# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.14614 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.300 0.134 0.301 0.163 0.017 0.047 0.015 0.002 0.020 0.001 0.001 2 S 0.248 0.166 0.248 0.192 0.081 0.024 0.011 0.011 0.008 0.011 0.001 3 H 0.050 0.295 0.300 0.015 0.091 0.025 0.017 0.001 0.191 0.015 0.001 4 P 0.557 0.008 0.364 0.026 0.002 0.009 0.001 0.002 0.001 0.002 0.028 5 Q 0.722 0.061 0.102 0.058 0.019 0.011 0.008 0.009 0.008 0.002 0.001 6 E 0.680 0.085 0.148 0.051 0.006 0.018 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 7 V 0.636 0.173 0.072 0.072 0.018 0.013 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 8 D 0.607 0.073 0.162 0.060 0.021 0.042 0.017 0.003 0.014 0.002 0.001 9 L 0.673 0.102 0.057 0.118 0.023 0.011 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 10 E 0.465 0.141 0.081 0.245 0.015 0.017 0.016 0.003 0.017 0.001 0.001 11 F 0.020 0.307 0.269 0.005 0.033 0.014 0.010 0.001 0.341 0.001 0.001 12 P 0.225 0.006 0.628 0.020 0.001 0.075 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 13 C 0.270 0.180 0.267 0.109 0.099 0.022 0.012 0.012 0.012 0.016 0.001 14 S 0.454 0.144 0.162 0.081 0.075 0.031 0.016 0.014 0.012 0.009 0.001 15 I 0.476 0.240 0.175 0.056 0.027 0.015 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 16 Y 0.304 0.319 0.165 0.069 0.036 0.057 0.007 0.002 0.037 0.004 0.001 17 K 0.908 0.023 0.044 0.006 0.005 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 18 D 0.958 0.001 0.005 0.026 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 19 E 0.935 0.005 0.004 0.048 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 20 I 0.965 0.004 0.006 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.990 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 R 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.970 0.005 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.973 0.004 0.006 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.945 0.011 0.010 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Q 0.794 0.024 0.029 0.134 0.004 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 28 S 0.477 0.087 0.127 0.145 0.046 0.030 0.038 0.012 0.032 0.004 0.001 29 R 0.638 0.081 0.089 0.139 0.022 0.008 0.010 0.004 0.005 0.004 0.001 30 N 0.246 0.053 0.121 0.367 0.013 0.072 0.078 0.010 0.037 0.002 0.001 31 M 0.189 0.313 0.280 0.083 0.056 0.024 0.013 0.003 0.034 0.004 0.001 32 N 0.097 0.132 0.321 0.046 0.019 0.207 0.089 0.002 0.083 0.001 0.002 33 L 0.334 0.247 0.234 0.103 0.017 0.037 0.004 0.002 0.017 0.001 0.004 34 Y 0.242 0.366 0.142 0.133 0.050 0.033 0.006 0.003 0.023 0.002 0.001 35 S 0.149 0.212 0.347 0.105 0.071 0.053 0.019 0.009 0.024 0.010 0.001 36 V 0.378 0.269 0.082 0.183 0.021 0.022 0.005 0.001 0.036 0.002 0.001 37 D 0.062 0.018 0.076 0.303 0.010 0.049 0.387 0.006 0.079 0.010 0.001 38 G 0.024 0.001 0.011 0.023 0.006 0.001 0.156 0.700 0.001 0.077 0.001 39 E 0.245 0.184 0.275 0.197 0.031 0.014 0.024 0.018 0.007 0.003 0.001 40 R 0.061 0.497 0.317 0.034 0.025 0.030 0.012 0.002 0.023 0.001 0.001 41 I 0.017 0.529 0.357 0.006 0.017 0.056 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 42 V 0.024 0.675 0.209 0.015 0.022 0.023 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 43 L 0.004 0.348 0.529 0.001 0.022 0.022 0.003 0.001 0.070 0.001 0.001 44 P 0.053 0.014 0.876 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 45 R 0.028 0.606 0.207 0.008 0.100 0.020 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 46 I 0.026 0.774 0.138 0.003 0.014 0.024 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 47 F 0.033 0.630 0.194 0.008 0.022 0.080 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 48 I 0.050 0.602 0.124 0.078 0.026 0.069 0.003 0.001 0.046 0.001 0.001 49 S 0.038 0.248 0.286 0.031 0.308 0.040 0.007 0.004 0.023 0.014 0.001 50 N 0.357 0.052 0.067 0.376 0.058 0.023 0.030 0.010 0.011 0.015 0.001 51 D 0.081 0.135 0.215 0.179 0.092 0.134 0.042 0.004 0.112 0.004 0.002 52 K 0.649 0.052 0.068 0.153 0.010 0.020 0.025 0.006 0.014 0.002 0.001 53 E 0.557 0.038 0.111 0.180 0.015 0.015 0.057 0.013 0.009 0.004 0.001 54 S 0.366 0.116 0.120 0.298 0.043 0.018 0.015 0.008 0.012 0.001 0.001 55 I 0.125 0.321 0.269 0.163 0.051 0.025 0.021 0.004 0.015 0.003 0.001 56 K 0.113 0.254 0.381 0.099 0.036 0.051 0.023 0.003 0.034 0.004 0.001 57 C 0.019 0.380 0.404 0.002 0.059 0.014 0.008 0.001 0.109 0.002 