# TARGET T0242 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.68025 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.688 0.204 0.067 0.029 0.009 0.002 0.001 2 G 0.340 0.369 0.200 0.072 0.016 0.003 0.001 3 K 0.092 0.291 0.332 0.213 0.061 0.011 0.001 4 V 0.006 0.014 0.039 0.157 0.429 0.325 0.030 5 F 0.002 0.004 0.019 0.091 0.341 0.439 0.104 6 L 0.005 0.013 0.021 0.029 0.055 0.325 0.552 7 T 0.005 0.008 0.015 0.042 0.106 0.286 0.538 8 N 0.001 0.003 0.007 0.016 0.050 0.209 0.714 9 A 0.009 0.018 0.033 0.091 0.159 0.295 0.395 10 F 0.011 0.022 0.037 0.088 0.146 0.383 0.313 11 S 0.008 0.021 0.029 0.071 0.172 0.419 0.280 12 I 0.025 0.051 0.100 0.182 0.260 0.305 0.077 13 N 0.089 0.306 0.260 0.215 0.089 0.037 0.005 14 M 0.023 0.077 0.157 0.288 0.293 0.147 0.016 15 L 0.015 0.026 0.067 0.188 0.387 0.295 0.022 16 K 0.260 0.399 0.227 0.092 0.020 0.002 0.001 17 E 0.488 0.358 0.116 0.032 0.006 0.001 0.001 18 F 0.106 0.169 0.269 0.289 0.137 0.028 0.001 19 P 0.257 0.314 0.244 0.131 0.044 0.009 0.001 20 T 0.263 0.277 0.219 0.147 0.071 0.021 0.002 21 T 0.106 0.258 0.319 0.204 0.087 0.024 0.002 22 I 0.033 0.046 0.097 0.256 0.365 0.193 0.011 23 T 0.037 0.099 0.191 0.298 0.250 0.117 0.008 24 I 0.039 0.067 0.123 0.228 0.328 0.203 0.013 25 D 0.185 0.341 0.273 0.151 0.043 0.006 0.001 26 K 0.204 0.406 0.253 0.109 0.024 0.004 0.001 27 L 0.104 0.146 0.224 0.289 0.193 0.044 0.001 28 D 0.537 0.325 0.100 0.030 0.007 0.001 0.001 29 E 0.636 0.224 0.094 0.037 0.008 0.001 0.001 30 E 0.516 0.296 0.134 0.044 0.009 0.001 0.001 31 D 0.382 0.419 0.147 0.042 0.008 0.002 0.001 32 F 0.061 0.087 0.182 0.361 0.260 0.048 0.001 33 C 0.066 0.151 0.285 0.298 0.167 0.031 0.001 34 L 0.310 0.379 0.199 0.086 0.022 0.004 0.001 35 K 0.355 0.308 0.209 0.097 0.027 0.004 0.001 36 L 0.129 0.144 0.247 0.281 0.166 0.032 0.001 37 E 0.362 0.322 0.175 0.091 0.037 0.012 0.001 38 L 0.095 0.139 0.223 0.298 0.204 0.039 0.001 39 R 0.310 0.415 0.189 0.064 0.018 0.004 0.001 40 L 0.105 0.165 0.237 0.319 0.145 0.028 0.001 41 E 0.754 0.180 0.045 0.016 0.004 0.001 0.001 42 D 0.851 0.122 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 43 G 0.627 0.247 0.094 0.028 0.004 0.001 0.001 44 T 0.345 0.416 0.176 0.052 0.010 0.001 0.001 45 L 0.060 0.134 0.247 0.314 0.199 0.044 0.001 46 I 0.030 0.048 0.095 0.234 0.358 0.216 0.020 47 N 0.065 0.197 0.248 0.272 0.145 0.065 0.009 48 A 0.067 0.093 0.125 0.181 0.221 0.249 0.065 49 I 0.041 0.063 0.091 0.162 0.246 0.294 0.102 50 G 0.108 0.164 0.196 0.193 0.149 0.131 0.058 51 H 0.095 0.103 0.112 0.192 0.241 0.204 0.054 52 D 0.310 0.316 0.193 0.107 0.048 0.020 0.005 53 S 0.120 0.154 0.186 0.225 0.172 0.120 0.022 54 T 0.074 0.123 0.165 0.201 0.215 0.177 0.045 55 I 0.057 0.076 0.115 0.218 0.288 0.210 0.036 56 N 0.147 0.247 0.257 0.222 0.091 0.030 0.006 57 L 0.091 0.097 0.128 0.201 0.252 0.205 0.026 