# TARGET T0238 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0238.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.400 0.189 0.147 0.130 0.078 0.044 0.012 2 K 0.401 0.257 0.149 0.117 0.053 0.019 0.004 3 K 0.202 0.155 0.149 0.165 0.193 0.114 0.021 4 A 0.280 0.177 0.132 0.157 0.132 0.101 0.022 5 K 0.133 0.138 0.168 0.206 0.183 0.146 0.027 6 L 0.106 0.046 0.063 0.122 0.237 0.338 0.088 7 N 0.133 0.120 0.144 0.223 0.247 0.120 0.013 8 I 0.131 0.162 0.158 0.167 0.179 0.160 0.043 9 I 0.070 0.076 0.061 0.137 0.189 0.313 0.154 10 K 0.068 0.066 0.063 0.141 0.242 0.335 0.086 11 I 0.169 0.088 0.112 0.143 0.226 0.222 0.040 12 N 0.195 0.093 0.125 0.190 0.207 0.158 0.031 13 I 0.392 0.149 0.088 0.105 0.106 0.127 0.033 14 I 0.196 0.119 0.130 0.191 0.186 0.150 0.028 15 A 0.060 0.101 0.141 0.206 0.250 0.198 0.043 16 M 0.037 0.067 0.096 0.181 0.262 0.259 0.099 17 I 0.048 0.055 0.082 0.137 0.183 0.347 0.148 18 L 0.032 0.040 0.107 0.223 0.303 0.215 0.080 19 T 0.016 0.027 0.070 0.098 0.196 0.328 0.265 20 L 0.009 0.015 0.035 0.090 0.142 0.339 0.370 21 I 0.012 0.011 0.034 0.064 0.130 0.362 0.387 22 C 0.016 0.015 0.036 0.073 0.152 0.340 0.368 23 T 0.024 0.032 0.057 0.097 0.157 0.331 0.303 24 S 0.018 0.026 0.038 0.098 0.196 0.421 0.203 25 C 0.043 0.065 0.103 0.224 0.291 0.230 0.045 26 A 0.088 0.136 0.156 0.246 0.260 0.099 0.015 27 P 0.097 0.155 0.176 0.208 0.210 0.129 0.026 28 F 0.135 0.172 0.176 0.240 0.198 0.075 0.005 29 S 0.198 0.272 0.247 0.184 0.081 0.017 0.001 30 K 0.334 0.273 0.213 0.115 0.049 0.015 0.001 31 I 0.241 0.242 0.220 0.176 0.092 0.028 0.002 32 D 0.262 0.246 0.221 0.158 0.083 0.027 0.003 33 P 0.660 0.220 0.077 0.031 0.009 0.002 0.001 34 K 0.707 0.191 0.063 0.027 0.009 0.002 0.001 35 A 0.491 0.292 0.138 0.061 0.016 0.003 0.001 36 N 0.247 0.269 0.223 0.169 0.076 0.016 0.001 37 A 0.390 0.302 0.168 0.100 0.032 0.008 0.001 38 N 0.427 0.275 0.156 0.090 0.039 0.012 0.001 39 T 0.359 0.293 0.174 0.118 0.044 0.011 0.001 40 K 0.305 0.247 0.205 0.157 0.068 0.017 0.002 41 P 0.287 0.222 0.197 0.173 0.094 0.025 0.002 42 K 0.403 0.268 0.163 0.101 0.049 0.014 0.001 43 K 0.417 0.244 0.161 0.114 0.050 0.013 0.001 44 I 0.322 0.276 0.204 0.133 0.052 0.012 0.001 45 T 0.204 0.181 0.185 0.225 0.160 0.043 0.002 46 N 0.407 0.330 0.171 0.070 0.018 0.003 0.001 47 P 0.466 0.215 0.154 0.117 0.040 0.007 0.001 48 G 0.705 0.197 0.056 0.028 0.011 0.003 0.001 49 E 0.604 0.241 0.100 0.039 0.012 0.003 0.001 50 N 0.358 