# TARGET T0238 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0238.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.004 0.033 0.207 0.032 0.050 0.645 2 K 0.057 0.023 0.048 0.304 0.029 0.127 0.411 3 K 0.060 0.009 0.098 0.197 0.103 0.200 0.334 4 A 0.077 0.004 0.044 0.116 0.133 0.091 0.535 5 K 0.224 0.026 0.046 0.131 0.063 0.120 0.390 6 L 0.340 0.025 0.022 0.079 0.086 0.029 0.420 7 N 0.353 0.007 0.018 0.092 0.147 0.048 0.335 8 I 0.475 0.012 0.060 0.225 0.055 0.059 0.113 9 I 0.612 0.013 0.032 0.170 0.036 0.027 0.110 10 K 0.484 0.009 0.048 0.220 0.061 0.039 0.139 11 I 0.297 0.006 0.035 0.234 0.102 0.030 0.296 12 N 0.167 0.007 0.027 0.281 0.111 0.043 0.363 13 I 0.047 0.001 0.079 0.755 0.019 0.048 0.050 14 I 0.080 0.004 0.061 0.771 0.018 0.031 0.036 15 A 0.109 0.002 0.042 0.795 0.011 0.029 0.012 16 M 0.174 0.003 0.025 0.733 0.010 0.033 0.022 17 I 0.257 0.005 0.014 0.628 0.020 0.039 0.038 18 L 0.352 0.004 0.020 0.466 0.032 0.060 0.065 19 T 0.435 0.010 0.019 0.360 0.035 0.057 0.084 20 L 0.345 0.007 0.035 0.409 0.042 0.090 0.072 21 I 0.305 0.010 0.051 0.379 0.035 0.135 0.084 22 C 0.339 0.016 0.070 0.291 0.030 0.132 0.121 23 T 0.382 0.019 0.066 0.145 0.096 0.154 0.138 24 S 0.369 0.020 0.045 0.068 0.094 0.152 0.251 25 C 0.226 0.026 0.050 0.062 0.148 0.101 0.387 26 A 0.137 0.019 0.056 0.027 0.236 0.055 0.470 27 P 0.094 0.016 0.159 0.052 0.149 0.220 0.309 28 F 0.079 0.024 0.172 0.036 0.146 0.291 0.252 29 S 0.102 0.021 0.080 0.025 0.285 0.204 0.284 30 K 0.109 0.018 0.040 0.019 0.236 0.140 0.438 31 I 0.092 0.087 0.015 0.017 0.339 0.086 0.364 32 D 0.025 0.016 0.007 0.003 0.114 0.016 0.819 33 P 0.006 0.004 0.258 0.067 0.046 0.516 0.104 34 K 0.006 0.006 0.360 0.063 0.038 0.437 0.089 35 A 0.009 0.009 0.459 0.055 0.076 0.141 0.252 36 N 0.022 0.024 0.149 0.094 0.068 0.263 0.381 37 A 0.025 0.019 0.135 0.068 0.120 0.293 0.340 38 N 0.036 0.010 0.059 0.036 0.151 0.171 0.537 39 T 0.066 0.015 0.034 0.051 0.215 0.137 0.483 40 K 0.133 0.016 0.012 0.018 0.237 0.034 0.550 41 P 0.132 0.017 0.025 0.030 0.060 0.039 0.698 42 K 0.310 0.029 0.034 0.034 0.117 0.031 0.447 43 K 0.539 0.036 0.023 0.032 0.058 0.017 0.295 44 I 0.470 0.038 0.009 0.014 0.052 0.020 0.397 45 T 0.347 0.047 0.006 0.014 0.144 0.056 0.385 46 N 0.093 0.018 0.001 0.001 0.310 0.022 0.554 47 P 0.031 0.008 0.011 0.005 0.207 0.498 0.241 48 G 0.035 0.025 0.021 0.006 0.260 0.421 0.233 49 E 0.105 0.044 0.040 0.015 0.213 0.298 0.286 50 N 0.116 0.061 0.031 0.011 0.199 0.207 0.374 51 T 0.148 0.053 0.032 0.013 0.217 0.069 0.468 52 Q 0.178 0.073 0.029 0.013 0.210 0.081 0.416 53 N 0.163 0.078 0.021 0.009 0.151 0.066 0.511 54 F 0.144 0.026 0.030 0.010 0.184 0.134 0.472 55 E 0.121 0.063 0.028 0.014 0.238 0.191 0.344 56 D 0.083 0.047 0.021 0.005 0.206 0.055 0.584 57 K 0.045 0.017 0.043 0.012 0.222 0.319 0.341 58 S 0.047 0.041 0.041 0.013 0.188 0.381 0.289 59 G 0.055 0.050 0.024 0.010 0.333 0.082 0.445 60 D 0.032 0.039 0.010 0.004 0.071 0.029 0.815 61 L 0.038 0.044 0.094 0.025 0.136 0.267 0.395 62 S 0.027 0.019 0.098 0.038 0.115 0.352 0.350 63 T 0.025 0.018 0.098 0.051 0.228 0.191 0.389 64 S 0.019 0.012 0.046 