# TARGET T0237 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.029 0.002 0.003 0.011 0.093 0.862 2 T 0.190 0.053 0.011 0.038 0.098 0.609 3 V 0.240 0.031 0.013 0.041 0.126 0.549 4 E 0.221 0.022 0.028 0.068 0.201 0.461 5 R 0.115 0.024 0.036 0.077 0.260 0.487 6 S 0.059 0.015 0.142 0.079 0.473 0.232 7 T 0.044 0.014 0.194 0.051 0.514 0.183 8 R 0.040 0.009 0.152 0.042 0.559 0.197 9 M 0.031 0.023 0.049 0.044 0.653 0.199 10 S 0.016 0.009 0.021 0.089 0.480 0.386 11 N 0.044 0.046 0.004 0.071 0.339 0.496 12 P 0.009 0.007 0.007 0.806 0.092 0.080 13 W 0.002 0.001 0.003 0.969 0.014 0.011 14 K 0.003 0.001 0.004 0.979 0.011 0.003 15 A 0.003 0.001 0.004 0.983 0.008 0.002 16 F 0.002 0.001 0.004 0.979 0.009 0.004 17 M 0.002 0.001 0.005 0.963 0.019 0.010 18 E 0.002 0.001 0.006 0.957 0.020 0.015 19 K 0.004 0.007 0.011 0.872 0.068 0.038 20 Y 0.008 0.011 0.008 0.689 0.178 0.106 21 D 0.019 0.024 0.011 0.194 0.400 0.351 22 I 0.015 0.012 0.010 0.136 0.466 0.361 23 E 0.010 0.006 0.012 0.087 0.347 0.538 24 R 0.014 0.015 0.033 0.101 0.384 0.452 25 T 0.025 0.029 0.086 0.048 0.517 0.293 26 H 0.037 0.021 0.109 0.054 0.454 0.326 27 S 0.036 0.010 0.040 0.010 0.438 0.466 28 S 0.058 0.014 0.036 0.012 0.420 0.460 29 G 0.116 0.010 0.024 0.014 0.430 0.406 30 V 0.511 0.013 0.019 0.023 0.229 0.204 31 R 0.784 0.015 0.007 0.011 0.083 0.100 32 V 0.781 0.019 0.006 0.012 0.078 0.104 33 D 0.620 0.015 0.012 0.010 0.242 0.101 34 L 0.304 0.018 0.033 0.013 0.475 0.156 35 G 0.075 0.007 0.024 0.007 0.795 0.092 36 E 0.053 0.009 0.041 0.011 0.801 0.084 37 D 0.131 0.012 0.023 0.015 0.561 0.258 38 A 0.346 0.037 0.039 0.027 0.402 0.150 39 E 0.620 0.020 0.013 0.020 0.137 0.190 40 V 0.658 0.040 0.027 0.023 0.168 0.085 41 E 0.278 0.010 0.030 0.024 0.503 0.155 42 N 0.134 0.005 0.049 0.019 0.646 0.147 43 A 0.155 0.008 0.040 0.021 0.584 0.192 44 K 0.330 0.025 0.030 0.018 0.301 0.296 45 Y 0.604 0.056 0.010 0.013 0.085 0.231 46 R 0.621 0.034 0.006 0.007 0.053 0.279 47 I 0.440 0.042 0.008 0.007 0.110 0.392 48 P 0.314 0.024 0.013 0.005 0.442 0.202 49 A 0.228 0.011 0.011 0.004 0.547 0.200 50 G 0.137 0.016 0.013 0.004 0.674 0.156 51 R 0.288 0.066 0.009 0.004 0.458 0.176 52 C 0.301 0.023 0.008 0.005 0.294 0.370 53 P 0.274 0.038 0.013 0.006 0.307 0.362 54 V 0.225 0.046 0.019 0.006 0.538 0.166 55 F 0.202 0.018 