# TARGET T0238 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0238.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.004 0.005 0.050 0.252 0.677 2 K 0.024 0.016 0.014 0.150 0.242 0.554 3 K 0.025 0.014 0.031 0.304 0.277 0.349 4 A 0.029 0.007 0.032 0.467 0.223 0.242 5 K 0.020 0.012 0.024 0.540 0.143 0.261 6 L 0.013 0.012 0.028 0.673 0.114 0.160 7 N 0.011 0.003 0.020 0.788 0.063 0.114 8 I 0.015 0.002 0.021 0.884 0.029 0.049 9 I 0.031 0.005 0.019 0.899 0.016 0.031 10 K 0.036 0.003 0.017 0.903 0.013 0.029 11 I 0.011 0.001 0.021 0.914 0.014 0.039 12 N 0.001 0.001 0.031 0.947 0.006 0.014 13 I 0.001 0.001 0.033 0.961 0.003 0.002 14 I 0.001 0.001 0.016 0.978 0.003 0.001 15 A 0.001 0.001 0.007 0.984 0.005 0.003 16 M 0.001 0.001 0.006 0.975 0.008 0.009 17 I 0.004 0.001 0.008 0.960 0.011 0.016 18 L 0.010 0.003 0.018 0.945 0.013 0.012 19 T 0.032 0.004 0.021 0.924 0.011 0.009 20 L 0.037 0.001 0.018 0.919 0.012 0.012 21 I 0.049 0.001 0.013 0.911 0.011 0.014 22 C 0.089 0.003 0.015 0.835 0.023 0.036 23 T 0.100 0.003 0.020 0.773 0.046 0.059 24 S 0.168 0.018 0.020 0.559 0.086 0.149 25 C 0.156 0.038 0.024 0.314 0.177 0.292 26 A 0.090 0.024 0.016 0.133 0.556 0.180 27 P 0.042 0.008 0.035 0.101 0.690 0.124 28 F 0.030 0.013 0.035 0.035 0.830 0.058 29 S 0.051 0.017 0.039 0.031 0.792 0.070 30 K 0.097 0.059 0.028 0.040 0.528 0.248 31 I 0.108 0.126 0.017 0.039 0.396 0.314 32 D 0.047 0.024 0.012 0.035 0.584 0.298 33 P 0.016 0.011 0.113 0.197 0.529 0.134 34 K 0.019 0.011 0.127 0.185 0.545 0.112 35 A 0.031 0.009 0.151 0.209 0.491 0.109 36 N 0.056 0.030 0.052 0.207 0.311 0.343 37 A 0.064 0.039 0.063 0.325 0.251 0.258 38 N 0.051 0.013 0.043 0.185 0.304 0.403 39 T 0.046 0.013 0.059 0.158 0.285 0.440 40 K 0.071 0.035 0.067 0.158 0.318 0.352 41 P 0.088 0.016 0.085 0.215 0.308 0.288 42 K 0.088 0.019 0.075 0.114 0.407 0.298 43 K 0.134 0.024 0.053 0.087 0.373 0.329 44 I 0.120 0.046 0.035 0.062 0.331 0.407 45 T 0.068 0.066 0.015 0.043 0.256 0.552 46 N 0.037 0.018 0.016 0.024 0.511 0.394 47 P 0.022 0.015 0.122 0.073 0.586 0.183 48 G 0.028 0.020 0.093 0.035 0.753 0.071 49 E 0.057 0.024 0.118 0.027 0.721 0.053 50 N 0.082 0.017 0.055 0.028 0.534 0.284 51 T 0.201 0.037 0.069 0.051 0.407 0.235 52 Q 0.288 0.047 0.043 0.064 0.270 0.288 53 N 0.269 0.025 0.027 0.071 0.200 0.408 54 F 0.255 0.020 0.094 0.125 0.282 0.224 55 E 0.223 0.014 0.088 0.158 0.273 0.244 56 D 0.249 0.018 0.093 0.122 0.342 0.177 57 K 0.205 0.027 0.055 0.182 0.292 0.239 58 S 0.174 0.027 0.061 0.149 0.351 0.238 59 G 0.164 0.015 0.062 0.132 0.408 0.219 60 D 0.155 0.016 0.056 0.086 0.393 0.293 61 L 0.229 0.041 0.053 0.072 0.363 0.243 62 S 0.227 0.022 0.034 0.063 0.350 0.304 63 T 0.133 0.026 0.039 0.078 0.533 