# TARGET T0239 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.008 0.851 0.004 0.009 0.036 0.001 0.001 0.003 0.042 0.017 0.009 0.019 2 K 0.003 0.023 0.765 0.006 0.017 0.055 0.001 0.001 0.013 0.037 0.027 0.009 0.042 3 K 0.014 0.017 0.369 0.033 0.038 0.068 0.006 0.007 0.071 0.201 0.064 0.060 0.052 4 H 0.044 0.005 0.276 0.045 0.034 0.056 0.023 0.023 0.164 0.105 0.053 0.038 0.132 5 I 0.115 0.012 0.131 0.012 0.006 0.029 0.089 0.040 0.236 0.023 0.007 0.146 0.154 6 I 0.092 0.011 0.095 0.008 0.004 0.026 0.075 0.060 0.313 0.013 0.007 0.112 0.184 7 I 0.097 0.009 0.181 0.057 0.004 0.023 0.051 0.036 0.213 0.033 0.010 0.091 0.195 8 K 0.049 0.005 0.249 0.046 0.005 0.021 0.034 0.009 0.107 0.060 0.019 0.280 0.116 9 T 0.024 0.021 0.317 0.017 0.009 0.023 0.016 0.003 0.070 0.084 0.036 0.028 0.353 10 I 0.005 0.010 0.532 0.007 0.004 0.022 0.003 0.001 0.026 0.118 0.013 0.213 0.045 11 P 0.002 0.011 0.662 0.005 0.009 0.027 0.002 0.001 0.011 0.068 0.043 0.010 0.150 12 K 0.004 0.015 0.497 0.012 0.039 0.121 0.001 0.001 0.006 0.126 0.122 0.032 0.025 13 K 0.004 0.008 0.302 0.006 0.084 0.276 0.001 0.001 0.005 0.138 0.127 0.013 0.037 14 E 0.007 0.005 0.204 0.005 0.128 0.391 0.001 0.001 0.005 0.093 0.109 0.021 0.029 15 E 0.018 0.012 0.168 0.003 0.068 0.511 0.003 0.002 0.010 0.053 0.059 0.036 0.057 16 I 0.020 0.020 0.174 0.004 0.037 0.507 0.004 0.001 0.017 0.039 0.061 0.020 0.094 17 I 0.022 0.018 0.253 0.017 0.017 0.396 0.003 0.002 0.016 0.074 0.058 0.073 0.051 18 S 0.015 0.016 0.265 0.007 0.022 0.404 0.002 0.002 0.008 0.082 0.049 0.032 0.097 19 R 0.011 0.007 0.178 0.005 0.063 0.465 0.002 0.002 0.005 0.102 0.100 0.023 0.036 20 D 0.011 0.012 0.174 0.007 0.078 0.399 0.002 0.004 0.007 0.086 0.165 0.020 0.034 21 L 0.018 0.015 0.148 0.009 0.123 0.378 0.003 0.005 0.007 0.076 0.147 0.019 0.051 22 C 0.033 0.013 0.155 0.021 0.095 0.329 0.003 0.005 0.008 0.099 0.163 0.039 0.038 23 D 0.049 0.007 0.153 0.028 0.067 0.235 0.004 0.002 0.009 0.136 0.230 0.036 0.044 24 C 0.089 0.012 0.232 0.009 0.047 0.209 0.008 0.007 0.023 0.084 0.124 0.037 0.120 25 I 0.159 0.025 0.172 0.017 0.025 0.162 0.024 0.028 0.032 0.055 0.058 0.108 0.135 26 Y 0.217 0.020 0.121 0.010 0.021 0.117 0.036 0.042 0.035 0.039 0.046 0.139 0.159 27 Y 0.194 0.017 0.152 0.011 0.021 0.122 0.025 0.042 0.035 0.047 0.062 0.063 0.207 28 Y 0.081 0.041 0.245 0.018 0.030 0.070 0.016 0.017 0.031 0.083 0.134 0.109 0.125 29 D 0.026 0.018 0.231 0.035 0.039 0.031 0.003 0.005 0.010 0.152 0.344 0.045 0.061 30 N 0.017 0.007 0.128 0.034 0.045 0.012 0.002 0.001 0.004 0.233 0.460 0.020 0.036 31 S 0.118 0.011 0.237 0.009 0.042 0.013 0.015 0.002 0.021 0.121 0.175 0.089 0.147 32 V 0.403 0.014 0.102 0.006 0.008 0.007 0.044 0.007 0.025 0.037 0.019 0.110 0.217 33 I 0.268 0.020 0.124 0.012 