# TARGET T0241 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0241.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.6698 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.023 0.009 0.018 0.011 0.491 0.449 2 K 0.050 0.014 0.020 0.014 0.575 0.328 3 N 0.088 0.006 0.017 0.017 0.538 0.334 4 V 0.587 0.018 0.010 0.032 0.159 0.193 5 L 0.852 0.009 0.005 0.070 0.021 0.042 6 F 0.842 0.007 0.006 0.105 0.011 0.030 7 Q 0.567 0.004 0.008 0.262 0.031 0.128 8 Y 0.177 0.004 0.014 0.475 0.066 0.265 9 S 0.086 0.005 0.035 0.530 0.119 0.225 10 T 0.029 0.005 0.029 0.814 0.053 0.069 11 I 0.004 0.001 0.008 0.975 0.009 0.004 12 N 0.002 0.001 0.008 0.980 0.008 0.002 13 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 14 L 0.002 0.001 0.009 0.964 0.016 0.008 15 M 0.003 0.002 0.011 0.926 0.039 0.019 16 L 0.006 0.001 0.018 0.857 0.070 0.048 17 G 0.021 0.002 0.039 0.359 0.245 0.333 18 Q 0.067 0.010 0.067 0.189 0.313 0.354 19 F 0.164 0.034 0.045 0.171 0.299 0.286 20 E 0.125 0.016 0.015 0.086 0.382 0.376 21 G 0.070 0.003 0.009 0.018 0.323 0.578 22 D 0.277 0.014 0.015 0.032 0.259 0.403 23 L 0.468 0.077 0.003 0.015 0.111 0.325 24 T 0.278 0.039 0.001 0.027 0.038 0.616 25 L 0.002 0.001 0.013 0.978 0.003 0.004 26 K 0.002 0.001 0.020 0.973 0.004 0.002 27 D 0.001 0.001 0.024 0.970 0.004 0.001 28 L 0.003 0.001 0.017 0.964 0.010 0.005 29 K 0.003 0.001 0.014 0.950 0.022 0.010 30 L 0.008 0.003 0.014 0.849 0.075 0.050 31 R 0.014 0.013 0.014 0.420 0.238 0.301 32 G 0.014 0.012 0.014 0.042 0.477 0.441 33 D 0.026 0.009 0.023 0.007 0.531 0.405 34 M 0.125 0.033 0.055 0.025 0.486 0.278 35 G 0.212 0.022 0.050 0.036 0.394 0.286 36 L 0.295 0.019 0.066 0.069 0.283 0.269 37 G 0.265 0.046 0.041 0.060 0.290 0.298 38 T 0.206 0.051 0.038 0.059 0.397 0.249 39 I 0.106 0.026 0.106 0.078 0.486 0.198 40 N 0.073 0.009 0.111 0.064 0.534 0.209 41 D 0.106 0.024 0.126 0.093 0.544 0.106 42 L 0.133 0.042 0.019 0.043 0.484 0.279 43 D 0.100 0.010 0.010 0.029 0.451 0.399 44 G 0.305 0.009 0.021 0.082 0.341 0.243 45 E 0.621 0.012 0.016 0.072 0.116 0.162 46 M 0.832 0.007 0.025 0.056 0.036 0.045 47 I 0.877 0.005 0.010 0.034 0.019 0.055 48 Q 0.861 0.009 0.006 0.023 0.077 0.024 49 M 0.596 0.009 0.006 0.013 0.339 0.037 50 G 0.133 0.004 0.003 0.004 0.786 0.070 51 T 0.197 0.004 0.003 0.002 0.714 0.080 52 K 0.723 0.006 0.003 0.002 0.139 0.127 53 F 0.945 0.005 0.002 0.002 0.015 0.031 54 Y 0.963 0.003 0.001 0.001 0.009 0.022 55 Q 0.963 0.002 0.001 0.001 0.009 0.026 56 I 0.911 0.009 0.001 0.001 0.021 0.057 57 D 0.550 0.013 0.005 0.001 0.408 0.022 58 S 0.146 0.004 0.015 0.003 0.802 0.031 59 T 0.026 