# TARGET T0238 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0238.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.014 0.039 0.075 0.351 0.454 2 K 0.080 0.009 0.079 0.138 0.396 0.298 3 K 0.072 0.004 0.080 0.110 0.368 0.366 4 A 0.203 0.020 0.046 0.073 0.288 0.370 5 K 0.439 0.017 0.007 0.017 0.132 0.388 6 L 0.560 0.015 0.005 0.013 0.113 0.295 7 N 0.402 0.007 0.007 0.016 0.200 0.368 8 I 0.711 0.007 0.030 0.029 0.110 0.113 9 I 0.771 0.005 0.021 0.032 0.063 0.109 10 K 0.746 0.007 0.024 0.031 0.072 0.121 11 I 0.465 0.012 0.004 0.045 0.077 0.397 12 N 0.251 0.006 0.002 0.016 0.075 0.650 13 I 0.352 0.007 0.030 0.204 0.143 0.265 14 I 0.526 0.005 0.032 0.159 0.137 0.142 15 A 0.725 0.004 0.035 0.108 0.080 0.049 16 M 0.873 0.003 0.009 0.058 0.028 0.029 17 I 0.868 0.003 0.007 0.057 0.031 0.034 18 L 0.774 0.004 0.009 0.084 0.053 0.076 19 T 0.651 0.007 0.010 0.069 0.094 0.169 20 L 0.523 0.005 0.015 0.048 0.155 0.253 21 I 0.655 0.004 0.018 0.036 0.126 0.161 22 C 0.847 0.006 0.009 0.025 0.055 0.058 23 T 0.804 0.010 0.008 0.021 0.060 0.097 24 S 0.656 0.024 0.010 0.028 0.098 0.184 25 C 0.397 0.027 0.031 0.033 0.196 0.316 26 A 0.166 0.016 0.086 0.024 0.369 0.339 27 P 0.115 0.015 0.230 0.051 0.404 0.185 28 F 0.069 0.022 0.212 0.060 0.442 0.195 29 S 0.092 0.036 0.094 0.033 0.495 0.251 30 K 0.072 0.056 0.046 0.046 0.429 0.350 31 I 0.047 0.066 0.029 0.058 0.361 0.440 32 D 0.017 0.022 0.010 0.023 0.593 0.335 33 P 0.002 0.002 0.312 0.233 0.395 0.056 34 K 0.004 0.003 0.339 0.270 0.349 0.035 35 A 0.007 0.007 0.386 0.248 0.323 0.028 36 N 0.014 0.021 0.150 0.284 0.360 0.171 37 A 0.027 0.032 0.091 0.216 0.354 0.280 38 N 0.021 0.012 0.022 0.048 0.349 0.550 39 T 0.023 0.015 0.013 0.028 0.217 0.704 40 K 0.035 0.020 0.013 0.014 0.203 0.716 41 P 0.069 0.018 0.026 0.019 0.258 0.610 42 K 0.120 0.033 0.037 0.021 0.289 0.499 43 K 0.247 0.031 0.030 0.020 0.283 0.388 44 I 0.210 0.031 0.018 0.017 0.298 0.426 45 T 0.145 0.057 0.009 0.014 0.244 0.530 46 N 0.114 0.025 0.008 0.006 0.590 0.257 47 P 0.054 0.007 0.016 0.009 0.694 0.219 48 G 0.050 0.013 0.019 0.007 0.774 0.137 49 E 0.167 0.046 0.020 0.008 0.676 0.083 50 N 0.185 0.020 0.014 0.010 0.458 0.312 51 T 0.160 0.034 0.018 0.014 0.443 0.331 52 Q 0.224 0.031 0.014 0.008 0.294 0.428 53 N 0.225 0.077 0.016 0.012 0.239 0.432 54 F 0.161 0.065 0.063 0.011 0.393 0.307 55 E 0.167 0.043 0.068 0.015 0.403 0.304 56 D 0.088 0.029 0.059 0.013 0.571 0.240 57 K 0.049 0.016 0.031 0.009 0.614 0.282 58 S 0.090 0.022 0.025 0.014 0.541 0.308 59 G 0.069 0.032 0.029 0.018 0.590 0.261 60 D 0.060 0.035 0.020 0.016 0.501 0.369 61 L 0.101 0.086 0.046 0.037 0.421 0.309 62 S 0.086 0.037 0.038 0.030 0.448 0.361 63 T 0.026 0.020 0.036 0.040 0.648 0.230 64 S 0.010 0.008 0.055 0.065 0.627 0.236 65 D 0.012 0.006 0.049 0.133 0.425 0.374 66 E 0.021 