# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.64161 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.079 0.115 0.170 0.236 0.097 0.015 0.191 0.051 0.025 0.021 0.001 2 G 0.031 0.034 0.101 0.014 0.198 0.003 0.045 0.231 0.002 0.342 0.001 3 L 0.061 0.534 0.280 0.028 0.054 0.022 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 4 W 0.053 0.294 0.482 0.025 0.032 0.076 0.008 0.003 0.021 0.004 0.001 5 V 0.103 0.551 0.127 0.067 0.061 0.034 0.007 0.001 0.047 0.002 0.001 6 D 0.090 0.117 0.280 0.166 0.075 0.059 0.131 0.017 0.050 0.011 0.004 7 G 0.036 0.019 0.071 0.022 0.190 0.002 0.035 0.336 0.001 0.287 0.001 8 N 0.111 0.176 0.312 0.183 0.078 0.056 0.038 0.007 0.032 0.006 0.002 9 C 0.193 0.212 0.333 0.066 0.109 0.029 0.020 0.013 0.015 0.010 0.001 10 E 0.577 0.124 0.127 0.130 0.014 0.015 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 11 E 0.300 0.157 0.279 0.169 0.022 0.035 0.013 0.003 0.019 0.002 0.002 12 I 0.043 0.347 0.307 0.004 0.017 0.023 0.012 0.001 0.246 0.001 0.001 13 P 0.178 0.007 0.768 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 14 Y 0.377 0.187 0.254 0.055 0.054 0.028 0.013 0.014 0.010 0.007 0.001 15 V 0.323 0.361 0.175 0.062 0.042 0.018 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 16 K 0.333 0.322 0.167 0.068 0.040 0.030 0.013 0.001 0.025 0.001 0.001 17 E 0.245 0.352 0.287 0.021 0.034 0.040 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 18 V 0.391 0.324 0.100 0.093 0.040 0.022 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 19 E 0.092 0.259 0.442 0.017 0.065 0.065 0.007 0.001 0.046 0.004 0.001 20 A 0.867 0.020 0.048 0.034 0.009 0.012 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 21 E 0.864 0.004 0.010 0.107 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 22 D 0.571 0.035 0.065 0.188 0.033 0.040 0.013 0.002 0.049 0.002 0.001 23 L 0.933 0.004 0.007 0.048 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.977 0.002 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.856 0.003 0.006 0.129 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 C 0.815 0.008 0.052 0.113 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 27 N 0.814 0.006 0.021 0.103 0.003 0.004 0.032 0.013 0.002 0.001 0.001 28 R 0.504 0.235 0.116 0.084 0.036 0.008 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 29 I 0.304 0.360 0.265 0.019 0.009 0.028 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 30 V 0.272 0.424 0.150 0.053 0.009 0.052 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 31 F 0.102 0.378 0.147 0.112 0.096 0.050 0.026 0.003 0.082 0.003 0.001 32 G 0.182 0.097 0.192 0.090 0.183 0.020 0.060 0.079 0.008 0.089 0.001 33 A 0.142 0.264 0.217 0.107 0.182 0.030 0.030 0.007 0.015 0.005 0.001 34 S 0.096 0.251 0.427 0.042 0.123 0.025 0.006 0.004 0.018 0.007 0.001 35 A 0.614 0.083 0.128 0.090 0.031 0.022 0.009 0.006 0.013 0.004 0.001 36 S 0.667 0.044 0.061 0.191 0.015 0.005 0.005 0.003 0.003 0.007 0.001 37 D 0.252 0.033 0.056 0.447 0.014 0.046 0.109 0.009 0.031 0.001 0.001 38 Q 0.078 0.267 0.341 0.007 0.009 0.034 0.026 0.001 0.237 0.001 0.001 39 P 0.253 0.006 0.665 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 40 T 0.693 0.077 0.117 0.047 0.021 0.016 0.012 0.008 0.005 0.002 0.001 41 Q 0.632 0.102 0.123 0.077 0.026 