# TARGET T0237 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.006 0.002 0.001 0.002 0.015 0.004 0.968 2 S 0.043 0.071 0.005 0.021 0.029 0.024 0.807 3 H 0.027 0.026 0.020 0.170 0.247 0.053 0.458 4 P 0.012 0.007 0.050 0.444 0.071 0.110 0.306 5 Q 0.008 0.005 0.088 0.655 0.047 0.115 0.083 6 E 0.007 0.004 0.080 0.704 0.049 0.097 0.060 7 V 0.004 0.006 0.090 0.734 0.026 0.064 0.076 8 D 0.004 0.003 0.108 0.731 0.027 0.085 0.041 9 L 0.005 0.001 0.089 0.575 0.043 0.251 0.036 10 E 0.007 0.005 0.061 0.496 0.089 0.260 0.083 11 F 0.022 0.024 0.021 0.219 0.272 0.054 0.389 12 P 0.031 0.008 0.064 0.212 0.122 0.120 0.443 13 C 0.033 0.011 0.216 0.420 0.049 0.147 0.124 14 S 0.049 0.008 0.213 0.398 0.090 0.101 0.140 15 I 0.049 0.007 0.150 0.475 0.081 0.083 0.155 16 Y 0.046 0.013 0.026 0.591 0.057 0.049 0.218 17 K 0.010 0.003 0.016 0.835 0.032 0.038 0.066 18 D 0.005 0.001 0.007 0.909 0.025 0.030 0.023 19 E 0.002 0.001 0.004 0.949 0.011 0.016 0.018 20 I 0.001 0.001 0.002 0.976 0.003 0.010 0.007 21 E 0.001 0.001 0.001 0.968 0.004 0.022 0.004 22 R 0.002 0.001 0.001 0.966 0.003 0.023 0.003 23 E 0.005 0.001 0.002 0.946 0.012 0.019 0.015 24 I 0.007 0.001 0.004 0.955 0.008 0.012 0.013 25 K 0.011 0.001 0.007 0.944 0.007 0.018 0.012 26 K 0.012 0.001 0.011 0.887 0.017 0.055 0.016 27 Q 0.030 0.004 0.014 0.816 0.021 0.084 0.032 28 S 0.031 0.007 0.024 0.703 0.044 0.111 0.080 29 R 0.042 0.005 0.050 0.404 0.116 0.277 0.106 30 N 0.069 0.004 0.043 0.172 0.148 0.352 0.213 31 M 0.093 0.015 0.044 0.093 0.209 0.216 0.331 32 N 0.189 0.070 0.020 0.042 0.112 0.078 0.490 33 L 0.188 0.025 0.038 0.035 0.135 0.073 0.507 34 Y 0.279 0.056 0.038 0.040 0.175 0.092 0.319 35 S 0.151 0.036 0.040 0.031 0.138 0.165 0.439 36 V 0.058 0.021 0.040 0.024 0.211 0.476 0.170 37 D 0.026 0.011 0.029 0.015 0.204 0.594 0.121 38 G 0.030 0.006 0.026 0.007 0.396 0.343 0.193 39 E 0.192 0.024 0.011 0.008 0.312 0.081 0.371 40 R 0.371 0.091 0.008 0.002 0.073 0.030 0.424 41 I 0.431 0.078 0.005 0.001 0.044 0.006 0.435 42 V 0.381 0.059 0.005 0.001 0.120 0.012 0.422 43 L 0.183 0.011 0.005 0.003 0.244 0.007 0.547 44 P 0.234 0.005 0.003 0.002 0.103 0.006 0.647 45 R 0.827 0.007 0.002 0.002 0.048 0.004 0.110 46 I 0.965 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 47 F 0.967 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 48 I 0.880 0.004 0.001 0.002 0.018 0.006 0.088 49 S 0.363 0.009 0.007 0.005 0.093 0.034 0.489 50 N 0.063 0.018 0.014 0.007 0.338 0.119 0.442 51 D 0.022 0.010 0.038 0.012 0.184 0.111 0.622 52 K 0.003 0.004 0.324 0.055 0.067 0.507 0.041 53 E 0.005 0.005 0.266 0.061 0.066 0.567 0.030 54 S 0.028 0.046 0.358 0.100 0.112 0.203 0.154 55 I 0.066 0.087 0.124 0.108 0.114 0.265 0.235 56 K 0.068 