.063 0.080 0.022 0.001 0.010 0.002 0.001 110 I 0.002 0.768 0.163 0.002 0.021 0.020 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 111 S 0.018 0.644 0.227 0.010 0.029 0.055 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 112 F 0.004 0.832 0.063 0.003 0.072 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 113 Y 0.006 0.828 0.042 0.003 0.085 0.008 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 114 E 0.012 0.545 0.344 0.003 0.034 0.041 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 115 V 0.049 0.581 0.224 0.026 0.023 0.055 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 116 W 0.131 0.328 0.288 0.055 0.085 0.053 0.013 0.004 0.030 0.012 0.001