# TARGET T0237 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.984 2 T 0.267 0.063 0.013 0.074 0.013 0.042 0.527 3 V 0.304 0.055 0.014 0.076 0.112 0.041 0.398 4 E 0.219 0.020 0.028 0.090 0.139 0.076 0.428 5 R 0.101 0.014 0.038 0.127 0.230 0.095 0.396 6 S 0.061 0.022 0.083 0.138 0.138 0.132 0.426 7 T 0.039 0.019 0.117 0.124 0.228 0.216 0.256 8 R 0.030 0.014 0.129 0.106 0.170 0.293 0.258 9 M 0.015 0.022 0.083 0.074 0.186 0.191 0.429 10 S 0.011 0.031 0.025 0.076 0.409 0.117 0.332 11 N 0.007 0.025 0.020 0.139 0.345 0.045 0.419 12 P 0.003 0.008 0.123 0.545 0.055 0.133 0.132 13 W 0.003 0.005 0.186 0.598 0.013 0.088 0.106 14 K 0.003 0.002 0.217 0.616 0.018 0.047 0.096 15 A 0.004 0.003 0.166 0.618 0.017 0.128 0.064 16 F 0.007 0.012 0.119 0.478 0.053 0.250 0.080 17 M 0.010 0.007 0.320 0.282 0.049 0.216 0.116 18 E 0.012 0.002 0.402 0.216 0.048 0.285 0.034 19 K 0.026 0.012 0.428 0.162 0.079 0.199 0.094 20 Y 0.077 0.093 0.085 0.105 0.202 0.061 0.378 21 D 0.054 0.015 0.023 0.023 0.096 0.076 0.713 22 I 0.039 0.015 0.178 0.126 0.132 0.210 0.298 23 E 0.035 0.004 0.238 0.124 0.148 0.307 0.144 24 R 0.038 0.005 0.228 0.063 0.232 0.311 0.122 25 T 0.113 0.048 0.098 0.032 0.259 0.190 0.260 26 H 0.243 0.083 0.035 0.015 0.116 0.085 0.424 27 S 0.246 0.038 0.044 0.012 0.216 0.164 0.280 28 S 0.253 0.021 0.030 0.017 0.171 0.224 0.284 29 G 0.439 0.008 0.012 0.008 0.119 0.128 0.287 30 V 0.761 0.008 0.005 0.005 0.052 0.025 0.144 31 R 0.946 0.006 0.001 0.002 0.006 0.002 0.037 32 V 0.950 0.008 0.001 0.002 0.004 0.001 0.035 33 D 0.918 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.065 34 L 0.352 0.018 0.044 0.018 0.052 0.341 0.176 35 G 0.082 0.003 0.111 0.007 0.172 0.539 0.085 36 E 0.017 0.002 0.115 0.011 0.095 0.733 0.027 37 D 0.022 0.004 0.059 0.007 0.116 0.730 0.061 38 A 0.316 0.029 0.015 0.015 0.178 0.065 0.382 39 E 0.520 0.216 0.005 0.008 0.021 0.018 0.212 40 V 0.587 0.028 0.016 0.014 0.043 0.045 0.268 41 E 0.230 0.014 0.036 0.010 0.111 0.475 0.125 42 N 0.073 0.006 0.043 0.008 0.201 0.556 0.112 43 A 0.213 0.010 0.030 0.008 0.248 0.192 0.300 44 K 0.381 0.025 0.021 0.006 0.135 0.095 0.337 45 Y 0.638 0.048 0.010 0.003 0.070 0.021 0.210 46 R 0.577 0.063 0.009 0.003 0.060 0.019 0.269 47 I 0.454 0.028 0.006 0.004 0.113 0.018 0.377 48 P 0.225 0.011 0.006 0.003 0.174 0.034 0.546 49 A 0.188 0.020 0.014 0.002 0.283 0.169 0.325 50 G 0.390 0.029 0.012 0.002 0.195 0.136 0.235 51 R 0.400 0.122 0.006 0.003 0.118 0.027 0.325 52 C 0.176 0.017 0.006 0.001 0.166 0.016 0.620 53 P 0.089 0.015 0.014 0.001 0.322 0.126 0.434 54 V 0.140 0.047 0.038 0.003 0.217 0.280 0.276 55 F 0.223 0.029 0.022 0.004 0.211 0.350 0.160 56 G 0.346 0.043 0.034 0.006 0.157 