# TARGET T0237 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.039 0.042 0.007 0.020 0.301 0.591 2 S 0.034 0.024 0.003 0.010 0.145 0.785 3 H 0.082 0.040 0.007 0.016 0.211 0.646 4 P 0.110 0.023 0.045 0.072 0.337 0.413 5 Q 0.127 0.014 0.089 0.123 0.364 0.283 6 E 0.191 0.044 0.108 0.111 0.327 0.219 7 V 0.155 0.067 0.069 0.100 0.344 0.264 8 D 0.112 0.028 0.065 0.069 0.429 0.297 9 L 0.040 0.007 0.045 0.093 0.482 0.334 10 E 0.026 0.009 0.033 0.079 0.474 0.379 11 F 0.038 0.039 0.037 0.113 0.421 0.352 12 P 0.047 0.034 0.072 0.168 0.329 0.351 13 C 0.036 0.010 0.153 0.256 0.319 0.226 14 S 0.055 0.008 0.186 0.267 0.326 0.158 15 I 0.043 0.017 0.173 0.449 0.186 0.133 16 Y 0.061 0.020 0.083 0.462 0.133 0.240 17 K 0.027 0.003 0.070 0.609 0.133 0.157 18 D 0.006 0.001 0.079 0.749 0.083 0.081 19 E 0.003 0.002 0.060 0.869 0.044 0.023 20 I 0.003 0.001 0.024 0.927 0.028 0.017 21 E 0.002 0.001 0.009 0.963 0.014 0.011 22 R 0.003 0.001 0.004 0.959 0.019 0.014 23 E 0.002 0.001 0.003 0.970 0.011 0.014 24 I 0.004 0.002 0.003 0.963 0.013 0.015 25 K 0.003 0.001 0.004 0.963 0.016 0.014 26 K 0.006 0.002 0.007 0.941 0.022 0.022 27 Q 0.009 0.001 0.009 0.903 0.036 0.043 28 S 0.012 0.002 0.013 0.837 0.062 0.074 29 R 0.012 0.004 0.021 0.710 0.095 0.158 30 N 0.020 0.008 0.050 0.569 0.146 0.207 31 M 0.044 0.010 0.064 0.521 0.175 0.186 32 N 0.074 0.027 0.054 0.269 0.297 0.279 33 L 0.080 0.035 0.045 0.136 0.496 0.208 34 Y 0.069 0.015 0.027 0.065 0.643 0.181 35 S 0.056 0.018 0.032 0.043 0.666 0.185 36 V 0.043 0.034 0.029 0.025 0.661 0.207 37 D 0.034 0.013 0.033 0.016 0.595 0.309 38 G 0.038 0.014 0.106 0.024 0.616 0.202 39 E 0.083 0.019 0.052 0.012 0.511 0.323 40 R 0.271 0.033 0.022 0.010 0.253 0.411 41 I 0.399 0.045 0.004 0.006 0.080 0.465 42 V 0.307 0.064 0.001 0.007 0.050 0.570 43 L 0.137 0.009 0.001 0.006 0.041 0.806 44 P 0.203 0.002 0.002 0.010 0.050 0.732 45 R 0.711 0.011 0.006 0.020 0.046 0.206 46 I 0.810 0.012 0.007 0.016 0.034 0.120 47 F 0.797 0.015 0.008 0.018 0.042 0.120 48 I 0.719 0.013 0.014 0.016 0.056 0.182 49 S 0.358 0.013 0.020 0.018 0.193 0.398 50 N 0.141 0.034 0.017 0.011 0.357 0.440 51 D 0.044 0.018 0.039 0.016 0.618 0.265 52 K 0.008 0.005 0.474 0.054 0.413 0.046 53 E 0.007 0.005 0.523 0.041 0.379 0.045 54 S 0.021 0.009 0.538 0.048 0.334 0.049 55 I 0.076 0.018 0.105 0.056 0.452 0.293 56 K 0.131 0.123 