# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.64161 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.015 0.019 0.431 0.050 0.017 0.010 0.003 0.001 0.010 0.200 0.107 0.038 0.099 2 G 0.094 0.033 0.293 0.019 0.012 0.009 0.016 0.005 0.029 0.079 0.036 0.177 0.199 3 L 0.174 0.043 0.126 0.010 0.004 0.006 0.038 0.007 0.051 0.033 0.011 0.257 0.240 4 W 0.158 0.028 0.194 0.011 0.008 0.008 0.041 0.012 0.046 0.018 0.019 0.082 0.375 5 V 0.098 0.033 0.124 0.024 0.014 0.012 0.033 0.012 0.040 0.044 0.096 0.343 0.127 6 D 0.012 0.013 0.240 0.027 0.024 0.009 0.003 0.001 0.010 0.160 0.365 0.027 0.109 7 G 0.005 0.006 0.299 0.012 0.014 0.004 0.001 0.001 0.002 0.434 0.174 0.025 0.024 8 N 0.013 0.043 0.555 0.001 0.021 0.005 0.001 0.001 0.005 0.107 0.065 0.088 0.095 9 C 0.021 0.056 0.168 0.005 0.277 0.022 0.003 0.001 0.003 0.078 0.105 0.017 0.245 10 E 0.025 0.006 0.222 0.051 0.235 0.029 0.004 0.001 0.002 0.100 0.177 0.122 0.027 11 E 0.034 0.034 0.178 0.012 0.181 0.048 0.009 0.001 0.004 0.135 0.139 0.028 0.199 12 I 0.002 0.015 0.568 0.006 0.005 0.008 0.001 0.001 0.002 0.291 0.010 0.071 0.021 13 P 0.002 0.007 0.786 0.022 0.007 0.007 0.001 0.001 0.002 0.057 0.043 0.006 0.060 14 Y 0.009 0.035 0.485 0.005 0.038 0.052 0.003 0.001 0.015 0.107 0.107 0.064 0.080 15 V 0.021 0.027 0.357 0.022 0.071 0.070 0.007 0.001 0.023 0.112 0.044 0.025 0.220 16 K 0.014 0.009 0.332 0.020 0.024 0.051 0.007 0.001 0.035 0.091 0.022 0.358 0.038 17 E 0.018 0.032 0.252 0.003 0.019 0.052 0.008 0.002 0.055 0.030 0.018 0.016 0.497 18 V 0.010 0.029 0.438 0.014 0.024 0.041 0.006 0.001 0.036 0.056 0.039 0.252 0.054 19 E 0.005 0.028 0.638 0.003 0.017 0.052 0.002 0.001 0.022 0.048 0.050 0.025 0.109 20 A 0.001 0.007 0.293 0.006 0.153 0.144 0.001 0.001 0.004 0.080 0.288 0.004 0.019 21 E 0.001 0.007 0.162 0.002 0.154 0.125 0.001 0.001 0.002 0.232 0.294 0.017 0.005 22 D 0.001 0.008 0.265 0.002 0.190 0.162 0.001 0.001 0.002 0.157 0.191 0.004 0.018 23 L 0.001 0.012 0.119 0.001 0.168 0.560 0.001 0.001 0.002 0.071 0.041 0.005 0.019 24 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.071 0.854 0.001 0.001 0.001 0.006 0.049 0.002 0.001 25 E 0.003 0.005 0.024 0.001 0.082 0.787 0.002 0.001 0.005 0.016 0.063 0.002 0.007 26 C 0.005 0.007 0.078 0.003 0.058 0.714 0.004 0.003 0.014 0.017 0.081 0.005 0.011 27 N 0.006 0.005 0.155 0.030 0.075 0.463 0.002 0.003 0.014 0.094 0.135 0.009 0.010 28 R 0.035 0.004 0.064 0.035 0.083 0.470 0.010 0.030 0.054 0.094 0.059 0.017 0.044 29 I 0.061 0.008 0.042 0.003 0.035 0.363 0.057 0.116 0.144 0.028 0.030 0.051 0.062 30 V 0.059 0.015 0.064 0.005 0.008 0.192 0.086 0.261 