0.041 0.073 0.073 0.158 0.391 0.196 57 C 0.044 0.022 0.068 0.037 0.262 0.164 0.403 58 P 0.033 0.019 0.050 0.012 0.191 0.369 0.327 59 C 0.050 0.050 0.030 0.013 0.328 0.249 0.281 60 E 0.042 0.023 0.006 0.008 0.395 0.036 0.490 61 P 0.059 0.008 0.018 0.029 0.158 0.075 0.654 62 E 0.382 0.030 0.025 0.022 0.183 0.072 0.286 63 R 0.698 0.058 0.011 0.006 0.046 0.012 0.169 64 I 0.657 0.049 0.006 0.005 0.039 0.012 0.232 65 S 0.514 0.023 0.004 0.003 0.091 0.019 0.346 66 N 0.178 0.009 0.101 0.023 0.294 0.202 0.194 67 S 0.082 0.015 0.090 0.019 0.295 0.270 0.230 68 T 0.122 0.028 0.101 0.017 0.183 0.325 0.224 69 C 0.093 0.010 0.057 0.024 0.267 0.211 0.337 70 N 0.160 0.008 0.041 0.028 0.391 0.183 0.189 71 F 0.446 0.024 0.024 0.056 0.084 0.114 0.252 72 Y 0.565 0.055 0.011 0.075 0.049 0.061 0.185 73 V 0.549 0.044 0.008 0.082 0.072 0.042 0.203 74 C 0.228 0.012 0.020 0.089 0.216 0.064 0.372 75 N 0.056 0.011 0.071 0.219 0.188 0.135 0.319 76 C 0.030 0.006 0.064 0.454 0.105 0.187 0.153 77 V 0.018 0.012 0.030 0.633 0.045 0.175 0.087 78 E 0.015 0.003 0.014 0.615 0.089 0.135 0.129 79 K 0.014 0.004 0.008 0.771 0.030 0.079 0.094 80 R 0.021 0.007 0.006 0.838 0.036 0.028 0.065 81 A 0.034 0.002 0.008 0.900 0.012 0.013 0.032 82 E 0.026 0.001 0.008 0.928 0.009 0.014 0.013 83 I 0.019 0.001 0.006 0.951 0.006 0.010 0.006 84 K 0.026 0.001 0.006 0.937 0.004 0.020 0.007 85 E 0.008 0.001 0.004 0.900 0.008 0.073 0.007 86 N 0.005 0.001 0.003 0.828 0.028 0.113 0.022 87 N 0.008 0.001 0.007 0.689 0.092 0.079 0.123 88 Q 0.010 0.001 0.006 0.794 0.049 0.083 0.057 89 V 0.019 0.002 0.004 0.851 0.024 0.064 0.036 90 V 0.035 0.008 0.006 0.860 0.014 0.031 0.048 91 I 0.034 0.008 0.011 0.835 0.017 0.026 0.069 92 K 0.025 0.002 0.011 0.890 0.018 0.015 0.039 93 E 0.011 0.001 0.018 0.929 0.011 0.016 0.014 94 E 0.007 0.002 0.017 0.923 0.012 0.025 0.015 95 F 0.010 0.003 0.018 0.900 0.012 0.031 0.026 96 R 0.003 0.001 0.034 0.904 0.010 0.035 0.013 97 D 0.002 0.001 0.036 0.827 0.019 0.102 0.013 98 Y 0.003 0.002 0.084 0.655 0.024 0.194 0.038 99 Y 0.010 0.022 0.098 0.377 0.086 0.225 0.183 100 E 0.013 0.010 0.108 0.282 0.132 0.272 0.183 101 N 0.010 0.004 0.059 0.174 0.212 0.238 0.303 102 G 0.005 0.004 0.090 0.164 0.163 0.255 0.318 103 E 0.009 0.008 0.125 0.164 0.155 0.361 0.177 104 E 0.023 0.006 0.132 0.118 0.190 0.289 0.242 105 K 0.083 0.015 0.102 0.154 0.141 0.141 0.363 106 S 0.244 0.013 0.084 0.118 0.090 0.088 0.363 107 N 0.517 0.017 0.034 0.063 0.092 0.037 0.240 108 K 0.746 0.009 0.014 0.025 0.043 0.010 0.154 109 Q 0.882 0.005 0.006 0.014 0.017 0.008 0.068 110 M 0.906 0.005 0.003 0.012 0.010 0.009 0.054 111 L 0.742 0.012 0.003 0.013 0.001 0.013 0.215 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998