# TARGET T0241 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0241.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.009 0.002 0.001 0.006 0.100 0.881 2 K 0.046 0.023 0.004 0.017 0.157 0.753 3 N 0.084 0.006 0.007 0.039 0.198 0.666 4 V 0.195 0.012 0.018 0.466 0.099 0.209 5 L 0.354 0.007 0.016 0.457 0.074 0.093 6 F 0.406 0.018 0.017 0.393 0.064 0.102 7 Q 0.331 0.009 0.019 0.526 0.039 0.076 8 Y 0.135 0.004 0.011 0.767 0.029 0.055 9 S 0.008 0.001 0.010 0.944 0.009 0.028 10 T 0.001 0.001 0.006 0.986 0.002 0.005 11 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 12 N 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.004 0.996 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 15 M 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.003 0.964 0.022 0.011 17 G 0.003 0.001 0.009 0.810 0.080 0.098 18 Q 0.024 0.033 0.013 0.656 0.146 0.127 19 F 0.080 0.073 0.043 0.351 0.268 0.185 20 E 0.064 0.010 0.068 0.178 0.396 0.284 21 G 0.120 0.004 0.084 0.079 0.376 0.337 22 D 0.346 0.011 0.014 0.018 0.188 0.421 23 L 0.468 0.156 0.002 0.008 0.055 0.310 24 T 0.313 0.042 0.003 0.046 0.073 0.523 25 L 0.002 0.001 0.045 0.929 0.019 0.005 26 K 0.001 0.001 0.049 0.930 0.020 0.001 27 D 0.001 0.001 0.051 0.911 0.035 0.002 28 L 0.005 0.001 0.019 0.918 0.038 0.019 29 K 0.011 0.003 0.014 0.927 0.029 0.017 30 L 0.016 0.003 0.026 0.840 0.079 0.035 31 R 0.014 0.002 0.044 0.480 0.353 0.107 32 G 0.008 0.006 0.030 0.046 0.576 0.334 33 D 0.019 0.005 0.033 0.021 0.653 0.270 34 M 0.141 0.043 0.024 0.014 0.579 0.199 35 G 0.254 0.024 0.012 0.010 0.346 0.354 36 L 0.594 0.008 0.011 0.008 0.152 0.227 37 G 0.672 0.019 0.017 0.011 0.126 0.155 38 T 0.615 0.043 0.025 0.019 0.140 0.157 39 I 0.419 0.010 0.114 0.027 0.275 0.155 40 N 0.251 0.014 0.093 0.019 0.349 0.273 41 D 0.161 0.026 0.036 0.011 0.591 0.176 42 L 0.081 0.024 0.030 0.007 0.649 0.209 43 D 0.101 0.004 0.011 0.002 0.519 0.363 44 G 0.469 0.009 0.013 0.003 0.330 0.177 45 E 0.849 0.006 0.002 0.002 0.042 0.099 46 M 0.969 0.005 0.001 0.002 0.007 0.016 47 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 48 Q 0.959 0.003 0.001 0.001 0.018 0.019 49 M 0.718 0.006 0.003 0.003 0.163 0.107 50 G 0.240 0.003 0.006 0.003 0.539 0.209 51 T 0.195 0.007 0.020 0.005 0.606 0.167 52 K 0.642 0.008 0.015 0.003 0.218 0.114 53 F 0.904 0.006 0.005 0.002 0.036 0.047 54 Y 0.945 0.003 0.002 0.001 0.016 0.034 55 Q 0.951 0.003 0.001 0.001 0.018 0.027 56 I 0.916 0.014 0.001 0.001 0.024 0.045 57 D 0.537 0.020 0.002 0.001 0.414 0.027 58 S 0.082 0.003 0.006 0.002 0.876 0.032 59 T 0.066 0.002 0.002 0.001 