# TARGET T0239 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.698 0.192 0.074 0.029 0.006 0.001 0.001 2 K 0.594 0.259 0.092 0.042 0.012 0.002 0.001 3 K 0.509 0.243 0.125 0.078 0.035 0.010 0.001 4 H 0.345 0.256 0.176 0.125 0.070 0.026 0.002 5 I 0.198 0.171 0.195 0.222 0.141 0.064 0.008 6 I 0.182 0.127 0.126 0.184 0.205 0.149 0.027 7 I 0.161 0.122 0.155 0.214 0.214 0.120 0.014 8 K 0.236 0.268 0.209 0.163 0.088 0.033 0.003 9 T 0.288 0.279 0.198 0.138 0.071 0.024 0.002 10 I 0.150 0.173 0.209 0.269 0.155 0.042 0.003 11 P 0.457 0.265 0.143 0.089 0.036 0.009 0.001 12 K 0.557 0.252 0.113 0.054 0.019 0.004 0.001 13 K 0.511 0.238 0.126 0.084 0.033 0.008 0.001 14 E 0.502 0.264 0.130 0.072 0.026 0.006 0.001 15 E 0.410 0.311 0.151 0.083 0.033 0.011 0.001 16 I 0.153 0.174 0.201 0.234 0.165 0.065 0.007 17 I 0.148 0.143 0.178 0.236 0.197 0.089 0.010 18 S 0.284 0.249 0.170 0.147 0.095 0.048 0.008 19 R 0.278 0.250 0.194 0.155 0.084 0.034 0.005 20 D 0.226 0.228 0.192 0.172 0.116 0.056 0.010 21 L 0.090 0.112 0.141 0.201 0.228 0.188 0.040 22 C 0.094 0.097 0.123 0.206 0.245 0.196 0.039 23 D 0.128 0.205 0.222 0.194 0.140 0.092 0.019 24 C 0.070 0.084 0.109 0.197 0.250 0.235 0.054 25 I 0.053 0.052 0.070 0.140 0.238 0.331 0.116 26 Y 0.091 0.107 0.132 0.196 0.211 0.199 0.065 27 Y 0.111 0.147 0.161 0.191 0.202 0.150 0.039 28 Y 0.097 0.119 0.148 0.222 0.220 0.156 0.039 29 D 0.221 0.226 0.190 0.175 0.108 0.063 0.017 30 N 0.315 0.267 0.166 0.124 0.079 0.041 0.009 31 S 0.224 0.257 0.211 0.155 0.093 0.050 0.010 32 V 0.085 0.100 0.141 0.231 0.247 0.171 0.024 33 I 0.077 0.107 0.151 0.214 0.244 0.181 0.027 34 C 0.078 0.090 0.124 0.206 0.260 0.205 0.037 35 K 0.163 0.253 0.236 0.199 0.103 0.040 0.007 36 P 0.241 0.228 0.189 0.172 0.110 0.051 0.009 37 I 0.191 0.189 0.176 0.200 0.155 0.079 0.010 38 G 0.279 0.240 0.190 0.159 0.090 0.037 0.004 39 P 0.364 0.249 0.168 0.123 0.064 0.027 0.004 40 S 0.343 0.246 0.163 0.132 0.078 0.033 0.004 41 K 0.275 0.290 0.208 0.136 0.064 0.024 0.004 42 V 0.119 0.129 0.155 0.222 0.223 0.132 0.020 43 Y 0.109 0.157 0.198 0.232 0.187 0.102 0.014 44 V 0.094 0.101 0.129 0.226 0.251 0.174 0.026 45 S 0.161 0.206 0.195 0.194 0.146 0.084 0.013 46 T 0.186 0.210 0.184 0.186 0.144 0.077 0.013 47 S 0.200 0.257 0.193 0.173 0.113 0.055 0.010 48 L 0.133 0.169 0.208 0.229 0.171 0.079 0.011 49 E 0.447 0.336 