# TARGET T0239 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.019 0.398 0.011 0.050 0.213 0.004 0.001 0.005 0.091 0.092 0.036 0.062 2 K 0.025 0.010 0.361 0.024 0.062 0.193 0.005 0.001 0.007 0.101 0.082 0.054 0.075 3 K 0.034 0.007 0.188 0.056 0.062 0.175 0.008 0.003 0.023 0.182 0.086 0.087 0.091 4 H 0.088 0.006 0.165 0.061 0.030 0.102 0.023 0.010 0.062 0.100 0.065 0.101 0.187 5 I 0.210 0.012 0.079 0.011 0.006 0.037 0.076 0.029 0.105 0.021 0.008 0.207 0.199 6 I 0.279 0.010 0.047 0.010 0.003 0.028 0.087 0.048 0.130 0.005 0.004 0.157 0.191 7 I 0.310 0.005 0.084 0.060 0.005 0.024 0.090 0.035 0.088 0.008 0.008 0.073 0.211 8 K 0.143 0.005 0.151 0.016 0.009 0.024 0.035 0.011 0.077 0.049 0.036 0.349 0.096 9 T 0.031 0.015 0.311 0.009 0.010 0.019 0.014 0.003 0.042 0.079 0.032 0.020 0.417 10 I 0.002 0.017 0.647 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.014 0.151 0.008 0.132 0.015 11 P 0.001 0.009 0.856 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.062 0.013 0.002 0.045 12 K 0.001 0.014 0.471 0.001 0.046 0.238 0.001 0.001 0.001 0.108 0.107 0.006 0.007 13 K 0.001 0.002 0.088 0.001 0.142 0.641 0.001 0.001 0.001 0.029 0.087 0.002 0.005 14 E 0.001 0.001 0.041 0.002 0.128 0.736 0.001 0.001 0.001 0.029 0.051 0.004 0.005 15 E 0.003 0.005 0.069 0.001 0.072 0.760 0.001 0.001 0.004 0.026 0.038 0.010 0.011 16 I 0.008 0.029 0.092 0.003 0.039 0.674 0.003 0.002 0.019 0.022 0.040 0.012 0.056 17 I 0.007 0.021 0.121 0.010 0.029 0.635 0.002 0.001 0.008 0.035 0.093 0.022 0.016 18 S 0.003 0.005 0.233 0.005 0.044 0.489 0.001 0.001 0.004 0.057 0.127 0.007 0.024 19 R 0.002 0.004 0.109 0.002 0.089 0.491 0.001 0.001 0.002 0.108 0.174 0.012 0.007 20 D 0.001 0.008 0.178 0.001 0.092 0.441 0.001 0.001 0.004 0.066 0.189 0.005 0.012 21 L 0.010 0.023 0.146 0.005 0.165 0.384 0.003 0.003 0.013 0.049 0.155 0.012 0.033 22 C 0.020 0.016 0.191 0.023 0.124 0.305 0.004 0.004 0.017 0.091 0.132 0.036 0.036 23 D 0.019 0.005 0.157 0.035 0.139 0.230 0.003 0.004 0.012 0.184 0.151 0.032 0.030 24 C 0.071 0.010 0.153 0.013 0.105 0.212 0.008 0.011 0.038 0.110 0.097 0.053 0.118 25 I 0.134 0.020 0.121 0.014 0.035 0.194 0.036 0.040 0.069 0.045 0.044 0.076 0.170 26 Y 0.215 0.019 0.071 0.024 0.012 0.099 0.043 0.031 0.064 0.029 0.042 0.235 0.116 27 Y 0.198 0.013 0.131 0.024 0.013 0.061 0.033 0.025 0.057 0.046 0.091 0.042 0.266 28 Y 0.105 0.029 0.174 0.013 0.014 0.040 0.017 0.005 0.031 0.093 0.152 0.234 0.093 29 D 0.006 0.009 0.160 0.018 0.015 0.026 0.001 0.001 0.005 0.174 0.529 0.015 0.041 30 N 0.004 0.002 0.128 0.015 0.012 0.008 0.001 0.001 0.002 0.219 0.580 0.015 0.013 31 S 0.108 0.018 0.271 0.011 0.020 0.010 0.010 0.002 0.008 0.118 0.120 0.132 0.172 32 V 0.303 0.024 0.081 0.003 0.008 0.004 0.046 0.003 0.015 0.025 0.013 0.122 0.353 33 I 0.266 0.009 0.064 0.014 0.003 0.002 0.043 0.002 0.011 0.011 0.005 