# TARGET T0238 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0238.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 K 0.013 0.015 0.007 0.123 0.003 0.025 0.814 3 K 0.012 0.004 0.030 0.303 0.160 0.112 0.378 4 A 0.024 0.007 0.052 0.420 0.095 0.176 0.225 5 K 0.058 0.009 0.051 0.531 0.073 0.090 0.187 6 L 0.122 0.010 0.042 0.606 0.040 0.048 0.133 7 N 0.139 0.005 0.035 0.654 0.035 0.036 0.095 8 I 0.147 0.003 0.036 0.695 0.027 0.046 0.045 9 I 0.153 0.008 0.019 0.701 0.025 0.035 0.058 10 K 0.125 0.004 0.009 0.729 0.021 0.023 0.089 11 I 0.015 0.001 0.008 0.931 0.007 0.010 0.028 12 N 0.012 0.001 0.005 0.947 0.009 0.013 0.012 13 I 0.008 0.001 0.004 0.971 0.005 0.008 0.005 14 I 0.005 0.001 0.001 0.986 0.002 0.003 0.003 15 A 0.008 0.001 0.001 0.980 0.002 0.005 0.003 16 M 0.013 0.001 0.002 0.974 0.002 0.007 0.002 17 I 0.020 0.001 0.002 0.965 0.003 0.007 0.003 18 L 0.027 0.001 0.003 0.953 0.004 0.009 0.003 19 T 0.063 0.001 0.004 0.908 0.005 0.012 0.008 20 L 0.049 0.001 0.007 0.916 0.005 0.016 0.006 21 I 0.075 0.001 0.014 0.864 0.007 0.032 0.007 22 C 0.064 0.002 0.019 0.835 0.014 0.042 0.025 23 T 0.081 0.003 0.041 0.689 0.049 0.081 0.055 24 S 0.123 0.019 0.059 0.410 0.089 0.128 0.173 25 C 0.073 0.023 0.087 0.193 0.129 0.197 0.298 26 A 0.036 0.015 0.111 0.086 0.166 0.225 0.360 27 P 0.012 0.006 0.154 0.064 0.129 0.513 0.122 28 F 0.011 0.007 0.202 0.070 0.131 0.440 0.140 29 S 0.020 0.013 0.135 0.057 0.285 0.224 0.267 30 K 0.033 0.017 0.057 0.040 0.231 0.247 0.375 31 I 0.044 0.071 0.024 0.036 0.224 0.072 0.528 32 D 0.021 0.025 0.012 0.015 0.109 0.034 0.784 33 P 0.016 0.008 0.068 0.060 0.136 0.475 0.236 34 K 0.017 0.010 0.119 0.065 0.137 0.493 0.159 35 A 0.029 0.018 0.172 0.094 0.240 0.201 0.245 36 N 0.077 0.039 0.107 0.132 0.125 0.193 0.328 37 A 0.093 0.058 0.088 0.132 0.158 0.183 0.289 38 N 0.094 0.030 0.044 0.079 0.195 0.147 0.411 39 T 0.074 0.026 0.070 0.148 0.196 0.195 0.292 40 K 0.094 0.025 0.081 0.147 0.186 0.157 0.310 41 P 0.107 0.026 0.125 0.136 0.117 0.193 0.297 42 K 0.112 0.020 0.089 0.100 0.131 0.149 0.399 43 K 0.179 0.025 0.083 0.085 0.203 0.115 0.310 44 I 0.223 0.025 0.054 0.067 0.152 0.097 0.382 45 T 0.129 0.069 0.015 0.032 0.149 0.025 0.582 46 N 0.052 0.016 0.007 0.008 0.039 0.016 0.862 47 P 0.018 0.006 0.082 0.039 0.097 0.618 0.140 48 G 0.015 0.006 0.100 0.027 0.165 0.570 0.117 49 E 0.037 0.011 0.109 0.030 0.298 0.180 0.336 50 N 0.100 0.046 0.054 0.023 0.158 0.137 0.482 51 T 0.272 0.051 0.039 0.019 