# This file is the result of combining several RDB files, specifically # T0237.t2k.dssp-ebghstl.rdb (weight 1.53986) # T0237.t2k.stride-ebghtl.rdb (weight 1.24869) # T0237.t2k.str2.rdb (weight 1.54758) # T0237.t2k.alpha.rdb (weight 0.659012) # These files were combined by translating their predictions into EHL # predictions with tables generated by compare-real, and then combining # those predictions with weights proportional to their mutual information # with the EHL alphabet. The comments from the individual files follow. # # Comments from T0237.t2k.dssp-ebghstl.rdb # ============================================ # TARGET T0237 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # # ============================================ # Comments from T0237.t2k.stride-ebghtl.rdb # ============================================ # TARGET T0237 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # # ============================================ # Comments from T0237.t2k.str2.rdb # ============================================ # TARGET T0237 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # # ============================================ # Comments from T0237.t2k.alpha.rdb # ============================================ # TARGET T0237 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # # ============================================ Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 P 0.0770 0.0345 0.8885 2 T 0.2925 0.0770 0.6305 3 V 0.3532 0.0826 0.5642 4 E 0.2819 0.1136 0.6045 5 R 0.1984 0.1536 0.6480 6 S 0.1306 0.2621 0.6074 7 T 0.0931 0.3040 0.6029 8 R 0.0788 0.2644 0.6568 9 M 0.0838 0.1373 0.7789 10 S 0.0560 0.1068 0.8372 11 N 0.0956 0.0845 0.8200 12 P 0.0162 0.7910 0.1928 13 W 0.0075 0.8840 0.1085 14 K 0.0073 0.9141 0.0786 15 A 0.0073 0.8994 0.0933 16 F 0.0113 0.8356 0.1532 17 M 0.0144 0.7856 0.2000 18 E 0.0202 0.7596 0.2202 19 K 0.0439 0.6531 0.3030 20 Y 0.1234 0.2951 0.5815 21 D 0.1168 0.1063 0.7769 22 I 0.0572 0.3550 0.5878 23 E 0.0453 0.3394 0.6153 24 R 0.0706 0.3154 0.6141 25 T 0.1398 0.1958 0.6643 26 H 0.1820 0.1499 0.6681 27 S 0.1522 0.1080 0.7398 28 S 0.2169 0.0671 0.7160 29 G 0.4129 0.0404 0.5467 30 V 0.7177 0.0211 0.2611 31 R 0.8583 0.0111 0.1305 32 V 0.8416 0.0116 0.1468 33 D 0.7079 0.0133 0.2788 34 L 0.2463 0.0981 0.6555 35 G 0.0853 0.1079 0.8068 36 E 0.0672 0.1131 0.8197 37 D 0.1204 0.0637 0.8159 38 A 0.3682 0.0630 0.5688 39 E 0.6410 0.0381 0.3209 40 V 0.5733 0.0592 0.3675 41 E 0.2438 0.0614 0.6948 42 N 0.1248 0.0759 0.7993 43 A 0.2524 0.0794 0.6682 44 K 0.4729 0.0412 0.4859 45 Y 0.7008 0.0151 0.2841 46 R 0.6934 0.0093 0.2973 47 I 0.6001 0.0127 0.3872 48 P 0.3981 0.0303 0.5716 49 A 0.3186 0.0999 0.5814 