# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.14498 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.020 0.760 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.003 0.104 0.044 0.031 0.018 2 S 0.001 0.025 0.772 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.135 0.033 0.005 0.015 3 H 0.001 0.009 0.797 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.176 0.004 0.003 0.002 4 P 0.001 0.002 0.149 0.001 0.164 0.449 0.001 0.001 0.001 0.038 0.187 0.001 0.008 5 Q 0.003 0.012 0.053 0.004 0.214 0.480 0.001 0.001 0.002 0.054 0.160 0.012 0.007 6 E 0.007 0.014 0.090 0.003 0.253 0.507 0.002 0.001 0.003 0.031 0.053 0.011 0.027 7 V 0.017 0.036 0.179 0.005 0.064 0.496 0.003 0.001 0.010 0.042 0.058 0.037 0.052 8 D 0.013 0.022 0.192 0.015 0.068 0.390 0.002 0.001 0.004 0.051 0.178 0.019 0.045 9 L 0.002 0.007 0.144 0.005 0.044 0.196 0.001 0.001 0.003 0.139 0.431 0.009 0.019 10 E 0.002 0.010 0.299 0.010 0.022 0.092 0.001 0.001 0.002 0.194 0.338 0.005 0.024 11 F 0.001 0.014 0.577 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 0.005 0.316 0.022 0.036 0.004 12 P 0.001 0.019 0.795 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.006 0.048 0.026 0.002 0.069 13 C 0.005 0.043 0.492 0.004 0.018 0.208 0.002 0.001 0.011 0.109 0.041 0.049 0.018 14 S 0.005 0.006 0.228 0.002 0.041 0.578 0.002 0.001 0.007 0.033 0.058 0.008 0.029 15 I 0.005 0.007 0.075 0.001 0.050 0.750 0.004 0.001 0.006 0.033 0.045 0.010 0.014 16 Y 0.004 0.004 0.081 0.001 0.031 0.795 0.001 0.001 0.002 0.027 0.035 0.008 0.010 17 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.003 18 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 20 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 25 K 0.001 0.002 0.042 0.001 0.008 0.905 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.003 0.004 26 K 0.002 0.001 0.027 0.001 0.013 0.842 0.001 0.001 0.001 0.016 0.083 0.005 0.007 27 Q 0.003 0.003 0.062 0.001 0.021 0.724 0.001 0.001 0.002 0.030 0.141 0.006 0.006 28 S 0.005 0.008 0.256 0.002 0.027 0.510 0.001 0.001 0.006 0.064 0.082 0.007 0.031 29 R 0.006 0.023 0.193 0.010 0.029 0.279 0.002 0.001 0.010 0.181 0.130 0.117 0.021 30 N 0.010 0.021 0.328 0.014 0.034 0.142 0.002 0.003 0.024 0.094 0.185 0.018 0.124 31 M 0.022 0.020 0.429 0.010 0.053 0.096 0.004 0.003 0.020 0.092 0.110 0.086 0.056 32 N 0.045 0.028 0.386 0.007 0.052 0.050 0.006 0.005 0.028 0.088 0.121 0.063 0.122 33 L 0.062 0.031 0.240 0.013 0.090 0.058 0.009 0.007 0.028 0.105 0.098 0.079 0.180 34 Y 0.041 0.052 0.221 0.032 0.041 0.031 0.007 0.003 0.017 0.149 0.215 0.103 0.089 35 S 0.007 0.016 0.431 0.007 0.032 0.013 0.001 0.001 0.008 0.145 0.241 0.017 0.080 36 V 0.007 0.042 0.176 0.004 0.034 0.017 0.001 0.001 0.005 0.185 0.409 0.079 0.040 37 D 0.001 0.003 0.053 0.003 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.083 0.822 0.005 0.006 38 G 0.001 0.003 0.135 0.006 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.329 0.501 0.003 0.006 39 E 0.011 0.017 0.467 0.004 0.012 0.005 0.002 0.001 0.004 0.196 0.083 0.135 0.062 40 R 0.038 0.053 0.175 0.011 0.005 