# TARGET T0239 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.121 0.143 0.071 0.027 0.184 0.022 0.035 0.155 0.085 0.106 0.051 2 K 0.119 0.160 0.067 0.030 0.194 0.026 0.035 0.157 0.083 0.089 0.041 3 K 0.105 0.138 0.063 0.041 0.180 0.028 0.052 0.180 0.079 0.096 0.039 4 H 0.192 0.148 0.037 0.013 0.350 0.008 0.017 0.085 0.037 0.059 0.054 5 I 0.185 0.185 0.023 0.005 0.485 0.008 0.010 0.048 0.014 0.014 0.023 6 I 0.282 0.098 0.019 0.006 0.446 0.008 0.011 0.047 0.013 0.020 0.049 7 I 0.253 0.124 0.031 0.025 0.319 0.021 0.016 0.064 0.032 0.039 0.077 8 K 0.093 0.230 0.092 0.029 0.262 0.020 0.030 0.118 0.053 0.040 0.032 9 T 0.170 0.168 0.086 0.013 0.240 0.009 0.018 0.050 0.039 0.130 0.078 10 I 0.063 0.417 0.208 0.024 0.209 0.008 0.008 0.024 0.011 0.013 0.015 11 P 0.076 0.322 0.144 0.027 0.158 0.024 0.034 0.111 0.043 0.034 0.027 12 K 0.066 0.210 0.123 0.024 0.138 0.018 0.031 0.196 0.098 0.066 0.029 13 K 0.064 0.078 0.034 0.018 0.097 0.017 0.031 0.356 0.173 0.093 0.039 14 E 0.035 0.101 0.041 0.020 0.079 0.022 0.043 0.419 0.155 0.068 0.017 15 E 0.062 0.074 0.028 0.008 0.122 0.009 0.023 0.442 0.130 0.071 0.031 16 I 0.131 0.066 0.021 0.010 0.147 0.016 0.030 0.386 0.090 0.056 0.047 17 I 0.077 0.145 0.058 0.020 0.136 0.019 0.036 0.320 0.084 0.069 0.035 18 S 0.082 0.175 0.064 0.022 0.156 0.013 0.020 0.254 0.103 0.077 0.033 19 R 0.025 0.112 0.051 0.044 0.066 0.031 0.051 0.391 0.169 0.049 0.013 20 D 0.045 0.042 0.032 0.019 0.059 0.019 0.066 0.453 0.128 0.101 0.036 21 L 0.057 0.043 0.021 0.015 0.061 0.019 0.041 0.362 0.169 0.169 0.041 22 C 0.061 0.155 0.049 0.026 0.147 0.026 0.036 0.294 0.113 0.068 0.025 23 D 0.055 0.061 0.031 0.024 0.077 0.024 0.052 0.333 0.139 0.155 0.048 24 C 0.131 0.100 0.030 0.013 0.227 0.016 0.034 0.233 0.086 0.092 0.038 25 I 0.202 0.109 0.015 0.008 0.351 0.012 0.027 0.151 0.051 0.033 0.040 26 Y 0.204 0.117 0.018 0.007 0.383 0.012 0.028 0.127 0.035 0.031 0.039 27 Y 0.216 0.111 0.035 0.022 0.251 0.023 0.041 0.126 0.042 0.063 0.071 28 Y 0.102 0.111 0.092 0.091 0.154 0.060 0.056 0.152 0.064 0.069 0.051 29 D 0.035 0.135 0.088 0.118 0.078 0.077 0.098 0.191 0.101 0.063 0.017 30 N 0.039 0.079 0.049 0.059 0.060 0.030 0.045 0.135 0.155 0.290 0.060 31 S 0.097 0.216 0.072 0.018 0.269 0.010 0.022 0.093 0.078 0.082 0.044 32 V 0.240 0.134 0.021 0.004 0.456 0.004 0.010 0.038 0.024 0.026 0.041 33 I 0.210 