# TARGET T0241 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0241.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.691 0.199 0.077 0.027 0.005 0.001 0.001 2 K 0.622 0.272 0.074 0.025 0.006 0.001 0.001 3 N 0.313 0.316 0.188 0.123 0.049 0.009 0.001 4 V 0.084 0.218 0.255 0.251 0.146 0.044 0.003 5 L 0.009 0.019 0.051 0.151 0.294 0.364 0.111 6 F 0.007 0.015 0.033 0.096 0.221 0.419 0.209 7 Q 0.009 0.015 0.027 0.071 0.193 0.427 0.257 8 Y 0.012 0.042 0.090 0.149 0.223 0.314 0.170 9 S 0.016 0.049 0.083 0.191 0.228 0.269 0.164 10 T 0.009 0.021 0.033 0.082 0.174 0.339 0.343 11 I 0.010 0.014 0.021 0.067 0.185 0.431 0.272 12 N 0.041 0.114 0.179 0.250 0.239 0.146 0.032 13 A 0.040 0.081 0.146 0.237 0.255 0.203 0.039 14 L 0.038 0.048 0.045 0.092 0.208 0.439 0.130 15 M 0.032 0.066 0.118 0.257 0.305 0.189 0.033 16 L 0.140 0.317 0.273 0.166 0.070 0.028 0.005 17 G 0.099 0.187 0.219 0.249 0.172 0.065 0.009 18 Q 0.076 0.151 0.195 0.244 0.200 0.116 0.017 19 F 0.070 0.091 0.140 0.239 0.285 0.154 0.021 20 E 0.158 0.346 0.249 0.164 0.062 0.018 0.003 21 G 0.046 0.105 0.150 0.262 0.263 0.153 0.019 22 D 0.063 0.248 0.317 0.223 0.107 0.038 0.004 23 L 0.041 0.103 0.163 0.279 0.272 0.129 0.013 24 T 0.069 0.214 0.238 0.255 0.159 0.058 0.007 25 L 0.015 0.039 0.090 0.263 0.387 0.194 0.012 26 K 0.148 0.451 0.254 0.110 0.031 0.006 0.001 27 D 0.120 0.332 0.336 0.169 0.038 0.006 0.001 28 L 0.023 0.051 0.102 0.294 0.404 0.122 0.003 29 K 0.091 0.277 0.298 0.240 0.082 0.011 0.001 30 L 0.538 0.386 0.061 0.012 0.002 0.001 0.001 31 R 0.074 0.237 0.342 0.244 0.086 0.015 0.001 32 G 0.104 0.196 0.253 0.247 0.149 0.046 0.004 33 D 0.096 0.201 0.205 0.218 0.184 0.081 0.014 34 M 0.056 0.063 0.099 0.188 0.244 0.258 0.092 35 G 0.022 0.045 0.062 0.140 0.223 0.329 0.180 36 L 0.007 0.010 0.021 0.046 0.104 0.323 0.489 37 G 0.013 0.021 0.034 0.084 0.181 0.319 0.350 38 T 0.024 0.092 0.163 0.233 0.205 0.182 0.101 39 I 0.012 0.027 0.049 0.134 0.290 0.346 0.142 40 N 0.099 0.283 0.247 0.201 0.115 0.045 0.010 41 D 0.083 0.241 0.272 0.228 0.123 0.046 0.007 42 L 0.018 0.026 0.064 0.177 0.305 0.345 0.066 43 D 0.020 0.090 0.155 0.255 0.258 0.187 0.036 44 G 0.009 0.019 0.046 0.106 0.200 0.373 0.248 45 E 0.002 0.007 0.017 0.052 0.154 0.362 0.405 46 M 0.002 0.004 0.009 0.028 0.088 0.336 0.533 47 I 0.004 0.009 0.021 0.047 0.098 0.326 0.496 48 Q 0.005 0.008 0.016 0.044 0.106 0.387 0.433 49 M 0.006 0.011 0.022 0.065 0.191 0.425 0.279 50 G 0.037 0.093 0.176 0.239 0.244 0.165 0.046 51 T 0.041 0.116 0.167 0.234 0.223 0.172 0.049 52 K 0.048 0.163 0.252 0.275 0.165 0.081 0.016 53 F 0.026 0.043 0.096 0.187 0.318 0.291 0.039 54 Y 0.024 0.065 0.123 0.225 0.284 0.239 0.041 55 Q 0.046 0.108 0.171 0.225 0.257 0.176 0.016 56 I 0.022 0.047 0.097 0.253 0.365 0.202 0.014 57 D 0.172 0.354 0.277 0.145 0.042 0.009 0.001 58 S 0.350 0.277 0.198 0.122 0.042 0.009 0.001 59 T 0.544 0.274 