# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.14614 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.020 0.019 0.015 0.031 0.035 0.049 0.122 0.155 0.210 0.187 0.157 2 S 0.139 0.200 0.076 0.129 0.104 0.087 0.090 0.060 0.049 0.038 0.027 3 H 0.146 0.200 0.062 0.149 0.125 0.097 0.089 0.057 0.040 0.024 0.012 4 P 0.360 0.151 0.043 0.110 0.107 0.081 0.071 0.036 0.024 0.012 0.005 5 Q 0.407 0.175 0.099 0.174 0.081 0.031 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 6 E 0.115 0.105 0.078 0.154 0.124 0.113 0.139 0.074 0.054 0.028 0.015 7 V 0.053 0.028 0.040 0.055 0.070 0.115 0.196 0.158 0.128 0.091 0.065 8 D 0.115 0.181 0.203 0.216 0.130 0.071 0.052 0.018 0.009 0.004 0.001 9 L 0.114 0.095 0.168 0.201 0.141 0.112 0.092 0.039 0.022 0.012 0.005 10 E 0.294 0.205 0.118 0.170 0.103 0.052 0.035 0.012 0.007 0.003 0.002 11 F 0.027 0.029 0.027 0.046 0.061 0.096 0.218 0.178 0.145 0.110 0.063 12 P 0.111 0.302 0.136 0.198 0.118 0.065 0.041 0.015 0.009 0.004 0.002 13 C 0.049 0.046 0.053 0.073 0.085 0.124 0.225 0.140 0.110 0.064 0.031 14 S 0.381 0.185 0.197 0.158 0.050 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 15 I 0.050 0.059 0.105 0.147 0.148 0.149 0.191 0.083 0.042 0.018 0.008 16 Y 0.014 0.052 0.168 0.132 0.084 0.098 0.138 0.108 0.092 0.074 0.041 17 K 0.005 0.024 0.131 0.128 0.179 0.208 0.229 0.062 0.024 0.007 0.002 18 D 0.211 0.102 0.561 0.100 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.030 0.065 0.221 0.245 0.198 0.139 0.082 0.015 0.004 0.001 0.001 20 I 0.003 0.008 0.142 0.021 0.017 0.035 0.160 0.161 0.200 0.163 0.090 21 E 0.005 0.014 0.356 0.224 0.183 0.128 0.074 0.013 0.004 0.001 0.001 22 R 0.010 0.029 0.854 0.082 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.006 0.010 0.151 0.062 0.089 0.188 0.325 0.101 0.045 0.017 0.005 24 I 0.002 0.002 0.153 0.016 0.016 0.032 0.188 0.173 0.188 0.158 0.071 25 K 0.001 0.011 0.617 0.163 0.118 0.050 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 26 K 0.005 0.024 0.702 0.131 0.081 0.037 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 27 Q 0.023 0.037 0.161 0.071 0.096 0.136 0.252 0.103 0.071 0.037 0.014 28 S 0.068 0.070 0.221 0.105 0.089 0.086 0.164 0.088 0.061 0.033 0.014 29 R 0.067 0.079 0.383 0.157 0.117 0.074 0.065 0.028 0.015 0.010 0.005 30 N 0.146 0.182 0.263 0.157 0.092 0.055 0.053 0.023 0.015 0.009 0.005 31 M 0.083 0.055 0.106 0.095 0.104 0.124 0.167 0.097 0.089 0.054 0.026 32 N 0.193 0.218 0.155 0.182 0.112 0.058 0.047 0.016 0.011 0.005 0.003 33 L 0.017 0.021 0.040 0.057 0.052 0.058 0.125 0.130 0.188 0.178 0.133 34 Y 0.045 0.065 0.059 0.138 0.158 0.162 0.179 0.085 0.061 0.032 0.016 35 S 0.119 0.161 0.110 0.177 0.122 0.099 0.098 0.050 0.037 0.017 0.011 36 V 0.091 0.063 0.045 0.080 0.098 0.144 0.177 0.110 0.084 0.064 0.043 37 D 0.367 0.379 0.064 0.108 0.046 0.018 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 