0.192 64 S 0.042 0.008 0.058 0.145 0.605 0.141 65 D 0.038 0.007 0.058 0.272 0.478 0.147 66 E 0.075 0.007 0.040 0.363 0.374 0.141 67 K 0.130 0.018 0.023 0.379 0.198 0.252 68 I 0.271 0.023 0.027 0.366 0.114 0.198 69 M 0.340 0.008 0.023 0.450 0.062 0.116 70 E 0.303 0.003 0.022 0.592 0.029 0.051 71 T 0.209 0.012 0.013 0.701 0.020 0.045 72 I 0.069 0.004 0.011 0.864 0.012 0.041 73 A 0.012 0.001 0.042 0.925 0.009 0.012 74 S 0.008 0.001 0.073 0.899 0.012 0.007 75 E 0.004 0.001 0.064 0.915 0.011 0.006 76 L 0.006 0.001 0.022 0.947 0.013 0.010 77 K 0.005 0.001 0.026 0.936 0.022 0.010 78 A 0.006 0.001 0.018 0.838 0.076 0.062 79 I 0.005 0.002 0.014 0.484 0.160 0.336 80 G 0.003 0.004 0.010 0.184 0.193 0.606 81 K 0.002 0.004 0.059 0.535 0.192 0.208 82 E 0.002 0.004 0.084 0.645 0.159 0.105 83 L 0.002 0.003 0.144 0.670 0.139 0.043 84 E 0.005 0.002 0.103 0.684 0.147 0.059 85 D 0.005 0.002 0.082 0.739 0.114 0.058 86 Q 0.006 0.007 0.047 0.804 0.092 0.044 87 K 0.008 0.004 0.041 0.795 0.101 0.051 88 K 0.012 0.004 0.022 0.756 0.113 0.093 89 E 0.018 0.005 0.022 0.659 0.143 0.154 90 E 0.027 0.007 0.016 0.561 0.152 0.237 91 N 0.055 0.008 0.020 0.352 0.199 0.367 92 I 0.098 0.018 0.033 0.351 0.194 0.305 93 Q 0.132 0.019 0.044 0.358 0.130 0.316 94 I 0.095 0.009 0.150 0.493 0.100 0.153 95 A 0.076 0.010 0.153 0.535 0.105 0.122 96 K 0.074 0.009 0.124 0.438 0.149 0.206 97 I 0.061 0.011 0.053 0.363 0.199 0.313 98 A 0.024 0.007 0.053 0.404 0.236 0.276 99 K 0.010 0.002 0.072 0.497 0.246 0.173 100 E 0.019 0.009 0.112 0.504 0.238 0.119 101 K 0.031 0.015 0.106 0.493 0.234 0.120 102 F 0.033 0.007 0.114 0.487 0.211 0.149 103 D 0.049 0.015 0.125 0.334 0.309 0.168 104 F 0.046 0.013 0.164 0.346 0.263 0.168 105 L 0.090 0.011 0.231 0.299 0.244 0.124 106 S 0.157 0.009 0.187 0.321 0.194 0.132 107 T 0.252 0.008 0.107 0.262 0.178 0.193 108 F 0.377 0.032 0.040 0.166 0.156 0.229 109 K 0.359 0.028 0.020 0.093 0.217 0.284 110 V 0.219 0.014 0.024 0.099 0.313 0.331 111 G 0.065 0.009 0.019 0.069 0.435 0.402 112 P 0.067 0.013 0.043 0.102 0.498 0.278 113 Y 0.048 0.008 0.090 0.277 0.363 0.214 114 D 0.064 0.016 0.100 0.326 0.317 0.178 115 L 0.081 0.011 0.094 0.378 0.284 0.152 116 I 0.084 0.013 0.060 0.427 0.224 0.192 117 D 0.075 0.010 0.057 0.538 0.196 0.125 118 E 0.032 0.003 0.041 0.655 0.165 0.104 119 D 0.039 0.006 0.025 0.570 0.174 0.186 120 I 0.021 0.005 0.021 0.812 0.075 0.067 121 Q 0.023 0.003 0.019 0.838 0.054 0.063 122 M 0.021 0.002 0.021 0.880 0.035 0.041 123 K 0.026 0.005 0.024 0.873 0.033 0.039 124 I 0.020 0.002 0.016 0.921 0.015 0.027 125 K 0.016 0.001 0.027 0.926 0.014 0.018 126 R 0.010 0.001 0.027 0.929 0.014 0.020 127 T 0.020 0.002 0.021 0.920 0.017 0.021 128 L 0.027 0.003 0.018 