0.024 0.006 0.595 0.155 56 G 0.172 0.006 0.015 0.004 0.626 0.176 57 K 0.486 0.018 0.009 0.005 0.334 0.149 58 G 0.757 0.009 0.003 0.009 0.079 0.143 59 I 0.865 0.013 0.002 0.016 0.036 0.068 60 V 0.887 0.014 0.003 0.018 0.031 0.047 61 I 0.790 0.010 0.009 0.025 0.095 0.072 62 E 0.520 0.006 0.024 0.041 0.267 0.142 63 N 0.260 0.013 0.038 0.050 0.387 0.251 64 S 0.160 0.058 0.026 0.037 0.368 0.351 65 D 0.068 0.013 0.017 0.027 0.392 0.483 66 V 0.031 0.007 0.264 0.144 0.414 0.139 67 S 0.039 0.011 0.257 0.198 0.410 0.085 68 F 0.061 0.015 0.250 0.301 0.313 0.060 69 L 0.112 0.009 0.064 0.197 0.343 0.275 70 R 0.326 0.037 0.035 0.114 0.224 0.265 71 P 0.436 0.034 0.032 0.105 0.172 0.219 72 V 0.344 0.034 0.031 0.116 0.248 0.227 73 A 0.292 0.016 0.050 0.131 0.294 0.216 74 T 0.143 0.008 0.120 0.127 0.381 0.222 75 G 0.075 0.006 0.056 0.041 0.409 0.413 76 D 0.068 0.012 0.040 0.025 0.282 0.573 77 Q 0.155 0.049 0.023 0.019 0.222 0.533 78 K 0.266 0.025 0.012 0.010 0.139 0.549 79 L 0.378 0.030 0.013 0.010 0.134 0.433 80 K 0.395 0.081 0.016 0.009 0.327 0.172 81 D 0.328 0.022 0.014 0.011 0.368 0.258 82 G 0.168 0.002 0.018 0.010 0.501 0.300 83 G 0.259 0.060 0.012 0.004 0.368 0.297 84 F 0.309 0.097 0.008 0.006 0.177 0.404 85 A 0.212 0.054 0.010 0.007 0.200 0.518 86 F 0.098 0.094 0.010 0.005 0.211 0.581 87 P 0.053 0.081 0.017 0.006 0.690 0.153 88 N 0.025 0.014 0.031 0.010 0.792 0.128 89 A 0.013 0.011 0.033 0.009 0.829 0.104 90 N 0.028 0.037 0.031 0.005 0.844 0.056 91 D 0.065 0.027 0.045 0.014 0.580 0.269 92 H 0.074 0.046 0.068 0.015 0.529 0.267 93 I 0.136 0.090 0.045 0.009 0.407 0.313 94 S 0.161 0.040 0.022 0.008 0.352 0.417 95 P 0.163 0.043 0.040 0.008 0.340 0.406 96 M 0.171 0.100 0.016 0.009 0.238 0.466 97 T 0.066 0.026 0.010 0.025 0.280 0.592 98 L 0.001 0.001 0.093 0.784 0.100 0.022 99 A 0.001 0.001 0.074 0.877 0.046 0.003 100 N 0.001 0.001 0.055 0.884 0.056 0.004 101 L 0.001 0.001 0.020 0.937 0.029 0.012 102 K 0.002 0.001 0.009 0.963 0.017 0.009 103 E 0.003 0.001 0.016 0.946 0.025 0.009 104 R 0.007 0.003 0.018 0.915 0.039 0.018 105 Y 0.008 0.003 0.027 0.867 0.070 0.025 106 K 0.006 0.003 0.016 0.859 0.077 0.039 107 D 0.003 0.002 0.008 0.766 0.097 0.124 108 N 0.004 0.006 0.006 0.437 0.157 0.391 109 V 0.003 0.003 0.045 0.796 0.103 0.051 110 E 0.003 0.002 0.129 0.707 0.123 0.036 