# TARGET T0239 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.148 0.070 0.050 0.078 0.065 0.079 0.116 0.105 0.113 0.096 0.081 2 K 0.128 0.148 0.119 0.208 0.152 0.101 0.075 0.033 0.020 0.010 0.004 3 K 0.159 0.141 0.154 0.201 0.134 0.087 0.065 0.031 0.018 0.008 0.003 4 H 0.026 0.050 0.050 0.154 0.174 0.176 0.178 0.096 0.056 0.029 0.011 5 I 0.006 0.012 0.020 0.039 0.064 0.100 0.192 0.177 0.173 0.134 0.083 6 I 0.010 0.031 0.048 0.109 0.120 0.118 0.192 0.139 0.116 0.074 0.045 7 I 0.009 0.012 0.025 0.051 0.072 0.091 0.204 0.181 0.172 0.120 0.063 8 K 0.101 0.145 0.154 0.249 0.168 0.079 0.061 0.022 0.013 0.005 0.003 9 T 0.088 0.117 0.073 0.170 0.155 0.129 0.138 0.062 0.040 0.020 0.007 10 I 0.022 0.025 0.016 0.047 0.063 0.089 0.182 0.160 0.169 0.137 0.090 11 P 0.247 0.264 0.106 0.132 0.092 0.060 0.058 0.021 0.011 0.005 0.002 12 K 0.487 0.245 0.095 0.095 0.041 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 13 K 0.294 0.222 0.073 0.156 0.102 0.067 0.048 0.019 0.011 0.006 0.003 14 E 0.455 0.133 0.089 0.123 0.074 0.056 0.040 0.015 0.010 0.004 0.002 15 E 0.171 0.183 0.207 0.236 0.102 0.052 0.033 0.009 0.004 0.001 0.001 16 I 0.044 0.045 0.083 0.084 0.090 0.132 0.205 0.138 0.094 0.055 0.030 17 I 0.039 0.037 0.085 0.100 0.121 0.149 0.191 0.106 0.083 0.058 0.031 18 S 0.051 0.120 0.217 0.199 0.126 0.094 0.102 0.042 0.027 0.014 0.008 19 R 0.055 0.081 0.159 0.263 0.194 0.122 0.071 0.028 0.015 0.007 0.003 20 D 0.211 0.148 0.115 0.155 0.120 0.094 0.082 0.035 0.021 0.012 0.007 21 L 0.018 0.041 0.066 0.110 0.114 0.128 0.198 0.120 0.106 0.065 0.034 22 C 0.016 0.018 0.030 0.046 0.067 0.094 0.212 0.175 0.163 0.114 0.064 23 D 0.066 0.140 0.158 0.288 0.156 0.090 0.057 0.023 0.013 0.006 0.003 24 C 0.006 0.013 0.021 0.040 0.049 0.078 0.187 0.177 0.188 0.152 0.088 25 I 0.017 0.023 0.028 0.084 0.083 0.090 0.138 0.144 0.162 0.134 0.097 26 Y 0.010 0.023 0.025 0.070 0.096 0.126 0.223 0.163 0.144 0.080 0.040 27 Y 0.012 0.029 0.046 0.113 0.108 0.115 0.162 0.144 0.136 0.089 0.045 28 Y 0.019 0.026 0.020 0.067 0.095 0.120 0.205 0.165 0.142 0.089 0.051 29 D 0.154 0.162 0.085 0.205 0.134 0.091 0.081 0.043 0.027 0.013 0.005 30 N 0.177 0.141 0.078 0.173 0.130 0.107 0.090 0.048 0.031 0.018 0.007 31 S 0.168 0.175 0.078 0.172 0.120 0.090 0.082 0.048 0.034 0.021 0.012 32 V 0.037 0.047 0.026 0.076 0.094 0.110 0.177 0.156 0.133 0.092 0.052 33 I 0.036 0.068 0.036 0.109 