# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.64161 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.053 0.009 0.023 0.034 0.074 0.332 0.475 2 G 0.105 0.015 0.022 0.012 0.142 0.349 0.354 3 L 0.314 0.057 0.012 0.009 0.096 0.028 0.485 4 W 0.554 0.063 0.011 0.005 0.044 0.023 0.300 5 V 0.508 0.056 0.016 0.006 0.077 0.099 0.237 6 D 0.244 0.021 0.012 0.004 0.230 0.166 0.323 7 G 0.138 0.016 0.014 0.005 0.413 0.104 0.309 8 N 0.166 0.050 0.025 0.011 0.159 0.088 0.501 9 C 0.186 0.039 0.172 0.026 0.124 0.108 0.344 10 E 0.216 0.039 0.159 0.031 0.131 0.156 0.268 11 E 0.255 0.029 0.158 0.043 0.161 0.109 0.244 12 I 0.215 0.020 0.019 0.031 0.189 0.009 0.517 13 P 0.187 0.008 0.017 0.030 0.041 0.021 0.696 14 Y 0.404 0.036 0.038 0.095 0.080 0.054 0.293 15 V 0.408 0.020 0.058 0.152 0.051 0.058 0.254 16 K 0.490 0.008 0.059 0.138 0.065 0.057 0.183 17 E 0.547 0.016 0.035 0.106 0.056 0.050 0.190 18 V 0.408 0.049 0.018 0.044 0.136 0.033 0.311 19 E 0.250 0.020 0.023 0.029 0.070 0.048 0.561 20 A 0.046 0.010 0.220 0.144 0.102 0.186 0.292 21 E 0.035 0.010 0.227 0.126 0.189 0.263 0.151 22 D 0.044 0.034 0.240 0.117 0.168 0.119 0.278 23 L 0.009 0.004 0.381 0.490 0.011 0.056 0.049 24 R 0.012 0.003 0.333 0.533 0.016 0.072 0.030 25 E 0.021 0.007 0.302 0.489 0.020 0.092 0.070 26 C 0.043 0.012 0.287 0.456 0.024 0.069 0.110 27 N 0.092 0.007 0.184 0.428 0.098 0.089 0.102 28 R 0.258 0.004 0.110 0.387 0.065 0.095 0.079 29 I 0.498 0.010 0.024 0.261 0.046 0.037 0.124 30 V 0.605 0.052 0.011 0.165 0.022 0.026 0.119 31 F 0.410 0.043 0.016 0.117 0.045 0.093 0.275 32 G 0.122 0.010 0.028 0.035 0.210 0.319 0.276 33 A 0.155 0.014 0.032 0.024 0.278 0.192 0.305 34 S 0.156 0.051 0.056 0.021 0.124 0.085 0.507 35 A 0.098 0.023 0.250 0.047 0.148 0.205 0.230 36 S 0.068 0.011 0.198 0.050 0.158 0.296 0.219 37 D 0.084 0.040 0.137 0.073 0.233 0.142 0.291 38 Q 0.069 0.012 0.011 0.033 0.315 0.021 0.539 39 P 0.065 0.011 0.038 0.182 0.058 0.054 0.591 40 T 0.103 0.018 0.051 0.349 0.127 0.077 0.274 41 Q 0.161 0.024 0.046 0.463 0.074 0.065 0.166 42 Y 0.182 0.011 0.032 0.572 0.038 0.044 0.121 43 E 0.153 0.012 0.058 0.518 0.042 0.048 0.168 44 E 0.081 0.008 0.082 0.442 0.132 0.118 0.136 45 E 0.085 0.012 0.066 0.396 0.080 0.150 0.211 46 M 0.043 0.012 0.053 0.548 0.072 0.050 0.223 47 T 0.039 0.007 0.045 0.596 0.038 0.082 0.193 48 D 0.022 0.006 0.031 0.723 0.051 0.068 0.100 49 Y 0.002 0.001 0.013 0.938 0.005 0.020 0.020 50 Q 0.001 0.001 0.007 0.973 0.004 0.008 0.006 51 K 0.002 0.001 0.008 0.976 0.001 0.005 0.008 52 I 0.002 0.001 0.005 0.980 0.002 0.004 0.007 53 Q 0.002 0.001 0.002 0.986 0.002 0.005 0.003 54 Q 0.001 0.001 0.002 0.966 0.003 0.026 0.002 55 G 0.001 0.001 0.003 0.934 0.005 0.046 0.010 56 F 0.003 0.002 0.005 0.929 0.011 0.026 0.024 57 R 0.006 0.002 0.013 0.907 0.009 0.037 0.026 58 Q 0.002 0.001 0.018 0.889 0.017 0.059 0.014 59 N 0.002 0.004 0.016 0.785 0.028 0.118 0.048 60 N 0.003 0.004 0.022 0.687 0.033 0.078 0.174 61 R 0.001 0.001 0.032 0.934 0.004 0.018 0.011 62 E 0.001 0.001 0.053 0.921 0.003 