0.105 0.051 0.019 0.005 0.001 60 G 0.392 0.248 0.172 0.128 0.049 0.009 0.001 61 K 0.383 0.355 0.175 0.063 0.019 0.004 0.001 62 L 0.046 0.103 0.199 0.345 0.241 0.064 0.003 63 S 0.120 0.328 0.287 0.186 0.067 0.011 0.001 64 E 0.141 0.367 0.294 0.152 0.041 0.005 0.001 65 L 0.028 0.075 0.191 0.433 0.245 0.027 0.001 66 P 0.520 0.363 0.092 0.022 0.003 0.001 0.001 67 E 0.681 0.263 0.045 0.010 0.001 0.001 0.001 68 S 0.593 0.302 0.079 0.021 0.003 0.001 0.001 69 V 0.121 0.233 0.261 0.253 0.115 0.016 0.001 70 K 0.103 0.326 0.296 0.197 0.067 0.011 0.001 71 T 0.024 0.066 0.128 0.258 0.305 0.200 0.018 72 P 0.014 0.060 0.127 0.255 0.301 0.207 0.037 73 F 0.008 0.029 0.074 0.158 0.280 0.347 0.103 74 A 0.004 0.010 0.025 0.079 0.192 0.461 0.227 75 V 0.007 0.031 0.075 0.161 0.262 0.356 0.107 76 T 0.007 0.018 0.043 0.104 0.246 0.432 0.150 77 T 0.022 0.096 0.184 0.287 0.248 0.138 0.024 78 H 0.075 0.232 0.271 0.235 0.132 0.050 0.006 79 F 0.048 0.130 0.197 0.303 0.236 0.081 0.006 80 E 0.246 0.383 0.228 0.106 0.031 0.006 0.001 81 P 0.154 0.193 0.234 0.259 0.129 0.029 0.001 82 K 0.420 0.364 0.147 0.053 0.015 0.003 0.001 83 E 0.270 0.286 0.210 0.155 0.066 0.013 0.001 84 K 0.234 0.323 0.243 0.140 0.048 0.011 0.001 85 T 0.142 0.169 0.216 0.267 0.162 0.043 0.002 86 T 0.357 0.328 0.180 0.095 0.033 0.006 0.001 87 L 0.238 0.224 0.214 0.198 0.103 0.021 0.001 88 T 0.490 0.282 0.135 0.069 0.021 0.004 0.001 89 N 0.433 0.319 0.144 0.073 0.025 0.006 0.001 90 V 0.436 0.282 0.147 0.093 0.034 0.008 0.001 91 Q 0.168 0.201 0.236 0.225 0.135 0.033 0.001 92 D 0.431 0.377 0.132 0.047 0.010 0.001 0.001 93 Y 0.143 0.282 0.321 0.197 0.051 0.006 0.001 94 N 0.805 0.174 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 95 Q 0.168 0.478 0.266 0.074 0.012 0.001 0.001 96 L 0.015 0.033 0.100 0.326 0.435 0.088 0.001 97 T 0.049 0.319 0.391 0.199 0.038 0.003 0.001 98 K 0.350 0.541 0.092 0.014 0.002 0.001 0.001 99 M 0.015 0.086 0.291 0.419 0.165 0.023 0.001 100 L 0.010 0.017 0.062 0.275 0.460 0.170 0.006 101 E 0.255 0.447 0.195 0.077 0.021 0.004 0.001 102 E 0.390 0.421 0.142 0.037 0.008 0.001 0.001 103 K 0.107 0.241 0.275 0.239 0.108 0.028 0.003 104 F 0.073 0.126 0.205 0.291 0.235 0.066 0.004 105 E 0.497 0.277 0.114 0.071 0.031 0.008 0.001 106 N 0.170 0.205 0.181 0.189 0.167 0.078 0.010 107 K 0.116 0.203 0.219 0.250 0.145 0.056 0.010 108 N 0.085 0.108 0.105 0.160 0.237 0.237 0.067 109 V 0.024 0.042 0.070 0.162 0.240 0.316 0.146 110 F 0.044 0.054 0.073 0.135 0.208 0.327 0.159 111 Y 0.027 0.059 0.067 0.118 0.199 0.319 0.211 112 A 0.015 0.021 0.036 0.085 0.175 0.410 0.257 113 V 0.009 0.025 0.050 0.098 0.143 0.319 0.355 114 K 0.015 0.064 0.146 0.259 0.222 0.195 0.100 115 L 0.006 0.012 0.021 0.081 0.312 0.466 0.100 116 T 0.041 0.180 0.317 0.272 0.147 0.038 0.005 117 G 0.083 0.208 0.229 0.262 0.140 0.070 0.009 118 T 0.156 0.360 0.257 0.156 0.060 0.011 0.001 119 