# TARGET T0241 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0241.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.004 0.002 0.001 0.004 0.026 0.006 0.957 2 K 0.054 0.013 0.013 0.053 0.037 0.154 0.675 3 N 0.098 0.013 0.046 0.150 0.192 0.196 0.306 4 V 0.312 0.022 0.024 0.321 0.099 0.052 0.169 5 L 0.461 0.015 0.012 0.345 0.021 0.020 0.126 6 F 0.407 0.008 0.018 0.403 0.026 0.024 0.115 7 Q 0.378 0.004 0.015 0.473 0.025 0.033 0.072 8 Y 0.187 0.004 0.019 0.630 0.027 0.059 0.075 9 S 0.074 0.009 0.016 0.695 0.060 0.056 0.090 10 T 0.040 0.005 0.010 0.801 0.042 0.032 0.070 11 I 0.011 0.001 0.009 0.943 0.013 0.010 0.013 12 N 0.014 0.001 0.010 0.950 0.007 0.010 0.008 13 A 0.005 0.001 0.019 0.944 0.005 0.019 0.007 14 L 0.006 0.001 0.025 0.921 0.008 0.030 0.009 15 M 0.007 0.002 0.039 0.850 0.009 0.080 0.013 16 L 0.006 0.001 0.039 0.609 0.016 0.315 0.014 17 G 0.016 0.005 0.054 0.402 0.055 0.358 0.111 18 Q 0.070 0.044 0.060 0.334 0.105 0.147 0.240 19 F 0.130 0.031 0.059 0.271 0.111 0.146 0.252 20 E 0.093 0.008 0.040 0.095 0.226 0.371 0.166 21 G 0.134 0.004 0.024 0.057 0.259 0.370 0.153 22 D 0.395 0.017 0.018 0.063 0.119 0.116 0.271 23 L 0.599 0.088 0.005 0.028 0.058 0.015 0.207 24 T 0.490 0.044 0.002 0.034 0.054 0.006 0.371 25 L 0.004 0.001 0.040 0.943 0.003 0.007 0.003 26 K 0.002 0.001 0.053 0.931 0.002 0.010 0.002 27 D 0.001 0.001 0.076 0.906 0.001 0.014 0.002 28 L 0.003 0.001 0.037 0.941 0.004 0.009 0.004 29 K 0.007 0.001 0.056 0.871 0.007 0.050 0.008 30 L 0.008 0.001 0.043 0.706 0.013 0.221 0.008 31 R 0.013 0.003 0.023 0.476 0.093 0.317 0.075 32 G 0.029 0.009 0.004 0.025 0.347 0.140 0.446 33 D 0.045 0.004 0.006 0.004 0.462 0.085 0.393 34 M 0.308 0.028 0.022 0.011 0.141 0.081 0.409 35 G 0.642 0.013 0.029 0.009 0.064 0.050 0.194 36 L 0.791 0.008 0.016 0.004 0.037 0.024 0.120 37 G 0.726 0.010 0.014 0.004 0.058 0.021 0.168 38 T 0.586 0.024 0.007 0.004 0.061 0.009 0.309 39 I 0.310 0.027 0.073 0.018 0.086 0.059 0.427 40 N 0.159 0.024 0.106 0.013 0.250 0.216 0.232 41 D 0.143 0.019 0.134 0.016 0.165 0.278 0.244 42 L 0.091 0.036 0.055 0.020 0.228 0.245 0.324 43 D 0.123 0.012 0.026 0.026 0.187 0.281 0.345 44 G 0.221 0.014 0.046 0.077 0.300 0.119 0.224 45 E 0.464 0.027 0.027 0.130 0.072 0.024 0.255 46 M 0.624 0.009 0.026 0.153 0.030 0.023 0.135 47 I 0.747 0.022 0.013 0.128 0.017 0.016 0.057 48 Q 0.681 0.012 0.015 0.132 0.015 0.051 0.094 49 M 0.560 0.010 0.012 0.057 0.091 0.117 0.153 50 G 0.168 0.006 0.009 0.013 0.388 0.306 0.111 51 T 0.173 0.004 0.010 0.003 0.363 0.239 0.208 52 K 0.566 0.012 0.028 0.007 0.138 0.045 0.205 53 F 0.794 0.013 0.022 0.005 0.028 0.021 0.116 54 Y 0.896 0.004 0.012 0.004 0.020 0.009 0.054 55 Q 0.914 0.006 0.007 0.002 0.020 0.005 0.047 56 I 0.858 0.028 0.004 0.001 0.014 0.005 0.090 57 D 0.573 0.011 0.013 0.001 0.029 0.055 0.318 58 S 0.153 0.005 0.019 0.001 0.085 0.660 0.076 59 T 0.013 0.001 0.008 0.001 0.106 0.858 0.013 60 G 0.090 0.003 