0.155 0.037 0.009 0.443 0.010 0.018 0.031 0.016 0.030 0.042 34 C 0.224 0.150 0.059 0.027 0.277 0.015 0.016 0.038 0.035 0.074 0.086 35 K 0.049 0.353 0.268 0.035 0.167 0.013 0.019 0.037 0.025 0.017 0.016 36 P 0.175 0.223 0.086 0.009 0.273 0.011 0.031 0.069 0.035 0.039 0.049 37 I 0.075 0.152 0.099 0.071 0.157 0.065 0.097 0.085 0.057 0.103 0.039 38 G 0.019 0.175 0.326 0.239 0.063 0.054 0.037 0.034 0.017 0.028 0.009 39 P 0.094 0.131 0.057 0.025 0.132 0.022 0.046 0.160 0.159 0.113 0.062 40 S 0.060 0.235 0.095 0.023 0.186 0.025 0.045 0.113 0.103 0.087 0.028 41 K 0.217 0.115 0.023 0.007 0.392 0.007 0.020 0.054 0.040 0.062 0.062 42 V 0.236 0.156 0.020 0.006 0.461 0.006 0.011 0.032 0.014 0.016 0.042 43 Y 0.209 0.182 0.036 0.006 0.451 0.006 0.008 0.026 0.011 0.016 0.049 44 V 0.182 0.208 0.056 0.011 0.350 0.012 0.013 0.064 0.028 0.026 0.049 45 S 0.139 0.158 0.053 0.021 0.208 0.018 0.033 0.150 0.082 0.065 0.072 46 T 0.060 0.119 0.054 0.026 0.114 0.026 0.050 0.293 0.148 0.071 0.038 47 S 0.083 0.221 0.098 0.014 0.142 0.006 0.013 0.198 0.093 0.094 0.038 48 L 0.031 0.026 0.008 0.005 0.049 0.007 0.012 0.450 0.324 0.072 0.017 49 E 0.006 0.025 0.014 0.012 0.012 0.021 0.067 0.685 0.137 0.015 0.005 50 N 0.035 0.029 0.013 0.005 0.034 0.004 0.020 0.509 0.134 0.192 0.026 51 L 0.012 0.025 0.008 0.003 0.021 0.005 0.010 0.645 0.212 0.050 0.008 52 E 0.007 0.016 0.007 0.005 0.011 0.008 0.020 0.775 0.135 0.013 0.004 53 K 0.005 0.010 0.008 0.005 0.009 0.006 0.023 0.770 0.108 0.050 0.006 54 C 0.011 0.010 0.006 0.004 0.015 0.006 0.019 0.737 0.135 0.048 0.008 55 L 0.009 0.026 0.008 0.002 0.023 0.003 0.011 0.718 0.167 0.025 0.006 56 Q 0.009 0.016 0.005 0.002 0.016 0.003 0.016 0.773 0.113 0.040 0.005 57 L 0.013 0.019 0.005 0.003 0.031 0.006 0.023 0.739 0.129 0.026 0.005 58 H 0.011 0.016 0.007 0.005 0.023 0.007 0.033 0.770 0.102 0.018 0.007 59 Y 0.017 0.015 0.007 0.004 0.018 0.005 0.024 0.716 0.116 0.067 0.011 60 F 0.010 0.015 0.005 0.002 0.017 0.004 0.011 0.728 0.157 0.044 0.006 61 K 0.004 0.016 0.005 0.005 0.010 0.006 0.018 0.747 0.176 0.011 0.002 62 K 0.006 0.010 0.007 0.004 0.010 0.005 0.043 0.757 0.123 0.031 0.004 63 L 0.013 0.009 0.003 0.002 0.014 0.005 0.031 0.663 0.171 0.080 0.009 64 V 0.041 0.035 0.009 0.006 0.054 0.010 0.019 0.506 0.206 0.090 0.024 65 K 0.006 0.029 0.015 0.017 0.019 0.043 0.100 0.604 0.138 0.026 0.004 66 N 