0.261 0.170 0.138 0.058 0.015 0.002 51 T 0.181 0.206 0.242 0.218 0.114 0.035 0.004 52 Q 0.376 0.317 0.168 0.090 0.036 0.011 0.002 53 N 0.183 0.287 0.242 0.179 0.084 0.022 0.002 54 F 0.035 0.071 0.158 0.292 0.316 0.119 0.008 55 E 0.277 0.343 0.212 0.116 0.039 0.011 0.001 56 D 0.291 0.291 0.211 0.129 0.058 0.018 0.002 57 K 0.203 0.195 0.219 0.217 0.122 0.040 0.003 58 S 0.231 0.180 0.208 0.198 0.132 0.047 0.004 59 G 0.451 0.256 0.148 0.088 0.042 0.012 0.001 60 D 0.310 0.301 0.207 0.119 0.050 0.013 0.001 61 L 0.146 0.133 0.202 0.274 0.191 0.052 0.002 62 S 0.477 0.310 0.139 0.057 0.015 0.003 0.001 63 T 0.505 0.258 0.137 0.073 0.023 0.004 0.001 64 S 0.662 0.186 0.086 0.046 0.016 0.003 0.001 65 D 0.766 0.163 0.047 0.018 0.005 0.001 0.001 66 E 0.752 0.178 0.047 0.017 0.004 0.001 0.001 67 K 0.580 0.272 0.094 0.038 0.012 0.003 0.001 68 I 0.135 0.188 0.230 0.274 0.143 0.028 0.002 69 M 0.118 0.263 0.278 0.212 0.100 0.027 0.002 70 E 0.238 0.365 0.228 0.121 0.038 0.008 0.001 71 T 0.073 0.223 0.258 0.241 0.152 0.049 0.004 72 I 0.016 0.060 0.127 0.260 0.348 0.178 0.010 73 A 0.015 0.055 0.144 0.318 0.330 0.130 0.008 74 S 0.189 0.398 0.231 0.117 0.047 0.016 0.001 75 E 0.040 0.171 0.333 0.305 0.122 0.027 0.001 76 L 0.016 0.025 0.063 0.241 0.454 0.193 0.008 77 K 0.187 0.338 0.271 0.151 0.044 0.007 0.001 78 A 0.477 0.370 0.117 0.030 0.006 0.001 0.001 79 I 0.191 0.257 0.264 0.201 0.072 0.014 0.001 80 G 0.376 0.283 0.195 0.101 0.036 0.008 0.001 81 K 0.557 0.261 0.117 0.050 0.014 0.002 0.001 82 E 0.514 0.288 0.119 0.055 0.020 0.004 0.001 83 L 0.191 0.210 0.254 0.227 0.101 0.017 0.001 84 E 0.489 0.335 0.122 0.043 0.010 0.001 0.001 85 D 0.431 0.331 0.150 0.068 0.017 0.002 0.001 86 Q 0.241 0.227 0.228 0.210 0.082 0.012 0.001 87 K 0.472 0.289 0.141 0.074 0.021 0.003 0.001 88 K 0.667 0.228 0.071 0.026 0.007 0.001 0.001 89 E 0.487 0.276 0.133 0.071 0.026 0.006 0.001 90 E 0.228 0.230 0.245 0.196 0.081 0.019 0.001 91 N 0.435 0.327 0.149 0.066 0.020 0.004 0.001 92 I 0.130 0.200 0.234 0.245 0.148 0.040 0.002 93 Q 0.134 0.258 0.258 0.214 0.105 0.029 0.001 94 I 0.022 0.040 0.115 0.308 0.355 0.150 0.011 95 A 0.258 0.360 0.209 0.119 0.043 0.010 0.001 96 K 0.104 0.284 0.315 0.204 0.076 0.015 0.001 97 I 0.018 0.049 0.121 0.328 0.376 0.105 0.003 98 A 0.183 0.394 0.267 0.124 0.028 0.004 0.001 99 K 0.466 0.344 0.127 0.047 0.013 0.003 0.001 100 E 0.327 0.326 0.209 0.100 0.031 0.006 0.001 101 K 0.194 0.320 0.238 0.152 0.074 0.020 