# TARGET T0237 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.123 0.010 0.019 0.032 0.209 0.607 2 G 0.258 0.024 0.018 0.028 0.138 0.536 3 L 0.438 0.098 0.016 0.019 0.092 0.338 4 W 0.424 0.040 0.033 0.018 0.337 0.149 5 V 0.229 0.021 0.032 0.016 0.538 0.164 6 D 0.069 0.007 0.016 0.006 0.713 0.189 7 G 0.170 0.018 0.012 0.005 0.600 0.195 8 N 0.469 0.055 0.012 0.010 0.198 0.256 9 C 0.501 0.042 0.026 0.013 0.213 0.204 10 E 0.541 0.018 0.032 0.015 0.209 0.185 11 E 0.459 0.022 0.014 0.011 0.178 0.317 12 I 0.361 0.017 0.003 0.011 0.174 0.434 13 P 0.214 0.005 0.007 0.021 0.178 0.574 14 Y 0.285 0.013 0.052 0.079 0.257 0.315 15 V 0.347 0.018 0.076 0.098 0.243 0.218 16 K 0.475 0.011 0.058 0.088 0.161 0.207 17 E 0.422 0.014 0.058 0.126 0.161 0.219 18 V 0.376 0.029 0.053 0.123 0.151 0.268 19 E 0.226 0.013 0.051 0.108 0.292 0.311 20 A 0.048 0.006 0.048 0.113 0.464 0.321 21 E 0.016 0.014 0.030 0.103 0.459 0.376 22 D 0.014 0.012 0.013 0.083 0.316 0.562 23 L 0.004 0.002 0.046 0.842 0.071 0.034 24 R 0.008 0.001 0.071 0.827 0.074 0.019 25 E 0.013 0.001 0.117 0.783 0.074 0.012 26 C 0.026 0.005 0.088 0.808 0.057 0.016 27 N 0.032 0.002 0.068 0.762 0.091 0.046 28 R 0.069 0.002 0.040 0.692 0.098 0.100 29 I 0.204 0.009 0.028 0.506 0.104 0.150 30 V 0.428 0.053 0.014 0.272 0.102 0.132 31 F 0.413 0.016 0.017 0.129 0.199 0.227 32 G 0.105 0.009 0.030 0.079 0.564 0.213 33 A 0.038 0.012 0.044 0.058 0.648 0.199 34 S 0.041 0.033 0.050 0.040 0.623 0.214 35 A 0.018 0.012 0.184 0.044 0.644 0.098 36 S 0.035 0.016 0.162 0.058 0.547 0.184 37 D 0.053 0.032 0.125 0.045 0.536 0.209 38 Q 0.036 0.030 0.020 0.041 0.389 0.484 39 P 0.032 0.005 0.010 0.042 0.157 0.753 40 T 0.108 0.023 0.022 0.142 0.170 0.535 41 Q 0.141 0.024 0.021 0.186 0.138 0.490 42 Y 0.180 0.025 0.030 0.225 0.125 0.416 43 E 0.163 0.016 0.049 0.244 0.183 0.345 44 E 0.082 0.015 0.077 0.342 0.203 0.281 45 E 0.053 0.011 0.052 0.413 0.185 0.286 46 M 0.026 0.004 0.054 0.678 0.119 0.119 47 T 0.022 0.006 0.029 0.677 0.113 0.153 48 D 0.005 0.001 0.012 0.883 0.033 0.065 49 Y 0.002 0.001 0.003 0.977 0.008 0.009 50 Q 0.001 0.001 0.003 0.984 0.008 0.004 51 K 0.001 0.001 0.004 0.980 0.008 0.006 52 I 0.001 0.001 0.004 0.981 0.007 0.007 53 Q 0.001 0.001 0.005 0.974 0.012 0.008 54 Q 0.001 0.001 0.002 0.965 0.015 0.017 55 G 0.004 0.002 0.006 0.855 0.052 0.081 56 F 0.014 0.008 0.015 0.830 0.068 0.065 57 R 0.019 0.005 0.036 0.745 0.119 0.076 58 Q 0.015 0.005 0.048 0.701 0.163 0.067 59 N 0.012 0.006 0.036 0.628 0.203 0.116 60 N 0.010 0.006 0.017 0.304 0.308 0.354 61 R 0.003 0.001 0.089 0.608 0.204 0.094 62 E 0.007 0.004 0.142 0.662 0.135 0.049 63 M 