0.002 0.013 0.001 0.009 0.053 0.019 0.021 0.601 41 I 0.080 0.010 0.216 0.039 0.003 0.001 0.021 0.001 0.013 0.012 0.007 0.538 0.058 42 V 0.123 0.023 0.153 0.018 0.001 0.001 0.061 0.002 0.027 0.033 0.003 0.054 0.503 43 L 0.035 0.003 0.175 0.022 0.001 0.001 0.021 0.001 0.060 0.032 0.001 0.587 0.062 44 P 0.020 0.002 0.486 0.043 0.001 0.001 0.020 0.003 0.078 0.015 0.002 0.012 0.317 45 R 0.102 0.004 0.077 0.067 0.006 0.001 0.104 0.029 0.183 0.059 0.003 0.295 0.067 46 I 0.169 0.003 0.049 0.044 0.005 0.002 0.252 0.105 0.180 0.012 0.002 0.029 0.147 47 F 0.136 0.004 0.029 0.002 0.002 0.002 0.225 0.268 0.215 0.002 0.001 0.079 0.035 48 I 0.049 0.010 0.086 0.018 0.002 0.003 0.112 0.213 0.391 0.010 0.005 0.023 0.077 49 S 0.014 0.012 0.393 0.026 0.004 0.003 0.018 0.051 0.255 0.074 0.026 0.070 0.054 50 N 0.002 0.014 0.356 0.020 0.010 0.005 0.001 0.003 0.044 0.409 0.083 0.017 0.035 51 D 0.001 0.015 0.361 0.007 0.037 0.017 0.001 0.001 0.013 0.400 0.124 0.005 0.020 52 K 0.001 0.021 0.091 0.002 0.296 0.110 0.001 0.001 0.003 0.145 0.320 0.006 0.004 53 E 0.002 0.012 0.155 0.004 0.237 0.072 0.001 0.001 0.003 0.137 0.357 0.005 0.014 54 S 0.009 0.026 0.249 0.012 0.246 0.060 0.003 0.001 0.006 0.092 0.249 0.007 0.038 55 I 0.033 0.062 0.290 0.003 0.068 0.048 0.008 0.002 0.010 0.142 0.145 0.136 0.053 56 K 0.022 0.073 0.371 0.007 0.035 0.040 0.005 0.001 0.009 0.182 0.100 0.011 0.143 57 C 0.002 0.020 0.596 0.004 0.010 0.010 0.001 0.001 0.006 0.207 0.025 0.107 0.012 58 P 0.001 0.014 0.603 0.004 0.012 0.006 0.001 0.001 0.003 0.102 0.188 0.002 0.064 59 C 0.002 0.042 0.544 0.004 0.017 0.009 0.001 0.001 0.003 0.172 0.174 0.015 0.017 60 E 0.002 0.038 0.565 0.001 0.016 0.012 0.001 0.001 0.002 0.247 0.038 0.062 0.017 61 P 0.002 0.008 0.281 0.006 0.170 0.098 0.001 0.001 0.002 0.104 0.244 0.002 0.082 62 E 0.013 0.013 0.165 0.035 0.187 0.081 0.003 0.001 0.005 0.177 0.217 0.081 0.021 63 R 0.042 0.060 0.208 0.005 0.111 0.067 0.008 0.002 0.018 0.064 0.083 0.079 0.253 64 I 0.038 0.134 0.286 0.009 0.031 0.054 0.007 0.001 0.010 0.053 0.047 0.071 0.258 65 S 0.023 0.039 0.313 0.084 0.028 0.046 0.002 0.001 0.004 0.104 0.172 0.116 0.069 66 N 0.004 0.006 0.223 0.016 0.036 0.025 0.001 0.001 0.002 0.287 0.326 0.019 0.055 67 S 0.011 0.010 0.275 0.023 0.034 0.015 0.002 0.001 0.003 0.289 0.221 0.040 0.076 68 T 0.099 0.057 0.190 0.007 0.032 0.014 0.014 0.002 0.012 0.138 0.120 0.135 0.180 69 C 0.078 0.028 0.254 0.018 0.033 0.040 0.011 0.004 0.019 0.139 0.098 0.108 0.171 70 N 0.141 0.005 0.170 0.205 0.026 0.036 0.017 0.003 0.011 0.118 0.104 0.045 0.120 71 F 0.453 0.007 0.060 0.011 0.006 0.032 0.074 0.020 0.019 0.026 0.017 0.130 0.144 72 Y 0.558 0.008 0.031 0.001 0.004 0.034 0.072 0.016 0.014 0.007 0.006 0.147 0.102 73 V 0.387 0.009 0.057 0.010 0.004 0.056 0.070 0.017 0.026 0.006 0.006 0.051 0.302 74 C 0.209 0.007 0.112 0.122 0.015 0.172 0.032 0.008 0.020 0.028 0.038 0.160 0.076 75 N 0.109 0.007 0.144 0.017 0.023 0.190 0.009 0.002 0.012 0.153 0.089 0.059 0.187 76 C 0.047 0.004 0.107 0.007 0.030 0.582 0.006 0.001 0.006 0.036 0.067 0.027 0.079 77 V 