0.072 0.228 0.347 0.276 65 D 0.035 0.009 0.056 0.099 0.204 0.276 0.321 66 E 0.059 0.018 0.039 0.374 0.159 0.055 0.295 67 K 0.071 0.032 0.037 0.511 0.045 0.043 0.261 68 I 0.044 0.010 0.029 0.733 0.019 0.026 0.140 69 M 0.038 0.004 0.022 0.822 0.009 0.018 0.088 70 E 0.030 0.003 0.020 0.872 0.023 0.008 0.044 71 T 0.022 0.004 0.028 0.870 0.017 0.019 0.040 72 I 0.009 0.002 0.017 0.921 0.007 0.028 0.015 73 A 0.002 0.001 0.014 0.967 0.003 0.008 0.005 74 S 0.001 0.001 0.021 0.957 0.002 0.016 0.003 75 E 0.001 0.001 0.019 0.943 0.002 0.032 0.004 76 L 0.002 0.002 0.033 0.897 0.006 0.049 0.012 77 K 0.003 0.001 0.042 0.841 0.011 0.083 0.020 78 A 0.004 0.001 0.054 0.735 0.015 0.145 0.047 79 I 0.005 0.006 0.029 0.572 0.043 0.219 0.126 80 G 0.007 0.008 0.032 0.359 0.061 0.165 0.368 81 K 0.005 0.001 0.057 0.537 0.100 0.141 0.158 82 E 0.012 0.009 0.056 0.709 0.040 0.072 0.102 83 L 0.009 0.006 0.050 0.828 0.018 0.041 0.049 84 E 0.014 0.003 0.045 0.748 0.017 0.078 0.096 85 D 0.009 0.002 0.042 0.785 0.025 0.083 0.053 86 Q 0.011 0.002 0.032 0.722 0.026 0.148 0.059 87 K 0.043 0.006 0.020 0.578 0.056 0.173 0.124 88 K 0.124 0.014 0.019 0.393 0.097 0.117 0.236 89 E 0.137 0.007 0.033 0.402 0.103 0.072 0.245 90 E 0.144 0.016 0.030 0.399 0.087 0.088 0.237 91 N 0.105 0.018 0.036 0.361 0.090 0.087 0.303 92 I 0.138 0.013 0.027 0.292 0.086 0.075 0.369 93 Q 0.193 0.022 0.028 0.355 0.068 0.060 0.275 94 I 0.111 0.009 0.053 0.643 0.027 0.038 0.120 95 A 0.113 0.006 0.067 0.592 0.043 0.072 0.108 96 K 0.077 0.009 0.107 0.493 0.049 0.067 0.199 97 I 0.058 0.018 0.063 0.527 0.063 0.054 0.218 98 A 0.033 0.008 0.049 0.659 0.034 0.095 0.120 99 K 0.006 0.001 0.106 0.569 0.064 0.219 0.036 100 E 0.010 0.002 0.122 0.518 0.052 0.247 0.050 101 K 0.030 0.018 0.187 0.396 0.064 0.222 0.083 102 F 0.098 0.035 0.158 0.187 0.124 0.110 0.289 103 D 0.111 0.021 0.204 0.163 0.134 0.155 0.212 104 F 0.113 0.023 0.345 0.192 0.059 0.190 0.079 105 L 0.203 0.020 0.319 0.125 0.094 0.084 0.155 106 S 0.257 0.005 0.281 0.114 0.095 0.089 0.159 107 T 0.486 0.017 0.188 0.078 0.051 0.070 0.110 108 F 0.664 0.032 0.024 0.031 0.061 0.038 0.151 109 K 0.642 0.036 0.007 0.009 0.054 0.021 0.230 110 V 0.286 0.047 0.003 0.004 0.088 0.014 0.558 111 G 0.074 0.007 0.004 0.002 0.139 0.028 0.746 112 P 0.032 0.009 0.132 0.145 0.102 0.366 0.214 113 Y 0.027 0.009 0.323 0.254 0.081 0.156 0.150 114 D 0.028 0.007 0.286 0.243 0.094 0.108 0.234 115 L 0.073 0.030 0.181 0.355 0.066 0.115 0.181 116 I 0.110 0.029 0.054 0.311 0.120 0.101 0.275 117 D 0.066 0.006 0.048 0.356 0.082 0.095 0.347 118 E 0.023 0.003 0.044 0.524 0.110 0.233 0.063 119 D 0.028 0.005 0.057 0.420 0.060 0.307 0.123 120 I 0.035 0.010 0.043 0.578 0.051 0.071 0.213 121 Q 0.048 0.011 0.022 0.545 0.030 0.051 0.294 122 M 0.038 0.004 0.026 0.708 0.043 0.029 0.151 123 K 0.053 0.006 0.016 0.782 0.019 0.040 0.084 124 I 0.085 0.006 0.011 0.765 0.020 0.036 0.077 125 K 0.156 0.002 0.009 0.676 0.038 0.028 0.091 126 R 0.351 0.003 0.010 0.497 0.057 0.023 0.058 127 T 0.447 0.005 0.008 0.477 0.016 0.023 0.025 128 L 0.458 0.007 0.007 0.471 0.010 0.025 0.023 129 Y 0.519 0.005 0.010 