0.007 0.083 0.657 0.161 0.071 67 K 0.050 0.010 0.057 0.711 0.080 0.093 68 I 0.037 0.008 0.031 0.850 0.034 0.040 69 M 0.044 0.003 0.016 0.883 0.023 0.031 70 E 0.034 0.002 0.024 0.881 0.028 0.031 71 T 0.016 0.001 0.019 0.905 0.028 0.031 72 I 0.009 0.002 0.011 0.929 0.015 0.035 73 A 0.003 0.001 0.007 0.966 0.010 0.014 74 S 0.001 0.001 0.007 0.970 0.012 0.010 75 E 0.001 0.001 0.013 0.955 0.017 0.014 76 L 0.002 0.001 0.020 0.941 0.022 0.014 77 K 0.001 0.001 0.021 0.924 0.034 0.020 78 A 0.001 0.001 0.016 0.928 0.025 0.029 79 I 0.001 0.001 0.015 0.905 0.031 0.047 80 G 0.003 0.002 0.026 0.649 0.110 0.211 81 K 0.001 0.001 0.062 0.869 0.040 0.028 82 E 0.002 0.001 0.028 0.919 0.032 0.018 83 L 0.001 0.001 0.019 0.951 0.019 0.009 84 E 0.002 0.001 0.027 0.928 0.027 0.016 85 D 0.003 0.001 0.032 0.884 0.057 0.022 86 Q 0.006 0.003 0.042 0.756 0.158 0.035 87 K 0.006 0.002 0.027 0.684 0.164 0.117 88 K 0.007 0.003 0.017 0.232 0.266 0.475 89 E 0.020 0.017 0.031 0.326 0.320 0.285 90 E 0.055 0.019 0.029 0.315 0.239 0.342 91 N 0.035 0.008 0.051 0.435 0.239 0.231 92 I 0.048 0.006 0.047 0.431 0.184 0.285 93 Q 0.073 0.008 0.034 0.535 0.080 0.270 94 I 0.069 0.006 0.025 0.781 0.036 0.083 95 A 0.095 0.004 0.034 0.739 0.052 0.075 96 K 0.125 0.007 0.037 0.721 0.055 0.055 97 I 0.074 0.008 0.046 0.726 0.089 0.056 98 A 0.021 0.004 0.034 0.780 0.092 0.069 99 K 0.010 0.002 0.100 0.568 0.201 0.120 100 E 0.017 0.005 0.098 0.421 0.266 0.194 101 K 0.031 0.008 0.099 0.449 0.224 0.190 102 F 0.085 0.023 0.037 0.103 0.356 0.395 103 D 0.106 0.012 0.075 0.053 0.350 0.403 104 F 0.169 0.014 0.355 0.100 0.218 0.144 105 L 0.183 0.005 0.423 0.101 0.197 0.091 106 S 0.242 0.003 0.355 0.146 0.140 0.113 107 T 0.394 0.010 0.088 0.151 0.092 0.266 108 F 0.515 0.043 0.017 0.080 0.058 0.286 109 K 0.585 0.017 0.005 0.014 0.105 0.274 110 V 0.558 0.024 0.004 0.019 0.135 0.259 111 G 0.197 0.023 0.010 0.014 0.459 0.297 112 P 0.177 0.023 0.070 0.051 0.514 0.165 113 Y 0.102 0.013 0.173 0.092 0.400 0.221 114 D 0.102 0.015 0.187 0.108 0.468 0.120 115 L 0.060 0.013 0.275 0.244 0.246 0.160 116 I 0.090 0.044 0.116 0.221 0.262 0.268 117 D 0.042 0.015 0.070 0.187 0.504 0.182 118 E 0.007 0.003 0.055 0.449 0.327 0.159 119 D 0.009 0.003 0.037 0.405 0.352 0.194 120 I 0.020 0.010 0.023 0.722 0.156 0.070 121 Q 0.038 0.007 0.013 0.713 0.068 0.161 122 M 0.020 0.003 0.012 0.904 0.028 0.033 123 K 0.033 0.003 0.016 0.892 0.025 0.031 124 I 0.026 0.002 0.011 0.928 0.014 0.020 125 K 0.027 0.001 0.008 0.902 0.027 0.035 126 R 0.032 0.001 0.007 0.886 0.038 0.035 127 T 0.092 0.004 0.012 0.804 0.054 0.035 128 L 0.109 0.004 0.018 0.801 0.043 0.024 129 Y 0.090 0.003 0.053 0.787 0.042 0.024 130 S 0.119 0.003 0.087 0.700 0.047 0.044 131 S 0.129 0.008 0.076 0.506 0.074 0.207 132 L 0.080 0.025 0.060 0.223 0.116 0.495 133 D 