0.420 0.150 34 C 0.157 0.025 0.114 0.019 0.003 0.002 0.023 0.001 0.007 0.020 0.004 0.055 0.570 35 K 0.014 0.005 0.309 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 0.011 0.082 0.017 0.478 0.048 36 P 0.006 0.009 0.393 0.010 0.010 0.003 0.002 0.001 0.007 0.085 0.087 0.010 0.378 37 I 0.009 0.047 0.470 0.020 0.020 0.005 0.003 0.001 0.004 0.175 0.146 0.062 0.037 38 G 0.002 0.024 0.525 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.330 0.026 0.052 0.028 39 P 0.001 0.006 0.319 0.006 0.075 0.025 0.001 0.001 0.002 0.153 0.367 0.003 0.041 40 S 0.009 0.007 0.255 0.036 0.081 0.025 0.003 0.001 0.006 0.217 0.309 0.029 0.024 41 K 0.076 0.021 0.243 0.020 0.068 0.039 0.020 0.004 0.047 0.120 0.059 0.114 0.168 42 V 0.173 0.026 0.165 0.008 0.013 0.036 0.070 0.011 0.084 0.031 0.011 0.096 0.275 43 Y 0.270 0.020 0.092 0.017 0.004 0.029 0.090 0.020 0.073 0.011 0.005 0.250 0.119 44 V 0.152 0.016 0.120 0.013 0.006 0.040 0.063 0.021 0.088 0.018 0.014 0.079 0.369 45 S 0.071 0.011 0.315 0.067 0.018 0.063 0.023 0.009 0.069 0.066 0.053 0.111 0.125 46 T 0.034 0.014 0.307 0.008 0.036 0.061 0.008 0.002 0.034 0.204 0.092 0.106 0.093 47 S 0.008 0.017 0.464 0.003 0.048 0.140 0.002 0.001 0.019 0.110 0.086 0.020 0.083 48 L 0.002 0.007 0.148 0.003 0.167 0.506 0.001 0.001 0.003 0.048 0.096 0.007 0.011 49 E 0.002 0.005 0.064 0.001 0.118 0.621 0.001 0.001 0.002 0.044 0.129 0.007 0.006 50 N 0.002 0.004 0.061 0.001 0.111 0.664 0.001 0.001 0.001 0.028 0.118 0.002 0.007 51 L 0.001 0.003 0.071 0.001 0.044 0.827 0.001 0.001 0.001 0.019 0.026 0.002 0.004 52 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.041 0.904 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.023 0.928 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.001 0.002 54 C 0.001 0.001 0.013 0.001 0.015 0.936 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.001 0.002 55 L 0.001 0.002 0.021 0.001 0.013 0.914 0.001 0.001 0.003 0.012 0.028 0.002 0.003 56 Q 0.002 0.001 0.039 0.001 0.015 0.875 0.001 0.001 0.004 0.014 0.037 0.004 0.005 57 L 0.001 0.001 0.028 0.001 0.014 0.909 0.001 0.001 0.004 0.010 0.025 0.002 0.003 58 H 0.001 0.001 0.015 0.001 0.009 0.931 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.002 0.002 59 Y 0.002 0.002 0.013 0.001 0.010 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.002 0.003 60 F 0.002 0.001 0.023 0.001 0.009 0.933 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 0.002 0.003 61 K 0.001 0.001 0.011 0.001 0.023 0.937 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.001 0.002 62 K 0.002 0.001 0.010 0.001 0.026 0.922 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.003 0.004 63 L 0.003 0.001 0.015 0.001 0.029 0.900 0.001 0.001 0.003 0.007 0.034 0.002 0.005 64 V 0.003 0.002 0.033 0.001 0.014 0.889 0.001 0.001 0.005 0.010 0.029 0.003 0.008 65 K 0.002 0.003 0.045 0.005 