0.367 0.017 0.028 0.054 130 S 0.497 0.004 0.019 0.245 0.033 0.067 0.136 131 S 0.386 0.013 0.037 0.248 0.063 0.115 0.137 132 L 0.332 0.015 0.025 0.131 0.184 0.060 0.253 133 D 0.209 0.019 0.030 0.093 0.089 0.083 0.478 134 Y 0.069 0.024 0.085 0.145 0.139 0.331 0.207 135 K 0.051 0.009 0.069 0.116 0.178 0.287 0.290 136 K 0.023 0.005 0.137 0.426 0.143 0.116 0.151 137 E 0.014 0.010 0.054 0.597 0.089 0.167 0.070 138 N 0.009 0.004 0.039 0.728 0.031 0.111 0.078 139 I 0.003 0.001 0.009 0.953 0.004 0.007 0.024 140 E 0.002 0.001 0.005 0.983 0.003 0.003 0.005 141 K 0.002 0.001 0.006 0.983 0.002 0.004 0.003 142 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 143 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 144 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 145 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 147 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 148 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 149 L 0.001 0.001 0.005 0.956 0.001 0.036 0.001 150 K 0.001 0.001 0.018 0.690 0.004 0.282 0.005 151 K 0.001 0.001 0.026 0.424 0.032 0.483 0.035 152 N 0.002 0.003 0.024 0.158 0.243 0.149 0.420 153 S 0.001 0.002 0.103 0.219 0.106 0.429 0.140 154 E 0.004 0.007 0.158 0.299 0.108 0.345 0.079 155 H 0.007 0.008 0.133 0.582 0.044 0.135 0.091 156 Y 0.009 0.005 0.035 0.757 0.042 0.077 0.075 157 N 0.006 0.003 0.014 0.885 0.025 0.034 0.034 158 I 0.005 0.002 0.009 0.957 0.006 0.010 0.011 159 I 0.002 0.001 0.006 0.981 0.001 0.006 0.003 160 G 0.002 0.001 0.006 0.980 0.002 0.007 0.002 161 R 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.007 0.001 162 L 0.002 0.001 0.006 0.977 0.001 0.012 0.002 163 I 0.002 0.001 0.005 0.971 0.002 0.017 0.002 164 Y 0.004 0.001 0.005 0.956 0.004 0.025 0.005 165 H 0.002 0.001 0.004 0.934 0.008 0.047 0.004 166 I 0.001 0.001 0.006 0.901 0.010 0.072 0.010 167 S 0.001 0.001 0.009 0.939 0.005 0.028 0.017 168 W 0.001 0.001 0.008 0.969 0.005 0.011 0.005 169 G 0.001 0.001 0.006 0.980 0.002 0.009 0.002 170 I 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.006 0.002 171 Q 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.005 0.001 172 F 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.007 0.001 173 Q 0.001 0.001 0.010 0.951 0.001 0.036 0.001 174 I 0.001 0.001 0.011 0.950 0.002 0.029 0.006 175 E 0.001 0.001 0.018 0.973 0.001 0.006 0.002 176 Q 0.001 0.001 0.027 0.955 0.001 0.016 0.001 177 N 0.001 0.001 0.014 0.947 0.001 0.037 0.001 178 L 0.001 0.001 0.007 0.967 0.003 0.016 0.007 179 E 0.001 0.001 0.013 0.952 0.003 0.022 0.010 180 L 0.001 0.001 0.029 0.923 0.004 0.031 0.011 181 I 0.003 0.002 0.028 0.907 0.008 0.037 0.015 182 Q 0.005 0.003 0.049 0.814 0.019 0.074 0.035 183 N 0.005 0.003 0.038 0.615 0.039 0.268 0.033 184 G 0.005 0.002 0.035 0.427 0.060 0.382 0.089 185 V 0.012 0.008 0.079 0.489 0.082 0.121 0.210 186 E 0.018 0.006 0.151 0.346 0.063 0.180 0.236 187 N 0.028 0.010 0.172 0.364 0.079 0.132 0.214 188 L 0.030 0.029 0.051 0.292 0.188 0.074 0.335 189 S 0.025 0.010 0.036 0.177 0.096 0.083 0.573 190 Q 0.007 0.002 0.064 0.630 0.122 0.103 0.073 191 E 0.003 0.001 0.056 0.804 0.016 