0.012 0.004 0.232 0.653 0.086 0.012 64 I 0.019 0.003 0.184 0.678 0.092 0.025 65 K 0.037 0.003 0.208 0.585 0.121 0.046 66 S 0.059 0.004 0.215 0.498 0.156 0.070 67 A 0.099 0.007 0.077 0.509 0.166 0.142 68 F 0.222 0.045 0.032 0.333 0.148 0.221 69 L 0.301 0.020 0.018 0.156 0.195 0.310 70 P 0.227 0.014 0.031 0.107 0.319 0.302 71 V 0.188 0.016 0.065 0.102 0.376 0.253 72 G 0.181 0.012 0.091 0.083 0.408 0.225 73 A 0.275 0.019 0.078 0.070 0.362 0.195 74 F 0.333 0.042 0.072 0.100 0.228 0.225 75 N 0.291 0.042 0.046 0.069 0.285 0.266 76 S 0.171 0.012 0.069 0.077 0.438 0.234 77 D 0.111 0.009 0.069 0.061 0.502 0.247 78 N 0.238 0.021 0.074 0.054 0.405 0.208 79 F 0.459 0.037 0.041 0.044 0.199 0.221 80 K 0.531 0.024 0.032 0.045 0.148 0.220 81 S 0.516 0.034 0.042 0.029 0.190 0.188 82 K 0.288 0.017 0.042 0.038 0.313 0.302 83 G 0.154 0.013 0.050 0.024 0.430 0.329 84 R 0.113 0.026 0.027 0.024 0.439 0.372 85 G 0.120 0.015 0.020 0.015 0.295 0.536 86 F 0.242 0.089 0.019 0.013 0.243 0.393 87 N 0.258 0.047 0.028 0.011 0.272 0.384 88 W 0.196 0.017 0.100 0.026 0.336 0.325 89 A 0.216 0.053 0.088 0.021 0.311 0.313 90 N 0.275 0.054 0.039 0.016 0.388 0.227 91 F 0.281 0.103 0.019 0.012 0.380 0.204 92 D 0.091 0.063 0.009 0.007 0.696 0.133 93 S 0.020 0.011 0.025 0.007 0.914 0.024 94 V 0.021 0.007 0.033 0.006 0.889 0.043 95 K 0.034 0.008 0.021 0.004 0.885 0.048 96 K 0.184 0.018 0.008 0.003 0.552 0.235 97 K 0.591 0.030 0.005 0.004 0.128 0.242 98 C 0.777 0.031 0.009 0.005 0.068 0.110 99 Y 0.830 0.007 0.007 0.006 0.055 0.094 100 I 0.839 0.015 0.008 0.005 0.063 0.070 101 F 0.803 0.026 0.005 0.002 0.071 0.093 102 N 0.523 0.019 0.004 0.004 0.378 0.073 103 T 0.186 0.012 0.008 0.007 0.670 0.117 104 K 0.049 0.012 0.003 0.003 0.838 0.095 105 P 0.070 0.005 0.008 0.007 0.743 0.166 106 T 0.583 0.026 0.013 0.019 0.199 0.160 107 C 0.787 0.062 0.016 0.011 0.070 0.053 108 L 0.788 0.009 0.021 0.016 0.086 0.079 109 I 0.744 0.012 0.027 0.009 0.105 0.103 110 N 0.540 0.029 0.007 0.006 0.141 0.278 111 D 0.223 0.019 0.009 0.017 0.548 0.184 112 K 0.019 0.002 0.054 0.177 0.690 0.058 113 N 0.015 0.003 0.069 0.522 0.352 0.039 114 F 0.025 0.005 0.058 0.763 0.133 0.016 115 I 0.045 0.003 0.024 0.883 0.020 0.025 116 A 0.159 0.006 0.039 0.768 0.016 0.013 117 T 0.143 0.002 0.074 0.734 0.032 0.016 118 T 0.116 0.002 0.052 0.721 0.062 0.046 119 A 0.054 0.003 0.040 0.726 0.101 0.076 120 L 0.047 0.013 0.033 0.684 0.138 0.085 121 S 0.032 0.007 0.056 0.476 0.225 0.204 122 H 0.030 0.008 0.022 0.103 0.237 0.600 123 P 0.019 0.006 0.042 0.159 0.217 0.558 124 Q 0.011 0.007 0.032 0.131 0.204 0.615 125 E 0.008 0.006 0.096 0.432 0.179 0.279