50 G 0.2958 0.1203 0.5839 51 R 0.4180 0.0445 0.5375 52 C 0.2765 0.0265 0.6971 53 P 0.1668 0.0629 0.7702 54 V 0.1591 0.0710 0.7699 55 F 0.2139 0.0571 0.7290 56 G 0.2629 0.0377 0.6994 57 K 0.4880 0.0274 0.4847 58 G 0.7692 0.0114 0.2194 59 I 0.8788 0.0103 0.1109 60 V 0.8896 0.0095 0.1009 61 I 0.7816 0.0220 0.1964 62 E 0.4379 0.0446 0.5175 63 N 0.2227 0.0503 0.7270 64 S 0.1534 0.0740 0.7726 65 D 0.1240 0.0758 0.8001 66 V 0.1580 0.2287 0.6133 67 S 0.1862 0.2666 0.5473 68 F 0.1963 0.3147 0.4890 69 L 0.2315 0.2275 0.5411 70 R 0.2654 0.1773 0.5572 71 P 0.2956 0.2566 0.4478 72 V 0.2866 0.2309 0.4825 73 A 0.2709 0.1901 0.5389 74 T 0.1589 0.1489 0.6922 75 G 0.1048 0.0788 0.8163 76 D 0.1410 0.0596 0.7995 77 Q 0.2300 0.0379 0.7320 78 K 0.3272 0.0326 0.6402 79 L 0.3605 0.0679 0.5716 80 K 0.2961 0.0957 0.6082 81 D 0.1933 0.1137 0.6930 82 G 0.1331 0.0569 0.8100 83 G 0.1872 0.0493 0.7635 84 F 0.2900 0.0536 0.6564 85 A 0.2618 0.0558 0.6824 86 F 0.2046 0.0422 0.7532 87 P 0.1200 0.0672 0.8128 88 N 0.0757 0.0910 0.8333 89 A 0.0972 0.0791 0.8238 90 N 0.1012 0.0804 0.8184 91 D 0.1203 0.1344 0.7453 92 H 0.1935 0.1625 0.6440 93 I 0.3082 0.0867 0.6050 94 S 0.3083 0.0345 0.6572 95 P 0.2848 0.0660 0.6492 96 M 0.3467 0.0470 0.6064 97 T 0.2679 0.0396 0.6925 98 L 0.0239 0.7068 0.2693 99 A 0.0096 0.7192 0.2712 100 N 0.0160 0.6652 0.3187 101 L 0.0402 0.7154 0.2444 102 K 0.0288 0.6802 0.2910 103 E 0.0353 0.6345 0.3302 104 R 0.0527 0.6275 0.3198 105 Y 0.0854 0.4140 0.5006 106 K 0.0655 0.2498 0.6847 107 D 0.0538 0.2254 0.7208 108 N 0.0851 0.1322 0.7826 109 V 0.1046 0.1513 0.7441 110 E 0.1623 0.1314 0.7063 111 M 0.0931 0.4308 0.4762 112 M 0.1426 0.4435 0.4138 113 K 0.1513 0.4468 0.4019 114 L 0.1151 0.4783 0.4066 115 N 0.1020 0.4726 0.4254 116 D 0.1073 0.4620 0.4307 117 I 0.0296 0.7830 0.1874 118 A 0.0210 0.7917 0.1873 119 L 0.0134 0.8210 0.1656 120 C 0.0178 0.8192 0.1630 121 R 0.0197 0.8321 0.1482 122 T 0.0302 0.8080 0.1617 123 H 0.0403 0.7487 0.2110 124 A 0.0526 0.6766 0.2708 125 A 0.0719 0.5245 0.4036 126 S 0.1011 0.4237 0.4752 127 F 0.2147 0.2965 0.4888 128 V 0.2162 0.1020 0.6818 129 M 0.2004 0.1017 0.6980 130 A 0.1467 0.1406 0.7127 131 G 0.0880 0.1658 0.7463 132 D 0.0935 0.1373 0.7692 133 Q 0.0732 0.1382 0.7886 134 N 0.1151 0.1034 0.7814 135 S 0.1592 0.1252 0.7156 136 S 0.3177 0.0840 0.5983 137 Y 0.4142 0.0430 0.5427 138 R 0.4203 0.0322 0.5475 139 H 0.4014 0.0190 0.5796 140 P 0.4370 0.0284 0.5346 141 A 0.7550 0.0196 0.2253 142 V 0.8357 0.0114 0.1529 143 Y 0.8262 0.0076 0.1662 144 D 0.6000 0.0169 0.3830 145 E 0.0503 0.1259 0.8238 146 K 0.0215 0.0856 0.8929 147 E 0.0617 0.0377 0.9006 148 K 0.2577 0.0439 0.6984 149 T 0.7891 0.0104 0.2005 150 C 