0.115 0.063 0.440 52 Q 0.335 0.085 0.031 0.023 0.142 0.068 0.317 53 N 0.304 0.061 0.031 0.025 0.082 0.064 0.435 54 F 0.178 0.028 0.066 0.036 0.120 0.168 0.405 55 E 0.107 0.040 0.076 0.056 0.256 0.186 0.279 56 D 0.092 0.027 0.039 0.046 0.339 0.090 0.368 57 K 0.086 0.044 0.051 0.082 0.160 0.152 0.425 58 S 0.155 0.050 0.048 0.060 0.160 0.109 0.417 59 G 0.123 0.040 0.053 0.066 0.284 0.135 0.299 60 D 0.079 0.038 0.034 0.060 0.182 0.111 0.495 61 L 0.067 0.031 0.061 0.135 0.164 0.186 0.356 62 S 0.048 0.019 0.063 0.132 0.178 0.273 0.288 63 T 0.044 0.017 0.097 0.186 0.184 0.139 0.332 64 S 0.027 0.014 0.088 0.284 0.124 0.219 0.243 65 D 0.030 0.010 0.067 0.314 0.127 0.209 0.242 66 E 0.036 0.009 0.047 0.485 0.109 0.103 0.211 67 K 0.051 0.010 0.036 0.602 0.071 0.069 0.161 68 I 0.072 0.009 0.057 0.613 0.041 0.069 0.139 69 M 0.077 0.006 0.052 0.668 0.034 0.062 0.101 70 E 0.091 0.004 0.047 0.734 0.026 0.036 0.062 71 T 0.077 0.014 0.043 0.721 0.030 0.040 0.075 72 I 0.038 0.005 0.028 0.821 0.019 0.032 0.056 73 A 0.002 0.001 0.045 0.929 0.004 0.013 0.008 74 S 0.001 0.001 0.046 0.923 0.004 0.023 0.003 75 E 0.001 0.001 0.042 0.910 0.003 0.040 0.004 76 L 0.002 0.004 0.021 0.919 0.011 0.032 0.012 77 K 0.002 0.001 0.022 0.900 0.011 0.049 0.014 78 A 0.002 0.001 0.021 0.864 0.018 0.079 0.016 79 I 0.001 0.001 0.017 0.755 0.045 0.145 0.035 80 G 0.002 0.005 0.017 0.412 0.128 0.256 0.179 81 K 0.003 0.004 0.044 0.540 0.089 0.159 0.162 82 E 0.004 0.004 0.061 0.637 0.071 0.101 0.122 83 L 0.004 0.002 0.100 0.703 0.036 0.071 0.085 84 E 0.007 0.002 0.086 0.735 0.024 0.080 0.065 85 D 0.011 0.003 0.089 0.718 0.025 0.076 0.079 86 Q 0.013 0.007 0.046 0.735 0.047 0.071 0.082 87 K 0.019 0.006 0.034 0.717 0.039 0.106 0.079 88 K 0.023 0.006 0.037 0.623 0.052 0.160 0.098 89 E 0.019 0.006 0.035 0.611 0.066 0.135 0.128 90 E 0.035 0.009 0.028 0.488 0.115 0.126 0.200 91 N 0.035 0.008 0.027 0.335 0.140 0.177 0.279 92 I 0.073 0.017 0.041 0.390 0.127 0.101 0.251 93 Q 0.090 0.012 0.058 0.424 0.074 0.100 0.243 94 I 0.084 0.009 0.102 0.557 0.043 0.078 0.126 95 A 0.095 0.007 0.108 0.540 0.047 0.085 0.118 96 K 0.076 0.021 0.099 0.474 0.076 0.115 0.139 97 I 0.071 0.014 0.061 0.489 0.078 0.070 0.217 98 A 0.031 0.004 0.069 0.542 0.055 0.148 0.151 99 K 0.017 0.003 0.101 0.509 0.073 0.210 0.087 100 E 0.020 0.006 0.131 0.415 0.102 0.224 0.103 101 K 0.044 0.019 0.100 0.336 0.118 0.233 0.151 102 F 0.104 0.022 0.085 0.290 0.106 0.147 0.246 103 D 0.120 0.017 0.065 0.228 