0.133 0.056 0.019 0.007 0.001 50 N 0.194 0.288 0.236 0.162 0.084 0.031 0.005 51 L 0.056 0.079 0.136 0.256 0.309 0.150 0.013 52 E 0.219 0.333 0.229 0.142 0.057 0.018 0.002 53 K 0.236 0.314 0.225 0.137 0.062 0.025 0.003 54 C 0.046 0.076 0.126 0.224 0.296 0.208 0.023 55 L 0.050 0.079 0.144 0.267 0.279 0.160 0.021 56 Q 0.174 0.260 0.215 0.168 0.106 0.063 0.013 57 L 0.103 0.147 0.176 0.215 0.210 0.129 0.019 58 H 0.101 0.178 0.205 0.221 0.168 0.109 0.018 59 Y 0.049 0.102 0.168 0.254 0.259 0.148 0.020 60 F 0.055 0.074 0.103 0.210 0.308 0.218 0.031 61 K 0.172 0.293 0.231 0.181 0.087 0.032 0.004 62 K 0.172 0.300 0.248 0.168 0.080 0.029 0.003 63 L 0.046 0.082 0.139 0.255 0.302 0.163 0.014 64 V 0.084 0.120 0.174 0.261 0.234 0.117 0.011 65 K 0.300 0.350 0.199 0.101 0.037 0.012 0.002 66 N 0.205 0.268 0.219 0.172 0.095 0.036 0.004 67 I 0.065 0.108 0.172 0.268 0.248 0.124 0.015 68 E 0.244 0.298 0.218 0.138 0.070 0.028 0.003 69 I 0.112 0.167 0.203 0.244 0.190 0.078 0.007 70 F 0.081 0.100 0.145 0.254 0.268 0.140 0.012 71 D 0.236 0.284 0.200 0.156 0.085 0.033 0.005 72 E 0.302 0.299 0.205 0.118 0.054 0.020 0.002 73 V 0.165 0.186 0.186 0.220 0.167 0.069 0.007 74 H 0.213 0.207 0.206 0.204 0.125 0.042 0.003 75 N 0.357 0.274 0.182 0.117 0.052 0.016 0.002 76 S 0.372 0.278 0.169 0.116 0.050 0.014 0.001 77 K 0.405 0.291 0.167 0.092 0.034 0.009 0.001 78 P 0.522 0.229 0.123 0.080 0.036 0.009 0.001 79 N 0.478 0.293 0.134 0.065 0.024 0.006 0.001 80 C 0.125 0.154 0.207 0.279 0.181 0.050 0.005 81 D 0.245 0.309 0.216 0.140 0.066 0.022 0.003 82 K 0.162 0.251 0.232 0.196 0.108 0.046 0.006 83 C 0.048 0.057 0.094 0.204 0.295 0.249 0.053 84 L 0.049 0.074 0.108 0.190 0.259 0.254 0.067 85 I 0.079 0.078 0.094 0.149 0.195 0.263 0.142 86 V 0.103 0.086 0.089 0.135 0.193 0.259 0.135 87 E 0.178 0.156 0.160 0.176 0.151 0.126 0.053 88 I 0.187 0.137 0.129 0.161 0.174 0.150 0.062 89 G 0.270 0.187 0.153 0.153 0.122 0.086 0.029 90 G 0.250 0.183 0.154 0.161 0.127 0.094 0.031 91 V 0.267 0.137 0.126 0.151 0.154 0.126 0.038 92 Y 0.253 0.147 0.139 0.152 0.154 0.117 0.038 93 F 0.304 0.153 0.132 0.140 0.134 0.109 0.028 94 V 0.292 0.161 0.146 0.166 0.137 0.084 0.014 95 R 0.392 0.252 0.151 0.115 0.060 0.026 0.003 96 R 0.476 0.233 0.127 0.094 0.051 0.017 0.002 97 V 0.511 0.208 0.128 0.094 0.043 0.014 0.002 98 N 0.730 0.179 0.057 0.024 0.008 0.002 0.001