0.8890 0.0084 0.1026 151 H 0.9011 0.0130 0.0859 152 M 0.9125 0.0092 0.0783 153 L 0.8960 0.0178 0.0862 154 Y 0.8135 0.0475 0.1390 155 L 0.6577 0.0913 0.2511 156 S 0.5199 0.1548 0.3253 157 A 0.3768 0.2951 0.3281 158 Q 0.2692 0.3682 0.3626 159 E 0.1392 0.3849 0.4759 160 N 0.0932 0.2683 0.6385 161 M 0.1025 0.1303 0.7672 162 G 0.0887 0.0539 0.8574 163 P 0.1111 0.0744 0.8145 164 R 0.1354 0.1237 0.7409 165 Y 0.1888 0.1126 0.6985 166 C 0.1711 0.0870 0.7419 167 S 0.1253 0.0806 0.7941 168 P 0.0564 0.1690 0.7746 169 D 0.0542 0.1408 0.8050 170 A 0.0520 0.1191 0.8289 171 Q 0.0934 0.1140 0.7925 172 N 0.1096 0.1013 0.7891 173 R 0.0500 0.1599 0.7901 174 D 0.0625 0.1056 0.8318 175 A 0.0947 0.1289 0.7764 176 V 0.0991 0.1903 0.7106 177 F 0.2293 0.1441 0.6266 178 C 0.3233 0.1033 0.5735 179 F 0.3864 0.0692 0.5444 180 K 0.3791 0.0454 0.5755 181 P 0.3554 0.0722 0.5724 182 D 0.3150 0.0873 0.5976 183 K 0.2717 0.0793 0.6490 184 N 0.1683 0.0768 0.7550 185 E 0.0805 0.2458 0.6737 186 S 0.0572 0.2162 0.7266 187 F 0.0775 0.1964 0.7261 188 E 0.1186 0.1575 0.7239 189 N 0.2951 0.0985 0.6065 190 L 0.5086 0.0849 0.4066 191 V 0.6821 0.0715 0.2464 192 Y 0.7485 0.0693 0.1822 193 L 0.6358 0.1048 0.2594 194 S 0.5100 0.1425 0.3474 195 K 0.3682 0.1995 0.4324 196 N 0.2744 0.1549 0.5707 197 V 0.3000 0.0624 0.6377 198 R 0.1508 0.0425 0.8066 199 N 0.0674 0.1172 0.8154 200 D 0.0950 0.1247 0.7803 201 W 0.0189 0.6402 0.3409 202 D 0.0348 0.6326 0.3326 203 K 0.0708 0.6030 0.3262 204 K 0.1269 0.3257 0.5474 205 C 0.1195 0.0941 0.7864 206 P 0.0389 0.1279 0.8332 207 R 0.0655 0.0988 0.8357 208 K 0.2198 0.0433 0.7369 209 N 0.2565 0.0443 0.6993 210 L 0.1414 0.2671 0.5915 211 G 0.0939 0.2524 0.6537 212 N 0.1355 0.2059 0.6586 213 A 0.3251 0.0706 0.6044 214 K 0.5464 0.0801 0.3735 215 F 0.6074 0.0453 0.3473 216 G 0.6330 0.0334 0.3336 217 L 0.7086 0.0230 0.2684 218 W 0.6958 0.0253 0.2789 219 V 0.5080 0.0469 0.4451 220 D 0.1913 0.0360 0.7728 221 G 0.1951 0.0403 0.7646 222 N 0.5049 0.0617 0.4334 223 C 0.5057 0.0851 0.4092 224 E 0.4251 0.1420 0.4329 225 E 0.3642 0.1523 0.4835 226 I 0.3411 0.1518 0.5071 227 P 0.2951 0.1114 0.5935 228 Y 0.2874 0.1590 0.5536 229 V 0.3209 0.1428 0.5363 230 K 0.4259 0.1455 0.4286 231 E 0.5401 0.1237 0.3362 232 V 0.4520 0.1270 0.4209 233 E 0.3249 0.1082 0.5669 234 A 0.1213 0.2991 0.5796 235 E 0.0531 0.3387 0.6082 236 D 0.0718 0.2854 0.6428 237 L 0.0098 0.8815 0.1087 238 R 0.0071 0.9195 0.0734 239 E 0.0075 0.9299 0.0627 240 C 0.0090 0.9350 0.0560 241 N 0.0065 0.9392 0.0543 242 R 0.0092 0.9337 0.0572 243 I 0.0196 0.9109 0.0695 244 V 0.0173 0.8884 0.0943 245 F 0.0283 0.8104 0.1613 246 G 0.0423 0.6731 0.2846 247 A 0.0549 0.4197 0.5254 248 S 0.0705 0.0832 0.8464 