58 V 0.087 0.093 0.110 0.200 0.256 0.224 0.031 59 N 0.227 0.298 0.244 0.155 0.057 0.016 0.002 60 T 0.334 0.259 0.197 0.141 0.055 0.014 0.001 61 L 0.280 0.191 0.165 0.180 0.131 0.050 0.003 62 C 0.273 0.198 0.182 0.194 0.110 0.040 0.003 63 G 0.498 0.288 0.133 0.056 0.020 0.005 0.001 64 T 0.451 0.246 0.152 0.099 0.041 0.010 0.001 65 Q 0.431 0.320 0.145 0.074 0.023 0.006 0.001 66 L 0.242 0.143 0.174 0.215 0.169 0.053 0.004 67 Q 0.549 0.297 0.114 0.033 0.006 0.001 0.001 68 K 0.529 0.338 0.098 0.029 0.006 0.001 0.001 69 N 0.230 0.185 0.213 0.228 0.118 0.025 0.001 70 R 0.127 0.277 0.310 0.193 0.072 0.019 0.001 71 V 0.037 0.046 0.076 0.227 0.362 0.234 0.018 72 E 0.035 0.204 0.307 0.253 0.136 0.057 0.008 73 V 0.019 0.035 0.069 0.197 0.367 0.291 0.022 74 K 0.070 0.342 0.319 0.192 0.058 0.017 0.002 75 M 0.033 0.083 0.186 0.346 0.288 0.061 0.001 76 N 0.571 0.288 0.110 0.026 0.005 0.001 0.001 77 E 0.778 0.183 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 78 G 0.587 0.273 0.103 0.032 0.005 0.001 0.001 79 D 0.079 0.138 0.235 0.325 0.192 0.030 0.001 80 E 0.152 0.309 0.299 0.172 0.057 0.010 0.001 81 A 0.063 0.098 0.156 0.219 0.262 0.186 0.015 82 L 0.034 0.045 0.071 0.151 0.294 0.348 0.058 83 I 0.044 0.071 0.106 0.171 0.230 0.286 0.092 84 I 0.052 0.081 0.106 0.187 0.207 0.248 0.118 85 M 0.066 0.095 0.160 0.247 0.210 0.171 0.051 86 I 0.044 0.038 0.050 0.103 0.246 0.397 0.124 87 S 0.150 0.199 0.242 0.239 0.116 0.046 0.009 88 Q 0.341 0.332 0.159 0.096 0.045 0.023 0.004 89 R 0.205 0.195 0.198 0.204 0.138 0.054 0.007 90 L 0.133 0.125 0.159 0.250 0.209 0.116 0.009 91 E 0.384 0.290 0.174 0.100 0.035 0.013 0.003 92 E 0.333 0.224 0.171 0.142 0.086 0.038 0.006 93 G 0.323 0.282 0.173 0.116 0.066 0.034 0.006 94 K 0.161 0.252 0.203 0.202 0.126 0.050 0.006 95 V 0.060 0.106 0.186 0.260 0.234 0.138 0.015 96 L 0.033 0.045 0.109 0.241 0.337 0.215 0.019 97 S 0.195 0.238 0.151 0.110 0.134 0.143 0.028 98 D 0.227 0.303 0.254 0.160 0.045 0.009 0.001 99 K 0.411 0.406 0.126 0.043 0.011 0.002 0.001 100 E 0.034 0.104 0.219 0.379 0.218 0.044 0.002 101 I 0.012 0.016 0.037 0.189 0.475 0.259 0.012 102 K 0.150 0.454 0.310 0.076 0.009 0.001 0.001 103 D 0.288 0.523 0.149 0.034 0.004 0.001 0.001 104 M 0.018 0.044 0.117 0.328 0.362 0.126 0.004 105 Y 0.034 0.089 0.226 0.357 0.247 0.045 0.002 106 R 0.487 0.370 0.112 0.026 0.004 0.001 0.001 107 Q 0.406 0.376 0.156 0.051 0.009 0.001 0.001 108 G 0.091 0.183 0.244 0.254 0.162 0.063 0.004 109 K 0.056 0.137 0.235 0.276 0.210 0.077 0.008 110 I 0.024 0.033 0.058 0.150 0.306 0.352 0.078 111 S 0.031 0.085 0.156 0.268 0.259 0.165 0.036 112 F 0.041 0.057 0.077 0.132 0.198 0.362 0.133 113 Y 0.059 0.072 0.108 0.210 0.262 0.232 0.055 114 E 0.076 0.169 0.201 0.222 0.171 0.133 0.027 115 V 0.071 0.072 0.105 0.200 0.271 0.218 0.062 116 W 0.153 0.179 0.184 0.196 0.156 0.110 0.023