# TARGET T0238 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0238.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.276 0.255 0.198 0.158 0.077 0.031 0.005 2 K 0.214 0.248 0.220 0.180 0.099 0.034 0.005 3 K 0.251 0.328 0.219 0.136 0.049 0.015 0.002 4 A 0.091 0.157 0.217 0.254 0.190 0.081 0.010 5 K 0.135 0.285 0.265 0.171 0.090 0.046 0.009 6 L 0.022 0.034 0.082 0.210 0.351 0.260 0.042 7 N 0.100 0.232 0.261 0.226 0.119 0.053 0.009 8 I 0.071 0.139 0.167 0.207 0.214 0.166 0.037 9 I 0.027 0.050 0.088 0.180 0.273 0.287 0.095 10 K 0.046 0.083 0.133 0.182 0.221 0.224 0.112 11 I 0.018 0.034 0.061 0.110 0.202 0.346 0.228 12 N 0.018 0.033 0.061 0.132 0.246 0.310 0.201 13 I 0.015 0.017 0.023 0.045 0.102 0.317 0.481 14 I 0.013 0.031 0.062 0.128 0.171 0.268 0.326 15 A 0.018 0.038 0.075 0.119 0.159 0.278 0.314 16 M 0.011 0.014 0.022 0.055 0.130 0.290 0.479 17 I 0.012 0.017 0.021 0.036 0.068 0.259 0.587 18 L 0.021 0.024 0.032 0.076 0.128 0.265 0.455 19 T 0.021 0.030 0.043 0.067 0.103 0.233 0.503 20 L 0.017 0.027 0.041 0.076 0.099 0.238 0.501 21 I 0.025 0.028 0.045 0.097 0.138 0.281 0.386 22 C 0.035 0.039 0.043 0.078 0.124 0.296 0.385 23 T 0.038 0.039 0.050 0.100 0.158 0.326 0.289 24 S 0.057 0.076 0.086 0.142 0.187 0.299 0.154 25 C 0.048 0.062 0.085 0.152 0.219 0.285 0.147 26 A 0.041 0.086 0.139 0.202 0.227 0.233 0.072 27 P 0.077 0.165 0.199 0.219 0.183 0.124 0.032 28 F 0.074 0.123 0.180 0.238 0.233 0.129 0.023 29 S 0.190 0.193 0.202 0.189 0.148 0.067 0.012 30 K 0.184 0.239 0.220 0.188 0.111 0.049 0.008 31 I 0.106 0.123 0.182 0.265 0.219 0.094 0.011 32 D 0.279 0.325 0.208 0.119 0.050 0.017 0.002 33 P 0.188 0.223 0.239 0.214 0.107 0.027 0.002 34 K 0.640 0.227 0.078 0.035 0.015 0.005 0.001 35 A 0.497 0.247 0.146 0.077 0.027 0.006 0.001 36 N 0.452 0.263 0.155 0.093 0.031 0.006 0.001 37 A 0.384 0.284 0.194 0.103 0.031 0.004 0.001 38 N 0.496 0.276 0.147 0.061 0.016 0.003 0.001 39 T 0.591 0.251 0.098 0.045 0.013 0.003 0.001 40 K 0.343 0.272 0.205 0.125 0.046 0.009 0.001 41 P 0.302 0.210 0.196 0.185 0.089 0.017 0.001 42 K 0.396 0.329 0.179 0.073 0.020 0.003 0.001 43 K 0.485 0.302 0.133 0.058 0.018 0.004 0.001 44 I 0.240 0.207 0.224 0.209 0.099 0.021 0.001 45 T 0.411 0.317 0.163 0.078 0.025 0.005 0.001 46 N 0.381 0.237 0.175 0.138 0.056 0.012 0.001 47 P 0.544 0.248 0.115 0.058 0.025 0.008 0.001 48 G 0.484 0.260 0.142 0.078 0.028 0.007 0.001 49 E 0.476 0.239 0.133 0.094 0.043 0.013 0.001 50 N 0.336 