# TARGET T0239 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 K 0.103 0.021 0.006 0.024 0.004 0.024 0.818 3 K 0.218 0.012 0.023 0.032 0.163 0.075 0.476 4 H 0.475 0.011 0.027 0.029 0.078 0.043 0.338 5 I 0.708 0.009 0.009 0.021 0.035 0.009 0.210 6 I 0.832 0.007 0.006 0.019 0.016 0.006 0.114 7 I 0.806 0.012 0.009 0.021 0.017 0.008 0.127 8 K 0.684 0.007 0.017 0.029 0.041 0.024 0.198 9 T 0.392 0.021 0.020 0.033 0.140 0.048 0.346 10 I 0.176 0.026 0.012 0.028 0.207 0.029 0.523 11 P 0.070 0.008 0.024 0.045 0.169 0.077 0.607 12 K 0.040 0.012 0.058 0.110 0.198 0.175 0.408 13 K 0.029 0.009 0.133 0.229 0.131 0.167 0.302 14 E 0.041 0.006 0.180 0.328 0.106 0.162 0.178 15 E 0.076 0.009 0.153 0.357 0.103 0.106 0.195 16 I 0.136 0.035 0.128 0.305 0.085 0.089 0.220 17 I 0.166 0.022 0.070 0.305 0.087 0.092 0.258 18 S 0.127 0.012 0.089 0.256 0.096 0.123 0.298 19 R 0.043 0.004 0.168 0.373 0.111 0.190 0.112 20 D 0.050 0.008 0.170 0.276 0.103 0.251 0.142 21 L 0.091 0.011 0.131 0.337 0.103 0.153 0.174 22 C 0.165 0.013 0.091 0.265 0.087 0.164 0.216 23 D 0.246 0.008 0.089 0.217 0.125 0.152 0.163 24 C 0.437 0.019 0.063 0.205 0.063 0.070 0.143 25 I 0.545 0.018 0.036 0.188 0.047 0.046 0.120 26 Y 0.694 0.013 0.026 0.095 0.031 0.053 0.088 27 Y 0.574 0.015 0.027 0.084 0.051 0.100 0.148 28 Y 0.429 0.020 0.029 0.061 0.120 0.155 0.186 29 D 0.213 0.009 0.040 0.044 0.222 0.257 0.216 30 N 0.133 0.008 0.051 0.024 0.280 0.333 0.171 31 S 0.360 0.012 0.041 0.020 0.159 0.137 0.271 32 V 0.712 0.018 0.015 0.013 0.055 0.040 0.148 33 I 0.763 0.028 0.010 0.017 0.030 0.021 0.131 34 C 0.641 0.019 0.009 0.016 0.050 0.019 0.246 35 K 0.482 0.015 0.013 0.014 0.114 0.032 0.330 36 P 0.416 0.020 0.017 0.011 0.122 0.059 0.354 37 I 0.292 0.031 0.013 0.010 0.182 0.060 0.412 38 G 0.159 0.014 0.011 0.007 0.235 0.044 0.530 39 P 0.085 0.009 0.067 0.020 0.254 0.236 0.330 40 S 0.144 0.015 0.088 0.030 0.251 0.193 0.279 41 K 0.426 0.021 0.052 0.038 0.122 0.060 0.281 42 V 0.637 0.025 0.018 0.049 0.036 0.028 0.205 43 Y 0.712 0.021 0.013 0.046 0.037 0.025 0.147 44 V 0.676 0.020 0.018 0.059 0.038 0.027 0.162 45 S 0.487 0.015 0.022 0.092 0.079 0.050 0.255 46 T 0.262 0.019 0.056 0.143 0.133 0.099 0.289 47 S 0.174 0.018 0.049 0.162 0.146 0.099 0.352 48 L 0.051 0.009 0.103 0.453 0.089 0.112 0.182 49 E 0.021 0.004 0.085 0.549 0.095 0.148 0.098 