# TARGET T0242 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.68025 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.203 0.102 0.087 0.113 0.060 0.076 0.138 0.057 0.061 0.039 2 G 0.028 0.078 0.049 0.125 0.051 0.115 0.052 0.170 0.097 0.189 0.045 3 K 0.136 0.156 0.044 0.013 0.326 0.011 0.038 0.137 0.058 0.051 0.028 4 V 0.258 0.126 0.010 0.003 0.488 0.003 0.006 0.046 0.017 0.013 0.028 5 F 0.160 0.124 0.010 0.007 0.557 0.008 0.017 0.080 0.012 0.005 0.020 6 L 0.346 0.056 0.006 0.004 0.381 0.008 0.017 0.068 0.014 0.018 0.081 7 T 0.113 0.114 0.025 0.032 0.214 0.048 0.096 0.205 0.049 0.055 0.048 8 N 0.117 0.115 0.041 0.026 0.165 0.017 0.031 0.191 0.088 0.144 0.064 9 A 0.080 0.079 0.019 0.007 0.086 0.019 0.046 0.317 0.175 0.113 0.059 10 F 0.059 0.239 0.088 0.037 0.125 0.018 0.035 0.180 0.085 0.099 0.035 11 S 0.031 0.333 0.163 0.022 0.076 0.007 0.010 0.242 0.051 0.051 0.014 12 I 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.697 0.271 0.007 0.002 13 N 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.003 0.014 0.807 0.147 0.011 0.003 14 M 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.660 0.210 0.104 0.002 15 L 0.018 0.028 0.012 0.003 0.029 0.005 0.015 0.536 0.275 0.069 0.010 16 K 0.004 0.052 0.041 0.016 0.014 0.025 0.100 0.519 0.175 0.050 0.004 17 E 0.025 0.031 0.020 0.006 0.037 0.013 0.143 0.223 0.155 0.319 0.026 18 F 0.081 0.423 0.155 0.012 0.205 0.004 0.009 0.028 0.019 0.029 0.035 19 P 0.107 0.221 0.059 0.026 0.251 0.028 0.048 0.103 0.061 0.050 0.046 20 T 0.135 0.149 0.032 0.010 0.414 0.017 0.063 0.067 0.048 0.037 0.028 21 T 0.149 0.183 0.023 0.002 0.588 0.003 0.007 0.011 0.007 0.008 0.018 22 I 0.257 0.112 0.011 0.001 0.579 0.001 0.003 0.006 0.002 0.003 0.026 23 T 0.213 0.161 0.026 0.004 0.490 0.003 0.005 0.012 0.005 0.016 0.065 24 I 0.182 0.167 0.035 0.015 0.272 0.011 0.014 0.053 0.067 0.075 0.110 25 D 0.037 0.108 0.051 0.027 0.085 0.054 0.144 0.282 0.147 0.044 0.021 26 K 0.109 0.088 0.032 0.004 0.107 0.005 0.020 0.113 0.097 0.335 0.091 27 L 0.054 0.517 0.126 0.012 0.215 0.007 0.009 0.017 0.009 0.015 0.018 28 D 0.050 0.366 0.313 0.023 0.108 0.010 0.011 0.052 0.018 0.025 0.025 29 E 0.021 0.028 0.011 0.002 0.030 0.002 0.005 0.547 0.285 0.054 0.015 30 E 0.010 0.042 0.009 0.003 0.032 0.006 0.015 0.708 0.147 0.022 0.005 31 D 0.027 0.012 0.004 0.003 0.031 0.004 0.025 0.711 0.090 0.080 0.013 32 F 0.019 0.019 0.009 0.003 0.031 0.004 0.009 0.791 0.078 0.031 0.005 33 C 0.037 0.034 0.007 0.004 0.063 0.006 0.017 0.723 0.059 0.037 0.013 34 L 0.040 0.088 0.013 0.005 0.110 0.008 0.028 0.544 0.101 0.052 0.010 35 K 0.148 0.058 0.014 0.006 0.196 0.009 0.055 0.358 0.060 0.065 0.031 36 L 0.168 0.179 0.028 0.006 0.407 0.005 0.012 0.109 0.030 0.029 0.026 37 E 0.326 0.065 0.011 0.003 0.282 0.007 0.025 0.100 0.032 0.067 0.081 38 L 0.157 0.289 0.033 0.002 0.419 0.004 0.009 