0.093 0.208 0.269 104 F 0.078 0.010 0.194 0.343 0.077 0.137 0.161 105 L 0.034 0.007 0.548 0.218 0.040 0.093 0.059 106 S 0.036 0.001 0.572 0.153 0.036 0.142 0.058 107 T 0.080 0.011 0.436 0.137 0.049 0.190 0.096 108 F 0.254 0.052 0.027 0.054 0.216 0.059 0.337 109 K 0.276 0.026 0.007 0.012 0.067 0.041 0.571 110 V 0.256 0.066 0.014 0.026 0.106 0.039 0.494 111 G 0.151 0.026 0.026 0.039 0.177 0.086 0.495 112 P 0.073 0.011 0.057 0.157 0.241 0.098 0.362 113 Y 0.058 0.010 0.060 0.436 0.114 0.125 0.196 114 D 0.072 0.012 0.053 0.463 0.088 0.131 0.183 115 L 0.053 0.011 0.039 0.606 0.083 0.074 0.134 116 I 0.034 0.012 0.021 0.604 0.085 0.081 0.164 117 D 0.015 0.005 0.013 0.724 0.060 0.069 0.114 118 E 0.008 0.002 0.009 0.757 0.060 0.070 0.094 119 D 0.007 0.003 0.012 0.796 0.040 0.084 0.058 120 I 0.005 0.002 0.017 0.809 0.026 0.076 0.065 121 Q 0.006 0.002 0.010 0.877 0.020 0.048 0.037 122 M 0.009 0.001 0.009 0.882 0.019 0.042 0.037 123 K 0.014 0.002 0.007 0.914 0.009 0.027 0.027 124 I 0.016 0.002 0.008 0.920 0.008 0.016 0.030 125 K 0.009 0.001 0.007 0.955 0.006 0.012 0.011 126 R 0.012 0.001 0.006 0.953 0.004 0.019 0.005 127 T 0.009 0.001 0.006 0.951 0.006 0.023 0.005 128 L 0.027 0.001 0.005 0.934 0.006 0.019 0.008 129 Y 0.037 0.001 0.014 0.897 0.010 0.029 0.013 130 S 0.062 0.002 0.034 0.783 0.019 0.087 0.014 131 S 0.072 0.004 0.061 0.617 0.049 0.139 0.059 132 L 0.114 0.028 0.054 0.407 0.112 0.164 0.120 133 D 0.052 0.023 0.022 0.104 0.134 0.076 0.589 134 Y 0.010 0.009 0.046 0.146 0.184 0.194 0.411 135 K 0.006 0.005 0.015 0.134 0.245 0.130 0.465 136 K 0.001 0.001 0.037 0.792 0.036 0.113 0.021 137 E 0.001 0.001 0.034 0.839 0.025 0.086 0.015 138 N 0.002 0.002 0.044 0.827 0.029 0.062 0.035 139 I 0.005 0.003 0.015 0.877 0.027 0.040 0.032 140 E 0.013 0.002 0.011 0.872 0.020 0.050 0.032 141 K 0.006 0.005 0.010 0.871 0.011 0.058 0.038 142 L 0.001 0.001 0.006 0.979 0.003 0.008 0.004 143 K 0.001 0.001 0.005 0.988 0.002 0.004 0.001 144 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.008 0.001 145 I 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.002 146 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.008 0.003 147 E 0.001 0.001 0.010 0.942 0.004 0.040 0.004 148 I 0.001 0.001 0.016 0.889 0.005 0.083 0.006 149 L 0.001 0.008 0.022 0.820 0.029 0.088 0.031 150 K 0.002 0.006 0.033 0.621 0.035 0.262 0.041 151 K 0.001 0.003 0.031 0.410 0.101 0.334 0.120 152 N 0.001 0.003 0.040 0.302 0.227 0.191 0.237 153 S 0.001 0.004 