# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.64161 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.111 0.077 0.033 0.085 0.085 0.095 0.137 0.122 0.114 0.082 0.060 2 G 0.223 0.136 0.048 0.122 0.096 0.081 0.084 0.065 0.060 0.051 0.035 3 L 0.073 0.090 0.034 0.124 0.143 0.126 0.142 0.102 0.079 0.053 0.033 4 W 0.029 0.024 0.011 0.047 0.063 0.078 0.140 0.171 0.189 0.148 0.100 5 V 0.045 0.048 0.035 0.094 0.129 0.135 0.171 0.116 0.098 0.070 0.059 6 D 0.126 0.193 0.118 0.249 0.134 0.068 0.057 0.026 0.015 0.008 0.005 7 G 0.252 0.106 0.042 0.101 0.102 0.102 0.112 0.070 0.053 0.036 0.022 8 N 0.234 0.379 0.112 0.170 0.066 0.022 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 9 C 0.010 0.009 0.004 0.017 0.029 0.048 0.147 0.163 0.231 0.186 0.155 10 E 0.274 0.211 0.094 0.199 0.116 0.054 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 11 E 0.237 0.234 0.090 0.197 0.114 0.064 0.042 0.013 0.007 0.003 0.001 12 I 0.009 0.015 0.010 0.041 0.070 0.115 0.199 0.185 0.168 0.117 0.070 13 P 0.591 0.220 0.047 0.068 0.033 0.017 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 14 Y 0.169 0.092 0.057 0.155 0.147 0.126 0.139 0.057 0.034 0.017 0.007 15 V 0.083 0.067 0.032 0.077 0.088 0.097 0.166 0.132 0.123 0.086 0.050 16 K 0.192 0.175 0.139 0.229 0.122 0.068 0.043 0.016 0.009 0.005 0.002 17 E 0.208 0.124 0.134 0.182 0.124 0.091 0.078 0.033 0.016 0.008 0.003 18 V 0.061 0.054 0.053 0.061 0.086 0.125 0.211 0.148 0.105 0.067 0.029 19 E 0.107 0.360 0.225 0.194 0.067 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 20 A 0.105 0.077 0.091 0.137 0.144 0.135 0.159 0.069 0.048 0.024 0.012 21 E 0.691 0.124 0.111 0.052 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.049 0.204 0.145 0.245 0.140 0.102 0.080 0.022 0.010 0.004 0.002 23 L 0.020 0.024 0.032 0.057 0.089 0.168 0.225 0.150 0.120 0.072 0.042 24 R 0.208 0.176 0.257 0.176 0.102 0.049 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 25 E 0.059 0.127 0.346 0.288 0.103 0.047 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 26 C 0.003 0.004 0.020 0.019 0.026 0.048 0.145 0.160 0.211 0.204 0.159 27 N 0.028 0.020 0.054 0.109 0.134 0.189 0.248 0.119 0.059 0.027 0.013 28 R 0.007 0.041 0.328 0.289 0.180 0.099 0.037 0.012 0.005 0.002 0.001 29 I 0.002 0.004 0.017 0.017 0.032 0.079 0.217 0.191 0.180 0.158 0.103 30 V 0.003 0.008 0.022 0.035 0.042 0.050 0.145 0.172 0.203 0.177 0.143 31 F 0.004 0.017 0.045 0.050 0.075 0.091 0.207 0.162 0.146 0.117 0.083 32 G 0.121 0.128 0.251 0.251 0.127 0.060 0.037 0.014 0.008 0.003 0.002 33 A 0.164 0.102 0.077 0.118 0.113 0.119 0.153 0.070 0.046 0.025 0.012 34 S 0.110 0.123 0.058 0.113 0.090 0.081 0.115 0.090 0.096 0.072 0.051 35 A 0.096 0.055 0.042 0.061 0.067 0.091 0.162 0.120 0.130 0.104 0.073 36 S 0.265 0.167 0.101 0.146 0.090 0.067 0.074 0.037 0.026 0.016 0.010 37 D 0.093 0.105 0.068 0.115 0.123 0.119 0.143 0.095 0.069 0.044 0.025 38 Q 0.139 0.216 0.068 0.135 0.119 0.093 0.089 0.052 0.040 0.030 0.018 39 P 0.283 0.140 0.090 0.138 0.107 0.083 0.079 0.034 0.025 0.015 0.007 40 T 0.635 0.121 0.081 0.080 0.039 0.019 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 