0.018 0.003 0.030 0.003 0.016 0.867 0.004 0.001 0.003 0.006 0.016 0.017 0.017 78 E 0.036 0.003 0.033 0.003 0.023 0.811 0.005 0.001 0.001 0.015 0.016 0.022 0.030 79 K 0.019 0.002 0.040 0.002 0.017 0.841 0.002 0.001 0.002 0.012 0.021 0.015 0.027 80 R 0.006 0.002 0.024 0.005 0.023 0.892 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.002 0.014 81 A 0.002 0.001 0.034 0.003 0.021 0.863 0.001 0.001 0.001 0.015 0.047 0.007 0.006 82 E 0.002 0.002 0.044 0.001 0.027 0.857 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 0.006 0.013 83 I 0.005 0.010 0.073 0.002 0.041 0.779 0.001 0.001 0.004 0.025 0.017 0.012 0.030 84 K 0.003 0.002 0.099 0.011 0.039 0.732 0.001 0.001 0.003 0.029 0.050 0.011 0.019 85 E 0.011 0.007 0.030 0.006 0.044 0.441 0.003 0.001 0.005 0.059 0.331 0.032 0.029 86 N 0.001 0.003 0.059 0.006 0.011 0.103 0.001 0.001 0.003 0.079 0.717 0.006 0.010 87 N 0.003 0.002 0.426 0.024 0.006 0.036 0.001 0.001 0.003 0.134 0.347 0.008 0.011 88 Q 0.089 0.011 0.337 0.010 0.008 0.075 0.020 0.009 0.035 0.119 0.034 0.106 0.147 89 V 0.239 0.010 0.056 0.001 0.003 0.084 0.088 0.031 0.064 0.019 0.005 0.116 0.284 90 V 0.362 0.006 0.041 0.005 0.002 0.155 0.114 0.018 0.030 0.004 0.003 0.201 0.058 91 I 0.251 0.006 0.089 0.005 0.002 0.152 0.070 0.012 0.033 0.005 0.003 0.046 0.327 92 K 0.113 0.001 0.105 0.061 0.014 0.469 0.015 0.006 0.022 0.012 0.014 0.095 0.073 93 E 0.043 0.001 0.031 0.008 0.044 0.721 0.004 0.001 0.003 0.020 0.035 0.033 0.055 94 E 0.012 0.004 0.021 0.002 0.041 0.830 0.003 0.001 0.003 0.011 0.036 0.011 0.026 95 F 0.005 0.005 0.036 0.003 0.024 0.866 0.001 0.001 0.002 0.013 0.026 0.008 0.011 96 R 0.003 0.004 0.028 0.003 0.033 0.864 0.001 0.001 0.001 0.018 0.033 0.004 0.010 97 D 0.004 0.001 0.029 0.002 0.038 0.814 0.001 0.001 0.001 0.019 0.078 0.007 0.010 98 Y 0.006 0.003 0.034 0.001 0.050 0.773 0.001 0.001 0.001 0.028 0.090 0.004 0.010 99 Y 0.004 0.013 0.171 0.001 0.033 0.625 0.001 0.001 0.001 0.065 0.065 0.005 0.016 100 E 0.002 0.021 0.229 0.002 0.037 0.358 0.001 0.001 0.001 0.083 0.236 0.017 0.013 101 N 0.001 0.007 0.238 0.002 0.022 0.145 0.001 0.001 0.001 0.123 0.454 0.003 0.006 102 G 0.001 0.002 0.397 0.001 0.025 0.048 0.001 0.001 0.001 0.168 0.354 0.002 0.002 103 E 0.001 0.010 0.459 0.001 0.042 0.069 0.001 0.001 0.001 0.168 0.235 0.005 0.010 104 E 0.003 0.029 0.380 0.001 0.079 0.100 0.001 0.001 0.002 0.207 0.145 0.016 0.037 105 K 0.007 0.018 0.393 0.014 0.086 0.096 0.001 0.001 0.002 0.165 0.139 0.037 0.042 106 S 0.015 0.017 0.357 0.022 0.064 0.077 0.003 0.001 0.005 0.127 0.175 0.049 0.087 107 N 0.040 0.011 0.357 0.036 0.048 0.049 0.006 0.001 0.012 0.145 0.095 0.086 0.114 108 K 0.083 0.005 0.270 0.032 0.023 0.040 0.013 0.002 0.033 0.163 0.026 0.176 0.134 109 Q 0.206 0.008 0.101 0.029 0.008 0.023 0.056 0.010 0.063 0.028 0.007 0.087 0.373 110 M 0.212 0.007 0.051 0.007 0.003 0.015 0.077 0.020 0.074 0.009 0.004 0.435 0.087 111 L 0.177 0.011 0.136 0.009 0.001 0.013 0.076 0.027 0.092 0.007 0.004 0.071 0.376 112 L 0.039 0.013 0.563 0.017 0.002 0.011 0.020 0.011 0.068 0.013 0.004 0.137 0.102