0.126 0.123 0.183 0.121 0.101 0.060 0.037 34 C 0.016 0.020 0.015 0.043 0.056 0.072 0.146 0.158 0.181 0.159 0.134 35 K 0.173 0.193 0.086 0.222 0.154 0.074 0.051 0.023 0.013 0.007 0.003 36 P 0.237 0.115 0.047 0.139 0.117 0.101 0.103 0.057 0.045 0.026 0.014 37 I 0.079 0.064 0.023 0.083 0.093 0.104 0.168 0.132 0.116 0.087 0.051 38 G 0.235 0.218 0.049 0.128 0.096 0.073 0.080 0.047 0.036 0.023 0.015 39 P 0.336 0.146 0.060 0.132 0.092 0.074 0.063 0.037 0.027 0.019 0.013 40 S 0.330 0.160 0.048 0.115 0.091 0.077 0.078 0.042 0.030 0.019 0.010 41 K 0.172 0.188 0.099 0.238 0.142 0.076 0.046 0.020 0.011 0.005 0.003 42 V 0.062 0.045 0.030 0.070 0.084 0.103 0.167 0.139 0.136 0.101 0.062 43 Y 0.023 0.061 0.070 0.147 0.159 0.152 0.164 0.094 0.068 0.040 0.022 44 V 0.029 0.043 0.041 0.083 0.084 0.090 0.167 0.145 0.137 0.111 0.069 45 S 0.141 0.102 0.112 0.196 0.145 0.102 0.096 0.047 0.032 0.016 0.009 46 T 0.182 0.152 0.115 0.150 0.126 0.097 0.090 0.040 0.026 0.014 0.007 47 S 0.086 0.224 0.107 0.184 0.106 0.084 0.087 0.047 0.035 0.026 0.013 48 L 0.051 0.039 0.046 0.080 0.106 0.143 0.222 0.115 0.102 0.061 0.036 49 E 0.531 0.156 0.179 0.084 0.028 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 50 N 0.024 0.114 0.129 0.244 0.163 0.144 0.115 0.038 0.017 0.008 0.003 51 L 0.008 0.009 0.023 0.028 0.048 0.096 0.197 0.171 0.184 0.139 0.097 52 E 0.170 0.101 0.244 0.242 0.130 0.066 0.035 0.008 0.003 0.001 0.001 53 K 0.016 0.072 0.358 0.311 0.142 0.064 0.029 0.005 0.002 0.001 0.001 54 C 0.006 0.005 0.037 0.023 0.026 0.049 0.156 0.171 0.212 0.187 0.128 55 L 0.005 0.004 0.048 0.053 0.078 0.137 0.302 0.176 0.107 0.063 0.026 56 Q 0.002 0.029 0.510 0.199 0.121 0.069 0.042 0.016 0.007 0.003 0.001 57 L 0.003 0.014 0.074 0.080 0.107 0.172 0.246 0.131 0.093 0.057 0.022 58 H 0.143 0.075 0.151 0.102 0.084 0.079 0.148 0.092 0.070 0.038 0.017 59 Y 0.008 0.030 0.097 0.105 0.119 0.139 0.230 0.117 0.083 0.049 0.024 60 F 0.006 0.017 0.128 0.065 0.062 0.076 0.170 0.147 0.152 0.114 0.063 61 K 0.042 0.051 0.221 0.263 0.191 0.114 0.077 0.023 0.012 0.004 0.002 62 K 0.071 0.090 0.402 0.172 0.113 0.076 0.051 0.015 0.007 0.002 0.001 63 L 0.005 0.010 0.035 0.044 0.052 0.093 0.214 0.177 0.173 0.129 0.068 64 V 0.007 0.012 0.042 0.046 0.069 0.108 0.263 0.184 0.143 0.083 0.043 65 K 0.054 0.092 0.547 0.178 0.079 0.031 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 66 N 0.067 0.141 