0.086 0.029 0.014 0.007 0.064 0.005 0.014 0.243 0.123 0.343 0.073 67 I 0.121 0.170 0.020 0.005 0.278 0.005 0.010 0.191 0.117 0.051 0.033 68 E 0.071 0.069 0.023 0.007 0.133 0.010 0.035 0.502 0.103 0.025 0.021 69 I 0.079 0.048 0.021 0.015 0.090 0.016 0.036 0.439 0.111 0.107 0.036 70 F 0.061 0.083 0.034 0.042 0.127 0.024 0.035 0.355 0.130 0.080 0.028 71 D 0.032 0.073 0.050 0.025 0.068 0.019 0.040 0.454 0.171 0.049 0.018 72 E 0.042 0.052 0.019 0.007 0.076 0.011 0.064 0.435 0.160 0.104 0.031 73 V 0.086 0.072 0.022 0.018 0.118 0.035 0.095 0.338 0.107 0.076 0.033 74 H 0.053 0.164 0.057 0.040 0.135 0.047 0.083 0.181 0.108 0.105 0.028 75 N 0.118 0.079 0.048 0.037 0.134 0.016 0.027 0.107 0.101 0.229 0.103 76 S 0.057 0.186 0.104 0.040 0.116 0.021 0.041 0.114 0.102 0.171 0.048 77 K 0.073 0.265 0.154 0.033 0.199 0.014 0.022 0.094 0.062 0.053 0.030 78 P 0.039 0.109 0.051 0.024 0.080 0.048 0.134 0.307 0.147 0.043 0.018 79 N 0.071 0.061 0.041 0.022 0.087 0.024 0.050 0.124 0.118 0.324 0.078 80 C 0.115 0.210 0.067 0.020 0.216 0.018 0.022 0.111 0.093 0.089 0.039 81 D 0.048 0.080 0.055 0.033 0.090 0.047 0.082 0.268 0.151 0.121 0.025 82 K 0.119 0.117 0.044 0.019 0.187 0.012 0.037 0.167 0.106 0.137 0.056 83 C 0.207 0.178 0.035 0.013 0.393 0.008 0.011 0.062 0.024 0.030 0.039 84 L 0.141 0.190 0.031 0.006 0.485 0.008 0.015 0.061 0.018 0.021 0.024 85 I 0.421 0.052 0.006 0.002 0.405 0.002 0.005 0.028 0.007 0.012 0.059 86 V 0.155 0.221 0.042 0.023 0.401 0.029 0.027 0.056 0.013 0.012 0.022 87 E 0.315 0.104 0.054 0.013 0.341 0.012 0.014 0.050 0.014 0.021 0.063 88 I 0.066 0.075 0.075 0.182 0.087 0.120 0.083 0.128 0.061 0.081 0.044 89 G 0.016 0.102 0.121 0.376 0.034 0.085 0.056 0.059 0.033 0.098 0.018 90 G 0.050 0.136 0.150 0.123 0.092 0.041 0.040 0.103 0.060 0.158 0.046 91 V 0.233 0.188 0.028 0.005 0.409 0.004 0.009 0.042 0.023 0.018 0.041 92 Y 0.206 0.144 0.031 0.015 0.439 0.019 0.023 0.048 0.018 0.016 0.042 93 F 0.326 0.104 0.020 0.005 0.418 0.006 0.008 0.038 0.013 0.018 0.045 94 V 0.291 0.109 0.028 0.017 0.319 0.020 0.021 0.055 0.031 0.031 0.078 95 R 0.095 0.257 0.094 0.040 0.241 0.033 0.040 0.083 0.047 0.034 0.035 96 R 0.179 0.168 0.064 0.012 0.269 0.010 0.024 0.073 0.047 0.075 0.080 97 V 0.124 0.199 0.071 0.031 0.207 0.035 0.054 0.103 0.059 0.064 0.052 98 N 0.101 0.186 0.104 0.045 0.199 0.030 0.042 0.096 0.060 0.085 0.052