0.030 0.012 0.016 0.027 39 R 0.165 0.186 0.063 0.003 0.470 0.004 0.005 0.020 0.008 0.031 0.045 40 L 0.225 0.165 0.090 0.014 0.151 0.007 0.022 0.177 0.061 0.032 0.057 41 E 0.006 0.027 0.050 0.114 0.008 0.211 0.186 0.249 0.101 0.042 0.006 42 D 0.013 0.525 0.192 0.077 0.099 0.011 0.022 0.024 0.012 0.016 0.009 43 G 0.025 0.009 0.004 0.004 0.012 0.003 0.003 0.044 0.075 0.600 0.221 44 T 0.038 0.411 0.060 0.006 0.292 0.007 0.030 0.088 0.030 0.031 0.007 45 L 0.418 0.071 0.007 0.002 0.432 0.002 0.003 0.017 0.006 0.009 0.034 46 I 0.153 0.147 0.030 0.035 0.444 0.036 0.031 0.070 0.014 0.009 0.032 47 N 0.218 0.103 0.025 0.018 0.302 0.018 0.034 0.102 0.030 0.044 0.106 48 A 0.156 0.157 0.081 0.021 0.228 0.024 0.062 0.130 0.029 0.045 0.068 49 I 0.055 0.227 0.133 0.051 0.104 0.060 0.108 0.075 0.038 0.098 0.052 50 G 0.089 0.142 0.127 0.095 0.083 0.031 0.026 0.066 0.032 0.200 0.110 51 H 0.020 0.152 0.113 0.045 0.056 0.058 0.022 0.273 0.162 0.081 0.019 52 D 0.004 0.005 0.005 0.004 0.006 0.012 0.025 0.732 0.175 0.022 0.008 53 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.795 0.170 0.024 0.001 54 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.086 0.006 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 56 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.029 0.003 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.079 0.002 0.001 59 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.903 0.078 0.004 0.001 60 T 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.074 0.841 0.062 0.012 0.001 61 L 0.004 0.006 0.004 0.005 0.004 0.012 0.079 0.750 0.090 0.043 0.004 62 C 0.018 0.271 0.058 0.027 0.059 0.034 0.072 0.344 0.065 0.039 0.013 63 G 0.065 0.029 0.013 0.020 0.052 0.022 0.027 0.248 0.101 0.287 0.137 64 T 0.067 0.281 0.110 0.010 0.225 0.008 0.019 0.200 0.039 0.026 0.016 65 Q 0.130 0.111 0.028 0.006 0.203 0.006 0.021 0.347 0.062 0.054 0.031 66 L 0.156 0.108 0.015 0.014 0.199 0.022 0.039 0.304 0.068 0.036 0.038 67 Q 0.034 0.037 0.021 0.036 0.069 0.069 0.132 0.455 0.110 0.024 0.014 68 K 0.061 0.091 0.034 0.016 0.144 0.039 0.152 0.369 0.056 0.023 0.015 69 N 0.133 0.208 0.046 0.017 0.270 0.007 0.014 0.034 0.023 0.194 0.054 70 R 0.368 0.085 0.018 0.011 0.278 0.012 0.018 0.021 0.012 0.067 0.109 71 V 0.181 0.168 0.011 0.002 0.615 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.013 72 E 0.252 0.058 0.004 0.002 0.645 0.003 0.007 0.005 0.002 0.003 0.019 73 V 0.257 0.126 0.008 0.001 0.583 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 74 K 0.350 0.069 0.012 0.001 0.467 0.001 0.002 0.003 0.001 0.014 0.079 75 M 0.167 0.310 0.060 0.026 0.245 0.020 0.015 0.034 0.023 0.039 0.060 76 N 0.029 0.213 0.360 0.150 0.085 0.042 0.015 0.038 0.030 0.029 0.010 77 E 0.007 0.036 0.067 0.144 0.011 0.124 0.307 0.191 0.090 0.018 0.006 78 G 0.024 0.051 0.055 0.126 0.021 0.044 0.056 0.074 0.088 