0.002 0.011 0.002 0.930 0.030 60 G 0.240 0.010 0.005 0.001 0.685 0.059 61 K 0.640 0.012 0.003 0.001 0.074 0.270 62 L 0.898 0.034 0.004 0.001 0.019 0.043 63 S 0.912 0.005 0.004 0.001 0.022 0.056 64 E 0.891 0.005 0.004 0.001 0.024 0.075 65 L 0.596 0.038 0.003 0.002 0.082 0.279 66 P 0.231 0.014 0.011 0.004 0.656 0.084 67 E 0.050 0.002 0.048 0.007 0.833 0.060 68 S 0.028 0.002 0.062 0.006 0.861 0.041 69 V 0.315 0.032 0.029 0.004 0.562 0.058 70 K 0.562 0.047 0.004 0.003 0.081 0.304 71 T 0.423 0.021 0.003 0.001 0.201 0.350 72 P 0.312 0.002 0.011 0.002 0.281 0.393 73 F 0.814 0.005 0.005 0.001 0.062 0.112 74 A 0.955 0.002 0.003 0.001 0.019 0.021 75 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 76 T 0.967 0.002 0.001 0.001 0.011 0.018 77 T 0.861 0.003 0.002 0.003 0.046 0.085 78 H 0.570 0.004 0.004 0.004 0.166 0.252 79 F 0.331 0.016 0.007 0.005 0.232 0.410 80 E 0.214 0.014 0.008 0.005 0.317 0.442 81 P 0.137 0.012 0.042 0.018 0.463 0.328 82 K 0.129 0.011 0.076 0.025 0.446 0.313 83 E 0.312 0.015 0.084 0.036 0.311 0.242 84 K 0.471 0.013 0.029 0.037 0.148 0.302 85 T 0.583 0.018 0.016 0.024 0.099 0.260 86 T 0.561 0.017 0.012 0.020 0.108 0.282 87 L 0.369 0.014 0.045 0.070 0.230 0.273 88 T 0.249 0.012 0.054 0.046 0.352 0.287 89 N 0.150 0.008 0.058 0.034 0.450 0.300 90 V 0.186 0.023 0.046 0.041 0.335 0.369 91 Q 0.141 0.047 0.012 0.031 0.212 0.558 92 D 0.060 0.015 0.004 0.045 0.098 0.777 93 Y 0.001 0.001 0.013 0.973 0.006 0.007 94 N 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 95 Q 0.001 0.001 0.007 0.989 0.002 0.001 96 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 97 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 98 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 99 M 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 100 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 101 E 0.001 0.001 0.012 0.969 0.012 0.006 102 E 0.001 0.001 0.017 0.944 0.024 0.014 103 K 0.001 0.002 0.018 0.823 0.067 0.090 104 F 0.002 0.006 0.046 0.473 0.274 0.199 105 E 0.005 0.003 0.059 0.131 0.512 0.290 106 N 0.011 0.002 0.080 0.084 0.487 0.336 107 K 0.102 0.015 0.081 0.174 0.392 0.236 108 N 0.284 0.015 0.026 0.073 0.220 0.382 109 V 0.720 0.012 0.015 0.041 0.068 0.144 110 F 0.869 0.002 0.009 0.014 0.034 0.073 111 Y 0.920 0.001 0.007 0.008 0.024 0.040 112 A 0.964 0.001 0.003 0.007 0.009 0.018 113 V 0.969 0.001 0.001 0.006 0.006 0.018 114 K 0.972 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 115 L 0.937 0.002 0.001 0.006 0.015 0.040 116 T 0.777 0.003 0.001 0.009 0.076 0.133 117 G 0.752 0.005 0.003 0.003 0.085 0.152 118 T 