# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.74986 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.034 0.033 0.020 0.050 0.053 0.070 0.136 0.155 0.176 0.148 0.126 2 G 0.078 0.067 0.036 0.094 0.087 0.093 0.120 0.109 0.120 0.110 0.085 3 L 0.026 0.040 0.023 0.089 0.120 0.135 0.176 0.137 0.120 0.080 0.053 4 W 0.011 0.011 0.008 0.027 0.036 0.050 0.116 0.166 0.225 0.196 0.154 5 V 0.027 0.028 0.024 0.069 0.097 0.117 0.177 0.142 0.133 0.104 0.082 6 D 0.097 0.161 0.095 0.227 0.149 0.092 0.087 0.043 0.027 0.014 0.008 7 G 0.117 0.078 0.041 0.106 0.116 0.130 0.147 0.101 0.076 0.054 0.033 8 N 0.197 0.350 0.107 0.191 0.090 0.034 0.020 0.006 0.003 0.002 0.001 9 C 0.008 0.007 0.004 0.016 0.029 0.048 0.142 0.166 0.232 0.188 0.159 10 E 0.311 0.211 0.083 0.180 0.107 0.052 0.033 0.011 0.006 0.003 0.002 11 E 0.178 0.239 0.091 0.212 0.128 0.073 0.049 0.016 0.008 0.004 0.002 12 I 0.010 0.013 0.009 0.033 0.053 0.092 0.174 0.175 0.186 0.147 0.109 13 P 0.554 0.229 0.059 0.081 0.038 0.018 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 14 Y 0.253 0.124 0.083 0.158 0.120 0.092 0.095 0.037 0.023 0.011 0.005 15 V 0.093 0.076 0.040 0.085 0.093 0.104 0.166 0.119 0.106 0.074 0.044 16 K 0.172 0.163 0.145 0.211 0.119 0.082 0.060 0.023 0.014 0.007 0.003 17 E 0.175 0.110 0.173 0.192 0.124 0.090 0.077 0.032 0.016 0.008 0.003 18 V 0.094 0.076 0.102 0.085 0.100 0.126 0.183 0.108 0.070 0.039 0.017 19 E 0.096 0.256 0.253 0.208 0.089 0.045 0.030 0.011 0.006 0.003 0.002 20 A 0.087 0.074 0.116 0.132 0.137 0.134 0.166 0.070 0.047 0.025 0.012 21 E 0.535 0.128 0.209 0.083 0.029 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.049 0.182 0.187 0.237 0.135 0.096 0.076 0.022 0.010 0.004 0.002 23 L 0.022 0.029 0.050 0.067 0.095 0.166 0.221 0.135 0.110 0.067 0.038 24 R 0.194 0.160 0.277 0.174 0.107 0.052 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 25 E 0.075 0.145 0.390 0.251 0.083 0.035 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 26 C 0.004 0.006 0.030 0.025 0.034 0.059 0.164 0.161 0.201 0.184 0.133 27 N 0.042 0.028 0.075 0.127 0.142 0.180 0.225 0.099 0.048 0.021 0.010 28 R 0.009 0.047 0.340 0.289 0.172 0.091 0.034 0.010 0.004 0.002 0.001 29 I 0.002 0.005 0.020 0.019 0.035 0.081 0.215 0.190 0.179 0.155 0.098 30 V 0.003 0.009 0.027 0.042 0.050 0.058 0.154 0.168 0.192 0.163 0.135 31 F 0.005 0.018 0.048 0.050 0.075 0.090 0.209 0.162 0.146 0.116 0.081 32 G 0.126 0.129 0.247 0.252 0.127 0.059 0.036 0.014 0.007 0.003 0.002 33 A 0.167 0.103 0.075 0.117 0.112 0.118 0.153 0.070 0.046 0.025 0.012 34 S 0.106 0.120 0.058 0.113 0.090 0.081 0.115 0.091 0.098 0.075 0.053 35 A 0.095 0.055 0.042 0.061 0.066 0.091 0.162 0.120 0.130 0.105 0.073 36 S 0.258 0.165 0.101 0.146 0.090 0.069 0.077 0.039 0.028 0.017 0.011 37 D 0.090 0.105 0.067 0.116 0.124 0.120 0.144 0.096 0.069 0.044 0.025 38 Q 0.137 0.213 0.067 0.135 0.120 0.094 0.091 0.054 0.041 0.030 0.018 39 P 0.282 0.140 0.091 0.139 0.107 0.083 0.078 0.034 0.025 0.015 0.007 40 T 0.634 0.121 0.082 0.081 0.039 0.019 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 41 Q 0.201 0.211 0.158 0.218 