# TARGET T0236 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0236.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.7468 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.288 0.128 0.106 0.119 0.084 0.069 0.081 0.051 0.042 0.022 0.012 2 D 0.291 0.326 0.115 0.151 0.068 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 3 F 0.017 0.027 0.018 0.038 0.046 0.091 0.178 0.178 0.178 0.142 0.087 4 R 0.092 0.125 0.111 0.208 0.204 0.137 0.090 0.022 0.008 0.002 0.001 5 E 0.255 0.151 0.439 0.125 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 V 0.047 0.051 0.149 0.194 0.160 0.165 0.160 0.046 0.018 0.007 0.002 7 I 0.004 0.004 0.084 0.021 0.019 0.052 0.218 0.213 0.185 0.134 0.065 8 E 0.002 0.011 0.386 0.217 0.179 0.124 0.067 0.011 0.003 0.001 0.001 9 Q 0.010 0.021 0.825 0.097 0.030 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.003 0.012 0.095 0.089 0.142 0.242 0.298 0.076 0.028 0.011 0.004 11 Y 0.001 0.001 0.021 0.004 0.006 0.020 0.207 0.217 0.257 0.180 0.089 12 H 0.001 0.007 0.329 0.251 0.238 0.120 0.043 0.008 0.002 0.001 0.001 13 Q 0.013 0.044 0.807 0.098 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.002 0.056 0.017 0.024 0.057 0.275 0.208 0.199 0.113 0.049 15 L 0.001 0.001 0.028 0.007 0.011 0.023 0.201 0.196 0.224 0.198 0.111 16 S 0.001 0.006 0.604 0.200 0.121 0.045 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 17 R 0.006 0.028 0.522 0.184 0.127 0.090 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 18 Y 0.004 0.006 0.025 0.015 0.021 0.048 0.229 0.226 0.233 0.139 0.054 19 I 0.003 0.008 0.035 0.036 0.050 0.095 0.265 0.178 0.149 0.111 0.069 20 A 0.015 0.056 0.570 0.146 0.106 0.049 0.037 0.012 0.005 0.002 0.001 21 E 0.122 0.119 0.335 0.189 0.105 0.066 0.043 0.012 0.005 0.002 0.001 22 L 0.124 0.093 0.114 0.100 0.102 0.113 0.174 0.080 0.056 0.030 0.014 23 T 0.094 0.160 0.156 0.143 0.097 0.100 0.113 0.054 0.042 0.026 0.014 24 E 0.094 0.067 0.172 0.179 0.157 0.135 0.118 0.041 0.023 0.010 0.004 25 T 0.187 0.133 0.280 0.195 0.095 0.052 0.034 0.013 0.007 0.003 0.001 26 S 0.012 0.042 0.062 0.127 0.141 0.177 0.227 0.111 0.061 0.028 0.011 27 L 0.004 0.008 0.026 0.041 0.052 0.074 0.155 0.160 0.187 0.168 0.126 28 Y 0.004 0.012 0.088 0.069 0.116 0.170 0.252 0.134 0.093 0.045 0.018 29 Q 0.015 0.088 0.281 0.349 0.167 0.062 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 30 A 0.001 0.002 0.004 0.004 0.005 0.008 0.049 0.101 0.232 0.324 0.270 31 Q 0.019 0.030 0.060 0.191 0.212 0.196 0.188 0.059 0.030 0.010 0.004 32 K 0.060 0.093 0.414 0.200 0.100 0.060 0.049 0.014 0.007 0.002 0.001 33 F 0.002 0.006 0.020 0.035 0.069 0.142 0.260 0.177 0.130 0.103 0.056 34 S 0.005 0.041 0.028 0.048 0.050 0.076 0.205 0.179 0.174 0.123 0.071 35 R 0.052 0.065 0.149 0.255 0.242 0.135 0.071 0.019 0.008 0.003 0.001 36 K 0.510 0.139 0.257 0.068 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 T 0.005 0.015 0.033 0.097 0.129 0.195 0.279 0.124 0.077 0.032 0.013 38 I 0.002 0.003 0.010 0.008 0.014 0.029 0.116 0.153 0.222 0.227 0.216 39 E 