0.045 0.209 0.200 0.313 0.230 154 E 0.001 0.003 0.054 0.294 0.130 0.373 0.144 155 H 0.002 0.004 0.059 0.419 0.095 0.235 0.187 156 Y 0.002 0.002 0.029 0.739 0.066 0.088 0.075 157 N 0.003 0.001 0.018 0.906 0.016 0.027 0.029 158 I 0.003 0.002 0.010 0.944 0.012 0.010 0.020 159 I 0.002 0.001 0.005 0.977 0.002 0.006 0.008 160 G 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.007 0.002 161 R 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.009 0.001 162 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.012 0.002 163 I 0.002 0.001 0.003 0.964 0.004 0.022 0.005 164 Y 0.003 0.001 0.007 0.914 0.008 0.058 0.008 165 H 0.005 0.001 0.014 0.786 0.041 0.121 0.031 166 I 0.003 0.002 0.017 0.683 0.042 0.215 0.037 167 S 0.006 0.003 0.015 0.569 0.058 0.253 0.095 168 W 0.011 0.003 0.021 0.695 0.058 0.106 0.106 169 G 0.035 0.006 0.034 0.752 0.042 0.061 0.070 170 I 0.021 0.005 0.051 0.822 0.025 0.034 0.042 171 Q 0.029 0.002 0.030 0.856 0.018 0.023 0.043 172 F 0.027 0.001 0.037 0.869 0.014 0.027 0.024 173 Q 0.015 0.003 0.032 0.867 0.016 0.041 0.026 174 I 0.006 0.001 0.013 0.925 0.010 0.028 0.016 175 E 0.004 0.001 0.010 0.942 0.013 0.017 0.014 176 Q 0.002 0.001 0.007 0.949 0.008 0.022 0.010 177 N 0.001 0.001 0.009 0.951 0.005 0.024 0.010 178 L 0.001 0.001 0.008 0.950 0.007 0.024 0.009 179 E 0.001 0.001 0.010 0.916 0.011 0.052 0.010 180 L 0.001 0.001 0.015 0.869 0.008 0.095 0.012 181 I 0.001 0.002 0.020 0.840 0.024 0.072 0.041 182 Q 0.002 0.002 0.032 0.827 0.019 0.089 0.030 183 N 0.003 0.001 0.043 0.748 0.032 0.145 0.028 184 G 0.003 0.003 0.046 0.702 0.034 0.171 0.042 185 V 0.005 0.006 0.078 0.644 0.057 0.114 0.097 186 E 0.007 0.002 0.122 0.589 0.047 0.175 0.058 187 N 0.014 0.005 0.103 0.467 0.060 0.277 0.073 188 L 0.016 0.023 0.043 0.297 0.217 0.159 0.246 189 S 0.012 0.015 0.006 0.162 0.190 0.049 0.566 190 Q 0.001 0.001 0.024 0.877 0.028 0.037 0.032 191 E 0.001 0.001 0.023 0.905 0.017 0.043 0.011 192 E 0.001 0.001 0.025 0.898 0.009 0.050 0.018 193 S 0.001 0.001 0.006 0.960 0.007 0.014 0.012 194 K 0.001 0.001 0.003 0.973 0.005 0.013 0.005 195 S 0.001 0.001 0.004 0.965 0.003 0.022 0.005 196 L 0.001 0.001 0.006 0.966 0.004 0.016 0.008 197 L 0.001 0.001 0.006 0.970 0.004 0.014 0.004 198 M 0.002 0.001 0.013 0.909 0.004 0.067 0.005 199 Q 0.001 0.001 0.011 0.877 0.006 0.096 0.008 200 I 0.004 0.003 0.011 0.893 0.017 0.044 0.028 201 K 0.006 0.002 0.022 0.881 0.023 0.041 0.026 202 S 0.004 0.001 0.027 0.835 0.029 0.071 0.033 203 