# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.74986 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.108 0.108 0.130 0.380 0.057 0.013 0.149 0.020 0.028 0.007 0.001 2 G 0.026 0.012 0.046 0.010 0.115 0.002 0.063 0.349 0.001 0.377 0.001 3 L 0.079 0.524 0.278 0.033 0.052 0.020 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 4 W 0.065 0.282 0.474 0.030 0.028 0.080 0.009 0.003 0.023 0.004 0.001 5 V 0.115 0.543 0.132 0.071 0.056 0.033 0.006 0.001 0.042 0.001 0.001 6 D 0.095 0.114 0.262 0.179 0.073 0.062 0.136 0.016 0.051 0.010 0.003 7 G 0.036 0.022 0.078 0.024 0.194 0.002 0.034 0.323 0.001 0.284 0.001 8 N 0.105 0.173 0.310 0.192 0.076 0.058 0.040 0.008 0.031 0.006 0.002 9 C 0.175 0.223 0.353 0.061 0.106 0.029 0.017 0.011 0.015 0.009 0.001 10 E 0.606 0.117 0.121 0.117 0.013 0.014 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 11 E 0.311 0.155 0.307 0.138 0.018 0.037 0.010 0.002 0.018 0.001 0.002 12 I 0.057 0.365 0.298 0.006 0.016 0.024 0.010 0.001 0.224 0.001 0.001 13 P 0.161 0.008 0.795 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 14 Y 0.431 0.134 0.286 0.054 0.032 0.030 0.009 0.009 0.008 0.004 0.002 15 V 0.386 0.289 0.157 0.086 0.046 0.014 0.006 0.003 0.009 0.002 0.001 16 K 0.306 0.307 0.186 0.072 0.051 0.030 0.019 0.002 0.025 0.002 0.001 17 E 0.254 0.341 0.289 0.021 0.030 0.045 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 18 V 0.471 0.263 0.080 0.115 0.033 0.017 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 19 E 0.072 0.281 0.433 0.017 0.085 0.058 0.007 0.001 0.043 0.004 0.001 20 A 0.882 0.018 0.039 0.030 0.008 0.012 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 21 E 0.864 0.003 0.007 0.116 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 22 D 0.525 0.041 0.065 0.214 0.041 0.041 0.011 0.001 0.058 0.002 0.001 23 L 0.924 0.004 0.008 0.057 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.976 0.002 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.811 0.003 0.006 0.173 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 26 C 0.798 0.009 0.072 0.108 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 27 N 0.833 0.005 0.020 0.102 0.002 0.003 0.022 0.009 0.002 0.001 0.001 28 R 0.500 0.236 0.110 0.092 0.037 0.007 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 29 I 0.286 0.365 0.276 0.019 0.009 0.029 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 30 V 0.253 0.436 0.152 0.054 0.010 0.055 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 31 F 0.098 0.379 0.148 0.111 0.097 0.051 0.026 0.003 0.083 0.004 0.001 32 G 0.183 0.096 0.194 0.091 0.181 0.020 0.058 0.080 0.008 0.089 0.001 33 A 0.138 0.264 0.216 0.108 0.185 0.030 0.032 0.007 0.015 0.005 0.001 34 S 0.092 0.253 0.431 0.040 0.124 0.024 0.005 0.004 0.018 0.007 0.001 35 A 0.617 0.083 0.127 0.090 0.031 0.021 0.009 0.006 0.012 0.004 0.001 36 S 0.668 0.044 0.061 0.190 0.015 0.005 0.004 0.003 0.003 0.007 0.001 37 D 0.253 0.033 0.055 0.447 0.014 0.046 0.108 0.009 0.031 0.001 0.001 38 Q 0.080 0.266 0.342 0.007 0.009 0.034 0.026 0.001 0.236 0.001 0.001 39 P 0.255 0.006 0.663 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 40 T 0.696 0.077 0.116 0.047 0.021 0.016 0.012 0.008 0.005 0.002 0.001 41 Q 0.635 0.100 0.122 0.077 0.026 0.016 0.010 0.004 0.008 