111 M 0.005 0.003 0.236 0.598 0.131 0.028 112 M 0.010 0.008 0.201 0.623 0.117 0.041 113 K 0.014 0.007 0.052 0.368 0.282 0.276 114 L 0.005 0.003 0.064 0.442 0.293 0.193 115 N 0.002 0.008 0.079 0.425 0.297 0.190 116 D 0.002 0.010 0.054 0.498 0.246 0.189 117 I 0.001 0.001 0.049 0.913 0.029 0.008 118 A 0.001 0.001 0.031 0.924 0.033 0.011 119 L 0.002 0.002 0.046 0.920 0.024 0.006 120 C 0.003 0.003 0.025 0.935 0.024 0.010 121 R 0.008 0.002 0.018 0.889 0.063 0.020 122 T 0.009 0.001 0.015 0.902 0.053 0.020 123 H 0.012 0.003 0.012 0.860 0.072 0.042 124 A 0.013 0.005 0.017 0.849 0.073 0.044 125 A 0.025 0.007 0.038 0.726 0.129 0.075 126 S 0.033 0.004 0.035 0.642 0.180 0.106 127 F 0.049 0.016 0.034 0.506 0.200 0.195 128 V 0.046 0.025 0.021 0.145 0.308 0.455 129 M 0.027 0.013 0.053 0.101 0.384 0.422 130 A 0.018 0.016 0.112 0.097 0.439 0.318 131 G 0.017 0.013 0.205 0.055 0.539 0.171 132 D 0.029 0.017 0.180 0.044 0.557 0.174 133 Q 0.031 0.018 0.169 0.048 0.522 0.212 134 N 0.048 0.033 0.101 0.045 0.532 0.241 135 S 0.063 0.009 0.056 0.039 0.472 0.361 136 S 0.136 0.020 0.030 0.025 0.346 0.442 137 Y 0.307 0.050 0.013 0.011 0.282 0.337 138 R 0.286 0.051 0.013 0.008 0.249 0.394 139 H 0.202 0.014 0.014 0.004 0.305 0.461 140 P 0.220 0.008 0.041 0.006 0.299 0.426 141 A 0.472 0.031 0.052 0.008 0.190 0.247 142 V 0.647 0.034 0.027 0.004 0.113 0.176 143 Y 0.572 0.106 0.008 0.003 0.096 0.216 144 D 0.150 0.042 0.011 0.005 0.642 0.150 145 E 0.008 0.003 0.053 0.018 0.895 0.024 146 K 0.011 0.004 0.032 0.016 0.909 0.029 147 E 0.018 0.013 0.018 0.019 0.904 0.028 148 K 0.087 0.017 0.009 0.057 0.523 0.308 149 T 0.458 0.055 0.010 0.092 0.188 0.197 150 C 0.675 0.014 0.010 0.105 0.091 0.105 151 H 0.839 0.011 0.006 0.080 0.030 0.034 152 M 0.797 0.010 0.006 0.125 0.023 0.040 153 L 0.716 0.003 0.009 0.222 0.020 0.030 154 Y 0.552 0.004 0.015 0.334 0.039 0.055 155 L 0.366 0.008 0.015 0.461 0.058 0.092 156 S 0.358 0.008 0.026 0.377 0.098 0.133 157 A 0.263 0.012 0.049 0.432 0.118 0.126 158 Q 0.179 0.012 0.105 0.414 0.179 0.113 159 E 0.156 0.009 0.145 0.363 0.203 0.124 160 N 0.139 0.016 0.063 0.253 0.322 0.207 161 M 0.073 0.045 0.040 0.173 0.341 0.329 162 G 0.027 0.029 0.012 0.044 0.412 0.476 163 P 0.017 0.014 0.044 0.033 0.483 0.408 164 R 0.026 0.038 0.084 0.029 0.609 0.214 165 Y 0.055 0.053 