50 N 0.014 0.005 0.050 0.551 0.089 0.163 0.129 51 L 0.008 0.004 0.034 0.750 0.053 0.061 0.090 52 E 0.009 0.002 0.033 0.829 0.026 0.060 0.041 53 K 0.010 0.001 0.035 0.845 0.022 0.060 0.027 54 C 0.016 0.003 0.026 0.857 0.019 0.044 0.035 55 L 0.032 0.006 0.022 0.822 0.022 0.045 0.049 56 Q 0.035 0.003 0.022 0.818 0.016 0.058 0.047 57 L 0.020 0.002 0.019 0.857 0.019 0.042 0.041 58 H 0.027 0.002 0.027 0.841 0.019 0.047 0.037 59 Y 0.025 0.004 0.031 0.794 0.029 0.064 0.053 60 F 0.019 0.003 0.038 0.812 0.025 0.055 0.048 61 K 0.021 0.001 0.052 0.801 0.026 0.066 0.032 62 K 0.033 0.002 0.060 0.744 0.028 0.092 0.041 63 L 0.044 0.005 0.060 0.707 0.033 0.095 0.056 64 V 0.075 0.008 0.048 0.664 0.048 0.075 0.083 65 K 0.065 0.004 0.046 0.660 0.045 0.116 0.065 66 N 0.065 0.005 0.034 0.589 0.054 0.151 0.102 67 I 0.082 0.009 0.024 0.626 0.052 0.066 0.141 68 E 0.129 0.011 0.026 0.622 0.041 0.051 0.121 69 I 0.116 0.009 0.035 0.616 0.047 0.065 0.113 70 F 0.133 0.011 0.048 0.565 0.045 0.069 0.130 71 D 0.088 0.006 0.072 0.548 0.081 0.092 0.111 72 E 0.069 0.008 0.085 0.506 0.098 0.118 0.115 73 V 0.072 0.018 0.071 0.444 0.106 0.122 0.168 74 H 0.059 0.015 0.059 0.249 0.137 0.260 0.221 75 N 0.031 0.009 0.032 0.128 0.176 0.381 0.245 76 S 0.018 0.022 0.028 0.066 0.272 0.195 0.399 77 K 0.014 0.018 0.024 0.022 0.263 0.058 0.601 78 P 0.012 0.008 0.068 0.032 0.198 0.432 0.250 79 N 0.015 0.011 0.088 0.021 0.142 0.493 0.231 80 C 0.043 0.020 0.087 0.025 0.189 0.103 0.533 81 D 0.132 0.026 0.075 0.027 0.173 0.152 0.416 82 K 0.209 0.011 0.104 0.044 0.216 0.166 0.250 83 C 0.502 0.032 0.039 0.036 0.071 0.053 0.267 84 L 0.792 0.011 0.011 0.029 0.023 0.013 0.121 85 I 0.915 0.006 0.005 0.013 0.010 0.008 0.043 86 V 0.916 0.005 0.004 0.016 0.008 0.006 0.044 87 E 0.865 0.005 0.007 0.016 0.016 0.021 0.070 88 I 0.652 0.008 0.015 0.018 0.068 0.106 0.133 89 G 0.247 0.005 0.023 0.011 0.207 0.404 0.103 90 G 0.425 0.005 0.026 0.014 0.160 0.206 0.164 91 V 0.814 0.011 0.007 0.009 0.027 0.022 0.109 92 Y 0.896 0.008 0.006 0.011 0.012 0.008 0.059 93 F 0.894 0.008 0.007 0.015 0.012 0.008 0.055 94 V 0.827 0.006 0.008 0.023 0.021 0.015 0.100 95 R 0.727 0.006 0.011 0.029 0.055 0.022 0.148 96 R 0.581 0.012 0.008 0.031 0.081 0.030 0.257 97 V 0.262 0.016 0.006 0.024 0.008 0.039 0.646 98 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998