# TARGET T0239 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.129 0.043 0.015 0.154 0.015 0.030 0.258 0.101 0.107 0.042 2 K 0.049 0.129 0.052 0.026 0.115 0.036 0.062 0.366 0.102 0.046 0.019 3 K 0.094 0.128 0.034 0.017 0.196 0.027 0.067 0.248 0.078 0.078 0.033 4 H 0.198 0.143 0.026 0.009 0.424 0.009 0.019 0.050 0.021 0.049 0.052 5 I 0.215 0.179 0.018 0.002 0.537 0.002 0.003 0.016 0.004 0.006 0.017 6 I 0.219 0.134 0.016 0.003 0.549 0.002 0.005 0.025 0.006 0.010 0.033 7 I 0.256 0.134 0.024 0.008 0.401 0.013 0.022 0.047 0.017 0.024 0.053 8 K 0.103 0.244 0.070 0.012 0.381 0.014 0.040 0.070 0.022 0.019 0.025 9 T 0.214 0.167 0.071 0.009 0.300 0.007 0.019 0.043 0.025 0.067 0.077 10 I 0.040 0.448 0.278 0.021 0.141 0.005 0.010 0.028 0.010 0.009 0.010 11 P 0.034 0.476 0.188 0.020 0.138 0.015 0.020 0.063 0.022 0.012 0.011 12 K 0.041 0.216 0.095 0.014 0.091 0.017 0.045 0.241 0.147 0.068 0.024 13 K 0.055 0.114 0.061 0.020 0.085 0.020 0.032 0.292 0.172 0.108 0.042 14 E 0.040 0.161 0.041 0.013 0.116 0.014 0.034 0.356 0.154 0.056 0.017 15 E 0.099 0.099 0.028 0.006 0.166 0.008 0.039 0.324 0.095 0.094 0.043 16 I 0.117 0.119 0.025 0.005 0.193 0.012 0.038 0.311 0.080 0.060 0.041 17 I 0.098 0.164 0.065 0.024 0.175 0.024 0.043 0.216 0.067 0.073 0.051 18 S 0.092 0.204 0.086 0.018 0.213 0.010 0.021 0.146 0.077 0.087 0.045 19 R 0.021 0.089 0.035 0.011 0.053 0.026 0.055 0.390 0.254 0.053 0.014 20 D 0.069 0.062 0.031 0.013 0.080 0.010 0.073 0.329 0.138 0.142 0.053 21 L 0.051 0.059 0.014 0.008 0.060 0.012 0.040 0.282 0.189 0.258 0.027 22 C 0.089 0.157 0.049 0.025 0.203 0.025 0.034 0.213 0.107 0.059 0.039 23 D 0.070 0.044 0.029 0.038 0.081 0.064 0.108 0.294 0.126 0.100 0.044 24 C 0.199 0.094 0.031 0.010 0.338 0.008 0.027 0.108 0.055 0.086 0.043 25 I 0.297 0.072 0.008 0.003 0.402 0.008 0.017 0.069 0.038 0.027 0.059 26 Y 0.198 0.158 0.024 0.005 0.449 0.009 0.015 0.042 0.017 0.034 0.048 27 Y 0.308 0.091 0.025 0.009 0.289 0.011 0.025 0.053 0.020 0.081 0.087 28 Y 0.121 0.092 0.097 0.187 0.123 0.108 0.046 0.055 0.045 0.076 0.049 29 D 0.021 0.053 0.047 0.231 0.041 0.153 0.154 0.165 0.076 0.044 0.016 30 N 0.021 0.042 0.026 0.026 0.032 0.014 0.021 0.103 0.180 0.488 0.046 31 S 0.073 0.227 0.069 0.013 0.264 0.009 0.029 0.078 0.089 0.121 0.028 32 V 0.224 0.167 0.025 0.002 0.490 0.002 0.006 0.020 0.015 0.017 0.032 33 I 0.179 0.176 0.047 