0.254 0.198 0.129 0.063 0.018 0.002 51 T 0.300 0.278 0.217 0.138 0.054 0.013 0.001 52 Q 0.257 0.284 0.217 0.152 0.070 0.019 0.001 53 N 0.177 0.203 0.241 0.221 0.125 0.031 0.002 54 F 0.181 0.186 0.235 0.243 0.127 0.027 0.001 55 E 0.540 0.282 0.118 0.044 0.012 0.002 0.001 56 D 0.546 0.261 0.121 0.054 0.015 0.003 0.001 57 K 0.590 0.226 0.105 0.054 0.020 0.005 0.001 58 S 0.693 0.173 0.074 0.041 0.016 0.003 0.001 59 G 0.646 0.192 0.093 0.048 0.017 0.003 0.001 60 D 0.639 0.241 0.081 0.029 0.008 0.001 0.001 61 L 0.272 0.257 0.247 0.166 0.051 0.006 0.001 62 S 0.595 0.282 0.088 0.028 0.006 0.001 0.001 63 T 0.674 0.196 0.076 0.040 0.013 0.002 0.001 64 S 0.705 0.186 0.068 0.031 0.008 0.001 0.001 65 D 0.568 0.261 0.113 0.047 0.010 0.001 0.001 66 E 0.511 0.317 0.126 0.037 0.007 0.001 0.001 67 K 0.352 0.372 0.178 0.072 0.021 0.004 0.001 68 I 0.070 0.115 0.204 0.318 0.230 0.060 0.004 69 M 0.099 0.190 0.251 0.264 0.146 0.046 0.004 70 E 0.285 0.312 0.210 0.124 0.050 0.017 0.002 71 T 0.132 0.219 0.214 0.210 0.137 0.076 0.013 72 I 0.032 0.052 0.089 0.177 0.294 0.305 0.052 73 A 0.062 0.159 0.260 0.290 0.163 0.061 0.005 74 S 0.217 0.380 0.235 0.111 0.042 0.014 0.002 75 E 0.028 0.091 0.197 0.300 0.254 0.119 0.010 76 L 0.015 0.026 0.069 0.210 0.406 0.261 0.014 77 K 0.184 0.400 0.270 0.113 0.029 0.004 0.001 78 A 0.182 0.350 0.279 0.149 0.035 0.005 0.001 79 I 0.015 0.033 0.101 0.311 0.419 0.119 0.002 80 G 0.144 0.259 0.333 0.212 0.049 0.003 0.001 81 K 0.676 0.274 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 82 E 0.550 0.322 0.102 0.023 0.003 0.001 0.001 83 L 0.033 0.080 0.239 0.449 0.184 0.015 0.001 84 E 0.435 0.372 0.146 0.039 0.007 0.001 0.001 85 D 0.761 0.201 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.250 0.290 0.253 0.165 0.038 0.004 0.001 87 K 0.302 0.376 0.201 0.095 0.024 0.003 0.001 88 K 0.385 0.300 0.191 0.095 0.026 0.003 0.001 89 E 0.451 0.306 0.156 0.067 0.018 0.003 0.001 90 E 0.386 0.340 0.171 0.077 0.022 0.004 0.001 91 N 0.211 0.246 0.241 0.200 0.085 0.016 0.001 92 I 0.103 0.184 0.265 0.252 0.146 0.048 0.003 93 Q 0.131 0.250 0.242 0.209 0.116 0.047 0.004 94 I 0.028 0.048 0.113 0.260 0.358 0.180 0.014 95 A 0.153 0.294 0.255 0.178 0.084 0.033 0.003 96 K 0.034 0.130 0.230 0.303 0.213 0.084 0.006 97 I 0.013 0.029 0.080 0.253 0.428 0.190 0.006 98 A 0.102 0.371 0.331 0.153 0.039 0.005 0.001 99 K 0.423 0.349 0.154 0.057 0.015 0.002 0.001 100 E 0.221 0.411 0.255 0.092 0.019 0.003 