0.797 0.008 0.005 0.003 0.055 0.132 119 F 0.849 0.004 0.019 0.005 0.069 0.053 120 K 0.779 0.001 0.017 0.007 0.107 0.088 121 M 0.885 0.002 0.009 0.008 0.052 0.045 122 V 0.961 0.002 0.001 0.004 0.014 0.017 123 K 0.979 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 124 A 0.974 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 125 R 0.928 0.002 0.001 0.003 0.019 0.047 126 T 0.780 0.008 0.001 0.003 0.054 0.154 127 V 0.444 0.012 0.006 0.004 0.206 0.327 128 P 0.310 0.014 0.037 0.013 0.347 0.278 129 K 0.263 0.022 0.076 0.028 0.347 0.263 130 Q 0.231 0.039 0.051 0.018 0.366 0.295 131 T 0.175 0.030 0.018 0.020 0.297 0.460 132 R 0.058 0.014 0.009 0.010 0.280 0.628 133 P 0.012 0.009 0.005 0.017 0.218 0.739 134 Y 0.011 0.012 0.010 0.052 0.185 0.730 135 P 0.010 0.010 0.019 0.205 0.222 0.534 136 Q 0.007 0.012 0.038 0.523 0.156 0.264 137 L 0.002 0.001 0.055 0.893 0.030 0.019 138 T 0.005 0.002 0.052 0.902 0.028 0.013 139 E 0.010 0.001 0.089 0.819 0.057 0.023 140 V 0.020 0.008 0.041 0.802 0.064 0.064 141 T 0.017 0.007 0.039 0.704 0.209 0.024 142 K 0.008 0.002 0.038 0.626 0.279 0.046 143 K 0.005 0.003 0.027 0.412 0.390 0.164 144 Q 0.025 0.012 0.014 0.032 0.670 0.248 145 S 0.044 0.004 0.016 0.020 0.255 0.661 146 E 0.308 0.033 0.058 0.036 0.272 0.293 147 F 0.637 0.018 0.038 0.018 0.146 0.143 148 E 0.763 0.021 0.027 0.013 0.066 0.109 149 F 0.461 0.014 0.147 0.031 0.300 0.047 150 K 0.315 0.004 0.137 0.026 0.431 0.087 151 N 0.205 0.004 0.102 0.020 0.557 0.112 152 V 0.512 0.031 0.009 0.006 0.285 0.157 153 K 0.677 0.009 0.002 0.004 0.071 0.236 154 G 0.925 0.005 0.001 0.001 0.019 0.049 155 T 0.971 0.003 0.001 0.001 0.009 0.017 156 L 0.968 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 157 I 0.935 0.003 0.002 0.003 0.020 0.037 158 G 0.824 0.003 0.004 0.007 0.059 0.104 159 F 0.652 0.010 0.007 0.032 0.102 0.197 160 Y 0.389 0.039 0.009 0.046 0.137 0.380 161 T 0.146 0.015 0.014 0.043 0.201 0.581 162 P 0.042 0.004 0.189 0.349 0.252 0.164 163 N 0.035 0.008 0.307 0.305 0.244 0.101 164 Y 0.035 0.011 0.326 0.451 0.142 0.035 165 A 0.077 0.015 0.148 0.428 0.241 0.092 166 A 0.069 0.010 0.135 0.401 0.246 0.139 167 A 0.125 0.014 0.111 0.234 0.311 0.205 168 L 0.179 0.037 0.071 0.176 0.278 0.258 169 N 0.153 0.040 0.043 0.104 0.317 0.343 170 V 0.156 0.028 0.025 0.060 0.489 0.242 171 P 0.180 0.014 0.023 0.030 0.522 0.231 172 G 0.272 0.011 0.040 0.036 0.490 0.152 173 F 0.553 0.018 0.031 0.024 0.255 0.119 174 H 0.769 0.014 0.017 0.017 0.089 0.094 175 L 0.849 0.006 0.019 0.014 0.051 0.062 176 H 0.883 0.004 0.012 0.013 0.038 0.050 177 F 0.897 0.004 0.008 0.013 0.032 