0.018 0.794 0.001 0.001 0.004 0.037 0.073 0.013 0.004 66 N 0.003 0.002 0.082 0.003 0.017 0.720 0.001 0.003 0.014 0.039 0.094 0.004 0.017 67 I 0.005 0.003 0.101 0.002 0.014 0.773 0.003 0.004 0.020 0.027 0.025 0.011 0.013 68 E 0.008 0.010 0.101 0.002 0.012 0.683 0.007 0.010 0.058 0.025 0.024 0.035 0.024 69 I 0.019 0.010 0.060 0.005 0.018 0.665 0.011 0.024 0.064 0.014 0.034 0.018 0.058 70 F 0.024 0.011 0.090 0.031 0.029 0.616 0.007 0.017 0.046 0.020 0.040 0.028 0.042 71 D 0.018 0.004 0.073 0.016 0.065 0.635 0.003 0.003 0.011 0.047 0.061 0.029 0.037 72 E 0.012 0.005 0.040 0.002 0.069 0.716 0.003 0.002 0.009 0.030 0.061 0.017 0.034 73 V 0.014 0.018 0.070 0.001 0.067 0.673 0.003 0.005 0.009 0.024 0.060 0.018 0.039 74 H 0.008 0.021 0.103 0.006 0.064 0.511 0.002 0.001 0.004 0.050 0.188 0.015 0.027 75 N 0.003 0.008 0.178 0.004 0.051 0.226 0.001 0.001 0.002 0.155 0.343 0.013 0.016 76 S 0.002 0.015 0.318 0.003 0.040 0.105 0.001 0.001 0.001 0.279 0.222 0.006 0.011 77 K 0.001 0.010 0.582 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.356 0.020 0.004 0.003 78 P 0.001 0.007 0.253 0.002 0.057 0.028 0.001 0.001 0.001 0.130 0.517 0.001 0.004 79 N 0.001 0.019 0.200 0.003 0.073 0.024 0.001 0.001 0.001 0.131 0.538 0.004 0.006 80 C 0.004 0.039 0.424 0.004 0.086 0.047 0.001 0.001 0.004 0.216 0.136 0.015 0.024 81 D 0.014 0.014 0.469 0.022 0.057 0.039 0.002 0.001 0.005 0.181 0.123 0.025 0.048 82 K 0.052 0.009 0.188 0.016 0.085 0.096 0.008 0.003 0.023 0.203 0.140 0.106 0.072 83 C 0.134 0.013 0.210 0.036 0.022 0.062 0.029 0.009 0.046 0.061 0.031 0.052 0.293 84 L 0.236 0.007 0.054 0.021 0.004 0.025 0.038 0.010 0.039 0.016 0.005 0.465 0.081 85 I 0.307 0.008 0.029 0.020 0.001 0.021 0.063 0.027 0.074 0.003 0.002 0.032 0.415 86 V 0.305 0.003 0.025 0.033 0.002 0.016 0.043 0.017 0.048 0.004 0.004 0.445 0.055 87 E 0.248 0.005 0.055 0.027 0.004 0.016 0.041 0.009 0.047 0.013 0.015 0.028 0.490 88 I 0.122 0.013 0.100 0.028 0.011 0.029 0.025 0.007 0.034 0.032 0.087 0.412 0.100 89 G 0.020 0.005 0.088 0.048 0.009 0.015 0.002 0.001 0.005 0.110 0.616 0.026 0.055 90 G 0.053 0.003 0.156 0.046 0.007 0.010 0.005 0.001 0.007 0.173 0.404 0.050 0.086 91 V 0.342 0.008 0.073 0.005 0.004 0.008 0.027 0.003 0.010 0.021 0.012 0.263 0.227 92 Y 0.546 0.005 0.021 0.006 0.002 0.005 0.063 0.005 0.013 0.010 0.003 0.122 0.202 93 F 0.480 0.003 0.019 0.013 0.002 0.008 0.088 0.006 0.014 0.003 0.003 0.200 0.162 94 V 0.446 0.003 0.027 0.045 0.003 0.008 0.066 0.003 0.009 0.006 0.007 0.065 0.313 95 R 0.279 0.002 0.068 0.035 0.006 0.007 0.028 0.001 0.017 0.023 0.009 0.425 0.099 96 R 0.144 0.008 0.086 0.004 0.006 0.005 0.015 0.001 0.012 0.021 0.009 0.074 0.614 97 V 0.069 0.043 0.369 0.037 0.012 0.014 0.011 0.001 0.006 0.064 0.033 0.135 0.206 98 N 0.004 0.013 0.776 0.008 0.009 0.008 0.001 0.001 0.002 0.070 0.023 0.036 0.050