0.093 0.027 192 E 0.003 0.009 0.065 0.766 0.018 0.069 0.069 193 S 0.001 0.002 0.010 0.929 0.004 0.019 0.035 194 K 0.001 0.001 0.006 0.980 0.002 0.006 0.006 195 S 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.004 0.005 196 L 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.007 0.004 197 L 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.010 0.001 198 M 0.001 0.001 0.006 0.955 0.002 0.032 0.002 199 Q 0.002 0.001 0.007 0.927 0.005 0.048 0.011 200 I 0.003 0.002 0.006 0.921 0.013 0.033 0.023 201 K 0.002 0.001 0.022 0.887 0.009 0.045 0.034 202 S 0.002 0.001 0.021 0.859 0.022 0.083 0.014 203 N 0.002 0.001 0.013 0.787 0.016 0.158 0.025 204 L 0.003 0.001 0.005 0.845 0.030 0.041 0.075 205 E 0.010 0.007 0.008 0.824 0.009 0.025 0.117 206 I 0.008 0.002 0.006 0.938 0.004 0.008 0.032 207 K 0.003 0.001 0.003 0.972 0.002 0.004 0.014 208 Q 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.002 0.003 209 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.004 0.002 210 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 211 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 212 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 213 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 214 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 215 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 216 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 217 T 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.006 0.001 218 L 0.001 0.001 0.010 0.969 0.002 0.015 0.002 219 K 0.003 0.001 0.011 0.926 0.003 0.051 0.005 220 V 0.007 0.001 0.012 0.874 0.010 0.064 0.031 221 Y 0.014 0.008 0.007 0.760 0.039 0.078 0.092 222 N 0.018 0.011 0.024 0.319 0.080 0.111 0.437 223 Q 0.009 0.003 0.066 0.276 0.107 0.443 0.096 224 N 0.009 0.001 0.055 0.105 0.085 0.619 0.126 225 T 0.039 0.013 0.060 0.110 0.148 0.198 0.433 226 Q 0.079 0.031 0.019 0.111 0.133 0.104 0.524 227 D 0.095 0.046 0.019 0.148 0.135 0.088 0.468 228 N 0.069 0.014 0.015 0.298 0.126 0.081 0.398 229 E 0.081 0.007 0.028 0.416 0.059 0.097 0.313 230 K 0.055 0.006 0.032 0.727 0.047 0.030 0.101 231 I 0.036 0.013 0.040 0.791 0.016 0.031 0.073 232 L 0.017 0.003 0.035 0.836 0.011 0.036 0.062 233 A 0.009 0.001 0.028 0.896 0.008 0.022 0.036 234 E 0.005 0.001 0.033 0.900 0.009 0.028 0.025 235 H 0.004 0.001 0.018 0.928 0.005 0.028 0.016 236 F 0.009 0.003 0.014 0.888 0.012 0.056 0.019 237 N 0.012 0.002 0.022 0.813 0.018 0.076 0.056 238 K 0.014 0.002 0.043 0.726 0.045 0.093 0.077 239 Y 0.013 0.005 0.038 0.658 0.037 0.153 0.095 240 Y 0.030 0.019 0.057 0.387 0.120 0.163 0.224 241 K 0.045 0.025 0.042 0.243 0.172 0.171 0.303 242 D 0.038 0.011 0.046 0.183 0.172 0.196 0.353 243 F 0.021 0.008 0.089 0.349 0.079 0.157 0.297 244 D 0.021 0.012 0.181 0.262 0.092 0.191 0.242 245 T 0.030 0.031 0.220 0.245 0.095 0.139 0.240 246 L 0.036 0.020 0.150 0.317 0.073 0.087 0.315 247 K 0.039 0.012 0.121 0.248 0.068 0.067 0.444 248 P 0.019 0.006 0.244 0.258 0.068 0.101 0.304 249 A 0.014 0.009 0.192 0.189 0.098 0.261 0.237 250 F 0.018 0.016 0.047 0.086 0.067 0.169 0.598 251 Y 0.006 0.002 0.008 0.016 0.020 0.016 0.931