0.046 178 I 0.811 0.018 0.005 0.011 0.053 0.101 179 T 0.514 0.028 0.008 0.013 0.350 0.088 180 E 0.114 0.010 0.079 0.023 0.680 0.095 181 D 0.055 0.006 0.135 0.021 0.698 0.085 182 K 0.089 0.019 0.133 0.014 0.684 0.062 183 T 0.150 0.018 0.031 0.014 0.430 0.358 184 S 0.309 0.053 0.014 0.014 0.330 0.279 185 G 0.384 0.017 0.007 0.005 0.295 0.293 186 G 0.673 0.017 0.010 0.004 0.107 0.190 187 H 0.822 0.012 0.011 0.003 0.060 0.092 188 V 0.853 0.006 0.021 0.004 0.059 0.057 189 L 0.856 0.003 0.012 0.006 0.064 0.059 190 N 0.832 0.003 0.010 0.007 0.087 0.061 191 L 0.919 0.005 0.002 0.003 0.031 0.041 192 Q 0.944 0.006 0.001 0.002 0.014 0.034 193 F 0.908 0.007 0.008 0.002 0.064 0.010 194 D 0.715 0.003 0.017 0.002 0.240 0.023 195 N 0.516 0.001 0.026 0.005 0.408 0.044 196 A 0.892 0.004 0.001 0.001 0.085 0.017 197 N 0.968 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 198 L 0.988 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 199 E 0.967 0.002 0.001 0.001 0.012 0.018 200 I 0.881 0.005 0.001 0.001 0.040 0.072 201 S 0.588 0.004 0.005 0.001 0.194 0.209 202 P 0.451 0.010 0.021 0.002 0.270 0.247 203 I 0.405 0.014 0.127 0.005 0.282 0.166 204 H 0.494 0.011 0.136 0.005 0.220 0.133 205 E 0.539 0.006 0.099 0.007 0.182 0.167 206 F 0.704 0.009 0.016 0.006 0.097 0.169 207 D 0.834 0.004 0.004 0.003 0.039 0.117 208 V 0.899 0.008 0.002 0.002 0.020 0.069 209 Q 0.821 0.011 0.002 0.003 0.034 0.129 210 L 0.515 0.016 0.004 0.002 0.086 0.377 211 P 0.254 0.011 0.005 0.003 0.276 0.451 212 H 0.086 0.017 0.019 0.011 0.375 0.490 213 T 0.056 0.023 0.020 0.024 0.490 0.388 214 D 0.031 0.014 0.050 0.051 0.538 0.316 215 D 0.017 0.007 0.182 0.258 0.392 0.144 216 F 0.023 0.015 0.195 0.310 0.368 0.089 217 A 0.032 0.018 0.144 0.333 0.340 0.134 218 H 0.045 0.014 0.146 0.270 0.304 0.221 219 S 0.042 0.017 0.117 0.266 0.303 0.255 220 D 0.027 0.017 0.101 0.256 0.276 0.323 221 L 0.015 0.018 0.063 0.295 0.238 0.372 222 T 0.015 0.010 0.045 0.328 0.234 0.368 223 Q 0.004 0.002 0.100 0.635 0.179 0.080 224 V 0.006 0.005 0.078 0.613 0.186 0.112 225 T 0.006 0.006 0.052 0.766 0.091 0.078 226 T 0.006 0.002 0.028 0.872 0.046 0.046 227 S 0.005 0.001 0.020 0.910 0.037 0.028 228 Q 0.009 0.001 0.022 0.920 0.027 0.021 229 V 0.014 0.001 0.013 0.941 0.016 0.014 230 H 0.018 0.001 0.022 0.919 0.021 0.020 231 Q 0.020 0.001 0.018 0.911 0.022 0.028 232 A 0.028 0.003 0.014 0.867 0.030 0.058 233 E 0.020 0.002 0.021 0.852 0.050 0.055 234 S 0.023 0.003 0.032 0.717 0.105 0.121 235 E 0.026 0.005 0.038 0.503 0.168 0.260 236 R 0.035 0.011 0.022 0.239 0.168 0.526 237 K 0.034 0.006 0.011 0.089 0.130 0.731