0.346 0.114 79 D 0.122 0.298 0.021 0.003 0.325 0.005 0.009 0.027 0.039 0.106 0.046 80 E 0.203 0.045 0.009 0.006 0.277 0.020 0.050 0.082 0.102 0.143 0.063 81 A 0.282 0.088 0.011 0.005 0.582 0.005 0.006 0.003 0.002 0.004 0.013 82 L 0.130 0.086 0.004 0.003 0.766 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 83 I 0.370 0.028 0.001 0.001 0.572 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 84 I 0.264 0.069 0.003 0.001 0.619 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.032 85 M 0.306 0.133 0.009 0.002 0.490 0.001 0.002 0.009 0.001 0.004 0.042 86 I 0.297 0.094 0.021 0.023 0.291 0.021 0.014 0.078 0.017 0.029 0.115 87 S 0.096 0.070 0.024 0.054 0.140 0.097 0.137 0.219 0.064 0.065 0.033 88 Q 0.091 0.249 0.111 0.019 0.148 0.017 0.018 0.202 0.059 0.054 0.033 89 R 0.079 0.114 0.043 0.020 0.201 0.016 0.029 0.353 0.062 0.056 0.027 90 L 0.127 0.078 0.031 0.020 0.078 0.036 0.102 0.298 0.130 0.051 0.049 91 E 0.038 0.046 0.079 0.106 0.042 0.073 0.095 0.357 0.096 0.043 0.025 92 E 0.008 0.324 0.125 0.140 0.059 0.087 0.147 0.078 0.014 0.013 0.005 93 G 0.038 0.024 0.027 0.037 0.018 0.007 0.004 0.011 0.025 0.591 0.218 94 K 0.046 0.456 0.113 0.004 0.280 0.005 0.010 0.040 0.023 0.015 0.008 95 V 0.243 0.231 0.044 0.001 0.366 0.001 0.004 0.013 0.007 0.019 0.071 96 L 0.047 0.369 0.244 0.073 0.131 0.036 0.030 0.014 0.006 0.021 0.028 97 S 0.013 0.606 0.305 0.003 0.058 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.003 98 D 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.724 0.253 0.012 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.035 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.022 0.006 0.001 101 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.003 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.047 0.002 0.001 103 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.019 0.002 0.001 104 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.038 0.005 0.001 105 Y 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.855 0.112 0.015 0.001 106 R 0.002 0.007 0.013 0.008 0.002 0.026 0.127 0.636 0.133 0.043 0.002 107 Q 0.001 0.716 0.186 0.044 0.015 0.009 0.018 0.007 0.002 0.003 0.001 108 G 0.013 0.006 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.652 0.297 109 K 0.056 0.393 0.082 0.017 0.195 0.030 0.075 0.056 0.045 0.039 0.013 110 I 0.307 0.105 0.005 0.001 0.510 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.060 111 S 0.095 0.331 0.079 0.019 0.408 0.015 0.021 0.012 0.007 0.005 0.007 112 F 0.520 0.040 0.005 0.002 0.361 0.002 0.003 0.006 0.004 0.007 0.050 113 Y 0.123 0.244 0.038 0.021 0.506 0.016 0.009 0.014 0.005 0.005 0.017 114 E 0.336 0.082 0.008 0.001 0.499 0.001 0.003 0.008 0.002 0.007 0.053 115 V 0.260 0.140 0.033 0.014 0.347 0.018 0.028 0.042 0.017 0.029 0.071 116 W 0.155 0.218 0.070 0.041 0.280 0.037 0.035 0.050 0.027 0.034 0.053