0.001 102 F 0.068 0.103 0.189 0.300 0.253 0.080 0.006 103 D 0.147 0.310 0.283 0.175 0.065 0.018 0.002 104 F 0.031 0.069 0.109 0.229 0.325 0.214 0.022 105 L 0.033 0.076 0.150 0.255 0.285 0.179 0.022 106 S 0.123 0.228 0.225 0.205 0.132 0.074 0.011 107 T 0.075 0.174 0.250 0.256 0.160 0.075 0.010 108 F 0.032 0.044 0.077 0.182 0.324 0.298 0.043 109 K 0.081 0.207 0.272 0.240 0.139 0.055 0.006 110 V 0.148 0.200 0.197 0.210 0.161 0.075 0.008 111 G 0.248 0.279 0.206 0.156 0.076 0.030 0.005 112 P 0.325 0.251 0.184 0.126 0.076 0.033 0.005 113 Y 0.299 0.223 0.174 0.165 0.100 0.035 0.003 114 D 0.454 0.287 0.144 0.074 0.031 0.010 0.001 115 L 0.283 0.223 0.192 0.175 0.094 0.030 0.002 116 I 0.320 0.208 0.160 0.161 0.113 0.036 0.002 117 D 0.424 0.293 0.157 0.089 0.030 0.007 0.001 118 E 0.458 0.307 0.136 0.073 0.021 0.004 0.001 119 D 0.479 0.287 0.132 0.071 0.025 0.006 0.001 120 I 0.385 0.258 0.186 0.114 0.044 0.012 0.001 121 Q 0.358 0.291 0.163 0.115 0.055 0.016 0.001 122 M 0.193 0.239 0.220 0.192 0.121 0.033 0.002 123 K 0.170 0.307 0.262 0.171 0.068 0.019 0.002 124 I 0.019 0.048 0.099 0.253 0.353 0.209 0.019 125 K 0.015 0.059 0.134 0.258 0.320 0.193 0.022 126 R 0.029 0.103 0.139 0.205 0.273 0.211 0.039 127 T 0.007 0.033 0.094 0.221 0.306 0.276 0.065 128 L 0.002 0.003 0.009 0.034 0.125 0.510 0.316 129 Y 0.006 0.017 0.048 0.146 0.265 0.348 0.170 130 S 0.016 0.041 0.064 0.104 0.210 0.408 0.157 131 S 0.011 0.034 0.088 0.199 0.294 0.303 0.071 132 L 0.012 0.032 0.058 0.173 0.318 0.355 0.053 133 D 0.089 0.243 0.257 0.218 0.138 0.051 0.004 134 Y 0.046 0.112 0.231 0.338 0.215 0.054 0.003 135 K 0.507 0.359 0.100 0.029 0.004 0.001 0.001 136 K 0.510 0.328 0.120 0.036 0.006 0.001 0.001 137 E 0.754 0.214 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 138 N 0.143 0.374 0.306 0.144 0.030 0.003 0.001 139 I 0.011 0.059 0.198 0.389 0.298 0.044 0.001 140 E 0.119 0.479 0.300 0.082 0.017 0.002 0.001 141 K 0.041 0.275 0.363 0.262 0.052 0.007 0.001 142 L 0.002 0.012 0.028 0.110 0.430 0.398 0.019 143 K 0.008 0.082 0.297 0.399 0.183 0.030 0.001 144 E 0.028 0.366 0.395 0.169 0.035 0.006 0.001 145 I 0.002 0.009 0.033 0.156 0.465 0.320 0.015 146 L 0.001 0.005 0.024 0.150 0.435 0.365 0.021 147 E 0.053 0.430 0.321 0.146 0.040 0.009 0.001 148 I 0.023 0.165 0.401 0.316 0.083 0.012 0.001 149 L 0.003 0.017 0.042 0.206 0.497 0.228 0.007 150 K 0.099 0.322 0.350 0.169 0.052 0.007 0.001 151 K 0.618 0.303 0.063 0.015 0.001 0.001 