PFRMAT RR
TARGET T0238
AUTHOR 4204-4258-2837
REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of
REMARK Kevin Karplus.
REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus
REMARK The value given is an approximate of the probability
REMARK as provided by the neural network.
REMARK The number of predictions is limited to .5*sequence_length.
REMARK
METHOD The predictor is an artifical neural network
METHOD using 134 inputs.
METHOD Input includes separation and sequence length, corrected
METHOD mutual information between columns (M. Cline) and 
METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) 
METHOD Other inputs are from alignments and
METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of 
METHOD University of California, Santa Cruz
METHOD This version uses a new error function designed to improve
METHOD the top scores per protein.
MODEL 1
MKKAKLNIIKINIIAMILTLICTSCAPFSKIDPKANANTKPKKITNPGEN
TQNFEDKSGDLSTSDEKIMETIASELKAIGKELEDQKKEENIQIAKIAKE
KFDFLSTFKVGPYDLIDEDIQMKIKRTLYSSLDYKKENIEKLKEILEILK
KNSEHYNIIGRLIYHISWGIQFQIEQNLELIQNGVENLSQEESKSLLMQI
KSNLEIKQRLKKTLNETLKVYNQNTQDNEKILAEHFNKYYKDFDTLKPAF
Y
127 176 0 8 0.445
38 115 0 8 0.392
121 216 0 8 0.35
187 247 0 8 0.3
156 177 0 8 0.298
59 229 0 8 0.283
136 173 0 8 0.276
21 42 0 8 0.259
45 105 0 8 0.257
72 216 0 8 0.248
154 250 0 8 0.237
46 174 0 8 0.235
155 173 0 8 0.232
115 172 0 8 0.23
106 192 0 8 0.23
165 177 0 8 0.228
16 124 0 8 0.226
157 250 0 8 0.224
150 165 0 8 0.224
92 117 0 8 0.224
156 188 0 8 0.22
122 173 0 8 0.22
59 174 0 8 0.218
32 46 0 8 0.218
106 137 0 8 0.216
111 200 0 8 0.214
112 217 0 8 0.212
68 126 0 8 0.212
80 247 0 8 0.208
86 191 0 8 0.206
141 197 0 8 0.204
112 141 0 8 0.204
69 191 0 8 0.204
37 213 0 8 0.204
89 112 0 8 0.202
87 223 0 8 0.202
77 176 0 8 0.202
164 189 0 8 0.2
150 173 0 8 0.2
55 115 0 8 0.2
15 59 0 8 0.2
113 190 0 8 0.194
77 127 0 8 0.194
172 183 0 8 0.192
163 240 0 8 0.192
26 111 0 8 0.192
112 124 0 8 0.191
120 187 0 8 0.189
20 221 0 8 0.189
112 197 0 8 0.187
104 113 0 8 0.187
101 173 0 8 0.187
21 92 0 8 0.187
137 192 0 8 0.185
112 122 0 8 0.185
55 137 0 8 0.185
41 88 0 8 0.185
230 250 0 8 0.183
159 179 0 8 0.183
132 142 0 8 0.183
122 230 0 8 0.183
122 229 0 8 0.183
43 69 0 8 0.183
27 148 0 8 0.183
122 223 0 8 0.181
65 88 0 8 0.181
27 197 0 8 0.181
161 172 0 8 0.18
151 213 0 8 0.18
114 187 0 8 0.18
108 157 0 8 0.18
80 187 0 8 0.18
38 55 0 8 0.18
16 35 0 8 0.18
92 108 0 8 0.178
64 77 0 8 0.178
59 223 0 8 0.178
119 245 0 8 0.176
114 154 0 8 0.176
99 155 0 8 0.176
87 211 0 8 0.176
54 108 0 8 0.176
34 115 0 8 0.176
158 172 0 8 0.174
172 239 0 8 0.173
85 203 0 8 0.173
61 165 0 8 0.173
37 57 0 8 0.173
200 228 0 8 0.171
59 227 0 8 0.171
20 86 0 8 0.171
71 152 0 8 0.169
63 168 0 8 0.169
78 108 0 8 0.168
154 239 0 8 0.166
120 247 0 8 0.166
32 174 0 8 0.166
31 112 0 8 0.166
27 41 0 8 0.166
125 167 0 8 0.164
85 106 0 8 0.164
57 111 0 8 0.164
41 106 0 8 0.164
29 165 0 8 0.164
155 168 0 8 0.163
235 250 0 8 0.159
151 219 0 8 0.159
141 194 0 8 0.159
106 185 0 8 0.159
88 166 0 8 0.159
74 221 0 8 0.159
72 91 0 8 0.159
49 107 0 8 0.159
106 153 0 8 0.158
91 169 0 8 0.158
85 221 0 8 0.158
85 165 0 8 0.158
71 112 0 8 0.158
57 112 0 8 0.158
137 220 0 8 0.156
111 155 0 8 0.156
71 111 0 8 0.156
65 165 0 8 0.156
34 60 0 8 0.156
26 115 0 8 0.156
END