41 Q 0.203 0.212 0.160 0.217 0.100 0.055 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 42 Y 0.021 0.038 0.066 0.065 0.076 0.138 0.219 0.148 0.113 0.077 0.039 43 E 0.141 0.089 0.283 0.183 0.121 0.088 0.068 0.018 0.007 0.002 0.001 44 E 0.104 0.091 0.581 0.147 0.051 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 45 E 0.035 0.057 0.242 0.158 0.121 0.136 0.149 0.053 0.028 0.015 0.007 46 M 0.011 0.014 0.127 0.053 0.060 0.104 0.251 0.150 0.124 0.071 0.034 47 T 0.063 0.090 0.652 0.120 0.049 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.027 0.146 0.406 0.202 0.100 0.063 0.039 0.010 0.004 0.002 0.001 49 Y 0.011 0.022 0.110 0.066 0.116 0.175 0.276 0.105 0.072 0.033 0.015 50 Q 0.270 0.119 0.381 0.129 0.053 0.025 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.013 0.050 0.338 0.268 0.183 0.091 0.042 0.010 0.003 0.001 0.001 52 I 0.003 0.006 0.044 0.014 0.020 0.036 0.129 0.155 0.226 0.212 0.155 53 Q 0.011 0.031 0.240 0.211 0.211 0.151 0.105 0.025 0.010 0.003 0.001 54 Q 0.037 0.071 0.663 0.156 0.049 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 55 G 0.062 0.068 0.129 0.113 0.131 0.150 0.197 0.076 0.041 0.022 0.011 56 F 0.006 0.009 0.018 0.015 0.021 0.044 0.174 0.165 0.215 0.195 0.138 57 R 0.016 0.068 0.162 0.162 0.193 0.165 0.149 0.047 0.023 0.010 0.005 58 Q 0.169 0.098 0.509 0.129 0.051 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 59 N 0.251 0.178 0.115 0.142 0.125 0.085 0.065 0.019 0.010 0.005 0.003 60 N 0.007 0.032 0.020 0.032 0.035 0.072 0.177 0.161 0.203 0.160 0.100 61 R 0.041 0.042 0.088 0.191 0.246 0.219 0.126 0.029 0.012 0.004 0.002 62 E 0.337 0.116 0.479 0.055 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.001 0.006 0.016 0.062 0.105 0.218 0.345 0.140 0.068 0.028 0.011 64 I 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.011 0.057 0.114 0.230 0.277 0.297 65 K 0.006 0.023 0.359 0.230 0.202 0.120 0.045 0.010 0.004 0.001 0.001 66 S 0.018 0.059 0.520 0.218 0.100 0.056 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 67 A 0.002 0.003 0.004 0.009 0.017 0.043 0.187 0.196 0.222 0.189 0.128 68 F 0.016 0.011 0.012 0.026 0.033 0.063 0.177 0.175 0.190 0.161 0.137 69 L 0.017 0.054 0.147 0.117 0.128 0.116 0.123 0.093 0.090 0.068 0.046 70 P 0.069 0.075 0.080 0.129 0.112 0.137 0.166 0.091 0.068 0.047 0.027 71 V 0.056 0.032 0.015 0.038 0.050 0.064 0.155 0.163 0.167 0.151 0.108 72 G 0.169 0.107 0.050 0.113 0.092 0.093 0.102 0.081 0.083 0.064 0.047 73 A 0.147 0.129 0.074 0.156 0.121 0.097 0.101 0.061 0.053 0.036 0.024 74 F 0.052 0.033 0.025 0.048 0.051 0.072 0.137 0.144 0.168 0.158 0.112 75 N 0.143 0.199 0.080 0.198 0.148 0.086 0.069 0.034 0.022 0.013 0.008 76 S 0.116 0.068 0.043 0.084 0.082 0.088 0.125 0.108 0.120 0.097 0.069 77 D 0.352 0.171 0.087 0.144 0.089 0.059 0.046 0.021 0.015 0.009 0.007 78 N 0.277 0.206 0.087 0.174 0.100 0.058 0.051 0.022 0.014 0.008 0.004 79 F 0.117 0.051 0.027 0.059 0.058 0.078 0.124 0.117 0.128 0.128 0.113 80 K 0.155 0.195 0.103 0.234 0.143 0.077 0.052 0.019 0.011 0.006 0.003 81 S 0.070 0.060 0.053 0.075 0.074 0.086 0.136 0.122 0.133 0.105 0.087 82 K 0.100 0.159 0.088 0.245 0.173 0.099 