0.001 152 N 0.351 0.428 0.175 0.042 0.005 0.001 0.001 153 S 0.487 0.302 0.138 0.057 0.014 0.002 0.001 154 E 0.351 0.338 0.183 0.090 0.033 0.006 0.001 155 H 0.039 0.102 0.184 0.307 0.274 0.088 0.007 156 Y 0.032 0.166 0.277 0.297 0.180 0.046 0.003 157 N 0.041 0.211 0.306 0.284 0.127 0.030 0.002 158 I 0.004 0.020 0.059 0.204 0.412 0.276 0.024 159 I 0.007 0.011 0.017 0.066 0.236 0.533 0.130 160 G 0.013 0.076 0.184 0.341 0.257 0.117 0.013 161 R 0.025 0.116 0.242 0.318 0.219 0.075 0.005 162 L 0.007 0.014 0.026 0.090 0.273 0.473 0.118 163 I 0.008 0.014 0.035 0.116 0.266 0.439 0.122 164 Y 0.075 0.210 0.230 0.238 0.154 0.078 0.015 165 H 0.105 0.231 0.226 0.225 0.150 0.053 0.010 166 I 0.064 0.096 0.150 0.242 0.234 0.164 0.052 167 S 0.091 0.086 0.082 0.130 0.201 0.309 0.101 168 W 0.116 0.135 0.167 0.240 0.216 0.103 0.024 169 G 0.113 0.191 0.206 0.225 0.165 0.083 0.016 170 I 0.026 0.034 0.056 0.152 0.283 0.383 0.066 171 Q 0.027 0.046 0.071 0.138 0.241 0.376 0.102 172 F 0.122 0.219 0.253 0.222 0.124 0.053 0.007 173 Q 0.038 0.152 0.255 0.318 0.183 0.048 0.006 174 I 0.010 0.012 0.019 0.079 0.284 0.515 0.081 175 E 0.046 0.127 0.231 0.331 0.199 0.063 0.004 176 Q 0.149 0.466 0.265 0.088 0.027 0.005 0.001 177 N 0.034 0.069 0.192 0.376 0.274 0.053 0.001 178 L 0.074 0.098 0.120 0.281 0.322 0.103 0.002 179 E 0.398 0.443 0.128 0.027 0.004 0.001 0.001 180 L 0.436 0.413 0.125 0.024 0.003 0.001 0.001 181 I 0.051 0.121 0.258 0.381 0.172 0.016 0.001 182 Q 0.462 0.355 0.144 0.034 0.004 0.001 0.001 183 N 0.737 0.221 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 184 G 0.257 0.381 0.238 0.099 0.023 0.003 0.001 185 V 0.045 0.085 0.217 0.365 0.250 0.037 0.001 186 E 0.296 0.411 0.187 0.081 0.022 0.004 0.001 187 N 0.214 0.331 0.236 0.155 0.052 0.012 0.001 188 L 0.021 0.041 0.111 0.303 0.389 0.130 0.006 189 S 0.184 0.370 0.252 0.141 0.045 0.007 0.001 190 Q 0.369 0.387 0.174 0.059 0.010 0.001 0.001 191 E 0.637 0.287 0.059 0.014 0.003 0.001 0.001 192 E 0.115 0.263 0.306 0.211 0.086 0.017 0.002 193 S 0.023 0.063 0.158 0.318 0.330 0.103 0.005 194 K 0.248 0.402 0.221 0.093 0.030 0.006 0.001 195 S 0.190 0.364 0.276 0.127 0.034 0.009 0.001 196 L 0.020 0.043 0.083 0.231 0.384 0.227 0.013 197 L 0.018 0.048 0.150 0.288 0.330 0.156 0.011 198 M 0.140 0.337 0.256 0.162 0.075 0.027 0.003 199 Q 0.068 0.196 0.260 0.257 0.161 0.055 0.003 200 I 0.015 0.030 0.076 0.245 0.378 0.232 0.023 201 K 0.192 0.341 0.235 0.139 0.066 0.024 