0.162 0.186 0.156 0.126 0.102 0.032 0.017 0.009 0.003 67 I 0.017 0.017 0.021 0.034 0.044 0.069 0.170 0.166 0.211 0.156 0.094 68 E 0.317 0.209 0.209 0.148 0.067 0.029 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 69 I 0.016 0.040 0.095 0.106 0.111 0.129 0.192 0.121 0.097 0.062 0.030 70 F 0.017 0.023 0.033 0.054 0.073 0.109 0.201 0.157 0.148 0.107 0.077 71 D 0.116 0.117 0.168 0.211 0.148 0.097 0.079 0.031 0.020 0.009 0.004 72 E 0.111 0.139 0.234 0.189 0.126 0.085 0.064 0.025 0.015 0.008 0.004 73 V 0.042 0.037 0.048 0.067 0.074 0.090 0.163 0.135 0.145 0.121 0.078 74 H 0.108 0.101 0.065 0.126 0.118 0.116 0.172 0.083 0.059 0.033 0.019 75 N 0.256 0.176 0.157 0.150 0.095 0.058 0.052 0.024 0.017 0.009 0.004 76 S 0.252 0.158 0.074 0.135 0.101 0.087 0.086 0.045 0.029 0.021 0.012 77 K 0.203 0.190 0.062 0.165 0.124 0.088 0.081 0.039 0.026 0.015 0.008 78 P 0.389 0.125 0.052 0.102 0.083 0.078 0.071 0.040 0.030 0.019 0.010 79 N 0.199 0.283 0.086 0.187 0.110 0.062 0.044 0.015 0.008 0.004 0.002 80 C 0.024 0.026 0.016 0.054 0.076 0.096 0.173 0.173 0.162 0.115 0.086 81 D 0.293 0.216 0.088 0.195 0.114 0.053 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 82 K 0.068 0.125 0.103 0.303 0.193 0.114 0.064 0.018 0.008 0.003 0.001 83 C 0.005 0.006 0.005 0.022 0.032 0.059 0.139 0.184 0.217 0.193 0.138 84 L 0.011 0.025 0.031 0.097 0.122 0.144 0.218 0.139 0.110 0.063 0.040 85 I 0.007 0.018 0.034 0.067 0.065 0.084 0.163 0.155 0.163 0.141 0.104 86 V 0.010 0.019 0.029 0.081 0.095 0.112 0.176 0.152 0.143 0.109 0.075 87 E 0.066 0.093 0.063 0.173 0.154 0.125 0.138 0.082 0.059 0.030 0.016 88 I 0.046 0.041 0.037 0.081 0.077 0.088 0.146 0.128 0.141 0.123 0.092 89 G 0.125 0.144 0.077 0.170 0.131 0.106 0.105 0.059 0.043 0.026 0.014 90 G 0.110 0.129 0.057 0.132 0.114 0.107 0.132 0.081 0.065 0.046 0.027 91 V 0.053 0.058 0.044 0.089 0.086 0.098 0.133 0.112 0.127 0.110 0.090 92 Y 0.033 0.047 0.042 0.099 0.111 0.132 0.186 0.126 0.110 0.071 0.044 93 F 0.027 0.036 0.041 0.080 0.073 0.074 0.150 0.145 0.154 0.130 0.090 94 V 0.022 0.029 0.042 0.085 0.080 0.089 0.137 0.131 0.151 0.136 0.098 95 R 0.049 0.064 0.096 0.177 0.167 0.141 0.137 0.077 0.054 0.026 0.012 96 R 0.072 0.078 0.096 0.158 0.131 0.132 0.151 0.080 0.054 0.033 0.015 97 V 0.070 0.064 0.061 0.091 0.087 0.089 0.140 0.115 0.118 0.103 0.061 98 N 0.249 0.199 0.062 0.140 0.108 0.071 0.069 0.041 0.033 0.019 0.010