0.888 0.041 60 G 0.302 0.015 0.002 0.001 0.625 0.056 61 K 0.755 0.004 0.001 0.001 0.031 0.210 62 L 0.954 0.016 0.001 0.001 0.004 0.025 63 S 0.950 0.002 0.001 0.001 0.010 0.038 64 E 0.939 0.006 0.001 0.001 0.012 0.041 65 L 0.594 0.015 0.001 0.001 0.081 0.309 66 P 0.214 0.016 0.004 0.001 0.652 0.113 67 E 0.021 0.003 0.020 0.004 0.893 0.058 68 S 0.034 0.007 0.031 0.004 0.863 0.060 69 V 0.245 0.039 0.022 0.007 0.584 0.104 70 K 0.467 0.026 0.005 0.005 0.113 0.383 71 T 0.680 0.056 0.006 0.005 0.082 0.171 72 P 0.584 0.007 0.016 0.008 0.126 0.258 73 F 0.800 0.008 0.018 0.008 0.061 0.105 74 A 0.902 0.004 0.006 0.005 0.032 0.052 75 V 0.960 0.001 0.002 0.003 0.013 0.021 76 T 0.930 0.004 0.001 0.002 0.021 0.042 77 T 0.827 0.008 0.002 0.004 0.059 0.102 78 H 0.646 0.007 0.004 0.006 0.124 0.212 79 F 0.351 0.022 0.004 0.008 0.213 0.402 80 E 0.191 0.011 0.007 0.006 0.283 0.502 81 P 0.159 0.008 0.031 0.016 0.338 0.447 82 K 0.326 0.016 0.062 0.027 0.273 0.296 83 E 0.562 0.011 0.049 0.035 0.163 0.179 84 K 0.696 0.008 0.021 0.032 0.092 0.151 85 T 0.732 0.015 0.010 0.034 0.067 0.142 86 T 0.636 0.019 0.009 0.041 0.102 0.193 87 L 0.353 0.014 0.029 0.069 0.229 0.306 88 T 0.154 0.011 0.056 0.040 0.431 0.307 89 N 0.095 0.008 0.077 0.044 0.515 0.261 90 V 0.064 0.016 0.050 0.035 0.432 0.403 91 Q 0.047 0.045 0.021 0.044 0.334 0.509 92 D 0.017 0.008 0.005 0.030 0.124 0.817 93 Y 0.001 0.001 0.023 0.912 0.036 0.028 94 N 0.001 0.001 0.014 0.953 0.024 0.009 95 Q 0.001 0.001 0.012 0.973 0.011 0.004 96 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 97 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 98 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 99 M 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.002 100 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.008 0.002 101 E 0.001 0.001 0.013 0.969 0.014 0.004 102 E 0.001 0.001 0.015 0.914 0.043 0.027 103 K 0.002 0.002 0.015 0.767 0.090 0.124 104 F 0.007 0.014 0.019 0.252 0.324 0.383 105 E 0.013 0.006 0.021 0.059 0.457 0.444 106 N 0.055 0.008 0.033 0.029 0.568 0.306 107 K 0.185 0.020 0.022 0.010 0.481 0.282 108 N 0.445 0.011 0.008 0.006 0.174 0.355 109 V 0.776 0.008 0.004 0.007 0.060 0.145 110 F 0.869 0.005 0.002 0.007 0.029 0.088 111 Y 0.902 0.002 0.002 0.006 0.026 0.062 112 A 0.970 0.001 0.001 0.002 0.009 0.018 113 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 114 K 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 115 L 0.968 0.002 0.001 0.001 0.006 0.023 116 T 0.941 0.003 0.001 0.002 0.017 0.036 117 G 0.793 0.003 0.013 0.003 0.100 0.088 118 T 0.728 