0.160 0.255 57 K 0.325 0.014 0.019 0.001 0.205 0.135 0.301 58 G 0.669 0.014 0.007 0.001 0.089 0.044 0.176 59 I 0.936 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.042 60 V 0.938 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.042 61 I 0.818 0.030 0.001 0.001 0.010 0.002 0.139 62 E 0.367 0.020 0.007 0.002 0.172 0.068 0.366 63 N 0.094 0.021 0.013 0.006 0.459 0.156 0.251 64 S 0.080 0.029 0.022 0.012 0.254 0.185 0.418 65 D 0.082 0.022 0.040 0.021 0.220 0.143 0.472 66 V 0.064 0.027 0.225 0.119 0.183 0.150 0.232 67 S 0.049 0.019 0.197 0.135 0.158 0.230 0.213 68 F 0.068 0.019 0.216 0.181 0.116 0.228 0.173 69 L 0.113 0.038 0.123 0.200 0.127 0.119 0.280 70 R 0.118 0.024 0.115 0.207 0.132 0.086 0.319 71 P 0.111 0.014 0.188 0.283 0.099 0.119 0.185 72 V 0.132 0.033 0.175 0.261 0.107 0.117 0.175 73 A 0.144 0.046 0.115 0.205 0.112 0.120 0.257 74 T 0.110 0.011 0.047 0.100 0.184 0.187 0.361 75 G 0.076 0.006 0.022 0.028 0.258 0.276 0.334 76 D 0.142 0.020 0.017 0.013 0.224 0.080 0.504 77 Q 0.262 0.058 0.008 0.013 0.188 0.013 0.458 78 K 0.329 0.110 0.005 0.009 0.049 0.012 0.484 79 L 0.263 0.065 0.019 0.017 0.049 0.036 0.551 80 K 0.155 0.025 0.039 0.019 0.174 0.233 0.354 81 D 0.060 0.022 0.046 0.022 0.304 0.411 0.134 82 G 0.066 0.021 0.024 0.018 0.286 0.264 0.320 83 G 0.099 0.027 0.025 0.012 0.260 0.132 0.447 84 F 0.165 0.075 0.024 0.014 0.194 0.072 0.457 85 A 0.142 0.117 0.037 0.021 0.164 0.082 0.436 86 F 0.094 0.129 0.031 0.020 0.187 0.053 0.486 87 P 0.039 0.033 0.042 0.013 0.249 0.176 0.446 88 N 0.015 0.015 0.036 0.012 0.339 0.402 0.182 89 A 0.016 0.021 0.045 0.011 0.299 0.268 0.342 90 N 0.025 0.024 0.049 0.007 0.282 0.096 0.517 91 D 0.060 0.025 0.073 0.011 0.320 0.151 0.361 92 H 0.143 0.056 0.100 0.013 0.169 0.144 0.375 93 I 0.224 0.076 0.031 0.013 0.187 0.063 0.408 94 S 0.232 0.034 0.012 0.010 0.126 0.037 0.550 95 P 0.173 0.029 0.010 0.013 0.134 0.072 0.568 96 M 0.085 0.066 0.006 0.010 0.203 0.036 0.594 97 T 0.051 0.040 0.001 0.018 0.146 0.006 0.737 98 L 0.002 0.001 0.028 0.907 0.019 0.023 0.020 99 A 0.001 0.001 0.032 0.897 0.013 0.045 0.011 100 N 0.001 0.001 0.028 0.919 0.007 0.034 0.010 101 L 0.001 0.001 0.009 0.951 0.011 0.013 0.013 102 K 0.005 0.001 0.008 0.930 0.010 0.032 0.014 103 E 0.004 0.001 0.015 0.885 0.007 0.074 0.013 104 R 0.005 0.003 0.021 0.844 0.029 0.062 0.036 105 Y 0.008 0.004 0.028 0.825 0.031 0.070 0.033 106 K 0.007 0.003 0.028 0.717 0.036 0.158 0.051 107 D 0.004 0.004 0.012 0.533 0.156 0.157 0.134 108 N 0.008 0.004 0.009 0.244 0.158 0.074 0.503 109 V 0.003 0.002 0.120 0.710 0.038 0.095 0.033 110 E 0.004 0.001 0.227 0.603 0.029 0.111 0.024 111 M 0.006 0.003 0.235 0.583 0.022 0.117 0.033 112 