249 A 0.0116 0.4435 0.5448 250 S 0.0127 0.4575 0.5299 251 D 0.0366 0.4460 0.5174 252 Q 0.0840 0.2674 0.6485 253 P 0.0521 0.3086 0.6393 254 T 0.0762 0.3000 0.6238 255 Q 0.0978 0.2934 0.6088 256 Y 0.1075 0.2897 0.6028 257 E 0.0740 0.3940 0.5320 258 E 0.0693 0.3745 0.5562 259 E 0.1079 0.3594 0.5328 260 M 0.1431 0.3645 0.4924 261 T 0.1150 0.4056 0.4794 262 D 0.1532 0.3959 0.4509 263 Y 0.2929 0.4643 0.2428 264 Q 0.3636 0.4806 0.1558 265 K 0.3820 0.4648 0.1533 266 I 0.2581 0.5314 0.2106 267 Q 0.1504 0.5468 0.3028 268 Q 0.0576 0.5076 0.4348 269 G 0.0606 0.3602 0.5791 270 F 0.1133 0.3863 0.5004 271 R 0.1099 0.4411 0.4490 272 Q 0.0671 0.5400 0.3929 273 N 0.0604 0.4880 0.4516 274 N 0.0704 0.4515 0.4781 275 R 0.0164 0.8112 0.1725 276 E 0.0158 0.8493 0.1350 277 M 0.0158 0.8592 0.1250 278 I 0.0270 0.8325 0.1405 279 K 0.0298 0.7824 0.1877 280 S 0.0319 0.6883 0.2799 281 A 0.0405 0.6053 0.3543 282 F 0.1488 0.3212 0.5299 283 L 0.1633 0.1475 0.6891 284 P 0.1810 0.1727 0.6462 285 V 0.1806 0.2356 0.5838 286 G 0.2146 0.2078 0.5777 287 A 0.2991 0.1766 0.5244 288 F 0.3476 0.1677 0.4847 289 N 0.3375 0.1321 0.5304 290 S 0.2486 0.1261 0.6254 291 D 0.1581 0.1051 0.7369 292 N 0.1861 0.0813 0.7325 293 F 0.3074 0.1107 0.5819 294 K 0.3478 0.1033 0.5489 295 S 0.3454 0.0933 0.5613 296 K 0.2343 0.0798 0.6859 297 G 0.2360 0.0767 0.6873 298 R 0.3410 0.0644 0.5945 299 G 0.3747 0.0567 0.5686 300 F 0.4441 0.0631 0.4927 301 N 0.5136 0.0732 0.4132 302 W 0.4276 0.1567 0.4158 303 A 0.4562 0.1572 0.3866 304 N 0.4258 0.1568 0.4174 305 F 0.4641 0.1212 0.4147 306 D 0.4580 0.1253 0.4167 307 S 0.2314 0.2101 0.5585 308 V 0.2013 0.2162 0.5825 309 K 0.0885 0.0612 0.8503 310 K 0.0817 0.0376 0.8807 311 K 0.5118 0.0258 0.4624 312 C 0.8114 0.0167 0.1719 313 Y 0.8227 0.0213 0.1560 314 I 0.8255 0.0375 0.1371 315 F 0.7341 0.0547 0.2112 316 N 0.6714 0.0301 0.2985 317 T 0.5053 0.0261 0.4686 318 K 0.2547 0.0209 0.7245 319 P 0.1687 0.0536 0.7777 320 T 0.4054 0.0481 0.5465 321 C 0.7642 0.0270 0.2088 322 L 0.8461 0.0240 0.1298 323 I 0.8070 0.0316 0.1614 324 N 0.5660 0.0362 0.3978 325 D 0.2021 0.0779 0.7200 326 K 0.0875 0.1323 0.7802 327 N 0.1489 0.1199 0.7311 328 F 0.6008 0.0791 0.3202 329 I 0.7743 0.0581 0.1676 330 A 0.7593 0.0936 0.1472 331 T 0.7325 0.1226 0.1449 332 T 0.6220 0.1615 0.2164 333 A 0.5281 0.1860 0.2859 334 L 0.3880 0.1593 0.4527 335 S 0.2748 0.1134 0.6118 336 H 0.2168 0.0591 0.7241 337 P 0.1635 0.1233 0.7132 338 Q 0.1651 0.2179 0.6170 339 E 0.2601 0.1922 0.5476 340 V 0.2735 0.1184 0.6081 341 D 0.1719 0.0848 0.7433 342 L 0.1147 0.1370 0.7482 343 E 0.1261 0.1066 0.7673 344 F 0.2348 0.0467 0.7185 345 P 0.3084 0.0349 0.6567 346 C 0.3487 0.0310 0.6203 347 S 0.2882 