# TARGET T0239 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.013 0.043 0.219 0.077 0.086 0.460 2 K 0.178 0.016 0.045 0.179 0.056 0.098 0.428 3 K 0.335 0.007 0.039 0.157 0.145 0.095 0.222 4 H 0.648 0.007 0.017 0.064 0.055 0.030 0.178 5 I 0.882 0.007 0.005 0.041 0.010 0.010 0.046 6 I 0.901 0.010 0.004 0.043 0.004 0.008 0.030 7 I 0.869 0.005 0.005 0.033 0.007 0.009 0.072 8 K 0.664 0.006 0.011 0.029 0.056 0.032 0.202 9 T 0.612 0.018 0.016 0.031 0.090 0.041 0.192 10 I 0.236 0.017 0.004 0.017 0.235 0.006 0.485 11 P 0.097 0.009 0.012 0.026 0.066 0.025 0.764 12 K 0.068 0.022 0.045 0.103 0.185 0.122 0.454 13 K 0.039 0.009 0.133 0.357 0.096 0.129 0.237 14 E 0.063 0.005 0.133 0.430 0.099 0.090 0.180 15 E 0.114 0.008 0.066 0.516 0.056 0.075 0.166 16 I 0.203 0.029 0.051 0.435 0.065 0.051 0.165 17 I 0.236 0.036 0.035 0.354 0.068 0.083 0.188 18 S 0.180 0.017 0.050 0.236 0.098 0.118 0.302 19 R 0.040 0.005 0.166 0.331 0.144 0.223 0.092 20 D 0.067 0.014 0.220 0.235 0.113 0.188 0.164 21 L 0.043 0.017 0.421 0.215 0.041 0.166 0.096 22 C 0.099 0.024 0.328 0.138 0.074 0.153 0.183 23 D 0.146 0.004 0.261 0.101 0.192 0.130 0.165 24 C 0.505 0.011 0.148 0.096 0.056 0.070 0.114 25 I 0.820 0.012 0.018 0.059 0.016 0.020 0.055 26 Y 0.905 0.010 0.008 0.037 0.007 0.007 0.026 27 Y 0.852 0.007 0.007 0.034 0.006 0.019 0.077 28 Y 0.626 0.015 0.013 0.018 0.055 0.090 0.184 29 D 0.174 0.007 0.020 0.010 0.185 0.492 0.111 30 N 0.082 0.002 0.025 0.004 0.255 0.503 0.130 31 S 0.387 0.016 0.018 0.006 0.128 0.069 0.376 32 V 0.836 0.019 0.006 0.002 0.025 0.014 0.097 33 I 0.911 0.011 0.003 0.001 0.009 0.004 0.060 34 C 0.862 0.008 0.003 0.002 0.013 0.004 0.110 35 K 0.786 0.007 0.005 0.002 0.065 0.005 0.129 36 P 0.646 0.011 0.010 0.003 0.041 0.016 0.273 37 I 0.464 0.047 0.010 0.004 0.144 0.054 0.276 38 G 0.163 0.012 0.003 0.001 0.207 0.019 0.596 39 P 0.060 0.005 0.071 0.010 0.161 0.358 0.336 40 S 0.114 0.006 0.097 0.017 0.227 0.376 0.162 41 K 0.490 0.011 0.064 0.018 0.135 0.073 0.210 42 V 0.839 0.013 0.004 0.015 0.012 0.005 0.113 43 Y 0.896 0.010 0.002 0.035 0.006 0.004 0.047 44 V 0.841 0.010 0.002 0.052 0.008 0.010 0.077 45 S 0.577 0.007 0.004 0.051 0.058 0.053 0.251 46 T 0.349 0.012 0.011 0.029 0.278 0.081 0.240 47 S 0.308 0.022 0.026 0.079 0.196 0.070 0.298 48 L 0.085 0.008 0.143 0.539 0.059 0.066 0.099 49 E 0.035 0.005 0.147 0.575 0.063 0.128 0.046 50 N 0.027 0.009 0.111 0.633 0.041 0.094 0.085 51 L 0.006 0.002 0.034 0.907 0.007 0.015 0.029 52 E 0.003 0.001 0.035 0.936 0.003 0.014 0.009 53 K 0.003 0.001 0.023 0.951 0.003 0.015 0.005 54 C 0.005 0.001 0.026 0.938 0.004 0.018 0.008 55 L 0.009 0.003 0.026 0.902 0.008 0.040 0.012 56 Q 0.011 0.002 0.015 0.871 0.011 0.071 0.019 57 L 0.007 0.001 0.011 0.883 0.015 0.046 0.037 58 H 0.007 0.002 0.009 0.841 0.023 0.075 0.042 59 Y 0.018 0.008 0.018 0.760 0.029 0.071 0.095 60 F 0.016 0.002 0.020 0.889 0.014 0.021 0.038 61 K 0.011 0.001 0.030 0.919 0.012 0.011 0.016 62 K 0.013 0.001 0.046 0.902 0.010 0.019 0.010 63 L 0.014 0.002 0.027 0.911 0.007 0.028 0.010 64 V 0.018 0.003 0.031 0.888 0.009 0.037 0.014 65 K 0.022 0.003 0.026 0.744 0.027 0.163 0.015 66 N 0.026 0.001 0.022 0.521 0.043 0.339 0.048 67 I 0.072 0.011 0.011 0.429 0.060 0.040 0.376 68 E 0.146 0.016 0.028 0.296 0.045 0.050 0.419 69 I 0.303 0.028 0.042 0.370 0.046 0.038 0.171 70 F 0.221 0.012 0.052 0.446 0.038 0.032 0.200 71 D 0.160 0.006 0.105 0.457 0.066 0.045 0.161 72 E 0.092 0.005 0.140 0.546 0.048 0.073 0.095 73 V 0.111 0.017 0.138 0.458 0.054 0.119 0.104 74 H 0.093 0.017 0.095 0.312 0.075 0.295 0.112 75 N 0.050 0.009 0.056 0.109 0.155 0.447 0.173 76 S 0.045 0.017 0.033 0.055 0.399 0.181 0.270 77 K 0.030 0.016 0.020 0.010 0.392 0.029 0.504 78 P 0.019 0.009 0.117 0.023 0.129 0.525 0.179 79 N 0.033 0.028 0.128 0.015 0.110 0.443 0.243 80 C 0.093 0.028 0.121 0.012 0.124 0.066 0.556 81 D 0.089 0.006 0.072 0.011 0.324 0.174 0.324 82 K 0.518 0.006 0.044 0.003 0.160 0.148 0.122 83 C 0.865 0.009 0.004 0.001 0.014 0.005 0.102 84 L 0.969 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.020 85 I 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 86 V 0.961 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.030 87 E 0.958 0.004 0.001 0.003 0.004 0.003 0.027 88 I 0.829 0.015 0.003 0.005 0.013 0.042 0.093 89 G 0.288 0.001 0.004 0.003 0.160 0.413 0.131 90 G 0.340 0.001 0.007 0.004 0.219 0.310 0.119 91 V 0.884 0.011 0.002 0.003 0.018 0.014 0.067 92 Y 0.957 0.003 0.002 0.002 0.011 0.004 0.022 93 F 0.960 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.024 94 V 0.934 0.001 0.003 0.007 0.009 0.002 0.044 95 R 0.900 0.003 0.004 0.008 0.027 0.004 0.055 96 R 0.703 0.011 0.011 0.014 0.053 0.021 0.189 97 V 0.242 0.017 0.002 0.012 0.049 0.011 0.666 98 N 0.019 0.002 0.001 0.002 0.009 0.004 0.963