0.016 0.010 0.004 0.008 0.002 0.001 42 Y 0.661 0.093 0.072 0.093 0.029 0.018 0.013 0.003 0.015 0.005 0.001 43 E 0.877 0.024 0.036 0.037 0.007 0.009 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 44 E 0.905 0.017 0.037 0.029 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.764 0.013 0.039 0.149 0.004 0.014 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 46 M 0.728 0.033 0.087 0.098 0.003 0.031 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 47 T 0.874 0.020 0.036 0.054 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.749 0.013 0.043 0.146 0.009 0.017 0.008 0.004 0.009 0.003 0.001 49 Y 0.903 0.008 0.024 0.053 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 50 Q 0.965 0.003 0.008 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.973 0.004 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 I 0.926 0.011 0.013 0.041 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.931 0.016 0.022 0.021 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.839 0.013 0.039 0.098 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 55 G 0.573 0.002 0.015 0.021 0.012 0.001 0.022 0.217 0.001 0.135 0.001 56 F 0.894 0.010 0.036 0.036 0.002 0.012 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 57 R 0.860 0.034 0.033 0.055 0.003 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 58 Q 0.817 0.030 0.039 0.084 0.009 0.008 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 59 N 0.441 0.029 0.062 0.349 0.014 0.028 0.051 0.005 0.017 0.002 0.001 60 N 0.413 0.023 0.066 0.186 0.010 0.124 0.110 0.006 0.056 0.005 0.001 61 R 0.957 0.004 0.009 0.024 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.970 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.972 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.963 0.002 0.003 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.986 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 S 0.879 0.006 0.007 0.102 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.727 0.012 0.025 0.210 0.005 0.002 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 68 F 0.382 0.088 0.160 0.234 0.017 0.028 0.042 0.013 0.031 0.005 0.001 69 L 0.144 0.231 0.448 0.008 0.030 0.022 0.032 0.002 0.073 0.010 0.001 70 P 0.298 0.010 0.581 0.009 0.001 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 71 V 0.372 0.148 0.171 0.234 0.015 0.031 0.005 0.002 0.019 0.001 0.002 72 G 0.140 0.057 0.097 0.039 0.283 0.006 0.043 0.129 0.006 0.198 0.001 73 A 0.265 0.179 0.219 0.182 0.059 0.043 0.018 0.007 0.019 0.004 0.005 74 F 0.144 0.406 0.198 0.111 0.083 0.026 0.007 0.003 0.019 0.003 0.001 75 N 0.063 0.218 0.257 0.105 0.092 0.118 0.058 0.011 0.069 0.009 0.001 76 S 0.427 0.121 0.206 0.085 0.067 0.031 0.014 0.011 0.019 0.018 0.001 77 D 0.604 0.018 0.029 0.313 0.009 0.009 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 78 N 0.139 0.122 0.086 0.408 0.086 0.028 0.078 0.010 0.039 0.002 0.001 79 F 0.149 0.359 0.258 0.088 0.044 0.048 0.017 0.005 0.029 0.002 0.001 80 K 0.186 0.362 0.217 0.120 0.041 0.032 0.012 0.002 0.026 0.002 0.001 81 S 0.078 0.255 0.265 0.066 0.256 0.027 0.012 0.009 0.013 0.019 0.001 82 K 0.129 0.179 0.220 0.293 0.063 0.022 0.050 0.007 0.034 0.003 0.001 83 G 0.032 0.016 0.067 0.014 0.150 0.003 0.037 0.256 0.002 0.423 0.001 