F 0.046 0.078 0.143 0.347 0.302 0.081 0.003 120 K 0.342 0.445 0.162 0.041 0.008 0.001 0.001 121 M 0.283 0.376 0.227 0.092 0.019 0.003 0.001 122 V 0.083 0.131 0.180 0.281 0.248 0.074 0.003 123 K 0.176 0.301 0.266 0.175 0.068 0.013 0.001 124 A 0.191 0.171 0.168 0.205 0.167 0.087 0.011 125 R 0.206 0.243 0.221 0.180 0.103 0.041 0.005 126 T 0.173 0.183 0.174 0.198 0.164 0.093 0.016 127 V 0.237 0.185 0.171 0.192 0.137 0.065 0.012 128 P 0.414 0.263 0.157 0.097 0.045 0.019 0.004 129 K 0.332 0.229 0.169 0.138 0.082 0.041 0.009 130 Q 0.222 0.196 0.171 0.180 0.141 0.076 0.013 131 T 0.262 0.231 0.185 0.163 0.104 0.049 0.006 132 R 0.204 0.252 0.210 0.187 0.102 0.039 0.006 133 P 0.162 0.212 0.193 0.213 0.154 0.060 0.005 134 Y 0.142 0.188 0.260 0.251 0.129 0.029 0.002 135 P 0.573 0.299 0.091 0.029 0.006 0.001 0.001 136 Q 0.448 0.281 0.161 0.080 0.024 0.005 0.001 137 L 0.155 0.109 0.129 0.242 0.256 0.104 0.005 138 T 0.254 0.324 0.246 0.128 0.041 0.007 0.001 139 E 0.401 0.394 0.154 0.042 0.008 0.001 0.001 140 V 0.193 0.195 0.195 0.227 0.148 0.040 0.002 141 T 0.202 0.211 0.243 0.224 0.097 0.022 0.002 142 K 0.547 0.319 0.099 0.028 0.006 0.001 0.001 143 K 0.459 0.294 0.148 0.070 0.024 0.004 0.001 144 Q 0.212 0.215 0.217 0.211 0.113 0.030 0.002 145 S 0.403 0.291 0.159 0.101 0.037 0.008 0.001 146 E 0.318 0.318 0.206 0.109 0.039 0.009 0.001 147 F 0.146 0.165 0.173 0.254 0.192 0.065 0.006 148 E 0.355 0.349 0.175 0.085 0.029 0.007 0.001 149 F 0.206 0.189 0.185 0.236 0.140 0.040 0.003 150 K 0.542 0.315 0.099 0.034 0.008 0.002 0.001 151 N 0.274 0.272 0.212 0.154 0.072 0.016 0.001 152 V 0.121 0.180 0.205 0.264 0.175 0.053 0.003 153 K 0.141 0.356 0.288 0.160 0.046 0.010 0.001 154 G 0.012 0.042 0.079 0.212 0.363 0.252 0.040 155 T 0.007 0.052 0.141 0.274 0.302 0.191 0.034 156 L 0.003 0.005 0.012 0.042 0.135 0.421 0.382 157 I 0.005 0.010 0.022 0.054 0.116 0.340 0.454 158 G 0.007 0.016 0.030 0.056 0.104 0.330 0.456 159 F 0.003 0.008 0.018 0.049 0.118 0.343 0.462 160 Y 0.007 0.023 0.045 0.117 0.226 0.331 0.252 161 T 0.010 0.040 0.070 0.159 0.245 0.293 0.183 162 P 0.019 0.054 0.106 0.208 0.286 0.225 0.102 163 N 0.041 0.122 0.193 0.215 0.204 0.156 0.070 164 Y 0.032 0.054 0.097 0.185 0.254 0.283 0.094 165 A 0.059 0.076 0.089 0.156 0.264 0.271 0.086 166 A 0.080 0.219 0.227 0.228 0.133 0.085 0.029 167 A 0.075 0.118 0.134 0.190 0.212 0.184 0.088 168 L 0.053 0.079 0.090 0.144 0.217 0.260 0.156 169 N 0.086 0.107 0.104 0.160 0.185 0.209 0.148 170 V 0.028 0.028 0.046 0.094 0.157 0.285 0.361 171 P 0.016 0.039 0.050 0.082 0.139 0.298 0.377 172 G 0.007 0.021 0.046 0.090 0.156 0.284 0.396 173 F 0.004 0.010 0.018 0.049 0.114 0.286 0.519 174 H 0.004 0.014 0.023 0.058 0.122 0.270 0.510 175 L 0.004 0.011 0.030 0.078 0.139 0.327 0.410 176 H 0.008 0.026 0.045 0.111 0.181 0.325 0.304 177 F 0.008 0.014 0.029 0.083 0.182 0.341 0.342 178 I 0.004 0.009 0.018 