0.004 0.001 0.572 0.210 0.121 61 K 0.550 0.021 0.001 0.001 0.026 0.005 0.397 62 L 0.930 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 63 S 0.953 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.038 64 E 0.920 0.010 0.001 0.001 0.007 0.002 0.060 65 L 0.513 0.021 0.001 0.001 0.018 0.005 0.440 66 P 0.187 0.007 0.004 0.001 0.089 0.058 0.654 67 E 0.009 0.002 0.040 0.005 0.163 0.764 0.018 68 S 0.017 0.002 0.049 0.004 0.268 0.590 0.070 69 V 0.183 0.022 0.042 0.008 0.267 0.086 0.392 70 K 0.435 0.191 0.010 0.005 0.064 0.025 0.270 71 T 0.463 0.010 0.005 0.002 0.111 0.017 0.392 72 P 0.504 0.007 0.010 0.002 0.180 0.059 0.239 73 F 0.741 0.014 0.010 0.002 0.049 0.046 0.138 74 A 0.886 0.004 0.004 0.001 0.023 0.010 0.072 75 V 0.929 0.003 0.002 0.001 0.012 0.002 0.052 76 T 0.930 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.057 77 T 0.916 0.004 0.001 0.001 0.009 0.004 0.065 78 H 0.841 0.007 0.003 0.002 0.029 0.013 0.106 79 F 0.570 0.016 0.004 0.003 0.088 0.016 0.303 80 E 0.337 0.013 0.007 0.004 0.107 0.024 0.507 81 P 0.182 0.009 0.064 0.024 0.155 0.313 0.255 82 K 0.248 0.013 0.078 0.030 0.185 0.255 0.192 83 E 0.493 0.015 0.062 0.035 0.129 0.054 0.213 84 K 0.663 0.015 0.019 0.028 0.043 0.031 0.201 85 T 0.708 0.021 0.013 0.024 0.049 0.023 0.161 86 T 0.702 0.017 0.012 0.026 0.036 0.026 0.182 87 L 0.425 0.025 0.037 0.052 0.071 0.054 0.336 88 T 0.242 0.017 0.084 0.051 0.172 0.100 0.334 89 N 0.128 0.009 0.093 0.056 0.249 0.166 0.299 90 V 0.123 0.018 0.054 0.037 0.171 0.208 0.390 91 Q 0.119 0.048 0.016 0.019 0.232 0.055 0.510 92 D 0.055 0.026 0.003 0.020 0.167 0.016 0.713 93 Y 0.002 0.001 0.032 0.881 0.030 0.023 0.031 94 N 0.001 0.001 0.022 0.936 0.011 0.020 0.010 95 Q 0.001 0.001 0.015 0.956 0.004 0.017 0.007 96 L 0.001 0.001 0.004 0.976 0.004 0.010 0.005 97 T 0.001 0.001 0.002 0.979 0.004 0.010 0.004 98 K 0.001 0.001 0.003 0.972 0.003 0.015 0.005 99 M 0.001 0.001 0.006 0.962 0.004 0.019 0.008 100 L 0.002 0.002 0.013 0.941 0.005 0.028 0.009 101 E 0.002 0.001 0.037 0.835 0.008 0.108 0.009 102 E 0.001 0.001 0.029 0.664 0.021 0.268 0.016 103 K 0.003 0.004 0.034 0.539 0.093 0.237 0.089 104 F 0.013 0.013 0.022 0.121 0.297 0.147 0.387 105 E 0.013 0.008 0.020 0.028 0.283 0.310 0.337 106 N 0.035 0.013 0.022 0.021 0.387 0.123 0.399 107 K 0.062 0.006 0.038 0.029 0.426 0.147 0.293 108 N 0.267 0.018 0.039 0.028 0.198 0.109 0.340 109 V 0.633 0.024 0.024 0.022 0.052 0.023 0.222 110 F 0.692 0.022 0.042 0.021 0.043 0.018 0.162 111 Y 0.772 0.009 0.059 0.015 0.031 0.015 0.099 112 A 0.864 0.005 0.034 0.005 0.021 0.016 0.054 113 V 0.938 0.005 0.005 0.003 0.010 0.007 0.033 114 K 0.957 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.028 115 L 0.930 0.008 0.001 0.001 0.007 0.004 0.050 116 T 0.806 0.005 0.004 0.001 0.062 0.023 0.100 117 G 0.684 0.011 0.005 0.002 0.143 0.035 0.120 118 T 0.769 0.020 0.003 0.001 0.039 0.014 0.153 119 F 0.736 0.009 0.008 0.002 0.039 0.024 