0.073 0.030 0.017 0.009 0.006 83 G 0.161 0.066 0.036 0.080 0.089 0.100 0.125 0.101 0.100 0.079 0.064 84 R 0.054 0.098 0.061 0.195 0.187 0.136 0.117 0.067 0.046 0.026 0.012 85 G 0.075 0.048 0.038 0.093 0.087 0.104 0.163 0.124 0.118 0.091 0.060 86 F 0.012 0.019 0.020 0.062 0.073 0.094 0.165 0.156 0.161 0.133 0.105 87 N 0.013 0.025 0.025 0.062 0.065 0.089 0.171 0.166 0.168 0.131 0.085 88 W 0.012 0.021 0.020 0.069 0.076 0.089 0.146 0.152 0.163 0.137 0.116 89 A 0.016 0.013 0.014 0.028 0.033 0.048 0.126 0.143 0.207 0.204 0.168 90 N 0.041 0.096 0.050 0.231 0.214 0.139 0.121 0.054 0.033 0.015 0.007 91 F 0.006 0.011 0.008 0.027 0.033 0.052 0.120 0.141 0.214 0.213 0.174 92 D 0.081 0.122 0.088 0.202 0.158 0.118 0.112 0.052 0.036 0.019 0.012 93 S 0.197 0.197 0.093 0.179 0.121 0.084 0.076 0.029 0.015 0.007 0.003 94 V 0.193 0.166 0.072 0.155 0.099 0.094 0.097 0.052 0.035 0.022 0.014 95 K 0.217 0.182 0.088 0.229 0.146 0.073 0.041 0.013 0.007 0.003 0.001 96 K 0.205 0.140 0.123 0.199 0.121 0.086 0.073 0.030 0.015 0.006 0.003 97 K 0.024 0.085 0.093 0.290 0.230 0.154 0.083 0.025 0.011 0.004 0.002 98 C 0.002 0.002 0.004 0.009 0.015 0.036 0.132 0.199 0.244 0.222 0.136 99 Y 0.007 0.031 0.055 0.231 0.253 0.191 0.136 0.052 0.026 0.012 0.005 100 I 0.001 0.006 0.015 0.019 0.026 0.042 0.126 0.158 0.238 0.216 0.151 101 F 0.004 0.009 0.012 0.063 0.092 0.114 0.215 0.175 0.153 0.095 0.068 102 N 0.099 0.131 0.077 0.168 0.135 0.108 0.137 0.072 0.044 0.020 0.010 103 T 0.164 0.131 0.071 0.219 0.163 0.103 0.077 0.036 0.020 0.010 0.005 104 K 0.192 0.275 0.082 0.215 0.120 0.059 0.035 0.012 0.006 0.003 0.001 105 P 0.011 0.013 0.006 0.031 0.052 0.075 0.171 0.174 0.198 0.156 0.111 106 T 0.068 0.145 0.078 0.223 0.171 0.131 0.097 0.041 0.024 0.013 0.009 107 C 0.007 0.013 0.007 0.035 0.053 0.088 0.202 0.200 0.181 0.138 0.075 108 L 0.012 0.016 0.014 0.053 0.060 0.084 0.159 0.158 0.173 0.143 0.127 109 I 0.006 0.007 0.006 0.019 0.026 0.042 0.113 0.141 0.214 0.218 0.207 110 N 0.026 0.070 0.058 0.202 0.179 0.135 0.135 0.078 0.059 0.034 0.023 111 D 0.071 0.097 0.044 0.128 0.133 0.131 0.160 0.100 0.072 0.043 0.022 112 K 0.263 0.149 0.079 0.189 0.146 0.081 0.053 0.021 0.011 0.005 0.003 113 N 0.215 0.199 0.102 0.203 0.116 0.073 0.051 0.019 0.012 0.006 0.004 114 F 0.011 0.024 0.020 0.074 0.098 0.143 0.208 0.154 0.128 0.087 0.053 115 I 0.019 0.023 0.019 0.041 0.049 0.066 0.144 0.157 0.182 0.163 0.136 116 A 0.019 0.013 0.023 0.041 0.048 0.068 0.155 0.155 0.178 0.162 0.137 117 T 0.022 0.040 0.067 0.135 0.127 0.136 0.158 0.105 0.097 0.066 0.047 118 T 0.019 0.034 0.037 0.075 0.078 0.096 0.162 0.154 0.153 0.117 0.075 119 A 0.028 0.023 0.025 0.042 0.047 0.060 0.134 0.146 0.190 0.178 0.127 120 L 0.026 0.025 0.037 0.053 0.058 0.070 0.148 0.134 0.177 0.161 0.111 121 S 0.050 0.078 0.058 0.133 0.139 0.130 0.155 0.101 0.079 0.048 0.028 122 H 0.081 0.110 0.061 0.123 0.111 0.112 0.136 0.100 0.079 0.056 0.031 123 P 0.389 0.152 0.066 0.105 0.077 0.061 0.059 0.035 0.026 0.018 0.010 124 Q 0.474 0.182 0.057 0.107 0.067 0.041 0.035 0.017 0.011 0.006 0.003 125 E 0.266 0.107 0.037 0.084 0.070 0.064 0.098 0.083 0.081 0.064 0.045