0.186 0.022 0.027 0.034 0.041 31 F 0.025 0.028 0.173 0.013 0.009 0.092 0.039 0.239 0.226 0.023 0.034 0.046 0.052 32 G 0.011 0.013 0.334 0.038 0.027 0.067 0.005 0.038 0.089 0.167 0.150 0.028 0.033 33 A 0.002 0.009 0.238 0.011 0.068 0.040 0.001 0.001 0.013 0.371 0.227 0.005 0.015 34 S 0.002 0.031 0.374 0.002 0.174 0.055 0.001 0.002 0.013 0.130 0.189 0.009 0.017 35 A 0.001 0.041 0.208 0.002 0.350 0.065 0.001 0.002 0.007 0.108 0.197 0.005 0.013 36 S 0.002 0.013 0.234 0.003 0.160 0.051 0.001 0.002 0.005 0.117 0.392 0.009 0.010 37 D 0.002 0.020 0.324 0.002 0.102 0.080 0.001 0.001 0.005 0.249 0.195 0.003 0.014 38 Q 0.001 0.011 0.500 0.001 0.008 0.029 0.001 0.001 0.002 0.421 0.020 0.007 0.001 39 P 0.001 0.007 0.587 0.003 0.036 0.086 0.001 0.001 0.003 0.085 0.172 0.001 0.020 40 T 0.002 0.024 0.282 0.002 0.064 0.214 0.001 0.001 0.004 0.222 0.162 0.017 0.006 41 Q 0.004 0.041 0.325 0.001 0.073 0.335 0.002 0.001 0.013 0.085 0.073 0.007 0.042 42 Y 0.003 0.020 0.251 0.003 0.037 0.538 0.002 0.001 0.006 0.038 0.071 0.014 0.016 43 E 0.003 0.004 0.169 0.002 0.058 0.643 0.001 0.001 0.002 0.035 0.068 0.004 0.011 44 E 0.001 0.003 0.077 0.001 0.085 0.632 0.001 0.001 0.002 0.069 0.113 0.010 0.006 45 E 0.001 0.004 0.090 0.001 0.056 0.708 0.001 0.001 0.002 0.023 0.105 0.003 0.008 46 M 0.001 0.005 0.107 0.001 0.042 0.732 0.001 0.001 0.002 0.033 0.071 0.003 0.004 47 T 0.001 0.005 0.099 0.001 0.047 0.690 0.001 0.001 0.001 0.044 0.106 0.003 0.003 48 D 0.001 0.001 0.056 0.001 0.045 0.766 0.001 0.001 0.001 0.030 0.096 0.001 0.003 49 Y 0.001 0.001 0.025 0.001 0.015 0.942 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 51 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 52 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 53 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 54 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.001 0.001 55 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.931 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.001 0.001 56 F 0.001 0.002 0.032 0.001 0.004 0.937 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.001 0.003 57 R 0.001 0.002 0.036 0.001 0.010 0.904 0.001 0.001 0.002 0.019 0.021 0.003 0.002 58 Q 0.001 0.001 0.015 0.001 0.010 0.898 0.001 0.001 0.002 0.010 0.058 0.001 0.003 59 N 0.001 0.003 0.030 0.001 0.011 0.782 0.001 0.001 0.001 0.020 0.148 0.001 0.002 60 N 0.001 0.003 0.150 0.001 0.008 0.717 0.001 0.001 0.001 0.039 0.079 0.001 0.002 61 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 63 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.015 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 