M 0.021 0.009 0.098 0.530 0.078 0.165 0.098 113 K 0.060 0.012 0.055 0.393 0.066 0.171 0.243 114 L 0.021 0.005 0.090 0.525 0.069 0.121 0.168 115 N 0.013 0.005 0.078 0.605 0.086 0.135 0.079 116 D 0.019 0.009 0.037 0.600 0.098 0.120 0.116 117 I 0.002 0.001 0.012 0.955 0.005 0.018 0.006 118 A 0.005 0.001 0.007 0.957 0.004 0.017 0.008 119 L 0.004 0.001 0.011 0.947 0.004 0.030 0.004 120 C 0.010 0.001 0.013 0.923 0.008 0.034 0.010 121 R 0.013 0.002 0.020 0.907 0.011 0.027 0.019 122 T 0.015 0.002 0.045 0.824 0.017 0.084 0.013 123 H 0.009 0.002 0.051 0.748 0.022 0.143 0.024 124 A 0.023 0.011 0.102 0.513 0.038 0.207 0.106 125 A 0.031 0.008 0.084 0.245 0.091 0.414 0.127 126 S 0.055 0.011 0.079 0.128 0.177 0.373 0.176 127 F 0.129 0.040 0.043 0.068 0.256 0.093 0.370 128 V 0.140 0.045 0.017 0.029 0.199 0.047 0.523 129 M 0.166 0.047 0.025 0.028 0.128 0.088 0.519 130 A 0.108 0.034 0.095 0.041 0.110 0.227 0.385 131 G 0.071 0.031 0.090 0.029 0.239 0.298 0.242 132 D 0.051 0.021 0.084 0.022 0.263 0.230 0.328 133 Q 0.017 0.012 0.059 0.018 0.216 0.563 0.115 134 N 0.022 0.011 0.043 0.008 0.227 0.472 0.217 135 S 0.091 0.022 0.031 0.008 0.330 0.143 0.374 136 S 0.275 0.058 0.028 0.008 0.128 0.099 0.405 137 Y 0.442 0.037 0.020 0.005 0.118 0.045 0.333 138 R 0.539 0.041 0.015 0.004 0.105 0.031 0.264 139 H 0.578 0.019 0.004 0.002 0.073 0.008 0.316 140 P 0.583 0.003 0.005 0.002 0.058 0.012 0.336 141 A 0.912 0.010 0.001 0.001 0.011 0.002 0.063 142 V 0.933 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.056 143 Y 0.943 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.042 144 D 0.840 0.009 0.001 0.001 0.006 0.003 0.140 145 E 0.137 0.003 0.051 0.006 0.054 0.689 0.061 146 K 0.005 0.001 0.012 0.001 0.034 0.945 0.004 147 E 0.030 0.002 0.021 0.001 0.117 0.797 0.032 148 K 0.518 0.006 0.002 0.001 0.073 0.048 0.352 149 T 0.792 0.006 0.001 0.001 0.035 0.006 0.161 150 C 0.970 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 151 H 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 152 M 0.982 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.012 153 L 0.971 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.022 154 Y 0.959 0.001 0.002 0.006 0.010 0.002 0.022 155 L 0.940 0.002 0.005 0.013 0.008 0.002 0.030 156 S 0.840 0.004 0.012 0.027 0.018 0.010 0.089 157 A 0.426 0.011 0.124 0.263 0.045 0.069 0.061 158 Q 0.311 0.008 0.116 0.296 0.094 0.058 0.116 159 E 0.126 0.016 0.147 0.324 0.076 0.123 0.188 160 N 0.108 0.020 0.068 0.214 0.149 0.233 0.208 161 M 0.056 0.011 0.062 0.181 0.145 0.336 0.209 162 G 0.038 0.019 0.058 0.110 0.258 0.155 0.362 163 P 0.033 0.012 0.090 0.127 0.163 0.277 0.298 164 R 0.043 0.021 0.091 0.116 0.171 0.350 0.209 