0.001 101 K 0.203 0.265 0.219 0.207 0.085 0.019 0.001 102 F 0.016 0.068 0.206 0.359 0.281 0.067 0.002 103 D 0.110 0.336 0.303 0.163 0.068 0.018 0.002 104 F 0.005 0.016 0.044 0.141 0.316 0.410 0.069 105 L 0.005 0.023 0.062 0.165 0.323 0.353 0.069 106 S 0.013 0.077 0.192 0.293 0.248 0.149 0.028 107 T 0.007 0.017 0.057 0.173 0.310 0.349 0.087 108 F 0.003 0.006 0.009 0.027 0.129 0.557 0.269 109 K 0.005 0.020 0.052 0.153 0.293 0.341 0.137 110 V 0.008 0.024 0.053 0.126 0.279 0.383 0.127 111 G 0.024 0.108 0.196 0.287 0.245 0.123 0.018 112 P 0.094 0.197 0.221 0.221 0.160 0.092 0.016 113 Y 0.059 0.130 0.232 0.292 0.213 0.069 0.005 114 D 0.326 0.325 0.196 0.101 0.040 0.010 0.001 115 L 0.078 0.143 0.233 0.287 0.185 0.070 0.006 116 I 0.055 0.085 0.158 0.289 0.292 0.114 0.006 117 D 0.384 0.347 0.177 0.067 0.019 0.005 0.001 118 E 0.495 0.316 0.126 0.050 0.011 0.002 0.001 119 D 0.532 0.265 0.113 0.059 0.024 0.006 0.001 120 I 0.185 0.237 0.281 0.210 0.074 0.012 0.001 121 Q 0.402 0.340 0.164 0.070 0.020 0.004 0.001 122 M 0.384 0.304 0.185 0.093 0.029 0.005 0.001 123 K 0.362 0.346 0.175 0.082 0.029 0.007 0.001 124 I 0.053 0.131 0.236 0.343 0.194 0.042 0.002 125 K 0.116 0.288 0.289 0.200 0.080 0.023 0.002 126 R 0.047 0.106 0.180 0.287 0.260 0.111 0.009 127 T 0.030 0.053 0.133 0.263 0.319 0.181 0.019 128 L 0.031 0.032 0.038 0.075 0.174 0.507 0.143 129 Y 0.040 0.049 0.061 0.143 0.266 0.351 0.090 130 S 0.036 0.047 0.072 0.130 0.189 0.376 0.150 131 S 0.041 0.055 0.066 0.117 0.200 0.368 0.153 132 L 0.074 0.095 0.112 0.165 0.229 0.254 0.071 133 D 0.147 0.230 0.242 0.211 0.119 0.043 0.007 134 Y 0.134 0.196 0.263 0.249 0.129 0.026 0.001 135 K 0.530 0.319 0.113 0.030 0.007 0.001 0.001 136 K 0.664 0.228 0.078 0.024 0.006 0.001 0.001 137 E 0.680 0.233 0.066 0.017 0.003 0.001 0.001 138 N 0.261 0.373 0.221 0.119 0.024 0.002 0.001 139 I 0.046 0.104 0.207 0.412 0.207 0.024 0.001 140 E 0.333 0.461 0.162 0.037 0.006 0.001 0.001 141 K 0.092 0.314 0.343 0.199 0.045 0.006 0.001 142 L 0.003 0.007 0.025 0.167 0.483 0.307 0.009 143 K 0.048 0.279 0.402 0.217 0.049 0.005 0.001 144 E 0.052 0.372 0.362 0.168 0.039 0.006 0.001 145 I 0.003 0.009 0.033 0.185 0.461 0.300 0.010 146 L 0.008 0.049 0.166 0.371 0.320 0.083 0.003 147 E 0.223 0.487 0.191 0.072 0.021 0.005 0.001 148 I 0.030 0.184 0.402 0.303 0.073 0.008 0.001 149 L 0.013 0.024 0.076 0.268 0.446 0.167 0.006 150 K 0.183 0.370 0.270 0.137 0.035 0.005 0.001 151 K 0.587 0.337 