65 K 0.001 0.002 0.010 0.001 0.053 0.882 0.001 0.001 0.001 0.008 0.039 0.001 0.002 66 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.064 0.739 0.001 0.001 0.001 0.011 0.169 0.001 0.002 67 A 0.002 0.004 0.031 0.001 0.057 0.645 0.001 0.001 0.002 0.023 0.228 0.002 0.004 68 F 0.002 0.044 0.277 0.004 0.023 0.336 0.002 0.002 0.017 0.148 0.122 0.003 0.019 69 L 0.001 0.018 0.536 0.006 0.007 0.044 0.001 0.001 0.018 0.294 0.021 0.052 0.004 70 P 0.001 0.029 0.595 0.005 0.034 0.067 0.001 0.002 0.020 0.074 0.112 0.004 0.056 71 V 0.003 0.045 0.275 0.008 0.171 0.129 0.002 0.004 0.016 0.102 0.214 0.011 0.021 72 G 0.004 0.014 0.210 0.015 0.163 0.104 0.002 0.003 0.017 0.204 0.225 0.023 0.016 73 A 0.006 0.016 0.282 0.007 0.135 0.115 0.003 0.004 0.017 0.133 0.214 0.012 0.057 74 F 0.014 0.058 0.332 0.006 0.072 0.123 0.006 0.005 0.015 0.137 0.130 0.056 0.048 75 N 0.011 0.044 0.509 0.007 0.037 0.055 0.002 0.002 0.007 0.108 0.104 0.048 0.066 76 S 0.006 0.019 0.327 0.008 0.096 0.100 0.001 0.001 0.005 0.118 0.231 0.016 0.070 77 D 0.005 0.007 0.225 0.018 0.090 0.072 0.001 0.001 0.001 0.190 0.336 0.037 0.018 78 N 0.006 0.024 0.249 0.007 0.148 0.091 0.001 0.001 0.004 0.189 0.222 0.016 0.043 79 F 0.016 0.062 0.310 0.003 0.093 0.122 0.003 0.010 0.011 0.108 0.099 0.069 0.094 80 K 0.028 0.082 0.227 0.021 0.084 0.131 0.006 0.010 0.010 0.096 0.175 0.034 0.097 81 S 0.009 0.029 0.335 0.015 0.070 0.116 0.003 0.007 0.012 0.143 0.192 0.039 0.031 82 K 0.003 0.017 0.117 0.013 0.030 0.029 0.001 0.001 0.002 0.244 0.516 0.015 0.013 83 G 0.003 0.008 0.271 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.003 0.264 0.398 0.015 0.014 84 R 0.014 0.047 0.389 0.011 0.012 0.003 0.004 0.004 0.016 0.261 0.116 0.061 0.063 85 G 0.061 0.081 0.301 0.016 0.009 0.002 0.018 0.011 0.048 0.101 0.090 0.084 0.177 86 F 0.109 0.077 0.342 0.025 0.008 0.002 0.023 0.006 0.020 0.077 0.019 0.136 0.157 87 N 0.074 0.053 0.354 0.033 0.010 0.002 0.008 0.003 0.019 0.103 0.028 0.175 0.137 88 W 0.062 0.010 0.269 0.034 0.099 0.012 0.008 0.003 0.011 0.090 0.187 0.034 0.182 89 A 0.156 0.013 0.135 0.012 0.089 0.021 0.014 0.005 0.010 0.102 0.249 0.113 0.081 90 N 0.197 0.022 0.167 0.005 0.057 0.023 0.018 0.004 0.007 0.074 0.125 0.120 0.182 91 F 0.132 0.076 0.275 0.008 0.012 0.018 0.008 0.002 0.004 0.149 0.078 0.087 0.152 92 D 0.016 0.019 0.562 0.005 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.102 0.110 0.037 0.124 93 S 0.002 0.003 0.069 0.002 0.035 0.038 0.001 0.001 0.001 0.102 0.730 0.005 0.014 94 V 0.004 0.006 0.072 0.005 0.053 0.048 0.001 0.001 0.001 0.107 0.666 0.024 0.013 95 K 0.006 0.011 0.202 0.007 