PFRMAT RR
TARGET T0237
AUTHOR 4204-4258-2837
REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of
REMARK Kevin Karplus.
REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus
REMARK The value given is an approximate of the probability
REMARK as provided by the neural network.
REMARK The number of predictions is limited to .5*sequence_length.
REMARK
METHOD The predictor is an artifical neural network
METHOD using 134 inputs.
METHOD Input includes separation and sequence length, corrected
METHOD mutual information between columns (M. Cline) and 
METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) 
METHOD Other inputs are from alignments and
METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of 
METHOD University of California, Santa Cruz
METHOD This version uses a new error function designed to improve
METHOD the top scores per protein.
MODEL 1
PTVERSTRMSNPWKAFMEKYDIERTHSSGVRVDLGEDAEVENAKYRIPAG
RCPVFGKGIVIENSDVSFLRPVATGDQKLKDGGFAFPNANDHISPMTLAN
LKERYKDNVEMMKLNDIALCRTHAASFVMAGDQNSSYRHPAVYDEKEKTC
HMLYLSAQENMGPRYCSPDAQNRDAVFCFKPDKNESFENLVYLSKNVRND
WDKKCPRKNLGNAKFGLWVDGNCEEIPYVKEVEAEDLRECNRIVFGASAS
DQPTQYEEEMTDYQKIQQGFRQNNREMIKSAFLPVGAFNSDNFKSKGRGF
NWANFDSVKKKCYIFNTKPTCLINDKNFIATTALSHPQEVDLEFPCSIYK
DEIEREIKKQSRNMNLYSVDGERIVLPRIFISNDKESIKCPCEPERISNS
TCNFYVCNCVEKRAEIKENNQVVIKEEFRDYYENGEEKSNKQMLL
127 155 0 8 0.241
73 220 0 8 0.237
136 145 0 8 0.23
115 180 0 8 0.228
117 155 0 8 0.226
73 146 0 8 0.226
93 180 0 8 0.22
73 214 0 8 0.22
77 146 0 8 0.218
93 115 0 8 0.216
58 220 0 8 0.216
76 180 0 8 0.214
73 107 0 8 0.214
31 146 0 8 0.214
127 145 0 8 0.212
123 154 0 8 0.212
111 155 0 8 0.212
94 146 0 8 0.212
77 220 0 8 0.212
106 146 0 8 0.208
58 73 0 8 0.208
31 151 0 8 0.208
117 147 0 8 0.206
109 180 0 8 0.206
107 146 0 8 0.206
58 146 0 8 0.206
37 146 0 8 0.206
62 146 0 8 0.204
36 146 0 8 0.204
117 127 0 8 0.202
73 173 0 8 0.202
3 146 0 8 0.202
111 145 0 8 0.2
127 147 0 8 0.196
122 136 0 8 0.196
117 145 0 8 0.196
32 123 0 8 0.196
31 220 0 8 0.196
122 145 0 8 0.194
37 77 0 8 0.194
74 146 0 8 0.192
15 145 0 8 0.192
145 155 0 8 0.191
106 220 0 8 0.191
94 220 0 8 0.191
72 146 0 8 0.191
18 145 0 8 0.191
15 155 0 8 0.191
15 147 0 8 0.191
127 149 0 8 0.189
20 36 0 8 0.189
357 381 0 8 0.187
72 154 0 8 0.187
20 214 0 8 0.187
117 136 0 8 0.185
111 147 0 8 0.185
107 220 0 8 0.185
107 214 0 8 0.185
98 146 0 8 0.185
77 173 0 8 0.185
62 220 0 8 0.185
36 220 0 8 0.185
3 220 0 8 0.185
70 145 0 8 0.183
8 145 0 8 0.183
173 220 0 8 0.181
136 147 0 8 0.181
36 73 0 8 0.181
31 73 0 8 0.181
12 154 0 8 0.181
10 145 0 8 0.181
336 406 0 8 0.18
127 136 0 8 0.18