0.031 0.027 0.296 0.392 57 C 0.188 0.091 0.027 0.012 0.490 0.192 58 P 0.168 0.011 0.019 0.010 0.595 0.197 59 C 0.065 0.025 0.015 0.007 0.625 0.262 60 E 0.092 0.022 0.012 0.007 0.624 0.244 61 P 0.121 0.008 0.123 0.026 0.474 0.247 62 E 0.222 0.015 0.175 0.035 0.396 0.157 63 R 0.397 0.041 0.185 0.019 0.282 0.076 64 I 0.422 0.045 0.040 0.014 0.275 0.204 65 S 0.305 0.018 0.036 0.025 0.479 0.137 66 N 0.121 0.014 0.051 0.059 0.580 0.174 67 S 0.144 0.034 0.042 0.061 0.488 0.232 68 T 0.211 0.050 0.032 0.038 0.532 0.138 69 C 0.213 0.010 0.030 0.054 0.477 0.217 70 N 0.280 0.008 0.019 0.033 0.464 0.197 71 F 0.688 0.012 0.010 0.024 0.164 0.103 72 Y 0.853 0.010 0.003 0.021 0.047 0.066 73 V 0.820 0.016 0.002 0.043 0.039 0.079 74 C 0.492 0.016 0.011 0.087 0.208 0.187 75 N 0.363 0.015 0.015 0.084 0.281 0.242 76 C 0.187 0.011 0.021 0.133 0.329 0.320 77 V 0.214 0.036 0.016 0.266 0.222 0.245 78 E 0.205 0.015 0.012 0.326 0.156 0.285 79 K 0.151 0.009 0.014 0.545 0.094 0.187 80 R 0.072 0.002 0.014 0.778 0.060 0.074 81 A 0.052 0.004 0.014 0.859 0.045 0.027 82 E 0.035 0.004 0.021 0.861 0.057 0.022 83 I 0.022 0.004 0.035 0.814 0.076 0.050 84 K 0.016 0.003 0.057 0.803 0.080 0.042 85 E 0.009 0.005 0.049 0.813 0.055 0.070 86 N 0.015 0.007 0.006 0.089 0.142 0.740 87 N 0.026 0.006 0.004 0.009 0.155 0.800 88 Q 0.194 0.005 0.003 0.014 0.106 0.678 89 V 0.799 0.008 0.002 0.021 0.029 0.141 90 V 0.875 0.011 0.001 0.021 0.015 0.078 91 I 0.799 0.007 0.002 0.032 0.016 0.145 92 K 0.413 0.007 0.031 0.140 0.067 0.342 93 E 0.046 0.003 0.201 0.215 0.147 0.389 94 E 0.013 0.003 0.490 0.253 0.155 0.086 95 F 0.015 0.011 0.283 0.382 0.207 0.102 96 R 0.013 0.006 0.245 0.539 0.151 0.046 97 D 0.007 0.003 0.165 0.619 0.167 0.039 98 Y 0.004 0.001 0.110 0.662 0.164 0.059 99 Y 0.005 0.011 0.047 0.681 0.184 0.073 100 E 0.006 0.008 0.039 0.617 0.217 0.114 101 N 0.008 0.003 0.017 0.221 0.358 0.392 102 G 0.008 0.004 0.051 0.161 0.452 0.324 103 E 0.018 0.012 0.069 0.124 0.518 0.260 104 E 0.038 0.007 0.088 0.123 0.490 0.254 105 K 0.088 0.008 0.103 0.152 0.402 0.248 106 S 0.199 0.020 0.086 0.128 0.296 0.271 107 N 0.364 0.022 0.053 0.082 0.223 0.256 108 K 0.443 0.006 0.018 0.042 0.119 0.371 109 Q 0.680 0.008 0.005 0.019 0.052 0.236 110 M 0.755 0.015 0.002 0.011 0.033 0.184 111 L 0.567 0.025 0.001 0.007 0.025 0.374 112 L 0.009 0.002 0.001 0.001 0.015 0.971