0.891 0.025 0.037 129 Y 0.046 0.004 0.059 0.787 0.047 0.058 130 S 0.067 0.004 0.088 0.685 0.071 0.084 131 S 0.120 0.015 0.099 0.479 0.132 0.154 132 L 0.134 0.034 0.035 0.216 0.164 0.418 133 D 0.093 0.019 0.014 0.035 0.538 0.301 134 Y 0.021 0.005 0.079 0.066 0.723 0.106 135 K 0.016 0.008 0.053 0.074 0.795 0.055 136 K 0.009 0.003 0.101 0.291 0.581 0.015 137 E 0.012 0.003 0.059 0.606 0.250 0.070 138 N 0.019 0.011 0.049 0.794 0.092 0.034 139 I 0.036 0.009 0.038 0.809 0.056 0.052 140 E 0.045 0.005 0.022 0.868 0.021 0.039 141 K 0.056 0.008 0.028 0.827 0.022 0.060 142 L 0.007 0.001 0.003 0.976 0.002 0.011 143 K 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.004 144 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 145 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 147 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 148 I 0.001 0.001 0.003 0.983 0.008 0.006 149 L 0.001 0.001 0.004 0.951 0.024 0.021 150 K 0.001 0.007 0.009 0.894 0.049 0.040 151 K 0.003 0.004 0.011 0.393 0.225 0.363 152 N 0.002 0.001 0.047 0.290 0.268 0.391 153 S 0.001 0.002 0.103 0.467 0.251 0.176 154 E 0.001 0.002 0.100 0.620 0.206 0.071 155 H 0.001 0.002 0.043 0.831 0.081 0.042 156 Y 0.001 0.001 0.016 0.933 0.028 0.021 157 N 0.001 0.001 0.013 0.951 0.017 0.018 158 I 0.001 0.001 0.012 0.979 0.004 0.003 159 I 0.001 0.001 0.008 0.987 0.002 0.001 160 G 0.001 0.001 0.008 0.988 0.002 0.001 161 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 162 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.004 163 I 0.001 0.001 0.003 0.977 0.009 0.009 164 Y 0.001 0.001 0.005 0.969 0.011 0.013 165 H 0.001 0.001 0.006 0.965 0.013 0.015 166 I 0.001 0.001 0.003 0.958 0.012 0.026 167 S 0.002 0.001 0.004 0.825 0.032 0.136 168 W 0.001 0.001 0.003 0.950 0.015 0.030 169 G 0.001 0.001 0.005 0.970 0.011 0.012 170 I 0.002 0.001 0.006 0.979 0.008 0.005 171 Q 0.003 0.001 0.005 0.983 0.005 0.004 172 F 0.003 0.001 0.005 0.983 0.005 0.004 173 Q 0.004 0.001 0.004 0.975 0.007 0.010 174 I 0.002 0.001 0.002 0.981 0.004 0.011 175 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.009 176 Q 0.001 0.001 0.002 0.983 0.005 0.010 177 N 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 178 L 0.001 0.001 0.007 0.971 0.012 0.010 179 E 0.001 0.001 0.012 0.945 0.024 0.018 180 L 0.001 0.001 0.014 0.911 0.039 0.036 181 I 0.001 0.001 0.010 0.887 0.044 0.057 182 Q 0.001 0.001 0.041 0.834 0.080 0.042 183 N 0.003 0.002 0.059 0.717 0.139 0.080 184 G 0.006 0.003 0.146 0.526 0.190 0.129 185 V 0.011 0.008 0.397 0.344 0.172 0.068 186 E 0.014 0.003 0.468 0.204 0.210 0.101 187 N 0.025 0.005 0.570 0.148 0.145 0.106 188 L 0.073 0.032 0.097 0.098 0.277 0.423 189 S 0.033 0.011 0.018 0.147 0.317 0.474 190 