0.050 0.018 0.021 0.067 0.499 0.345 134 Y 0.008 0.005 0.118 0.180 0.562 0.127 135 K 0.005 0.003 0.099 0.130 0.612 0.151 136 K 0.003 0.003 0.297 0.368 0.305 0.023 137 E 0.008 0.008 0.132 0.556 0.184 0.113 138 N 0.008 0.012 0.098 0.704 0.101 0.076 139 I 0.005 0.002 0.042 0.862 0.046 0.044 140 E 0.004 0.001 0.022 0.935 0.018 0.020 141 K 0.003 0.001 0.014 0.955 0.013 0.014 142 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.004 0.009 143 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 144 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 145 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 147 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 148 I 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 149 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 150 K 0.001 0.001 0.005 0.965 0.016 0.013 151 K 0.001 0.001 0.012 0.850 0.071 0.067 152 N 0.001 0.003 0.025 0.334 0.375 0.262 153 S 0.001 0.003 0.071 0.108 0.595 0.222 154 E 0.002 0.006 0.133 0.091 0.586 0.181 155 H 0.005 0.005 0.171 0.259 0.432 0.128 156 Y 0.009 0.006 0.080 0.488 0.220 0.197 157 N 0.011 0.006 0.038 0.685 0.101 0.159 158 I 0.004 0.004 0.023 0.930 0.017 0.022 159 I 0.003 0.001 0.011 0.969 0.007 0.009 160 G 0.003 0.001 0.009 0.972 0.008 0.008 161 R 0.004 0.001 0.007 0.976 0.008 0.005 162 L 0.006 0.001 0.008 0.973 0.009 0.003 163 I 0.005 0.001 0.010 0.969 0.011 0.003 164 Y 0.003 0.001 0.012 0.970 0.012 0.003 165 H 0.001 0.001 0.007 0.977 0.010 0.004 166 I 0.001 0.001 0.007 0.969 0.010 0.013 167 S 0.001 0.002 0.011 0.883 0.023 0.081 168 W 0.001 0.001 0.018 0.928 0.019 0.034 169 G 0.004 0.001 0.022 0.937 0.015 0.021 170 I 0.004 0.001 0.012 0.964 0.010 0.009 171 Q 0.005 0.001 0.007 0.967 0.010 0.010 172 F 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.002 173 Q 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.002 174 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 175 E 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 176 Q 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 177 N 0.001 0.001 0.003 0.976 0.006 0.014 178 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 179 E 0.001 0.001 0.008 0.981 0.008 0.002 180 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.002 181 I 0.001 0.001 0.007 0.982 0.007 0.004 182 Q 0.001 0.001 0.009 0.970 0.013 0.007 183 N 0.001 0.001 0.026 0.886 0.048 0.039 184 G 0.003 0.003 0.051 0.395 0.169 0.380 185 V 0.020 0.017 0.159 0.183 0.358 0.263 186 E 0.046 0.009 0.233 0.150 0.346 0.214 187 N 0.039 0.009 0.299 0.172 0.314 0.167 188 L 0.051 0.034 0.080 0.168 0.338 0.330 189 S 0.024 0.009 0.017 0.157 0.191 0.602 190 Q 0.001 0.001 0.041 0.903 0.034 0.021 191 E 0.001 0.001 0.044 0.906 0.034 0.013 192 E 0.003 0.002 0.047 0.876 0.049 0.023 193 S 0.003 0.001 0.006 0.937 0.015 0.037 194 