0.002 0.001 42 Y 0.664 0.091 0.071 0.092 0.028 0.018 0.013 0.003 0.015 0.005 0.001 43 E 0.881 0.023 0.035 0.036 0.006 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 44 E 0.909 0.016 0.034 0.029 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.772 0.013 0.038 0.145 0.004 0.014 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 46 M 0.742 0.031 0.081 0.095 0.003 0.029 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 47 T 0.880 0.018 0.033 0.053 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.763 0.013 0.041 0.136 0.008 0.017 0.007 0.003 0.009 0.003 0.001 49 Y 0.914 0.006 0.020 0.050 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.968 0.003 0.007 0.016 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.974 0.003 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 I 0.928 0.011 0.013 0.040 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.939 0.014 0.020 0.019 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.857 0.011 0.034 0.087 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 G 0.636 0.002 0.013 0.020 0.010 0.001 0.018 0.182 0.001 0.118 0.001 56 F 0.911 0.008 0.030 0.032 0.002 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 57 R 0.890 0.025 0.026 0.045 0.002 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 58 Q 0.869 0.017 0.027 0.067 0.006 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 59 N 0.561 0.020 0.040 0.285 0.009 0.021 0.041 0.005 0.015 0.002 0.001 60 N 0.579 0.015 0.032 0.191 0.005 0.062 0.082 0.006 0.026 0.002 0.001 61 R 0.944 0.006 0.011 0.028 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.931 0.004 0.010 0.038 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 63 M 0.948 0.003 0.003 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.916 0.011 0.012 0.052 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.956 0.006 0.010 0.017 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 66 S 0.860 0.021 0.016 0.082 0.012 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 67 A 0.733 0.026 0.025 0.197 0.006 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 68 F 0.336 0.158 0.178 0.166 0.028 0.035 0.037 0.009 0.045 0.006 0.001 69 L 0.108 0.320 0.377 0.006 0.027 0.022 0.020 0.001 0.114 0.004 0.001 70 P 0.249 0.007 0.627 0.007 0.001 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 71 V 0.372 0.154 0.188 0.212 0.015 0.031 0.005 0.002 0.019 0.001 0.002 72 G 0.128 0.057 0.098 0.034 0.292 0.006 0.042 0.115 0.006 0.220 0.001 73 A 0.236 0.189 0.225 0.182 0.067 0.043 0.019 0.008 0.021 0.004 0.006 74 F 0.137 0.410 0.201 0.107 0.086 0.026 0.007 0.003 0.019 0.003 0.001 75 N 0.060 0.226 0.261 0.103 0.092 0.114 0.055 0.011 0.067 0.009 0.001 76 S 0.417 0.123 0.214 0.083 0.067 0.032 0.014 0.010 0.020 0.018 0.001 77 D 0.601 0.018 0.029 0.314 0.010 0.009 0.009 0.004 0.003 0.003 0.001 78 N 0.135 0.126 0.087 0.405 0.090 0.028 0.078 0.010 0.040 0.002 0.001 79 F 0.145 0.365 0.258 0.086 0.045 0.047 0.017 0.004 0.029 0.002 0.001 80 K 0.182 0.365 0.218 0.119 0.041 0.033 0.012 0.002 0.026 0.002 0.001 81 S 0.075 0.253 0.266 0.065 0.260 0.027 0.012 0.009 0.013 0.019 0.001 82 K 0.128 0.178 0.220 0.295 0.063 0.023 0.050 0.007 0.034 0.003 0.001 83 G 0.031 0.015 0.066 0.014 0.149 0.002 0.036 0.253 0.002 0.430 