0.044 0.034 0.001 0.001 0.001 0.336 0.306 0.024 0.029 96 K 0.033 0.012 0.423 0.014 0.018 0.026 0.002 0.001 0.001 0.182 0.131 0.058 0.100 97 K 0.125 0.055 0.162 0.013 0.013 0.029 0.015 0.001 0.004 0.039 0.017 0.106 0.421 98 C 0.297 0.014 0.090 0.059 0.005 0.019 0.030 0.003 0.008 0.017 0.004 0.131 0.324 99 Y 0.425 0.007 0.037 0.028 0.005 0.025 0.049 0.004 0.009 0.009 0.004 0.293 0.105 100 I 0.460 0.007 0.021 0.003 0.007 0.029 0.059 0.008 0.012 0.004 0.007 0.057 0.326 101 F 0.320 0.008 0.059 0.061 0.016 0.049 0.048 0.009 0.015 0.017 0.044 0.254 0.099 102 N 0.154 0.009 0.125 0.023 0.017 0.044 0.021 0.008 0.013 0.112 0.142 0.109 0.222 103 T 0.038 0.014 0.265 0.032 0.011 0.023 0.006 0.002 0.009 0.357 0.098 0.058 0.088 104 K 0.005 0.016 0.484 0.008 0.008 0.015 0.002 0.001 0.008 0.345 0.030 0.048 0.031 105 P 0.005 0.024 0.583 0.035 0.029 0.020 0.003 0.001 0.011 0.117 0.086 0.008 0.078 106 T 0.027 0.040 0.337 0.081 0.059 0.034 0.011 0.008 0.026 0.192 0.066 0.078 0.042 107 C 0.056 0.045 0.210 0.015 0.095 0.085 0.028 0.025 0.091 0.111 0.057 0.043 0.138 108 L 0.094 0.045 0.198 0.016 0.064 0.099 0.067 0.044 0.104 0.038 0.072 0.061 0.096 109 I 0.084 0.063 0.228 0.019 0.030 0.060 0.053 0.052 0.067 0.058 0.087 0.077 0.123 110 N 0.021 0.024 0.341 0.022 0.017 0.056 0.010 0.031 0.033 0.167 0.165 0.045 0.067 111 D 0.003 0.009 0.337 0.010 0.018 0.052 0.001 0.001 0.008 0.373 0.155 0.017 0.016 112 K 0.001 0.005 0.108 0.006 0.047 0.241 0.001 0.001 0.003 0.268 0.310 0.004 0.007 113 N 0.010 0.008 0.217 0.021 0.049 0.203 0.003 0.003 0.008 0.150 0.293 0.017 0.017 114 F 0.084 0.038 0.205 0.005 0.032 0.295 0.033 0.021 0.035 0.052 0.033 0.041 0.126 115 I 0.214 0.030 0.045 0.008 0.013 0.298 0.101 0.060 0.055 0.012 0.015 0.062 0.086 116 A 0.168 0.009 0.039 0.040 0.022 0.440 0.050 0.048 0.041 0.014 0.024 0.056 0.049 117 T 0.123 0.007 0.040 0.010 0.038 0.514 0.029 0.015 0.023 0.024 0.042 0.047 0.089 118 T 0.059 0.009 0.057 0.011 0.060 0.541 0.011 0.011 0.021 0.037 0.086 0.050 0.047 119 A 0.036 0.020 0.121 0.003 0.076 0.464 0.006 0.004 0.011 0.043 0.155 0.014 0.048 120 L 0.015 0.030 0.276 0.006 0.051 0.258 0.005 0.004 0.009 0.098 0.199 0.014 0.035 121 S 0.005 0.032 0.319 0.009 0.036 0.100 0.001 0.001 0.003 0.324 0.138 0.018 0.013 122 H 0.001 0.007 0.658 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.311 0.007 0.002 0.002 123 P 0.001 0.004 0.204 0.001 0.104 0.032 0.001 0.001 0.001 0.083 0.570 0.001 0.002 124 Q 0.001 0.009 0.154 0.001 0.080 0.027 0.001 0.001 0.001 0.067 0.659 0.001 0.002 125 E 0.001 0.015 0.707 0.001 0.060 0.027 0.001 0.001 0.001 0.140 0.045 0.002 0.002