0.005 0.008 0.053 0.008 0.042 0.028 0.017 0.227 0.188 34 C 0.135 0.019 0.268 0.026 0.005 0.009 0.020 0.003 0.024 0.066 0.023 0.079 0.323 35 K 0.025 0.012 0.301 0.008 0.005 0.011 0.003 0.001 0.012 0.082 0.022 0.438 0.080 36 P 0.007 0.017 0.481 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.008 0.040 0.034 0.007 0.375 37 I 0.008 0.049 0.516 0.053 0.019 0.012 0.001 0.001 0.011 0.145 0.049 0.102 0.034 38 G 0.002 0.025 0.461 0.014 0.025 0.010 0.001 0.001 0.007 0.294 0.065 0.029 0.066 39 P 0.002 0.006 0.379 0.013 0.065 0.024 0.001 0.001 0.004 0.212 0.225 0.013 0.055 40 S 0.019 0.017 0.251 0.023 0.058 0.043 0.005 0.006 0.012 0.195 0.218 0.084 0.067 41 K 0.067 0.022 0.250 0.011 0.049 0.065 0.014 0.008 0.055 0.088 0.065 0.073 0.232 42 V 0.179 0.017 0.197 0.016 0.012 0.064 0.035 0.023 0.087 0.049 0.016 0.128 0.177 43 Y 0.229 0.021 0.138 0.020 0.010 0.053 0.047 0.015 0.080 0.026 0.017 0.175 0.169 44 V 0.159 0.019 0.152 0.015 0.011 0.066 0.030 0.015 0.081 0.050 0.024 0.113 0.266 45 S 0.072 0.014 0.310 0.035 0.020 0.117 0.012 0.008 0.055 0.077 0.047 0.101 0.133 46 T 0.027 0.013 0.285 0.007 0.040 0.175 0.005 0.002 0.031 0.177 0.078 0.087 0.073 47 S 0.016 0.017 0.284 0.005 0.047 0.261 0.003 0.001 0.015 0.112 0.105 0.017 0.117 48 L 0.007 0.008 0.108 0.003 0.114 0.605 0.002 0.001 0.006 0.045 0.078 0.008 0.016 49 E 0.004 0.002 0.071 0.003 0.073 0.647 0.001 0.001 0.002 0.063 0.122 0.008 0.005 50 N 0.001 0.004 0.080 0.001 0.061 0.641 0.001 0.001 0.001 0.047 0.152 0.003 0.009 51 L 0.001 0.004 0.049 0.001 0.026 0.830 0.001 0.001 0.001 0.039 0.044 0.001 0.005 52 E 0.002 0.002 0.035 0.001 0.031 0.865 0.001 0.001 0.001 0.018 0.038 0.003 0.002 53 K 0.003 0.001 0.021 0.001 0.032 0.890 0.001 0.001 0.001 0.011 0.037 0.001 0.003 54 C 0.003 0.001 0.013 0.001 0.017 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.002 55 L 0.003 0.002 0.021 0.001 0.011 0.902 0.001 0.001 0.001 0.012 0.040 0.003 0.002 56 Q 0.003 0.002 0.023 0.001 0.010 0.891 0.001 0.001 0.001 0.008 0.056 0.001 0.003 57 L 0.002 0.001 0.029 0.001 0.009 0.902 0.001 0.001 0.002 0.014 0.035 0.001 0.003 58 H 0.003 0.002 0.033 0.001 0.012 0.872 0.001 0.001 0.002 0.014 0.056 0.002 0.003 59 Y 0.004 0.003 0.029 0.001 0.017 0.857 0.001 0.001 0.002 0.015 0.067 0.002 0.004 60 F 0.002 0.002 0.024 0.001 0.017 0.889 0.001 0.001 0.002 0.014 0.043 0.002 0.003 61 K 0.002 0.002 0.020 0.001 0.033 0.874 0.001 0.001 0.002 0.015 0.045 0.002 0.003 62 K 0.003 0.001 0.021 0.001 0.031 0.849 0.001 0.001 0.002 0.016 0.067 0.004 0.005 63 L 0.002 0.003 0.022 0.001 0.020 0.855 0.001 0.001 0.003 0.014 0.071 0.001 0.008 64 V 0.003 0.006 0.060 0.005 0.020 0.801 0.001 0.001 0.004 0.030 0.055 0.005 0.010 65 K 0.004 0.003 0.057 0.009 0.019 0.713 0.001 0.001 0.004 0.050 0.117 