0.001 84 R 0.133 0.318 0.253 0.196 0.060 0.015 0.007 0.003 0.013 0.002 0.001 85 G 0.063 0.081 0.144 0.042 0.194 0.008 0.039 0.138 0.005 0.284 0.001 86 F 0.103 0.523 0.156 0.047 0.105 0.025 0.007 0.003 0.026 0.004 0.001 87 N 0.090 0.195 0.214 0.073 0.048 0.158 0.087 0.004 0.125 0.004 0.002 88 W 0.270 0.218 0.186 0.134 0.086 0.043 0.016 0.011 0.019 0.004 0.013 89 A 0.242 0.340 0.177 0.068 0.121 0.018 0.007 0.006 0.012 0.009 0.001 90 N 0.159 0.304 0.166 0.126 0.078 0.070 0.031 0.006 0.051 0.007 0.002 91 F 0.395 0.195 0.124 0.143 0.047 0.043 0.018 0.003 0.028 0.004 0.001 92 D 0.235 0.080 0.183 0.180 0.046 0.150 0.056 0.006 0.054 0.007 0.001 93 S 0.673 0.046 0.043 0.150 0.019 0.017 0.028 0.008 0.011 0.003 0.002 94 V 0.759 0.050 0.041 0.119 0.005 0.008 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 95 K 0.466 0.060 0.096 0.250 0.017 0.014 0.071 0.008 0.013 0.004 0.001 96 K 0.097 0.043 0.068 0.101 0.034 0.019 0.570 0.052 0.013 0.003 0.001 97 K 0.260 0.324 0.217 0.107 0.033 0.028 0.016 0.002 0.011 0.001 0.001 98 C 0.113 0.550 0.217 0.025 0.047 0.025 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 99 Y 0.092 0.674 0.115 0.015 0.048 0.024 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 100 I 0.159 0.427 0.299 0.020 0.010 0.044 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 101 F 0.227 0.371 0.163 0.105 0.059 0.034 0.009 0.001 0.028 0.003 0.001 102 N 0.102 0.099 0.141 0.125 0.054 0.214 0.191 0.015 0.051 0.006 0.002 103 T 0.121 0.366 0.232 0.175 0.051 0.022 0.007 0.002 0.021 0.001 0.001 104 K 0.027 0.398 0.399 0.003 0.041 0.013 0.012 0.001 0.103 0.003 0.001 105 P 0.083 0.014 0.785 0.005 0.001 0.055 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 106 T 0.386 0.214 0.127 0.139 0.058 0.027 0.014 0.005 0.024 0.003 0.001 107 C 0.117 0.409 0.163 0.036 0.176 0.030 0.016 0.003 0.045 0.003 0.002 108 L 0.143 0.373 0.326 0.063 0.013 0.055 0.002 0.001 0.021 0.001 0.003 109 I 0.058 0.613 0.136 0.036 0.051 0.053 0.006 0.001 0.046 0.001 0.001 110 N 0.049 0.212 0.242 0.079 0.105 0.156 0.062 0.005 0.080 0.009 0.001 111 D 0.122 0.067 0.175 0.189 0.046 0.183 0.088 0.011 0.112 0.007 0.002 112 K 0.773 0.021 0.040 0.132 0.007 0.005 0.014 0.004 0.001 0.002 0.001 113 N 0.289 0.018 0.022 0.526 0.006 0.016 0.101 0.011 0.010 0.001 0.001 114 F 0.113 0.452 0.216 0.068 0.093 0.020 0.014 0.003 0.017 0.002 0.001 115 I 0.103 0.674 0.133 0.019 0.025 0.019 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 116 A 0.142 0.388 0.336 0.021 0.041 0.052 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 117 T 0.240 0.455 0.072 0.062 0.104 0.037 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 118 T 0.143 0.555 0.129 0.046 0.098 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 119 A 0.220 0.257 0.336 0.035 0.081 0.030 0.021 0.003 0.015 0.002 0.001 120 L 0.294 0.167 0.265 0.195 0.024 0.033 0.006 0.003 0.013 0.001 0.001 121 S 0.158 0.201 0.316 0.177 0.050 0.040 0.019 0.013 0.018 0.008 0.001 122 H 0.035 0.308 0.343 0.009 0.067 0.017 0.020 0.001 0.192 0.008 0.001 123 P 0.468 0.008 0.448 0.027 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 124 Q 0.468 0.087 0.147 0.203 0.021 0.031 0.016 0.010 0.015 0.002 0.001 125 E 0.337 0.146 0.285 0.113 0.039 0.029 0.014 0.008 0.018 0.009 0.001