0.006 0.480 0.007 0.016 0.021 0.010 0.015 0.043 34 C 0.241 0.157 0.104 0.024 0.282 0.012 0.016 0.018 0.012 0.052 0.083 35 K 0.036 0.351 0.353 0.039 0.151 0.017 0.015 0.017 0.006 0.007 0.009 36 P 0.176 0.234 0.119 0.016 0.278 0.015 0.023 0.035 0.019 0.031 0.054 37 I 0.076 0.171 0.123 0.098 0.119 0.064 0.087 0.059 0.060 0.088 0.055 38 G 0.023 0.165 0.371 0.239 0.061 0.051 0.015 0.019 0.014 0.028 0.015 39 P 0.097 0.164 0.064 0.035 0.165 0.033 0.061 0.121 0.112 0.101 0.047 40 S 0.090 0.189 0.064 0.027 0.203 0.039 0.063 0.095 0.088 0.097 0.045 41 K 0.222 0.125 0.023 0.008 0.417 0.011 0.022 0.039 0.032 0.050 0.052 42 V 0.227 0.135 0.017 0.003 0.553 0.004 0.007 0.013 0.006 0.009 0.027 43 Y 0.239 0.153 0.020 0.003 0.504 0.003 0.005 0.014 0.005 0.011 0.043 44 V 0.237 0.149 0.022 0.008 0.411 0.009 0.012 0.037 0.013 0.028 0.074 45 S 0.230 0.119 0.033 0.017 0.304 0.019 0.033 0.064 0.030 0.052 0.099 46 T 0.077 0.181 0.071 0.018 0.173 0.018 0.037 0.190 0.108 0.087 0.039 47 S 0.079 0.323 0.123 0.008 0.157 0.004 0.011 0.189 0.037 0.043 0.025 48 L 0.042 0.032 0.007 0.004 0.046 0.006 0.009 0.552 0.219 0.058 0.026 49 E 0.004 0.024 0.011 0.008 0.015 0.032 0.042 0.758 0.094 0.008 0.003 50 N 0.036 0.025 0.012 0.002 0.028 0.001 0.006 0.633 0.072 0.163 0.020 51 L 0.007 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.003 0.802 0.136 0.035 0.003 52 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.894 0.076 0.004 0.001 53 K 0.003 0.005 0.002 0.002 0.006 0.002 0.014 0.883 0.067 0.016 0.001 54 C 0.004 0.005 0.002 0.001 0.008 0.004 0.017 0.891 0.052 0.014 0.002 55 L 0.014 0.026 0.005 0.001 0.024 0.003 0.009 0.766 0.099 0.044 0.008 56 Q 0.016 0.019 0.005 0.001 0.021 0.002 0.013 0.746 0.095 0.072 0.009 57 L 0.017 0.029 0.006 0.003 0.028 0.006 0.022 0.743 0.102 0.036 0.010 58 H 0.007 0.020 0.009 0.006 0.018 0.015 0.045 0.753 0.106 0.017 0.005 59 Y 0.013 0.012 0.006 0.002 0.012 0.001 0.011 0.823 0.078 0.036 0.005 60 F 0.008 0.012 0.004 0.003 0.013 0.003 0.008 0.756 0.142 0.047 0.004 61 K 0.003 0.008 0.002 0.002 0.006 0.004 0.012 0.850 0.105 0.006 0.002 62 K 0.006 0.006 0.003 0.001 0.009 0.002 0.020 0.864 0.075 0.010 0.002 63 L 0.004 0.007 0.004 0.003 0.006 0.007 0.030 0.815 0.090 0.031 0.003 64 V 0.030 0.027 0.006 0.004 0.042 0.006 0.019 0.668 0.139 0.040 0.019 65 K 0.002 0.030 0.018 0.010 0.008 0.043 0.105 0.681 0.085 0.016 