38 G 0.619 0.144 0.042 0.097 0.054 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 39 E 0.232 0.182 0.065 0.194 0.124 0.081 0.066 0.027 0.015 0.008 0.006 40 R 0.015 0.079 0.074 0.281 0.234 0.177 0.095 0.027 0.012 0.004 0.002 41 I 0.003 0.002 0.002 0.008 0.016 0.033 0.113 0.174 0.244 0.227 0.178 42 V 0.029 0.090 0.086 0.259 0.220 0.147 0.103 0.036 0.017 0.008 0.004 43 L 0.002 0.006 0.005 0.022 0.033 0.048 0.134 0.177 0.226 0.204 0.142 44 P 0.015 0.025 0.017 0.101 0.127 0.139 0.198 0.146 0.114 0.071 0.047 45 R 0.009 0.013 0.011 0.046 0.070 0.111 0.233 0.196 0.153 0.105 0.053 46 I 0.007 0.010 0.013 0.034 0.042 0.058 0.139 0.177 0.218 0.185 0.119 47 F 0.005 0.010 0.012 0.035 0.042 0.064 0.149 0.177 0.204 0.176 0.126 48 I 0.006 0.015 0.020 0.035 0.036 0.047 0.134 0.161 0.209 0.189 0.147 49 S 0.036 0.049 0.046 0.097 0.100 0.112 0.191 0.143 0.115 0.067 0.044 50 N 0.325 0.236 0.084 0.171 0.099 0.045 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 51 D 0.060 0.127 0.052 0.152 0.148 0.116 0.131 0.084 0.061 0.042 0.025 52 K 0.190 0.175 0.085 0.169 0.156 0.095 0.073 0.028 0.018 0.007 0.004 53 E 0.523 0.154 0.081 0.114 0.059 0.035 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 54 S 0.079 0.109 0.081 0.185 0.161 0.133 0.131 0.060 0.036 0.018 0.008 55 I 0.031 0.013 0.012 0.023 0.038 0.070 0.167 0.174 0.196 0.158 0.119 56 K 0.215 0.264 0.162 0.211 0.093 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 57 C 0.026 0.028 0.027 0.048 0.061 0.092 0.201 0.178 0.152 0.126 0.061 58 P 0.413 0.216 0.073 0.133 0.078 0.037 0.029 0.011 0.006 0.003 0.002 59 C 0.079 0.070 0.030 0.077 0.100 0.126 0.221 0.126 0.089 0.057 0.027 60 E 0.302 0.330 0.103 0.144 0.063 0.027 0.016 0.007 0.005 0.003 0.002 61 P 0.158 0.077 0.056 0.139 0.153 0.142 0.146 0.067 0.038 0.017 0.007 62 E 0.617 0.215 0.061 0.069 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.100 0.181 0.118 0.273 0.171 0.096 0.044 0.011 0.004 0.001 0.001 64 I 0.020 0.019 0.017 0.033 0.053 0.086 0.156 0.156 0.175 0.159 0.125 65 S 0.076 0.237 0.184 0.245 0.128 0.061 0.043 0.014 0.007 0.003 0.002 66 N 0.563 0.188 0.077 0.113 0.039 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.124 0.089 0.047 0.106 0.112 0.129 0.159 0.092 0.063 0.041 0.036 68 T 0.105 0.221 0.124 0.237 0.131 0.079 0.057 0.020 0.013 0.007 0.005 69 C 0.052 0.029 0.030 0.056 0.074 0.104 0.204 0.151 0.144 0.102 0.054 70 N 0.113 0.167 0.166 0.280 0.136 0.071 0.042 0.014 0.007 0.003 0.002 71 F 0.025 0.035 0.044 0.074 0.079 0.100 0.176 0.150 0.147 0.109 0.061 72 Y 0.034 0.059 0.069 0.175 0.178 0.145 0.150 0.084 0.058 0.030 0.018 73 V 0.019 0.037 0.061 0.079 0.074 0.091 0.202 0.152 0.138 0.094 0.052 74 C 0.024 0.039 0.087 0.128 0.127 0.123 0.185 0.124 0.086 0.051 0.027 75 N 0.180 0.257 0.171 0.228 0.093 0.038 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 