This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 215 NATAA F A 2 216 NATAA G A 3 217 NATAA L A 4 218 NATAA W A 5 219 NATAA V A 6 220 NATAA D A 7 221 NATAA G A 8 222 NATAA N A 9 223 NATRO C A 10 224 NATAA E A 11 225 NATAA E A 12 226 NATAA I A 13 227 NATRO P A 14 228 NATAA Y A 15 229 NATAA V A 16 230 NATAA K A 17 231 NATAA E A 18 232 NATAA V A 19 233 NATAA E A 20 234 NATAA A A 21 235 NATAA E A 22 236 NATAA D A 23 237 NATAA L A 24 238 NATAA R A 25 239 NATAA E A 26 240 NATRO C A 27 241 NATAA N A 28 242 NATAA R A 29 243 NATAA I A 30 244 NATAA V A 31 245 NATAA F A 32 246 NATAA G A 33 247 NATAA A A 34 248 NATAA S A 35 249 NATAA A A 36 250 NATAA S A 37 251 NATAA D A 38 252 NATAA Q A 39 253 NATRO P A 40 254 NATAA T A 41 255 NATAA Q A 42 256 NATAA Y A 43 257 NATAA E A 44 258 NATAA E A 45 259 NATAA E A 46 260 NATAA M A 47 261 NATAA T A 48 262 NATAA D A 49 263 NATAA Y A 50 264 NATAA Q A 51 265 NATAA K A 52 266 NATAA I A 53 267 NATAA Q A 54 268 NATAA Q A 55 269 NATAA G A 56 270 NATAA F A 57 271 NATAA R A 58 272 NATAA Q A 59 273 NATAA N A 60 274 NATAA N A 61 275 NATAA R A 62 276 NATAA E A 63 277 NATAA M A 64 278 NATAA I A 65 279 NATAA K A 66 280 NATAA S A 67 281 NATAA A A 68 282 NATAA F A 69 283 NATAA L A 70 284 NATRO P A 71 285 NATAA V A 72 286 NATAA G A 73 287 NATAA A A 74 288 NATAA F A 75 289 NATAA N A 76 290 NATAA S A 77 291 NATAA D A 78 292 NATAA N A 79 293 NATAA F A 80 294 NATAA K A 81 295 NATAA S A 82 296 NATAA K A 83 297 NATAA G A 84 298 NATAA R A 85 299 NATAA G A 86 300 NATAA F A 87 301 NATAA N A 88 302 NATAA W A 89 303 NATAA A A 90 304 NATAA N A 91 305 NATAA F A 92 306 NATAA D A 93 307 NATAA S A 94 308 NATAA V A 95 309 NATAA K A 96 310 NATAA K A 97 311 NATAA K A 98 312 NATRO C A 99 313 NATAA Y A 100 314 NATAA I A 101 315 NATAA F A 102 316 NATAA N A 103 317 NATAA T A 104 318 NATAA K A 105 319 NATRO P A 106 320 NATAA T A 107 321 NATRO C A 108 322 NATAA L A 109 323 NATAA I A 110 324 NATAA N A 111 325 NATAA D A 112 326 NATAA K A 113 327 NATAA N A 114 328 NATAA F A 115 329 NATAA I A 116 330 NATAA A A 117 331 NATAA T A 118 332 NATAA T A 119 333 NATAA A A 120 334 NATAA L A 121 335 NATAA S A 122 336 NATAA H A 123 337 NATRO P A 124 338 NATAA Q A 125 339 NATAA E