0.0342 0.6777 348 I 0.1991 0.1138 0.6871 349 Y 0.1452 0.1522 0.7026 350 K 0.0660 0.4740 0.4600 351 D 0.0548 0.6195 0.3258 352 E 0.0722 0.7102 0.2176 353 I 0.0958 0.7488 0.1554 354 E 0.1120 0.7303 0.1577 355 R 0.1571 0.7088 0.1341 356 E 0.1455 0.7372 0.1173 357 I 0.1034 0.7592 0.1374 358 K 0.0881 0.7409 0.1710 359 K 0.0786 0.6417 0.2797 360 Q 0.0929 0.4888 0.4183 361 S 0.1252 0.3539 0.5209 362 R 0.0793 0.3512 0.5695 363 N 0.1034 0.2746 0.6220 364 M 0.1494 0.2680 0.5826 365 N 0.1995 0.2092 0.5913 366 L 0.1514 0.2822 0.5663 367 Y 0.1557 0.2062 0.6382 368 S 0.1236 0.1357 0.7407 369 V 0.0978 0.1319 0.7704 370 D 0.1026 0.0894 0.8079 371 G 0.0849 0.0948 0.8202 372 E 0.1847 0.0966 0.7187 373 R 0.3849 0.0530 0.5621 374 I 0.4519 0.0494 0.4988 375 V 0.5381 0.0274 0.4346 376 L 0.3315 0.0343 0.6341 377 P 0.2856 0.0443 0.6701 378 R 0.7160 0.0196 0.2644 379 I 0.8380 0.0099 0.1520 380 F 0.7687 0.0104 0.2209 381 I 0.6055 0.0149 0.3797 382 S 0.2476 0.0295 0.7229 383 N 0.1007 0.0272 0.8721 384 D 0.0720 0.0677 0.8603 385 K 0.0229 0.4509 0.5262 386 E 0.0299 0.4539 0.5162 387 S 0.0982 0.4527 0.4491 388 I 0.1920 0.1965 0.6115 389 K 0.2471 0.0936 0.6592 390 C 0.2160 0.0403 0.7437 391 P 0.1596 0.0604 0.7801 392 C 0.1720 0.0709 0.7571 393 E 0.1596 0.0367 0.8037 394 P 0.1469 0.0890 0.7642 395 E 0.2958 0.0706 0.6335 396 R 0.4186 0.0491 0.5322 397 I 0.4180 0.0468 0.5352 398 S 0.2508 0.0597 0.6895 399 N 0.0909 0.1424 0.7666 400 S 0.0990 0.1302 0.7709 401 T 0.2154 0.1180 0.6666 402 C 0.2188 0.0815 0.6997 403 N 0.3050 0.0838 0.6111 404 F 0.7131 0.0452 0.2417 405 Y 0.7954 0.0296 0.1750 406 V 0.7354 0.0343 0.2303 407 C 0.4160 0.0644 0.5196 408 N 0.2311 0.1202 0.6488 409 C 0.1873 0.2035 0.6091 410 V 0.1988 0.3240 0.4771 411 E 0.3042 0.3187 0.3771 412 K 0.3134 0.4319 0.2547 413 R 0.2619 0.5356 0.2025 414 A 0.1939 0.6434 0.1627 415 E 0.1773 0.6651 0.1576 416 I 0.1982 0.5975 0.2043 417 K 0.1168 0.6085 0.2747 418 E 0.0600 0.5836 0.3564 419 N 0.0879 0.3352 0.5769 420 N 0.0855 0.3028 0.6117 421 Q 0.1652 0.3951 0.4397 422 V 0.3775 0.4255 0.1970 423 V 0.3466 0.5122 0.1412 424 I 0.3135 0.5111 0.1754 425 K 0.1922 0.5948 0.2130 426 E 0.0720 0.6951 0.2329 427 E 0.0506 0.7610 0.1884 428 F 0.0371 0.7606 0.2023 429 R 0.0230 0.8130 0.1641 430 D 0.0189 0.7981 0.1830 431 Y 0.0199 0.7452 0.2349 432 Y 0.0550 0.5583 0.3867 433 E 0.0363 0.4326 0.5311 434 N 0.0604 0.1695 0.7701 435 G 0.0354 0.2540 0.7105 436 E 0.0294 0.3301 0.6405 437 E 0.0422 0.3352 0.6226 438 K 0.0928 0.3284 0.5788 439 S 0.2174 0.2769 0.5057 440 N 0.3928 0.1644 0.4428 441 K 0.5453 0.0913 0.3634 442 Q 0.7319 0.0421 0.2260 443 M 0.8174 0.0198 0.1628 444 L 0.6922 0.0155 0.2923 445 L 0.1391 0.0168 0.8441