0.003 202 S 0.203 0.319 0.231 0.155 0.073 0.017 0.001 203 N 0.048 0.135 0.207 0.280 0.220 0.103 0.007 204 L 0.160 0.216 0.200 0.221 0.153 0.048 0.002 205 E 0.210 0.418 0.263 0.086 0.019 0.003 0.001 206 I 0.022 0.082 0.179 0.407 0.271 0.039 0.001 207 K 0.050 0.255 0.362 0.235 0.084 0.013 0.001 208 Q 0.692 0.271 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 209 R 0.098 0.394 0.386 0.107 0.013 0.001 0.001 210 L 0.009 0.027 0.076 0.295 0.488 0.104 0.001 211 K 0.017 0.213 0.419 0.276 0.069 0.006 0.001 212 K 0.453 0.485 0.055 0.006 0.001 0.001 0.001 213 T 0.021 0.188 0.457 0.285 0.046 0.003 0.001 214 L 0.005 0.016 0.055 0.263 0.516 0.144 0.002 215 N 0.129 0.462 0.298 0.095 0.014 0.001 0.001 216 E 0.464 0.457 0.069 0.009 0.001 0.001 0.001 217 T 0.024 0.135 0.348 0.372 0.109 0.012 0.001 218 L 0.015 0.039 0.122 0.348 0.410 0.066 0.001 219 K 0.360 0.444 0.141 0.045 0.008 0.001 0.001 220 V 0.340 0.447 0.170 0.037 0.006 0.001 0.001 221 Y 0.032 0.094 0.199 0.368 0.251 0.055 0.001 222 N 0.077 0.176 0.257 0.287 0.170 0.031 0.001 223 Q 0.556 0.300 0.099 0.036 0.008 0.001 0.001 224 N 0.530 0.318 0.105 0.037 0.009 0.001 0.001 225 T 0.218 0.275 0.267 0.182 0.051 0.007 0.001 226 Q 0.657 0.243 0.067 0.025 0.007 0.001 0.001 227 D 0.409 0.380 0.147 0.051 0.011 0.001 0.001 228 N 0.086 0.145 0.218 0.295 0.214 0.041 0.001 229 E 0.162 0.337 0.293 0.160 0.042 0.006 0.001 230 K 0.552 0.354 0.073 0.017 0.003 0.001 0.001 231 I 0.063 0.208 0.323 0.280 0.109 0.015 0.001 232 L 0.027 0.057 0.119 0.277 0.357 0.156 0.007 233 A 0.138 0.348 0.289 0.162 0.052 0.010 0.001 234 E 0.290 0.483 0.173 0.043 0.008 0.001 0.001 235 H 0.025 0.076 0.181 0.352 0.280 0.082 0.003 236 F 0.019 0.038 0.116 0.285 0.374 0.158 0.010 237 N 0.227 0.392 0.214 0.109 0.044 0.013 0.001 238 K 0.152 0.367 0.300 0.139 0.035 0.006 0.001 239 Y 0.071 0.134 0.196 0.306 0.231 0.058 0.003 240 Y 0.173 0.261 0.246 0.182 0.107 0.028 0.001 241 K 0.465 0.275 0.154 0.081 0.022 0.003 0.001 242 D 0.574 0.254 0.108 0.048 0.014 0.002 0.001 243 F 0.598 0.201 0.109 0.068 0.021 0.003 0.001 244 D 0.754 0.172 0.049 0.019 0.005 0.001 0.001 245 T 0.594 0.242 0.108 0.043 0.012 0.002 0.001 246 L 0.468 0.239 0.144 0.099 0.041 0.008 0.001 247 K 0.612 0.260 0.093 0.029 0.006 0.001 0.001 248 P 0.716 0.212 0.053 0.015 0.003 0.001 0.001 249 A 0.593 0.229 0.099 0.060 0.017 0.003 0.001 250 F 0.590 0.197 0.113 0.071 0.025 0.004 0.001 251 Y 0.686 0.205 0.071 0.030 0.008 0.001 0.001