N 0.003 0.001 0.021 0.891 0.013 0.048 0.023 204 L 0.005 0.001 0.017 0.873 0.014 0.071 0.018 205 E 0.009 0.002 0.014 0.876 0.018 0.053 0.027 206 I 0.008 0.002 0.011 0.867 0.025 0.043 0.042 207 K 0.007 0.001 0.002 0.939 0.016 0.011 0.024 208 Q 0.002 0.001 0.002 0.983 0.002 0.007 0.005 209 R 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.009 0.003 210 L 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.013 0.002 211 K 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.007 0.001 212 K 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.014 0.001 213 T 0.001 0.001 0.004 0.967 0.002 0.024 0.003 214 L 0.001 0.001 0.004 0.966 0.004 0.018 0.007 215 N 0.001 0.001 0.007 0.971 0.003 0.016 0.003 216 E 0.001 0.001 0.004 0.967 0.004 0.022 0.003 217 T 0.001 0.001 0.003 0.963 0.003 0.024 0.006 218 L 0.001 0.001 0.002 0.970 0.006 0.015 0.007 219 K 0.001 0.001 0.005 0.963 0.007 0.019 0.006 220 V 0.001 0.001 0.007 0.952 0.007 0.026 0.007 221 Y 0.001 0.001 0.006 0.955 0.006 0.023 0.009 222 N 0.001 0.001 0.005 0.925 0.009 0.051 0.009 223 Q 0.001 0.001 0.009 0.829 0.014 0.128 0.017 224 N 0.001 0.001 0.009 0.756 0.028 0.151 0.055 225 T 0.001 0.002 0.008 0.780 0.045 0.055 0.108 226 Q 0.001 0.001 0.017 0.849 0.031 0.065 0.035 227 D 0.001 0.001 0.029 0.855 0.021 0.063 0.029 228 N 0.001 0.001 0.029 0.888 0.011 0.045 0.024 229 E 0.002 0.001 0.012 0.926 0.012 0.034 0.013 230 K 0.004 0.001 0.010 0.911 0.010 0.046 0.018 231 I 0.002 0.002 0.006 0.904 0.022 0.031 0.033 232 L 0.002 0.001 0.004 0.938 0.008 0.017 0.029 233 A 0.001 0.001 0.005 0.967 0.005 0.017 0.005 234 E 0.001 0.001 0.004 0.974 0.003 0.014 0.003 235 H 0.001 0.001 0.005 0.969 0.005 0.014 0.006 236 F 0.001 0.001 0.007 0.955 0.005 0.023 0.007 237 N 0.003 0.001 0.019 0.880 0.006 0.082 0.009 238 K 0.003 0.001 0.031 0.749 0.016 0.181 0.018 239 Y 0.011 0.014 0.035 0.597 0.079 0.167 0.098 240 Y 0.017 0.014 0.055 0.351 0.128 0.195 0.239 241 K 0.013 0.011 0.055 0.234 0.172 0.357 0.159 242 D 0.007 0.007 0.030 0.136 0.234 0.291 0.296 243 F 0.006 0.008 0.053 0.257 0.252 0.174 0.250 244 D 0.005 0.006 0.102 0.329 0.128 0.316 0.115 245 T 0.008 0.006 0.203 0.379 0.075 0.219 0.110 246 L 0.024 0.019 0.172 0.346 0.078 0.148 0.212 247 K 0.045 0.010 0.157 0.322 0.117 0.162 0.187 248 P 0.082 0.008 0.175 0.356 0.082 0.157 0.141 249 A 0.058 0.017 0.119 0.311 0.119 0.147 0.231 250 F 0.070 0.039 0.047 0.194 0.011 0.179 0.460 251 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.991