0.101 0.056 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 42 Y 0.021 0.037 0.067 0.065 0.075 0.138 0.219 0.148 0.113 0.077 0.039 43 E 0.140 0.088 0.284 0.182 0.121 0.089 0.069 0.018 0.008 0.002 0.001 44 E 0.102 0.089 0.580 0.149 0.053 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 45 E 0.032 0.055 0.242 0.156 0.120 0.136 0.152 0.055 0.029 0.015 0.007 46 M 0.011 0.014 0.133 0.054 0.059 0.102 0.250 0.149 0.123 0.071 0.034 47 T 0.059 0.087 0.657 0.121 0.050 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.025 0.146 0.405 0.199 0.101 0.065 0.042 0.011 0.004 0.002 0.001 49 Y 0.011 0.021 0.111 0.066 0.118 0.179 0.277 0.102 0.069 0.031 0.014 50 Q 0.274 0.119 0.383 0.126 0.052 0.024 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.011 0.047 0.319 0.275 0.193 0.097 0.044 0.010 0.003 0.001 0.001 52 I 0.002 0.005 0.037 0.012 0.017 0.031 0.119 0.150 0.231 0.226 0.170 53 Q 0.009 0.028 0.229 0.208 0.218 0.159 0.109 0.026 0.010 0.003 0.001 54 Q 0.035 0.067 0.673 0.152 0.049 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 55 G 0.050 0.064 0.114 0.113 0.137 0.159 0.206 0.079 0.042 0.023 0.012 56 F 0.008 0.010 0.024 0.017 0.020 0.042 0.174 0.169 0.212 0.193 0.131 57 R 0.022 0.072 0.168 0.179 0.195 0.156 0.135 0.041 0.019 0.009 0.004 58 Q 0.153 0.103 0.517 0.128 0.050 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 59 N 0.123 0.150 0.102 0.140 0.147 0.130 0.117 0.042 0.025 0.016 0.009 60 N 0.012 0.035 0.020 0.035 0.043 0.083 0.179 0.158 0.189 0.146 0.098 61 R 0.117 0.091 0.119 0.209 0.207 0.149 0.078 0.018 0.008 0.003 0.001 62 E 0.226 0.159 0.396 0.153 0.042 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.002 0.005 0.017 0.039 0.052 0.093 0.237 0.195 0.175 0.115 0.068 64 I 0.002 0.001 0.008 0.008 0.013 0.032 0.121 0.160 0.232 0.223 0.199 65 K 0.006 0.023 0.437 0.232 0.158 0.090 0.037 0.010 0.004 0.002 0.001 66 S 0.009 0.034 0.254 0.189 0.164 0.174 0.111 0.036 0.017 0.009 0.004 67 A 0.005 0.004 0.006 0.010 0.015 0.033 0.137 0.172 0.233 0.225 0.160 68 F 0.010 0.010 0.013 0.026 0.032 0.058 0.159 0.166 0.189 0.178 0.158 69 L 0.015 0.051 0.145 0.124 0.132 0.117 0.127 0.100 0.088 0.062 0.039 70 P 0.069 0.068 0.077 0.113 0.108 0.130 0.171 0.100 0.079 0.053 0.032 71 V 0.048 0.030 0.018 0.042 0.051 0.063 0.148 0.154 0.173 0.155 0.118 72 G 0.148 0.103 0.051 0.109 0.094 0.097 0.110 0.085 0.088 0.067 0.047 73 A 0.140 0.127 0.075 0.157 0.122 0.101 0.104 0.062 0.053 0.035 0.023 74 F 0.049 0.031 0.024 0.044 0.048 0.069 0.135 0.145 0.172 0.166 0.117 75 N 0.143 0.194 0.075 0.196 0.149 0.088 0.073 0.036 0.024 0.014 0.009 76 S 0.114 0.068 0.042 0.084 0.081 0.086 0.124 0.109 0.122 0.100 0.072 77 D 0.348 0.171 0.086 0.145 0.090 0.060 0.047 0.022 0.015 0.009 0.007 78 N 0.277 0.205 0.086 0.174 0.100 0.059 0.051 0.022 0.014 0.008 0.004 79 F 0.118 0.051 0.027 0.059 0.058 0.079 0.124 0.117 0.127 0.127 0.111 80 K 0.157 0.195 0.103 0.235 0.143 0.076 0.052 0.019 0.011 0.006 0.003 81 S 0.068 0.058 0.050 0.073 0.073 0.086 0.137 0.124 0.136 0.107 0.089 82 K 0.099 0.162 0.089 0.247 0.172 0.098 0.072 0.029 0.017 0.009 0.006 83 