0.061 0.013 0.002 0.001 0.001 152 N 0.504 0.274 0.148 0.058 0.014 0.002 0.001 153 S 0.709 0.214 0.055 0.018 0.004 0.001 0.001 154 E 0.387 0.377 0.163 0.057 0.014 0.002 0.001 155 H 0.073 0.148 0.223 0.315 0.193 0.046 0.003 156 Y 0.021 0.117 0.264 0.354 0.197 0.044 0.003 157 N 0.042 0.211 0.312 0.272 0.131 0.029 0.002 158 I 0.001 0.005 0.027 0.121 0.370 0.427 0.049 159 I 0.001 0.002 0.004 0.018 0.113 0.584 0.278 160 G 0.001 0.013 0.066 0.232 0.354 0.289 0.044 161 R 0.003 0.031 0.143 0.329 0.307 0.160 0.027 162 L 0.001 0.002 0.006 0.021 0.102 0.554 0.315 163 I 0.002 0.004 0.005 0.021 0.113 0.493 0.362 164 Y 0.006 0.028 0.082 0.210 0.301 0.267 0.106 165 H 0.014 0.074 0.143 0.222 0.264 0.215 0.068 166 I 0.004 0.015 0.055 0.178 0.307 0.350 0.091 167 S 0.010 0.032 0.052 0.079 0.159 0.419 0.249 168 W 0.015 0.028 0.061 0.154 0.292 0.365 0.085 169 G 0.015 0.055 0.171 0.299 0.281 0.148 0.032 170 I 0.007 0.010 0.022 0.082 0.231 0.522 0.125 171 Q 0.006 0.013 0.013 0.045 0.161 0.523 0.239 172 F 0.016 0.077 0.184 0.282 0.257 0.160 0.025 173 Q 0.023 0.108 0.266 0.342 0.198 0.057 0.007 174 I 0.007 0.017 0.029 0.076 0.250 0.509 0.112 175 E 0.017 0.048 0.115 0.289 0.341 0.178 0.010 176 Q 0.084 0.354 0.325 0.167 0.056 0.012 0.001 177 N 0.023 0.098 0.262 0.388 0.192 0.036 0.002 178 L 0.007 0.019 0.056 0.242 0.447 0.218 0.011 179 E 0.161 0.455 0.265 0.093 0.022 0.004 0.001 180 L 0.423 0.408 0.122 0.039 0.007 0.001 0.001 181 I 0.064 0.185 0.344 0.297 0.099 0.011 0.001 182 Q 0.617 0.287 0.076 0.017 0.003 0.001 0.001 183 N 0.639 0.240 0.085 0.029 0.007 0.001 0.001 184 G 0.127 0.249 0.314 0.222 0.075 0.013 0.001 185 V 0.051 0.068 0.134 0.305 0.325 0.113 0.003 186 E 0.199 0.291 0.274 0.171 0.057 0.008 0.001 187 N 0.236 0.366 0.244 0.113 0.034 0.006 0.001 188 L 0.033 0.058 0.149 0.367 0.330 0.062 0.001 189 S 0.264 0.377 0.245 0.090 0.021 0.003 0.001 190 Q 0.554 0.352 0.078 0.014 0.002 0.001 0.001 191 E 0.776 0.161 0.040 0.017 0.006 0.001 0.001 192 E 0.381 0.344 0.177 0.076 0.018 0.003 0.001 193 S 0.064 0.122 0.233 0.367 0.181 0.033 0.001 194 K 0.331 0.403 0.198 0.056 0.011 0.001 0.001 195 S 0.426 0.399 0.136 0.033 0.006 0.001 0.001 196 L 0.050 0.080 0.177 0.367 0.266 0.058 0.001 197 L 0.055 0.114 0.221 0.315 0.232 0.061 0.002 198 M 0.303 0.400 0.206 0.073 0.015 0.002 0.001 199 Q 0.284 0.358 0.227 0.100 0.026 0.004 0.001 200 I 0.044 0.072 0.160 0.316 0.310 0.096 0.002 201 K 0.400 0.290 0.173 0.091 0.035 0.009 0.001 