84 R 0.133 0.321 0.249 0.196 0.061 0.015 0.007 0.003 0.013 0.002 0.001 85 G 0.064 0.082 0.145 0.042 0.195 0.008 0.039 0.137 0.006 0.282 0.001 86 F 0.104 0.525 0.156 0.047 0.103 0.025 0.007 0.003 0.026 0.004 0.001 87 N 0.090 0.193 0.214 0.074 0.048 0.160 0.087 0.004 0.124 0.004 0.002 88 W 0.273 0.216 0.184 0.136 0.086 0.042 0.016 0.011 0.019 0.004 0.012 89 A 0.244 0.336 0.179 0.068 0.121 0.017 0.007 0.006 0.011 0.009 0.001 90 N 0.162 0.297 0.168 0.127 0.076 0.072 0.032 0.007 0.052 0.007 0.002 91 F 0.409 0.186 0.122 0.143 0.045 0.042 0.018 0.003 0.028 0.004 0.001 92 D 0.251 0.078 0.173 0.191 0.044 0.142 0.055 0.006 0.051 0.007 0.001 93 S 0.652 0.052 0.048 0.156 0.021 0.018 0.028 0.008 0.012 0.003 0.002 94 V 0.750 0.053 0.043 0.120 0.005 0.009 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 95 K 0.462 0.062 0.098 0.247 0.018 0.014 0.073 0.009 0.013 0.004 0.001 96 K 0.102 0.048 0.073 0.105 0.036 0.020 0.547 0.051 0.014 0.003 0.001 97 K 0.258 0.325 0.219 0.106 0.032 0.028 0.017 0.002 0.012 0.001 0.001 98 C 0.114 0.546 0.218 0.026 0.047 0.025 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 99 Y 0.092 0.673 0.116 0.015 0.048 0.024 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 100 I 0.159 0.425 0.301 0.021 0.010 0.044 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 101 F 0.226 0.371 0.164 0.105 0.059 0.034 0.009 0.001 0.028 0.003 0.001 102 N 0.102 0.099 0.141 0.125 0.054 0.212 0.192 0.016 0.051 0.006 0.002 103 T 0.121 0.367 0.232 0.174 0.051 0.022 0.007 0.002 0.021 0.001 0.001 104 K 0.026 0.398 0.399 0.003 0.040 0.013 0.012 0.001 0.105 0.003 0.001 105 P 0.081 0.014 0.787 0.005 0.001 0.054 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 106 T 0.382 0.217 0.129 0.138 0.059 0.027 0.014 0.005 0.024 0.003 0.001 107 C 0.115 0.410 0.164 0.035 0.176 0.030 0.016 0.003 0.045 0.003 0.002 108 L 0.142 0.375 0.325 0.063 0.013 0.054 0.002 0.001 0.021 0.001 0.003 109 I 0.058 0.613 0.136 0.036 0.051 0.053 0.006 0.001 0.046 0.001 0.001 110 N 0.050 0.212 0.242 0.079 0.105 0.155 0.062 0.005 0.081 0.009 0.001 111 D 0.126 0.066 0.171 0.192 0.046 0.179 0.090 0.011 0.110 0.007 0.002 112 K 0.770 0.022 0.040 0.134 0.007 0.005 0.014 0.004 0.001 0.002 0.001 113 N 0.289 0.019 0.023 0.521 0.006 0.017 0.103 0.011 0.010 0.001 0.001 114 F 0.115 0.450 0.217 0.068 0.093 0.020 0.014 0.003 0.017 0.002 0.001 115 I 0.105 0.673 0.132 0.019 0.025 0.019 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 116 A 0.143 0.388 0.335 0.021 0.042 0.051 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 117 T 0.239 0.455 0.073 0.062 0.106 0.036 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 118 T 0.142 0.559 0.127 0.046 0.098 0.014 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 119 A 0.219 0.261 0.339 0.033 0.080 0.029 0.019 0.003 0.015 0.002 0.001 120 L 0.301 0.167 0.256 0.197 0.024 0.032 0.005 0.003 0.013 0.001 0.001 121 S 0.152 0.207 0.325 0.169 0.050 0.041 0.018 0.012 0.017 0.008 0.001 122 H 0.035 0.302 0.337 0.010 0.065 0.017 0.020 0.001 0.205 0.008 0.001 123 P 0.510 0.007 0.410 0.029 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 124 Q 0.439 0.072 0.135 0.240 0.020 0.035 0.024 0.014 0.017 0.002 0.001 125 E 0.337 0.143 0.284 0.123 0.036 0.028 0.015 0.008 0.018 0.008 0.001