0.060 0.202 0.451 0.256 179 T 0.021 0.093 0.161 0.268 0.255 0.148 0.054 180 E 0.075 0.188 0.216 0.223 0.165 0.097 0.037 181 D 0.191 0.293 0.227 0.166 0.083 0.034 0.006 182 K 0.145 0.221 0.232 0.236 0.127 0.035 0.004 183 T 0.392 0.317 0.162 0.078 0.035 0.012 0.002 184 S 0.259 0.258 0.208 0.153 0.080 0.036 0.006 185 G 0.114 0.180 0.199 0.230 0.173 0.088 0.017 186 G 0.088 0.141 0.166 0.211 0.213 0.137 0.044 187 H 0.039 0.086 0.128 0.202 0.249 0.228 0.068 188 V 0.014 0.018 0.036 0.087 0.172 0.400 0.273 189 L 0.009 0.031 0.061 0.147 0.255 0.357 0.141 190 N 0.016 0.076 0.199 0.281 0.236 0.167 0.025 191 L 0.009 0.029 0.048 0.152 0.336 0.375 0.050 192 Q 0.048 0.260 0.347 0.251 0.079 0.015 0.001 193 F 0.020 0.066 0.156 0.355 0.319 0.080 0.004 194 D 0.401 0.458 0.117 0.022 0.002 0.001 0.001 195 N 0.416 0.484 0.083 0.015 0.002 0.001 0.001 196 A 0.009 0.061 0.186 0.395 0.293 0.055 0.001 197 N 0.028 0.257 0.412 0.238 0.058 0.007 0.001 198 L 0.004 0.013 0.038 0.155 0.410 0.352 0.029 199 E 0.012 0.123 0.302 0.350 0.172 0.039 0.001 200 I 0.003 0.013 0.045 0.195 0.455 0.279 0.011 201 S 0.030 0.225 0.304 0.249 0.139 0.049 0.004 202 P 0.075 0.255 0.276 0.262 0.102 0.028 0.002 203 I 0.037 0.122 0.193 0.281 0.259 0.102 0.006 204 H 0.171 0.332 0.244 0.159 0.073 0.020 0.001 205 E 0.194 0.368 0.254 0.126 0.043 0.014 0.001 206 F 0.021 0.036 0.091 0.247 0.354 0.231 0.020 207 D 0.069 0.179 0.256 0.262 0.179 0.051 0.003 208 V 0.085 0.184 0.175 0.192 0.217 0.132 0.014 209 Q 0.042 0.123 0.269 0.329 0.165 0.066 0.006 210 L 0.018 0.032 0.075 0.213 0.360 0.278 0.024 211 P 0.122 0.230 0.247 0.207 0.138 0.050 0.005 212 H 0.320 0.270 0.191 0.139 0.061 0.018 0.002 213 T 0.489 0.286 0.138 0.064 0.018 0.004 0.001 214 D 0.619 0.259 0.080 0.031 0.009 0.002 0.001 215 D 0.546 0.277 0.113 0.048 0.013 0.003 0.001 216 F 0.189 0.183 0.225 0.232 0.136 0.032 0.002 217 A 0.155 0.204 0.239 0.232 0.133 0.034 0.002 218 H 0.345 0.320 0.191 0.099 0.036 0.009 0.001 219 S 0.193 0.254 0.239 0.203 0.089 0.020 0.001 220 D 0.388 0.350 0.160 0.073 0.023 0.005 0.001 221 L 0.076 0.121 0.235 0.314 0.204 0.047 0.002 222 T 0.479 0.339 0.127 0.043 0.010 0.001 0.001 223 Q 0.435 0.295 0.165 0.082 0.021 0.003 0.001 224 V 0.756 0.193 0.040 0.010 0.002 0.001 0.001 225 T 0.560 0.294 0.104 0.034 0.008 0.001 0.001 226 T 0.207 0.186 0.221 0.253 0.118 0.014 0.001 227 S 0.555 0.292 0.112 0.033 0.006 0.001 0.001 228 Q 0.598 0.292 0.082 0.022 0.004 0.001 0.001 229 V 0.274 0.243 0.234 0.179 0.062 0.008 0.001 230 H 0.234 0.194 0.243 0.220 0.095 0.013 0.001 231 Q 0.598 0.275 0.094 0.026 0.006 0.001 0.001 232 A 0.472 0.222 0.158 0.111 0.034 0.003 0.001 233 E 0.688 0.216 0.069 0.022 0.004 0.001 0.001 234 S 0.786 0.149 0.046 0.015 0.003 0.001 0.001 235 E 0.819 0.123 0.036 0.017 0.005 0.001 0.001 236 R 0.807 0.123 0.045 0.019 0.005 0.001 0.001 237 K 0.833 0.120 0.033 0.011 0.002 0.001 0.001