G 0.160 0.064 0.035 0.078 0.087 0.099 0.126 0.103 0.102 0.081 0.065 84 R 0.056 0.100 0.062 0.199 0.189 0.135 0.114 0.065 0.044 0.024 0.012 85 G 0.071 0.047 0.037 0.093 0.088 0.105 0.165 0.126 0.119 0.090 0.058 86 F 0.011 0.018 0.020 0.062 0.073 0.094 0.166 0.157 0.161 0.133 0.104 87 N 0.012 0.024 0.024 0.059 0.062 0.087 0.172 0.169 0.171 0.134 0.086 88 W 0.011 0.021 0.019 0.070 0.076 0.089 0.147 0.153 0.163 0.136 0.114 89 A 0.015 0.013 0.013 0.026 0.032 0.046 0.125 0.143 0.209 0.207 0.171 90 N 0.040 0.094 0.049 0.231 0.216 0.140 0.122 0.054 0.033 0.015 0.007 91 F 0.006 0.011 0.008 0.026 0.033 0.052 0.121 0.142 0.215 0.213 0.172 92 D 0.078 0.122 0.088 0.204 0.159 0.119 0.112 0.052 0.036 0.019 0.012 93 S 0.193 0.197 0.093 0.180 0.122 0.085 0.077 0.029 0.015 0.007 0.003 94 V 0.210 0.176 0.075 0.157 0.097 0.088 0.089 0.047 0.031 0.019 0.012 95 K 0.215 0.181 0.087 0.230 0.147 0.074 0.041 0.013 0.007 0.003 0.001 96 K 0.210 0.140 0.121 0.197 0.120 0.085 0.073 0.030 0.015 0.006 0.003 97 K 0.023 0.083 0.091 0.290 0.231 0.156 0.084 0.025 0.011 0.004 0.002 98 C 0.002 0.002 0.004 0.009 0.015 0.036 0.133 0.199 0.244 0.221 0.135 99 Y 0.007 0.029 0.054 0.229 0.253 0.193 0.138 0.053 0.026 0.012 0.005 100 I 0.001 0.006 0.015 0.019 0.026 0.042 0.126 0.159 0.238 0.217 0.151 101 F 0.004 0.009 0.013 0.063 0.092 0.114 0.215 0.175 0.154 0.095 0.068 102 N 0.096 0.128 0.077 0.166 0.134 0.109 0.140 0.074 0.045 0.020 0.010 103 T 0.164 0.132 0.071 0.220 0.163 0.103 0.077 0.035 0.020 0.010 0.005 104 K 0.191 0.274 0.082 0.215 0.121 0.060 0.035 0.012 0.006 0.003 0.001 105 P 0.011 0.013 0.006 0.031 0.052 0.075 0.169 0.174 0.199 0.157 0.112 106 T 0.066 0.142 0.077 0.222 0.171 0.133 0.099 0.042 0.025 0.013 0.009 107 C 0.007 0.013 0.007 0.035 0.052 0.087 0.201 0.201 0.181 0.139 0.075 108 L 0.012 0.016 0.014 0.052 0.059 0.083 0.158 0.159 0.174 0.145 0.128 109 I 0.006 0.007 0.006 0.019 0.025 0.041 0.112 0.141 0.215 0.219 0.209 110 N 0.025 0.068 0.056 0.198 0.178 0.135 0.138 0.081 0.062 0.036 0.025 111 D 0.067 0.093 0.043 0.126 0.132 0.131 0.162 0.102 0.075 0.045 0.023 112 K 0.258 0.147 0.078 0.189 0.149 0.083 0.055 0.022 0.011 0.006 0.003 113 N 0.215 0.198 0.102 0.203 0.117 0.073 0.052 0.020 0.012 0.006 0.004 114 F 0.010 0.023 0.020 0.073 0.097 0.143 0.209 0.155 0.128 0.087 0.054 115 I 0.019 0.023 0.019 0.040 0.048 0.064 0.143 0.157 0.183 0.166 0.138 116 A 0.018 0.013 0.023 0.040 0.048 0.067 0.154 0.155 0.179 0.163 0.139 117 T 0.022 0.039 0.066 0.132 0.124 0.135 0.158 0.107 0.099 0.069 0.049 118 T 0.018 0.033 0.036 0.073 0.076 0.094 0.160 0.156 0.156 0.121 0.078 119 A 0.028 0.023 0.025 0.042 0.046 0.059 0.133 0.146 0.191 0.179 0.130 120 L 0.028 0.027 0.040 0.055 0.059 0.071 0.148 0.133 0.173 0.157 0.109 121 S 0.052 0.081 0.060 0.138 0.140 0.129 0.151 0.098 0.077 0.046 0.027 122 H 0.080 0.107 0.059 0.118 0.108 0.110 0.137 0.104 0.085 0.060 0.033 123 P 0.398 0.150 0.065 0.102 0.074 0.059 0.058 0.035 0.027 0.020 0.011 124 Q 0.434 0.176 0.055 0.111 0.076 0.050 0.046 0.023 0.016 0.009 0.004 125 E 0.262 0.107 0.037 0.084 0.070 0.064 0.097 0.084 0.082 0.066 0.047