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 195 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 197 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 198 M 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 199 Q 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.007 200 I 0.001 0.001 0.004 0.977 0.006 0.013 201 K 0.001 0.001 0.005 0.985 0.005 0.005 202 S 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.005 203 N 0.001 0.001 0.003 0.962 0.008 0.027 204 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 205 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 206 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 207 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 208 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 209 R 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.007 210 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 211 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 212 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 213 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 214 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 215 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 216 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 217 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 218 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 219 K 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.002 220 V 0.001 0.001 0.005 0.982 0.008 0.004 221 Y 0.002 0.002 0.004 0.930 0.026 0.036 222 N 0.004 0.005 0.011 0.410 0.400 0.169 223 Q 0.003 0.003 0.027 0.226 0.598 0.144 224 N 0.009 0.007 0.031 0.090 0.634 0.230 225 T 0.021 0.031 0.032 0.082 0.559 0.275 226 Q 0.033 0.028 0.023 0.141 0.401 0.374 227 D 0.041 0.024 0.022 0.288 0.327 0.298 228 N 0.023 0.006 0.014 0.520 0.217 0.220 229 E 0.014 0.002 0.008 0.899 0.040 0.037 230 K 0.014 0.001 0.007 0.946 0.017 0.014 231 I 0.037 0.004 0.014 0.889 0.029 0.027 232 L 0.023 0.003 0.010 0.896 0.027 0.041 233 A 0.013 0.001 0.005 0.929 0.015 0.037 234 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.004 235 H 0.002 0.001 0.003 0.981 0.007 0.007 236 F 0.002 0.001 0.003 0.974 0.010 0.010 237 N 0.003 0.001 0.010 0.946 0.020 0.019 238 K 0.004 0.001 0.020 0.898 0.037 0.041 239 Y 0.010 0.002 0.025 0.772 0.085 0.107 240 Y 0.014 0.006 0.021 0.707 0.126 0.125 241 K 0.024 0.013 0.024 0.570 0.168 0.201 242 D 0.021 0.010 0.038 0.236 0.329 0.367 243 F 0.008 0.003 0.230 0.253 0.329 0.178 244 D 0.015 0.006 0.316 0.203 0.311 0.150 245 T 0.016 0.013 0.301 0.268 0.292 0.110 246 L 0.017 0.023 0.106 0.362 0.259 0.233 247 K 0.024 0.010 0.210 0.212 0.254 0.290 248 P 0.033 0.012 0.375 0.175 0.188 0.217 249 A 0.034 0.019 0.242 0.227 0.130 0.348 250 F 0.028 0.019 0.043 0.085 0.098 0.728 251 Y 0.010 0.004 0.001 0.007 0.036 0.943