202 S 0.426 0.300 0.175 0.077 0.020 0.002 0.001 203 N 0.478 0.345 0.124 0.041 0.010 0.002 0.001 204 L 0.086 0.114 0.215 0.333 0.210 0.042 0.001 205 E 0.414 0.420 0.128 0.031 0.006 0.001 0.001 206 I 0.075 0.139 0.231 0.345 0.180 0.028 0.001 207 K 0.099 0.258 0.287 0.231 0.104 0.021 0.001 208 Q 0.347 0.408 0.174 0.056 0.013 0.002 0.001 209 R 0.112 0.280 0.326 0.213 0.060 0.009 0.001 210 L 0.016 0.030 0.079 0.257 0.421 0.192 0.005 211 K 0.059 0.247 0.368 0.244 0.070 0.011 0.001 212 K 0.343 0.472 0.137 0.036 0.009 0.002 0.001 213 T 0.033 0.147 0.293 0.325 0.163 0.038 0.002 214 L 0.006 0.012 0.040 0.211 0.477 0.245 0.009 215 N 0.077 0.320 0.387 0.178 0.034 0.004 0.001 216 E 0.244 0.548 0.168 0.035 0.005 0.001 0.001 217 T 0.017 0.040 0.127 0.360 0.355 0.098 0.002 218 L 0.013 0.037 0.129 0.367 0.367 0.085 0.002 219 K 0.253 0.455 0.215 0.063 0.012 0.002 0.001 220 V 0.206 0.383 0.261 0.121 0.025 0.003 0.001 221 Y 0.039 0.110 0.253 0.338 0.215 0.044 0.001 222 N 0.279 0.295 0.244 0.134 0.043 0.005 0.001 223 Q 0.715 0.212 0.054 0.015 0.004 0.001 0.001 224 N 0.480 0.266 0.148 0.077 0.024 0.004 0.001 225 T 0.297 0.286 0.217 0.144 0.047 0.009 0.001 226 Q 0.654 0.225 0.079 0.033 0.008 0.001 0.001 227 D 0.825 0.121 0.033 0.016 0.005 0.001 0.001 228 N 0.766 0.148 0.054 0.025 0.006 0.001 0.001 229 E 0.664 0.235 0.076 0.021 0.004 0.001 0.001 230 K 0.753 0.200 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 231 I 0.423 0.332 0.157 0.070 0.016 0.002 0.001 232 L 0.124 0.127 0.209 0.313 0.194 0.031 0.001 233 A 0.270 0.272 0.255 0.150 0.046 0.007 0.001 234 E 0.494 0.386 0.094 0.021 0.004 0.001 0.001 235 H 0.127 0.206 0.275 0.259 0.110 0.022 0.001 236 F 0.051 0.054 0.126 0.304 0.346 0.115 0.004 237 N 0.256 0.372 0.246 0.102 0.021 0.003 0.001 238 K 0.448 0.351 0.137 0.049 0.013 0.002 0.001 239 Y 0.134 0.236 0.270 0.219 0.112 0.029 0.001 240 Y 0.095 0.145 0.241 0.305 0.178 0.034 0.001 241 K 0.474 0.323 0.136 0.049 0.014 0.003 0.001 242 D 0.584 0.236 0.100 0.056 0.019 0.005 0.001 243 F 0.404 0.219 0.167 0.140 0.055 0.015 0.001 244 D 0.686 0.203 0.066 0.031 0.011 0.003 0.001 245 T 0.484 0.207 0.130 0.100 0.055 0.020 0.003 246 L 0.359 0.198 0.168 0.157 0.087 0.029 0.002 247 K 0.482 0.299 0.136 0.059 0.018 0.005 0.001 248 P 0.491 0.289 0.135 0.061 0.020 0.005 0.001 249 A 0.374 0.226 0.173 0.133 0.074 0.020 0.001 250 F 0.458 0.235 0.150 0.100 0.043 0.013 0.001 251 Y 0.470 0.213 0.155 0.102 0.044 0.015 0.002