0.017 0.005 63 M 0.001 0.001 0.054 0.916 0.003 0.018 0.006 64 I 0.001 0.002 0.033 0.937 0.003 0.020 0.004 65 K 0.001 0.001 0.041 0.878 0.004 0.072 0.003 66 S 0.002 0.001 0.088 0.647 0.008 0.248 0.008 67 A 0.007 0.006 0.086 0.532 0.029 0.278 0.062 68 F 0.039 0.023 0.108 0.231 0.155 0.255 0.188 69 L 0.112 0.015 0.028 0.032 0.487 0.046 0.280 70 P 0.243 0.039 0.031 0.024 0.090 0.058 0.515 71 V 0.157 0.042 0.132 0.068 0.147 0.147 0.307 72 G 0.180 0.019 0.121 0.041 0.237 0.163 0.239 73 A 0.209 0.021 0.096 0.040 0.135 0.081 0.418 74 F 0.262 0.084 0.040 0.050 0.121 0.074 0.371 75 N 0.197 0.023 0.026 0.026 0.094 0.087 0.546 76 S 0.138 0.017 0.076 0.055 0.186 0.251 0.277 77 D 0.117 0.012 0.081 0.047 0.197 0.341 0.205 78 N 0.180 0.020 0.103 0.049 0.263 0.174 0.212 79 F 0.366 0.050 0.048 0.039 0.122 0.066 0.309 80 K 0.404 0.048 0.043 0.034 0.080 0.081 0.310 81 S 0.362 0.061 0.035 0.029 0.096 0.133 0.284 82 K 0.157 0.019 0.018 0.021 0.168 0.427 0.190 83 G 0.093 0.008 0.016 0.009 0.386 0.228 0.260 84 R 0.199 0.027 0.035 0.028 0.224 0.188 0.299 85 G 0.326 0.053 0.040 0.030 0.151 0.144 0.257 86 F 0.374 0.042 0.045 0.028 0.131 0.076 0.303 87 N 0.410 0.029 0.039 0.030 0.105 0.054 0.333 88 W 0.400 0.022 0.103 0.102 0.078 0.106 0.189 89 A 0.365 0.031 0.089 0.100 0.074 0.126 0.216 90 N 0.373 0.023 0.058 0.102 0.066 0.091 0.287 91 F 0.322 0.032 0.061 0.139 0.095 0.064 0.287 92 D 0.192 0.021 0.092 0.126 0.127 0.148 0.295 93 S 0.094 0.007 0.200 0.156 0.127 0.282 0.134 94 V 0.109 0.015 0.143 0.206 0.114 0.282 0.131 95 K 0.103 0.014 0.134 0.078 0.125 0.360 0.185 96 K 0.156 0.010 0.062 0.052 0.222 0.309 0.189 97 K 0.477 0.031 0.038 0.062 0.090 0.087 0.214 98 C 0.712 0.033 0.023 0.031 0.042 0.017 0.142 99 Y 0.702 0.008 0.044 0.043 0.053 0.030 0.119 100 I 0.764 0.013 0.058 0.047 0.023 0.042 0.052 101 F 0.646 0.016 0.063 0.056 0.031 0.073 0.114 102 N 0.454 0.011 0.030 0.032 0.135 0.139 0.198 103 T 0.270 0.017 0.013 0.018 0.363 0.074 0.246 104 K 0.182 0.014 0.002 0.002 0.336 0.007 0.457 105 P 0.188 0.011 0.027 0.013 0.149 0.130 0.482 106 T 0.388 0.021 0.056 0.014 0.195 0.131 0.195 107 C 0.630 0.019 0.073 0.019 0.058 0.031 0.168 108 L 0.757 0.013 0.041 0.032 0.042 0.024 0.091 109 I 0.608 0.021 0.051 0.060 0.036 0.066 0.158 110 N 0.366 0.029 0.027 0.088 0.076 0.117 0.297 111 D 0.137 0.011 0.015 0.067 0.176 0.065 0.530 112 K 0.019 0.002 0.036 0.203 0.087 0.617 0.036 113 N 0.035 0.002 0.022 0.181 0.106 0.606 0.048 114 F 0.376 0.040 0.017 0.243 0.088 0.056 0.180 115 I 0.683 0.012 0.003 0.217 0.016 0.009 0.062 116 A 0.751 0.004 0.004 0.198 0.008 0.006 0.029 117 T 0.681 0.005 0.010 0.265 0.008 0.009 0.022 118 T 0.566 0.004 0.020 0.348 0.012 0.017 0.033 119 A 0.579 0.005 0.069 0.243 0.021 0.037 0.044 120 L 0.444 0.019 0.081 0.185 0.077 0.076 0.119 121 S 0.216 0.024 0.046 0.194 0.175 0.101 0.244 122 H 0.040 0.015 0.011 0.022 0.366 0.013 0.534 123 P 0.008 0.007 0.181 0.115 0.108 0.331 0.250 124 Q 0.009 0.006 0.241 0.096 0.103 0.425 0.121 125 E 0.018 0.009 0.122 0.058 0.173 0.065 0.555