Q 0.001 0.001 0.064 0.839 0.080 0.015 191 E 0.001 0.001 0.042 0.874 0.070 0.013 192 E 0.001 0.001 0.036 0.905 0.045 0.013 193 S 0.002 0.001 0.005 0.958 0.012 0.022 194 K 0.003 0.001 0.005 0.971 0.012 0.008 195 S 0.002 0.001 0.009 0.967 0.013 0.008 196 L 0.003 0.001 0.012 0.947 0.022 0.016 197 L 0.002 0.001 0.012 0.947 0.025 0.013 198 M 0.002 0.001 0.009 0.930 0.030 0.028 199 Q 0.003 0.001 0.008 0.811 0.060 0.116 200 I 0.003 0.001 0.006 0.926 0.028 0.036 201 K 0.003 0.001 0.011 0.911 0.043 0.031 202 S 0.001 0.001 0.013 0.894 0.044 0.046 203 N 0.002 0.001 0.008 0.907 0.038 0.045 204 L 0.002 0.001 0.004 0.943 0.026 0.025 205 E 0.002 0.001 0.005 0.947 0.022 0.024 206 I 0.002 0.001 0.008 0.955 0.013 0.020 207 K 0.002 0.001 0.006 0.969 0.009 0.013 208 Q 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.006 209 R 0.001 0.001 0.003 0.985 0.004 0.007 210 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.004 0.012 211 K 0.001 0.001 0.002 0.987 0.003 0.008 212 K 0.001 0.001 0.002 0.984 0.005 0.009 213 T 0.001 0.001 0.003 0.988 0.003 0.005 214 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 215 N 0.001 0.001 0.004 0.981 0.008 0.007 216 E 0.001 0.001 0.003 0.964 0.014 0.019 217 T 0.001 0.001 0.003 0.967 0.009 0.020 218 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.005 219 K 0.001 0.001 0.003 0.983 0.008 0.006 220 V 0.001 0.001 0.003 0.982 0.008 0.006 221 Y 0.001 0.001 0.003 0.970 0.015 0.012 222 N 0.001 0.001 0.002 0.973 0.016 0.009 223 Q 0.001 0.001 0.002 0.914 0.045 0.037 224 N 0.001 0.001 0.002 0.875 0.044 0.077 225 T 0.002 0.002 0.004 0.900 0.037 0.055 226 Q 0.001 0.001 0.006 0.902 0.041 0.050 227 D 0.001 0.001 0.008 0.922 0.025 0.043 228 N 0.001 0.001 0.008 0.931 0.021 0.038 229 E 0.002 0.001 0.008 0.934 0.028 0.027 230 K 0.002 0.001 0.008 0.942 0.022 0.026 231 I 0.005 0.002 0.009 0.908 0.028 0.048 232 L 0.005 0.001 0.005 0.940 0.016 0.033 233 A 0.004 0.001 0.005 0.950 0.016 0.025 234 E 0.003 0.001 0.006 0.959 0.016 0.017 235 H 0.003 0.001 0.010 0.960 0.015 0.012 236 F 0.002 0.001 0.016 0.951 0.018 0.012 237 N 0.002 0.001 0.021 0.935 0.027 0.015 238 K 0.003 0.001 0.022 0.888 0.044 0.042 239 Y 0.009 0.007 0.022 0.772 0.087 0.103 240 Y 0.025 0.021 0.030 0.556 0.212 0.157 241 K 0.028 0.013 0.030 0.372 0.324 0.234 242 D 0.016 0.009 0.040 0.216 0.409 0.310 243 F 0.011 0.008 0.092 0.229 0.427 0.234 244 D 0.008 0.006 0.160 0.261 0.383 0.182 245 T 0.008 0.011 0.213 0.264 0.372 0.132 246 L 0.013 0.014 0.158 0.240 0.400 0.174 247 K 0.031 0.012 0.132 0.233 0.357 0.236 248 P 0.034 0.015 0.208 0.244 0.304 0.194 249 A 0.048 0.026 0.120 0.218 0.250 0.339 250 F 0.044 0.020 0.065 0.178 0.149 0.544 251 Y 0.001 0.002 0.002 0.008 0.023 0.964