0.182 120 K 0.440 0.012 0.045 0.005 0.139 0.254 0.105 121 M 0.376 0.009 0.048 0.004 0.104 0.268 0.191 122 V 0.741 0.007 0.007 0.002 0.032 0.016 0.194 123 K 0.913 0.011 0.001 0.001 0.009 0.003 0.061 124 A 0.912 0.006 0.002 0.001 0.011 0.005 0.062 125 R 0.895 0.004 0.004 0.002 0.018 0.011 0.066 126 T 0.735 0.018 0.006 0.006 0.056 0.017 0.162 127 V 0.369 0.015 0.007 0.007 0.103 0.020 0.478 128 P 0.124 0.013 0.034 0.014 0.254 0.207 0.354 129 K 0.068 0.021 0.052 0.014 0.233 0.274 0.338 130 Q 0.050 0.047 0.027 0.012 0.285 0.086 0.493 131 T 0.029 0.036 0.010 0.010 0.390 0.032 0.493 132 R 0.018 0.015 0.013 0.014 0.147 0.054 0.740 133 P 0.008 0.019 0.024 0.026 0.142 0.104 0.676 134 Y 0.010 0.019 0.029 0.095 0.207 0.085 0.555 135 P 0.002 0.006 0.082 0.524 0.088 0.159 0.140 136 Q 0.002 0.008 0.042 0.604 0.078 0.139 0.127 137 L 0.002 0.004 0.027 0.865 0.024 0.030 0.047 138 T 0.003 0.003 0.011 0.934 0.011 0.011 0.027 139 E 0.005 0.001 0.016 0.929 0.009 0.023 0.017 140 V 0.004 0.001 0.020 0.907 0.014 0.040 0.013 141 T 0.005 0.004 0.026 0.871 0.011 0.061 0.021 142 K 0.008 0.001 0.021 0.541 0.024 0.385 0.020 143 K 0.007 0.002 0.015 0.279 0.049 0.599 0.050 144 Q 0.021 0.007 0.004 0.033 0.324 0.027 0.582 145 S 0.079 0.009 0.009 0.014 0.168 0.028 0.693 146 E 0.534 0.021 0.025 0.027 0.077 0.049 0.268 147 F 0.700 0.015 0.019 0.023 0.035 0.028 0.180 148 E 0.814 0.008 0.009 0.014 0.018 0.010 0.127 149 F 0.638 0.007 0.064 0.028 0.048 0.060 0.155 150 K 0.291 0.019 0.122 0.032 0.193 0.209 0.134 151 N 0.233 0.010 0.090 0.025 0.174 0.225 0.243 152 V 0.512 0.011 0.008 0.011 0.105 0.054 0.298 153 K 0.697 0.007 0.003 0.007 0.102 0.038 0.146 154 G 0.912 0.007 0.002 0.004 0.019 0.006 0.050 155 T 0.949 0.003 0.002 0.004 0.005 0.004 0.032 156 L 0.947 0.005 0.003 0.005 0.007 0.005 0.028 157 I 0.868 0.003 0.008 0.011 0.023 0.013 0.075 158 G 0.734 0.006 0.016 0.013 0.069 0.033 0.129 159 F 0.696 0.011 0.015 0.017 0.066 0.031 0.163 160 Y 0.450 0.069 0.015 0.022 0.118 0.039 0.288 161 T 0.190 0.021 0.016 0.033 0.139 0.032 0.568 162 P 0.012 0.003 0.372 0.239 0.051 0.245 0.079 163 N 0.008 0.003 0.419 0.179 0.052 0.310 0.029 164 Y 0.012 0.008 0.513 0.183 0.032 0.204 0.048 165 A 0.047 0.032 0.208 0.199 0.116 0.176 0.223 166 A 0.069 0.008 0.132 0.117 0.119 0.432 0.123 167 A 0.098 0.015 0.100 0.078 0.141 0.403 0.165 168 L 0.150 0.027 0.045 0.054 0.199 0.117 0.407 169 N 0.188 0.051 0.024 0.029 0.248 0.128 0.333 170 V 0.171 0.030 0.025 0.026 0.199 0.081 0.469 171 P 0.119 0.014 0.041 0.022 0.215 0.288 0.301 172 G 0.256 0.014 0.051 0.023 0.191 0.316 0.149 173 F 0.616 0.019 0.032 0.016 0.069 0.048 0.200 174 H 0.828 0.010 0.011 0.006 0.027 0.017 0.101 175 L 0.903 0.003 0.006 0.003 0.017 0.009 0.059 176 H 0.924 0.007 0.004 0.002 0.013 0.005 0.046 177 F 0.856 0.009 0.003 0.002 0.023 0.005 0.102 178 I 0.747 0.040 0.003 0.003 0.041 0.010 0.157 179 T 0.290 0.014 0.011 0.007 0.066 0.037 0.575 180 E 0.038 