0.089 0.026 0.553 0.225 166 C 0.062 0.084 0.036 0.023 0.431 0.364 167 S 0.028 0.042 0.029 0.019 0.690 0.193 168 P 0.013 0.019 0.095 0.050 0.704 0.119 169 D 0.008 0.012 0.096 0.039 0.720 0.126 170 A 0.019 0.022 0.073 0.029 0.709 0.148 171 Q 0.036 0.048 0.034 0.038 0.391 0.454 172 N 0.035 0.065 0.026 0.029 0.388 0.458 173 R 0.022 0.039 0.075 0.057 0.479 0.327 174 D 0.020 0.025 0.073 0.041 0.520 0.320 175 A 0.023 0.025 0.203 0.044 0.597 0.109 176 V 0.027 0.013 0.174 0.058 0.539 0.190 177 F 0.054 0.018 0.138 0.047 0.586 0.157 178 C 0.140 0.053 0.042 0.033 0.472 0.260 179 F 0.190 0.056 0.023 0.025 0.308 0.397 180 K 0.187 0.031 0.013 0.011 0.259 0.499 181 P 0.233 0.023 0.020 0.016 0.218 0.491 182 D 0.236 0.045 0.019 0.012 0.253 0.434 183 K 0.271 0.072 0.015 0.010 0.222 0.410 184 N 0.123 0.032 0.032 0.012 0.602 0.199 185 E 0.027 0.009 0.075 0.016 0.796 0.076 186 S 0.018 0.005 0.111 0.025 0.782 0.058 187 F 0.042 0.018 0.077 0.024 0.783 0.056 188 E 0.150 0.019 0.031 0.032 0.497 0.271 189 N 0.417 0.049 0.014 0.021 0.227 0.270 190 L 0.647 0.012 0.014 0.031 0.148 0.148 191 V 0.844 0.008 0.004 0.033 0.036 0.076 192 Y 0.901 0.010 0.004 0.031 0.017 0.037 193 L 0.808 0.003 0.015 0.067 0.039 0.068 194 S 0.755 0.007 0.028 0.082 0.062 0.066 195 K 0.561 0.005 0.047 0.096 0.152 0.140 196 N 0.460 0.011 0.031 0.044 0.250 0.205 197 V 0.348 0.024 0.014 0.023 0.230 0.360 198 R 0.220 0.037 0.012 0.020 0.415 0.297 199 N 0.051 0.019 0.032 0.076 0.564 0.258 200 D 0.029 0.009 0.039 0.055 0.617 0.252 201 W 0.019 0.014 0.403 0.173 0.350 0.041 202 D 0.055 0.017 0.414 0.172 0.228 0.114 203 K 0.094 0.049 0.399 0.166 0.213 0.078 204 K 0.052 0.049 0.141 0.118 0.321 0.319 205 C 0.015 0.040 0.036 0.020 0.737 0.152 206 P 0.013 0.009 0.034 0.015 0.758 0.170 207 R 0.012 0.010 0.034 0.009 0.784 0.151 208 K 0.042 0.187 0.009 0.004 0.612 0.146 209 N 0.040 0.042 0.010 0.009 0.513 0.385 210 L 0.015 0.015 0.109 0.040 0.726 0.095 211 G 0.015 0.008 0.134 0.039 0.735 0.070 212 N 0.035 0.009 0.132 0.036 0.716 0.072 213 A 0.146 0.024 0.064 0.042 0.482 0.241 214 K 0.387 0.123 0.035 0.027 0.216 0.211 215 F 0.487 0.015 0.031 0.022 0.240 0.206 216 G 0.376 0.008 0.013 0.014 0.206 0.384 217 L 0.485 0.033 0.007 0.009 0.113 0.352 218 W 0.462 0.028 0.005 0.011 0.090 0.404 219 V 0.039 0.008 0.001 0.004 0.034 0.914