0.002 66 N 0.055 0.033 0.013 0.003 0.051 0.002 0.013 0.275 0.099 0.394 0.062 67 I 0.130 0.093 0.012 0.001 0.154 0.002 0.007 0.348 0.150 0.056 0.046 68 E 0.043 0.069 0.013 0.004 0.115 0.010 0.047 0.502 0.146 0.035 0.017 69 I 0.088 0.063 0.021 0.006 0.101 0.006 0.030 0.516 0.093 0.053 0.024 70 F 0.074 0.085 0.042 0.023 0.132 0.018 0.037 0.347 0.120 0.091 0.031 71 D 0.027 0.076 0.028 0.016 0.064 0.040 0.055 0.490 0.145 0.045 0.014 72 E 0.086 0.072 0.038 0.006 0.103 0.007 0.040 0.394 0.111 0.105 0.039 73 V 0.057 0.053 0.027 0.029 0.068 0.048 0.083 0.337 0.125 0.131 0.042 74 H 0.046 0.176 0.086 0.093 0.117 0.066 0.092 0.156 0.077 0.064 0.028 75 N 0.068 0.064 0.054 0.033 0.085 0.020 0.036 0.166 0.130 0.271 0.074 76 S 0.054 0.154 0.116 0.034 0.112 0.028 0.057 0.119 0.101 0.183 0.043 77 K 0.059 0.352 0.270 0.029 0.175 0.009 0.012 0.040 0.020 0.015 0.018 78 P 0.034 0.187 0.090 0.028 0.089 0.051 0.128 0.224 0.122 0.033 0.016 79 N 0.058 0.073 0.050 0.019 0.065 0.018 0.031 0.067 0.102 0.431 0.086 80 C 0.143 0.170 0.074 0.019 0.221 0.015 0.017 0.081 0.097 0.095 0.067 81 D 0.025 0.051 0.024 0.029 0.052 0.084 0.165 0.333 0.139 0.080 0.018 82 K 0.156 0.110 0.040 0.016 0.226 0.009 0.025 0.070 0.074 0.207 0.066 83 C 0.230 0.149 0.024 0.004 0.528 0.003 0.004 0.012 0.007 0.011 0.030 84 L 0.143 0.192 0.019 0.002 0.594 0.002 0.003 0.016 0.005 0.006 0.018 85 I 0.396 0.057 0.005 0.001 0.450 0.002 0.005 0.012 0.005 0.009 0.059 86 V 0.189 0.188 0.023 0.013 0.447 0.022 0.026 0.043 0.012 0.013 0.023 87 E 0.366 0.089 0.035 0.009 0.352 0.009 0.019 0.033 0.009 0.015 0.063 88 I 0.090 0.051 0.030 0.158 0.080 0.196 0.137 0.127 0.037 0.047 0.047 89 G 0.010 0.049 0.082 0.416 0.014 0.095 0.061 0.056 0.049 0.148 0.019 90 G 0.023 0.139 0.161 0.211 0.057 0.065 0.015 0.073 0.058 0.174 0.024 91 V 0.315 0.091 0.011 0.004 0.407 0.005 0.013 0.041 0.025 0.025 0.063 92 Y 0.208 0.150 0.034 0.013 0.469 0.021 0.024 0.026 0.009 0.010 0.034 93 F 0.307 0.113 0.017 0.005 0.493 0.003 0.006 0.019 0.005 0.008 0.025 94 V 0.419 0.055 0.014 0.010 0.316 0.016 0.017 0.038 0.018 0.025 0.073 95 R 0.119 0.225 0.044 0.022 0.326 0.041 0.048 0.097 0.028 0.019 0.031 96 R 0.312 0.110 0.029 0.005 0.325 0.004 0.015 0.052 0.018 0.048 0.083 97 V 0.101 0.200 0.049 0.049 0.197 0.063 0.053 0.110 0.063 0.065 0.050 98 N 0.128 0.191 0.111 0.058 0.212 0.033 0.032 0.080 0.048 0.058 0.048