76 C 0.053 0.095 0.070 0.113 0.105 0.118 0.185 0.111 0.080 0.049 0.021 77 V 0.122 0.096 0.219 0.164 0.096 0.077 0.101 0.048 0.042 0.022 0.012 78 E 0.154 0.121 0.241 0.163 0.117 0.077 0.089 0.025 0.010 0.003 0.001 79 K 0.027 0.096 0.292 0.270 0.117 0.086 0.067 0.027 0.011 0.005 0.002 80 R 0.012 0.020 0.117 0.118 0.167 0.212 0.201 0.078 0.045 0.022 0.007 81 A 0.163 0.077 0.539 0.115 0.048 0.027 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 82 E 0.010 0.039 0.307 0.265 0.186 0.108 0.064 0.015 0.005 0.002 0.001 83 I 0.013 0.025 0.170 0.045 0.042 0.056 0.146 0.138 0.147 0.134 0.085 84 K 0.020 0.055 0.510 0.197 0.123 0.054 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 85 E 0.062 0.056 0.779 0.069 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.048 0.122 0.269 0.174 0.133 0.096 0.097 0.033 0.017 0.008 0.003 87 N 0.143 0.091 0.187 0.084 0.067 0.087 0.178 0.083 0.050 0.022 0.008 88 Q 0.083 0.116 0.412 0.221 0.102 0.044 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 89 V 0.022 0.029 0.266 0.073 0.062 0.092 0.223 0.112 0.072 0.036 0.013 90 V 0.026 0.051 0.227 0.282 0.196 0.105 0.069 0.026 0.011 0.005 0.002 91 I 0.005 0.031 0.118 0.048 0.047 0.073 0.190 0.152 0.150 0.118 0.067 92 K 0.004 0.029 0.267 0.222 0.224 0.137 0.081 0.023 0.010 0.003 0.001 93 E 0.242 0.113 0.448 0.109 0.047 0.021 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 94 E 0.008 0.022 0.158 0.185 0.210 0.168 0.167 0.049 0.021 0.009 0.003 95 F 0.002 0.005 0.128 0.018 0.018 0.030 0.149 0.157 0.208 0.180 0.105 96 R 0.002 0.009 0.214 0.276 0.254 0.133 0.077 0.022 0.008 0.003 0.001 97 D 0.026 0.050 0.808 0.071 0.029 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 98 Y 0.009 0.029 0.077 0.092 0.129 0.193 0.293 0.099 0.049 0.023 0.007 99 Y 0.009 0.011 0.022 0.023 0.037 0.067 0.247 0.197 0.192 0.133 0.062 100 E 0.145 0.183 0.413 0.144 0.067 0.025 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 101 N 0.193 0.235 0.262 0.152 0.080 0.039 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 102 G 0.460 0.172 0.057 0.074 0.055 0.051 0.053 0.030 0.024 0.016 0.009 103 E 0.422 0.246 0.094 0.124 0.058 0.030 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 104 E 0.279 0.176 0.149 0.150 0.083 0.062 0.054 0.022 0.015 0.007 0.003 105 K 0.213 0.144 0.141 0.187 0.110 0.082 0.069 0.029 0.017 0.007 0.004 106 S 0.204 0.114 0.145 0.127 0.095 0.094 0.111 0.052 0.032 0.017 0.009 107 N 0.049 0.061 0.140 0.169 0.149 0.143 0.141 0.071 0.044 0.022 0.009 108 K 0.049 0.063 0.145 0.200 0.159 0.142 0.127 0.060 0.033 0.017 0.006 109 Q 0.025 0.061 0.184 0.225 0.176 0.136 0.107 0.045 0.024 0.012 0.005 110 M 0.012 0.019 0.059 0.059 0.068 0.094 0.195 0.169 0.161 0.110 0.053 111 L 0.018 0.033 0.071 0.097 0.106 0.113 0.168 0.133 0.124 0.087 0.051 112 L 0.023 0.045 0.073 0.086 0.096 0.095 0.149 0.134 0.143 0.097 0.060