165 Y 0.073 0.064 0.077 0.128 0.149 0.181 0.328 166 C 0.064 0.045 0.041 0.091 0.189 0.169 0.401 167 S 0.055 0.029 0.037 0.073 0.208 0.283 0.315 168 P 0.033 0.026 0.035 0.068 0.203 0.283 0.352 169 D 0.015 0.020 0.034 0.060 0.210 0.305 0.356 170 A 0.017 0.016 0.066 0.041 0.245 0.273 0.342 171 Q 0.016 0.030 0.104 0.051 0.267 0.224 0.309 172 N 0.014 0.032 0.099 0.044 0.223 0.161 0.427 173 R 0.020 0.021 0.083 0.050 0.193 0.389 0.244 174 D 0.019 0.026 0.072 0.048 0.195 0.366 0.274 175 A 0.020 0.021 0.075 0.051 0.318 0.099 0.416 176 V 0.043 0.024 0.123 0.087 0.112 0.268 0.343 177 F 0.068 0.024 0.101 0.066 0.136 0.245 0.360 178 C 0.074 0.029 0.051 0.065 0.148 0.111 0.522 179 F 0.093 0.078 0.023 0.080 0.175 0.058 0.493 180 K 0.093 0.021 0.018 0.065 0.166 0.044 0.593 181 P 0.103 0.017 0.048 0.088 0.122 0.131 0.491 182 D 0.178 0.051 0.062 0.084 0.093 0.104 0.428 183 K 0.144 0.031 0.046 0.058 0.167 0.050 0.504 184 N 0.095 0.016 0.049 0.060 0.098 0.056 0.626 185 E 0.039 0.007 0.243 0.124 0.115 0.302 0.171 186 S 0.027 0.005 0.211 0.080 0.116 0.458 0.103 187 F 0.038 0.011 0.208 0.050 0.161 0.288 0.244 188 E 0.071 0.009 0.074 0.051 0.237 0.252 0.307 189 N 0.255 0.009 0.035 0.045 0.259 0.157 0.241 190 L 0.684 0.034 0.016 0.036 0.045 0.028 0.157 191 V 0.883 0.007 0.008 0.020 0.008 0.012 0.061 192 Y 0.913 0.004 0.010 0.014 0.011 0.021 0.027 193 L 0.860 0.006 0.013 0.016 0.012 0.019 0.073 194 S 0.538 0.013 0.060 0.023 0.043 0.041 0.283 195 K 0.415 0.013 0.095 0.032 0.166 0.099 0.181 196 N 0.252 0.020 0.150 0.036 0.166 0.167 0.208 197 V 0.197 0.124 0.048 0.030 0.176 0.062 0.364 198 R 0.080 0.033 0.023 0.013 0.204 0.083 0.564 199 N 0.031 0.017 0.046 0.022 0.328 0.137 0.418 200 D 0.017 0.012 0.091 0.051 0.163 0.092 0.574 201 W 0.003 0.002 0.567 0.190 0.037 0.158 0.043 202 D 0.005 0.002 0.596 0.165 0.051 0.126 0.055 203 K 0.011 0.010 0.505 0.178 0.090 0.120 0.085 204 K 0.026 0.060 0.153 0.215 0.125 0.123 0.298 205 C 0.014 0.007 0.042 0.024 0.180 0.098 0.635 206 P 0.014 0.004 0.037 0.007 0.160 0.551 0.228 207 R 0.067 0.015 0.055 0.006 0.263 0.340 0.255 208 K 0.197 0.057 0.008 0.003 0.314 0.015 0.406 209 N 0.313 0.133 0.002 0.002 0.022 0.005 0.522 210 L 0.273 0.017 0.068 0.017 0.081 0.108 0.436 211 G 0.095 0.014 0.107 0.019 0.148 0.536 0.082 212 N 0.107 0.007 0.133 0.022 0.138 0.478 0.115 213 A 0.412 0.012 0.027 0.016 0.178 0.084 0.271 214 K 0.597 0.051 0.015 0.018 0.060 0.062 0.195 215 F 0.700 0.016 0.016 0.010 0.051 0.062 0.144 216 G 0.724 0.005 0.009 0.006 0.061 0.036 0.159 217 L 0.834 0.010 0.005 0.006 0.040 0.010 0.095 218 W 0.875 0.016 0.002 0.003 0.002 0.004 0.099 219 V 0.081 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.911