73 106 0 8 0.18
20 177 0 8 0.18
151 220 0 8 0.178
139 149 0 8 0.178
123 144 0 8 0.178
102 145 0 8 0.178
92 155 0 8 0.178
39 146 0 8 0.178
20 219 0 8 0.178
4 146 0 8 0.178
336 409 0 8 0.176
136 149 0 8 0.176
133 145 0 8 0.176
125 168 0 8 0.176
94 173 0 8 0.176
76 115 0 8 0.176
70 155 0 8 0.176
62 73 0 8 0.176
32 126 0 8 0.176
31 173 0 8 0.176
11 144 0 8 0.176
356 381 0 8 0.174
336 411 0 8 0.174
136 155 0 8 0.174
123 149 0 8 0.174
96 146 0 8 0.174
58 151 0 8 0.174
37 173 0 8 0.174
36 173 0 8 0.174
31 72 0 8 0.174
336 381 0 8 0.173
107 173 0 8 0.173
102 155 0 8 0.173
92 145 0 8 0.173
91 155 0 8 0.173
67 168 0 8 0.173
62 173 0 8 0.173
31 74 0 8 0.173
10 155 0 8 0.173
361 381 0 8 0.171
336 402 0 8 0.171
102 149 0 8 0.171
101 168 0 8 0.171
91 145 0 8 0.171
77 107 0 8 0.171
74 220 0 8 0.171
73 151 0 8 0.171
62 77 0 8 0.171
8 155 0 8 0.171
3 173 0 8 0.171
3 36 0 8 0.171
130 180 0 8 0.169
123 137 0 8 0.169
117 149 0 8 0.169
88 168 0 8 0.169
77 214 0 8 0.169
17 196 0 8 0.169
336 356 0 8 0.168
146 220 0 8 0.168
137 196 0 8 0.168
127 139 0 8 0.168
111 149 0 8 0.168
72 220 0 8 0.168
67 149 0 8 0.168
67 131 0 8 0.168
58 173 0 8 0.168
36 77 0 8 0.168
3 77 0 8 0.168
336 392 0 8 0.166
154 196 0 8 0.166
144 196 0 8 0.166
133 155 0 8 0.166
131 168 0 8 0.166
122 225 0 8 0.166
104 168 0 8 0.166
77 106 0 8 0.166
72 151 0 8 0.166
37 62 0 8 0.166
20 208 0 8 0.166
20 107 0 8 0.166
177 220 0 8 0.164
151 173 0 8 0.164
146 173 0 8 0.164
123 196 0 8 0.164
123 195 0 8 0.164
122 188 0 8 0.164
120 196 0 8 0.164
76 109 0 8 0.164
73 193 0 8 0.164
70 147 0 8 0.164
31 193 0 8 0.164
31 77 0 8 0.164
1 131 0 8 0.164
344 411 0 8 0.163
344 406 0 8 0.163
336 423 0 8 0.163
193 220 0 8 0.163
146 214 0 8 0.163
101 211 0 8 0.163
101 131 0 8 0.163
98 151 0 8 0.163
96 151 0 8 0.163
67 211 0 8 0.163
58 107 0 8 0.163
37 214 0 8 0.163
31 177 0 8 0.163
11 196 0 8 0.163
10 147 0 8 0.163
8 147 0 8 0.163
1 211 0 8 0.163
344 409 0 8 0.161
336 357 0 8 0.161
208 220 0 8 0.161
187 220 0 8 0.161
104 131 0 8 0.161
102 147 0 8 0.161
94 107 0 8 0.161
93 109 0 8 0.161
89 129 0 8 0.161
88 131 0 8 0.161
74 151 0 8 0.161
72 120 0 8 0.161
58 214 0 8 0.161
49 225 0 8 0.161
42 65 0 8 0.161
36 107 0 8 0.161
36 62 0 8 0.161
17 123 0 8 0.161
17 72 0 8 0.161
15 149 0 8 0.161
4 220 0 8 0.161
3 62 0 8 0.161
406 423 0 8 0.159
344 423 0 8 0.159
344 402 0 8 0.159
344 381 0 8 0.159
133 147 0 8 0.159
126 139 0 8 0.159
111 136 0 8 0.159
106 214 0 8 0.159
70 111 0 8 0.159
37 107 0 8 0.159
36 214 0 8 0.159
34 218 0 8 0.159
31 187 0 8 0.159
31 107 0 8 0.159
3 214 0 8 0.159
3 31 0 8 0.159
403 412 0 8 0.158
END