0.004 0.024 0.007 0.134 0.733 0.061 181 D 0.031 0.006 0.031 0.009 0.136 0.713 0.073 182 K 0.104 0.014 0.031 0.009 0.352 0.258 0.232 183 T 0.165 0.038 0.020 0.012 0.207 0.206 0.351 184 S 0.291 0.044 0.017 0.008 0.281 0.112 0.247 185 G 0.380 0.015 0.013 0.007 0.181 0.119 0.285 186 G 0.648 0.007 0.006 0.004 0.119 0.032 0.185 187 H 0.829 0.011 0.004 0.003 0.023 0.008 0.123 188 V 0.883 0.005 0.007 0.003 0.020 0.009 0.073 189 L 0.914 0.005 0.006 0.002 0.019 0.004 0.050 190 N 0.895 0.002 0.003 0.001 0.020 0.002 0.077 191 L 0.957 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 192 Q 0.969 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 193 F 0.943 0.003 0.003 0.001 0.006 0.004 0.042 194 D 0.538 0.007 0.030 0.002 0.090 0.295 0.037 195 N 0.408 0.003 0.021 0.001 0.147 0.285 0.136 196 A 0.814 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 0.152 197 N 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 198 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 199 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 200 I 0.947 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.042 201 S 0.671 0.004 0.002 0.001 0.072 0.019 0.231 202 P 0.360 0.014 0.012 0.004 0.244 0.096 0.270 203 I 0.262 0.020 0.048 0.015 0.207 0.132 0.315 204 H 0.326 0.021 0.072 0.020 0.169 0.110 0.281 205 E 0.439 0.011 0.080 0.029 0.160 0.077 0.205 206 F 0.704 0.019 0.019 0.019 0.052 0.026 0.161 207 D 0.824 0.009 0.009 0.016 0.024 0.010 0.108 208 V 0.839 0.009 0.009 0.015 0.017 0.009 0.101 209 Q 0.674 0.015 0.013 0.020 0.060 0.018 0.198 210 L 0.348 0.016 0.006 0.015 0.208 0.011 0.395 211 P 0.159 0.014 0.004 0.010 0.078 0.015 0.721 212 H 0.077 0.032 0.012 0.027 0.070 0.042 0.740 213 T 0.043 0.012 0.023 0.045 0.124 0.064 0.690 214 D 0.017 0.003 0.195 0.261 0.133 0.202 0.189 215 D 0.014 0.007 0.218 0.360 0.127 0.151 0.124 216 F 0.025 0.015 0.225 0.369 0.094 0.131 0.142 217 A 0.033 0.012 0.158 0.391 0.081 0.160 0.166 218 H 0.034 0.012 0.170 0.308 0.095 0.221 0.159 219 S 0.032 0.010 0.178 0.257 0.132 0.190 0.202 220 D 0.025 0.011 0.124 0.195 0.105 0.243 0.296 221 L 0.016 0.023 0.050 0.081 0.216 0.096 0.519 222 T 0.009 0.015 0.016 0.039 0.122 0.052 0.748 223 Q 0.002 0.002 0.156 0.559 0.063 0.146 0.072 224 V 0.002 0.002 0.160 0.559 0.063 0.159 0.054 225 T 0.003 0.005 0.105 0.613 0.069 0.098 0.107 226 T 0.003 0.004 0.038 0.833 0.026 0.040 0.056 227 S 0.005 0.001 0.030 0.887 0.011 0.046 0.020 228 Q 0.007 0.001 0.036 0.874 0.009 0.053 0.019 229 V 0.015 0.004 0.027 0.866 0.017 0.036 0.035 230 H 0.044 0.016 0.021 0.802 0.021 0.040 0.057 231 Q 0.060 0.008 0.025 0.707 0.033 0.091 0.077 232 A 0.039 0.009 0.025 0.599 0.063 0.124 0.141 233 E 0.032 0.008 0.030 0.581 0.063 0.139 0.148 234 S 0.033 0.007 0.037 0.444 0.144 0.182 0.154 235 E 0.026 0.007 0.035 0.312 0.142 0.182 0.295 236 R 0.021 0.009 0.020 0.149 0.018 0.117 0.665 237 K 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.991