0.011 0.012 0.003 0.141 0.104 119 F 0.601 0.006 0.049 0.009 0.248 0.086 120 K 0.472 0.004 0.072 0.022 0.309 0.121 121 M 0.758 0.007 0.020 0.007 0.149 0.059 122 V 0.842 0.003 0.005 0.004 0.089 0.056 123 K 0.883 0.002 0.002 0.003 0.037 0.073 124 A 0.950 0.004 0.001 0.002 0.017 0.026 125 R 0.919 0.003 0.001 0.002 0.029 0.045 126 T 0.822 0.007 0.003 0.003 0.053 0.112 127 V 0.592 0.015 0.006 0.003 0.147 0.237 128 P 0.321 0.014 0.027 0.007 0.318 0.314 129 K 0.118 0.021 0.117 0.018 0.488 0.238 130 Q 0.172 0.051 0.060 0.017 0.486 0.213 131 T 0.122 0.032 0.026 0.023 0.427 0.370 132 R 0.056 0.015 0.009 0.023 0.437 0.461 133 P 0.047 0.036 0.016 0.064 0.425 0.411 134 Y 0.022 0.016 0.024 0.169 0.295 0.474 135 P 0.018 0.005 0.078 0.353 0.277 0.269 136 Q 0.012 0.008 0.090 0.494 0.162 0.235 137 L 0.005 0.002 0.066 0.842 0.048 0.037 138 T 0.005 0.002 0.032 0.931 0.022 0.009 139 E 0.006 0.002 0.040 0.914 0.031 0.007 140 V 0.006 0.001 0.042 0.895 0.041 0.016 141 T 0.007 0.001 0.048 0.866 0.058 0.019 142 K 0.010 0.002 0.044 0.821 0.094 0.030 143 K 0.039 0.004 0.019 0.318 0.315 0.306 144 Q 0.079 0.007 0.013 0.038 0.387 0.476 145 S 0.162 0.017 0.013 0.022 0.286 0.501 146 E 0.344 0.021 0.019 0.026 0.267 0.323 147 F 0.353 0.013 0.032 0.037 0.265 0.300 148 E 0.445 0.024 0.028 0.026 0.201 0.275 149 F 0.438 0.019 0.047 0.030 0.289 0.177 150 K 0.305 0.018 0.049 0.024 0.345 0.260 151 N 0.216 0.008 0.007 0.003 0.320 0.446 152 V 0.288 0.042 0.002 0.001 0.187 0.480 153 K 0.296 0.008 0.001 0.001 0.072 0.623 154 G 0.751 0.005 0.002 0.002 0.039 0.202 155 T 0.902 0.003 0.001 0.002 0.020 0.072 156 L 0.939 0.003 0.001 0.002 0.014 0.040 157 I 0.932 0.002 0.001 0.003 0.017 0.044 158 G 0.878 0.003 0.002 0.002 0.028 0.088 159 F 0.838 0.012 0.003 0.005 0.052 0.090 160 Y 0.598 0.021 0.006 0.009 0.137 0.229 161 T 0.233 0.009 0.012 0.020 0.316 0.411 162 P 0.108 0.012 0.205 0.091 0.437 0.146 163 N 0.073 0.006 0.374 0.171 0.321 0.054 164 Y 0.060 0.009 0.442 0.211 0.246 0.032 165 A 0.077 0.013 0.220 0.344 0.270 0.077 166 A 0.063 0.011 0.107 0.351 0.303 0.165 167 A 0.052 0.007 0.021 0.071 0.399 0.449 168 L 0.131 0.033 0.019 0.037 0.294 0.486 169 N 0.150 0.053 0.019 0.035 0.346 0.398 170 V 0.091 0.024 0.047 0.116 0.426 0.296 171 P 0.097 0.009 0.041 0.055 0.491 0.307 172 G 0.219 0.032 0.038 0.022 0.444 0.245 173 F 0.427 0.032 0.054 0.019 0.260 0.208 174 H 0.535 0.009 0.041 0.015 0.185 0.215 175 L 0.599 0.009 0.063 0.026 0.148 0.154 176 H 0.665 0.019 0.026 0.021 0.122 0.148 177 F 0.653 0.032 0.018 0.024 0.116 0.157 178 I 0.507 0.052 0.009 0.018 0.151 0.263 