0.001 58 P 0.201 0.008 0.664 0.026 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 59 C 0.074 0.282 0.391 0.042 0.104 0.037 0.018 0.009 0.037 0.005 0.001 60 E 0.027 0.182 0.620 0.002 0.012 0.032 0.009 0.001 0.110 0.002 0.002 61 P 0.143 0.005 0.802 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 62 E 0.619 0.052 0.155 0.122 0.020 0.015 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 63 R 0.270 0.261 0.225 0.085 0.070 0.044 0.014 0.005 0.023 0.003 0.001 64 I 0.120 0.396 0.269 0.087 0.027 0.056 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 65 S 0.141 0.322 0.225 0.092 0.156 0.027 0.007 0.003 0.018 0.010 0.001 66 N 0.148 0.121 0.100 0.247 0.102 0.047 0.112 0.057 0.059 0.006 0.001 67 S 0.109 0.228 0.408 0.065 0.117 0.021 0.012 0.011 0.011 0.017 0.001 68 T 0.193 0.315 0.196 0.139 0.086 0.027 0.013 0.008 0.017 0.005 0.001 69 C 0.166 0.316 0.205 0.088 0.136 0.019 0.020 0.008 0.021 0.020 0.001 70 N 0.222 0.176 0.137 0.195 0.063 0.065 0.088 0.012 0.032 0.008 0.002 71 F 0.121 0.459 0.180 0.048 0.128 0.025 0.011 0.003 0.022 0.003 0.001 72 Y 0.079 0.580 0.185 0.016 0.063 0.042 0.007 0.001 0.024 0.001 0.002 73 V 0.120 0.532 0.194 0.040 0.012 0.057 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 74 C 0.179 0.359 0.233 0.029 0.099 0.040 0.013 0.003 0.035 0.009 0.001 75 N 0.662 0.034 0.086 0.060 0.022 0.027 0.068 0.022 0.006 0.012 0.001 76 C 0.734 0.063 0.063 0.075 0.023 0.020 0.009 0.003 0.008 0.002 0.001 77 V 0.897 0.040 0.024 0.024 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 E 0.947 0.016 0.015 0.011 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 79 K 0.912 0.021 0.025 0.029 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 80 R 0.948 0.007 0.012 0.027 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.949 0.006 0.015 0.015 0.003 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 82 E 0.941 0.006 0.009 0.036 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.933 0.011 0.018 0.025 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 K 0.956 0.009 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.915 0.012 0.017 0.047 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.287 0.013 0.019 0.641 0.003 0.008 0.015 0.004 0.010 0.001 0.001 87 N 0.052 0.091 0.138 0.105 0.018 0.058 0.432 0.017 0.087 0.002 0.001 88 Q 0.136 0.274 0.403 0.083 0.039 0.030 0.022 0.004 0.005 0.004 0.001 89 V 0.051 0.502 0.386 0.008 0.014 0.026 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 90 V 0.051 0.656 0.216 0.004 0.010 0.034 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 91 I 0.106 0.329 0.440 0.007 0.005 0.085 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 92 K 0.406 0.158 0.364 0.007 0.013 0.033 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 93 E 0.925 0.015 0.021 0.010 0.009 0.005 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 94 E 0.939 0.016 0.013 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 F 0.856 0.025 0.026 0.071 0.005 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 96 R 0.934 0.019 0.020 0.012 0.003 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 97 D 0.926 0.011 0.017 0.031 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 98 Y 0.780 0.014 0.020 0.172 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 99 Y 0.670 0.058 0.085 0.122 0.011 0.017 0.016 0.006 0.014 0.002 0.001 100 E 0.712 0.071 0.062 0.096 0.007 0.023 0.014 0.002 0.012 0.003 0.001 101 N 0.200 0.032 0.125 0.480 0.013 0.023 0.086 0.005 0.032 0.003 0.001 102 G 0.108 0.005 0.060 0.037 0.029 0.004 0.142 0.504 0.002 0.109 0.001 103 E 0.508 0.123 0.191 0.126 0.022 0.012 0.007 0.003 0.005 0.004 0.001 104 E 0.276 0.120 0.320 0.125 0.032 0.054 0.031 0.012 0.024 0.006 0.001 105 K 0.406 0.170 0.190 0.130 0.024 0.030 0.019 0.003 0.026 0.002 0.001 106 S 0.327 0.158 0.244 0.151 0.041 0.021 0.029 0.008 0.014 0.008 0.001 107 N 0.195 0.161 0.179 0.184 0.070 0.049 0.113 0.020 0.024 0.004 0.002 108 K 0.121 0.463 0.235 0.065 0.052 0.027 0.012 0.002 0.021 0.001 0.001 109 Q 0.042 0.599 0.273 0.010 0.022 0.026 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 110 M 0.041 0.630 0.248 0.006 0.015 0.030 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 111 L 0.047 0.522 0.290 0.012 0.013 0.077 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 112 L 0.071 0.466 0.255 0.042 0.040 0.071 0.005 0.001 0.050 0.001 0.001