; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (May 1, 2004) compiled 07/27/04_17:12:31 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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-.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA H.....KCV.....Y.....C.....D.....N.....A.....K.....R.....L.....L. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA A.....KRL.....L.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA K.....RLL.....T.....V.....Kk10imP.....E.....K.....G.....V.....F. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA D.....SNI.....H.....K.....C.....V.....Y.....C.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....S.....N.....I.....H.....K.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aazA K.....RLL.....T.....V.....K.....Kq10mpE.....K.....G.....V.....F. 1azzA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1azzA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1azzA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....G.....I.....V. 1azzA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....V. 1azzA F.....IDD.....M.....Y.....F.....C.....G.....G.....S.....L.....I. 1azzA A.....LFI.....D.....D.....M.....Y.....F.....C.....G.....G.....S. 1azzA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....G.....I.....V. 1azzA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....Y.....G.....I.....V. 1azzA F.....IDD.....M.....Y.....F.....C.....G.....G.....S.....L.....I. 1azzA A.....LFI.....D.....D.....M.....Y.....F.....C.....G.....G.....S. 1azzA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....G.....I.....V. 1azzA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....G.....I.....V. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-s....L.....R.....S.....D.....L. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-s....L.....R.....S.....D.....L. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1bssA I.....NAL.....Y.....D.....E.....N.....Q.....K.....Y.....D.....V. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1bssA R.....SDL.....I.....N.....A.....L.....Y.....D.....E.....N.....Q. 1bssA R.....SDL.....I.....N.....A.....L.....Y.....D.....E.....N.....Q. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1bssA R.....SDL.....I.....N.....A.....L.....Y.....D.....E.....N.....Q. 1bssA R.....SDL.....I.....N.....A.....L.....Y.....D.....E.....N.....Q. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1bssA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1cfzA I.....LVL.....G.....V.....G.....N.....I.....-.....-.....-.....-. 1cfzA M.....RIL.....V.....L.....G.....V.....-.....-.....G.....N.....I. 1cfzA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1cfzA -.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1cfzA V.....EAL.....E.....Q.....Ry....I.....L.....P.....D.....Y.....V. 1cfzA 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1aazA .-.....--.....-.....-..-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-. 1aazA .-.....--.....-.....-..-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-. 1aazA .-.....--.....-.....-..-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-. 1aazA .A.....EL.....L.....T..K.....L.....G.....R..D.....T.....Q.....I. 1aazA .A.....EL.....L.....T..K.....L.....G.....R..D.....T.....Q.....I. 1aazA .-.....--.....-.....-..-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-. 1aazA .-.....--.....-.....-..-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-. 1aazA .-.....--.....-.....-..-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-. 1aazA .A.....EL.....L.....T..K.....L.....G.....R..D.....T.....Q.....I. 1aazA .A.....EL.....L.....T..K.....L.....G.....R..D.....T.....Q.....I. 1aazA .-.....--.....-.....-..-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-. 1aazA .-.....--.....-.....-..-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-. 1aazA .-.....--.....-.....-..-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-. 1aazA .A.....EL.....L.....T..K.....L.....G.....R..D.....T.....-.....-. 1aazA 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L.....T.....Y.....G.....I.....T.....S.....F.....G.....AA.....A.. 1azzA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1azzA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1azzA L.....T.....Y.....G.....I.....T.....S.....F.....G.....AA.....A.. 1azzA L.....T.....Y.....G.....I.....T.....S.....F.....G.....AA.....A.. 1azzA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1azzA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1bssA S.....I.....H.....A.....H.....Y.....Kdf...V.....E.....GK.....G.. 1bssA S.....I.....H.....A.....H.....Y.....K.....-.....-.....DF.....V.. 1bssA S.....R.....P.....I.....I.....N.....K.....I.....A.....EK.....H.. 1bssA S.....R.....P.....I.....I.....N.....K.....I.....A.....EK.....H.. 1bssA F.....D.....S.....E.....D.....-.....-.....-.....-.....EF.....L.. 1bssA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1bssA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1bssA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1bssA F.....V.....E.....G.....K.....G.....I.....F.....D.....SE.....D.. 1bssA -.....V.....E.....G.....K.....G.....I.....F.....D.....SE.....D.. 1bssA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1bssA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1bssA G.....S.....G.....N.....T.....T.....N.....I.....G.....SI.....H.. 1bssA N.....Ttnig.S.....I.....H.....A.....H.....Y.....K.....DF.....V.. 1bssA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1bssA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1cfzA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1cfzA P.....E.....S.....L.....E.....P.....H.....I.....G.....LT.....P.. 1cfzA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1cfzA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1cfzA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1cfzA 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V.....E.....V.....L.....A.....Q.....L.....Y.....L.....TT.....L.. 1e49P -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1e49P -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1e49P L.....I.....A.....C.....E.....V.....N.....L.....E.....KA.....L.. 1e49P A.....Q.....L.....Y.....L.....T.....T.....L.....A.....IT.....D.. 1e49P -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1e49P -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1fzdA Y.....D.....P.....R.....N.....N.....S.....P.....Y.....EI.....E.. 1fzdA Y.....D.....P.....R.....N.....N.....S.....P.....Y.....EI.....E.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1fzdA I.....E.....N.....G.....V.....V.....W.....V.....S.....--.....-.. 1fzdA I.....E.....N.....G.....V.....V.....W.....V.....S.....--.....-.. 1fzdA L.....R.....A.....V.....R.....M.....K.....I.....R.....PL.....-.. 1fzdA -.....-.....-ra...V.....R.....M.....K.....I.....R.....PL.....-.. 1fzdA -.....-.....A.....V.....R.....M.....K.....I.....R.....PL.....-.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1fzdA -.....-.....-ra...V.....R.....M.....K.....I.....R.....PL.....-.. 1fzdA -.....-.....A.....V.....R.....M.....K.....I.....R.....PL.....-.. 1fzdA I.....E.....N.....G.....V.....V.....W.....V.....S.....--.....-.. 1fzdA I.....E.....N.....G.....V.....V.....W.....V.....S.....--.....-.. 1fzdA L.....R.....A.....V.....R.....M.....K.....I.....R.....P-.....-.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....R.....M.....K.....I.....R.....P-.....-.. 1fzdA -.....-.....A.....V.....R.....M.....K.....I.....R.....P-.....-.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1fzdA L.....EdwagnE.....A.....Y.....A.....E.....Y.....H.....F-.....-.. 1fzdA -.....-.....-.....-.....R.....M.....K.....I.....R.....P-.....-.. 1fzdA -.....-.....A.....V.....R.....M.....K.....I.....R.....PL.....-.. 1g85A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1g85A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1g85A L.....T.....G.....L.....F.....V.....K.....L.....N.....VE.....D.. 1g85A L.....T.....G.....L.....F.....V.....K.....L.....N.....VE.....D.. 1g85A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1g85A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1g85A L.....T.....G.....L.....F.....V.....K.....L.....N.....VE.....D.. 1g85A L.....T.....G.....L.....F.....V.....K.....L.....N.....VE.....D.. 1g85A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.. 1g85A 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