179 T 0.184 0.039 0.009 0.024 0.589 0.156 180 E 0.033 0.011 0.041 0.056 0.787 0.072 181 D 0.016 0.008 0.049 0.034 0.851 0.042 182 K 0.029 0.029 0.084 0.022 0.798 0.037 183 T 0.086 0.059 0.035 0.029 0.624 0.168 184 S 0.110 0.078 0.031 0.026 0.555 0.199 185 G 0.073 0.014 0.009 0.007 0.570 0.328 186 G 0.110 0.019 0.025 0.004 0.519 0.323 187 H 0.334 0.019 0.015 0.003 0.313 0.316 188 V 0.653 0.017 0.031 0.005 0.180 0.114 189 L 0.719 0.009 0.009 0.001 0.141 0.120 190 N 0.847 0.002 0.003 0.001 0.075 0.072 191 L 0.891 0.006 0.001 0.001 0.040 0.061 192 Q 0.850 0.011 0.001 0.001 0.053 0.085 193 F 0.788 0.007 0.006 0.001 0.121 0.077 194 D 0.678 0.004 0.006 0.001 0.184 0.127 195 N 0.773 0.011 0.003 0.001 0.127 0.086 196 A 0.910 0.002 0.001 0.001 0.033 0.054 197 N 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 198 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 199 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 200 I 0.953 0.002 0.001 0.001 0.009 0.035 201 S 0.813 0.003 0.001 0.001 0.057 0.125 202 P 0.537 0.005 0.003 0.002 0.167 0.285 203 I 0.363 0.009 0.034 0.007 0.375 0.213 204 H 0.264 0.013 0.075 0.009 0.474 0.165 205 E 0.356 0.006 0.077 0.011 0.354 0.196 206 F 0.746 0.007 0.013 0.007 0.106 0.122 207 D 0.852 0.008 0.004 0.005 0.044 0.086 208 V 0.884 0.012 0.002 0.004 0.035 0.063 209 Q 0.838 0.004 0.002 0.003 0.049 0.104 210 L 0.629 0.010 0.004 0.005 0.116 0.236 211 P 0.416 0.023 0.005 0.004 0.246 0.305 212 H 0.125 0.018 0.004 0.005 0.212 0.636 213 T 0.013 0.007 0.006 0.010 0.249 0.714 214 D 0.003 0.005 0.194 0.323 0.348 0.128 215 D 0.002 0.001 0.271 0.458 0.219 0.049 216 F 0.003 0.003 0.333 0.454 0.190 0.016 217 A 0.006 0.003 0.172 0.532 0.223 0.063 218 H 0.015 0.009 0.169 0.292 0.382 0.133 219 S 0.025 0.013 0.173 0.219 0.431 0.139 220 D 0.042 0.039 0.096 0.068 0.472 0.283 221 L 0.057 0.062 0.036 0.045 0.418 0.382 222 T 0.030 0.015 0.013 0.031 0.455 0.456 223 Q 0.006 0.004 0.099 0.259 0.501 0.131 224 V 0.006 0.003 0.111 0.427 0.372 0.080 225 T 0.012 0.004 0.069 0.562 0.243 0.110 226 T 0.004 0.001 0.013 0.935 0.021 0.025 227 S 0.005 0.001 0.011 0.957 0.015 0.011 228 Q 0.005 0.001 0.017 0.950 0.017 0.009 229 V 0.007 0.001 0.015 0.946 0.019 0.012 230 H 0.008 0.001 0.013 0.906 0.043 0.029 231 Q 0.008 0.002 0.009 0.882 0.047 0.053 232 A 0.009 0.002 0.013 0.798 0.078 0.100 233 E 0.013 0.004 0.045 0.718 0.132 0.088 234 S 0.010 0.003 0.115 0.527 0.211 0.132 235 E 0.009 0.005 0.076 0.305 0.239 0.366 236 R 0.008 0.008 0.027 0.123 0.177 0.657 237 K 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.960