0.012 0.008 66 N 0.005 0.004 0.102 0.004 0.025 0.610 0.001 0.001 0.007 0.054 0.162 0.005 0.021 67 I 0.010 0.014 0.229 0.003 0.020 0.520 0.004 0.002 0.020 0.072 0.047 0.021 0.038 68 E 0.018 0.016 0.172 0.005 0.019 0.517 0.008 0.007 0.036 0.042 0.048 0.065 0.046 69 I 0.016 0.018 0.141 0.003 0.035 0.535 0.006 0.009 0.039 0.035 0.075 0.015 0.073 70 F 0.014 0.016 0.184 0.015 0.033 0.520 0.004 0.008 0.026 0.057 0.068 0.026 0.029 71 D 0.021 0.009 0.152 0.008 0.049 0.503 0.004 0.004 0.013 0.079 0.083 0.029 0.046 72 E 0.017 0.009 0.119 0.004 0.078 0.526 0.003 0.002 0.010 0.067 0.110 0.017 0.036 73 V 0.014 0.023 0.152 0.005 0.097 0.425 0.003 0.002 0.008 0.070 0.151 0.015 0.035 74 H 0.011 0.016 0.164 0.006 0.074 0.280 0.001 0.001 0.005 0.116 0.279 0.025 0.023 75 N 0.003 0.008 0.181 0.003 0.041 0.150 0.001 0.001 0.002 0.173 0.414 0.007 0.018 76 S 0.003 0.027 0.392 0.001 0.024 0.071 0.001 0.001 0.002 0.279 0.171 0.011 0.018 77 K 0.001 0.018 0.622 0.001 0.024 0.030 0.001 0.001 0.001 0.218 0.060 0.007 0.017 78 P 0.001 0.005 0.265 0.003 0.113 0.073 0.001 0.001 0.001 0.158 0.367 0.004 0.010 79 N 0.001 0.022 0.230 0.004 0.123 0.061 0.001 0.001 0.001 0.170 0.363 0.010 0.014 80 C 0.004 0.024 0.355 0.008 0.125 0.059 0.001 0.001 0.002 0.227 0.147 0.013 0.036 81 D 0.038 0.017 0.333 0.029 0.062 0.044 0.004 0.003 0.010 0.209 0.153 0.035 0.063 82 K 0.159 0.020 0.213 0.029 0.033 0.041 0.018 0.011 0.049 0.094 0.072 0.089 0.172 83 C 0.291 0.007 0.129 0.026 0.009 0.036 0.034 0.044 0.084 0.028 0.013 0.074 0.225 84 L 0.375 0.004 0.049 0.006 0.002 0.015 0.034 0.056 0.087 0.011 0.003 0.274 0.084 85 I 0.363 0.009 0.035 0.015 0.002 0.012 0.044 0.027 0.056 0.004 0.002 0.029 0.402 86 V 0.306 0.004 0.053 0.032 0.002 0.006 0.046 0.021 0.042 0.007 0.002 0.405 0.074 87 E 0.253 0.005 0.069 0.041 0.004 0.008 0.041 0.008 0.051 0.023 0.022 0.050 0.426 88 I 0.189 0.011 0.099 0.020 0.008 0.009 0.026 0.006 0.027 0.046 0.076 0.301 0.180 89 G 0.049 0.008 0.151 0.063 0.009 0.008 0.007 0.002 0.006 0.120 0.404 0.089 0.084 90 G 0.057 0.007 0.199 0.040 0.010 0.011 0.007 0.001 0.008 0.230 0.270 0.058 0.101 91 V 0.253 0.008 0.085 0.004 0.005 0.013 0.073 0.005 0.022 0.022 0.013 0.123 0.374 92 Y 0.471 0.008 0.031 0.017 0.002 0.010 0.104 0.001 0.014 0.009 0.003 0.137 0.193 93 F 0.438 0.005 0.029 0.009 0.003 0.010 0.098 0.001 0.015 0.006 0.005 0.186 0.194 94 V 0.354 0.003 0.070 0.048 0.008 0.017 0.066 0.001 0.010 0.020 0.010 0.088 0.305 95 R 0.194 0.004 0.101 0.044 0.008 0.018 0.032 0.001 0.007 0.046 0.009 0.376 0.161 96 R 0.079 0.020 0.172 0.005 0.007 0.019 0.018 0.001 0.013 0.042 0.019 0.089 0.518 97 V 0.007 0.014 0.687 0.004 0.005 0.015 0.009 0.001 0.021 0.020 0.021 0.068 0.129 98 N 0.001 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014