0.015 0.056 0.470 0.201 0.157 0.065 0.029 0.005 0.002 0.001 0.001 40 H 0.056 0.069 0.552 0.190 0.080 0.037 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.227 0.146 0.043 0.135 0.127 0.122 0.130 0.038 0.019 0.009 0.005 42 I 0.005 0.006 0.004 0.012 0.022 0.055 0.173 0.196 0.223 0.171 0.133 43 P 0.262 0.496 0.088 0.078 0.042 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 44 P 0.138 0.087 0.042 0.156 0.141 0.157 0.150 0.064 0.039 0.019 0.008 45 E 0.234 0.094 0.031 0.071 0.109 0.117 0.165 0.080 0.056 0.028 0.015 46 E 0.161 0.150 0.170 0.299 0.119 0.057 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 47 I 0.004 0.011 0.018 0.029 0.033 0.062 0.158 0.193 0.204 0.198 0.088 48 I 0.003 0.006 0.025 0.030 0.048 0.101 0.265 0.200 0.165 0.100 0.058 49 S 0.052 0.076 0.434 0.270 0.095 0.037 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 50 I 0.002 0.015 0.051 0.085 0.134 0.180 0.253 0.136 0.077 0.045 0.021 51 H 0.001 0.001 0.010 0.006 0.006 0.012 0.075 0.144 0.265 0.260 0.222 52 R 0.001 0.003 0.021 0.080 0.194 0.278 0.312 0.068 0.028 0.011 0.004 53 K 0.054 0.061 0.696 0.138 0.036 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.005 0.012 0.024 0.063 0.272 0.224 0.207 0.135 0.057 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.106 0.224 0.298 0.322 56 K 0.001 0.004 0.283 0.317 0.261 0.096 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 57 E 0.009 0.038 0.495 0.164 0.136 0.106 0.042 0.007 0.002 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.025 0.180 0.223 0.269 0.198 0.094 59 Y 0.005 0.009 0.008 0.031 0.061 0.120 0.325 0.213 0.132 0.068 0.028 60 P 0.048 0.105 0.497 0.161 0.087 0.043 0.031 0.012 0.008 0.005 0.003 61 S 0.338 0.228 0.125 0.147 0.087 0.042 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 62 L 0.017 0.028 0.007 0.028 0.039 0.080 0.193 0.185 0.181 0.146 0.097 63 P 0.233 0.215 0.064 0.145 0.132 0.105 0.062 0.022 0.013 0.006 0.004 64 E 0.744 0.118 0.060 0.051 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 65 D 0.077 0.123 0.055 0.176 0.173 0.155 0.157 0.050 0.021 0.009 0.004 66 V 0.008 0.008 0.006 0.023 0.032 0.058 0.146 0.167 0.207 0.188 0.157 67 F 0.027 0.037 0.050 0.154 0.230 0.233 0.163 0.053 0.031 0.014 0.007 68 H 0.025 0.058 0.206 0.200 0.149 0.145 0.137 0.045 0.021 0.009 0.004 69 S 0.002 0.006 0.011 0.023 0.036 0.065 0.211 0.197 0.204 0.158 0.086 70 L 0.006 0.004 0.008 0.015 0.020 0.034 0.157 0.182 0.215 0.214 0.144 71 D 0.008 0.021 0.107 0.192 0.236 0.196 0.138 0.051 0.029 0.014 0.007 72 F 0.002 0.004 0.046 0.019 0.023 0.043 0.205 0.183 0.205 0.171 0.098 73 L 0.001 0.001 0.007 0.007 0.006 0.010 0.067 0.139 0.237 0.312 0.213 74 I 0.001 0.003 0.036 0.019 0.028 0.064 0.239 0.162 0.195 0.161 0.093 75 E 0.002 0.005 0.207 0.042 0.036 0.051 0.157 0.142 0.146 0.126 0.085 76 V 0.001 0.002 0.027 0.009 0.008 0.016 0.097 0.153 0.223 0.265 0.198 77 M 0.005 0.007 0.073 0.021 0.014 0.017 0.074 0.129 0.219 0.249 0.192 78 I 0.008 0.015 0.157 0.077 0.088 0.093 0.172 0.129 0.123 0.084 0.056 79 G 0.016 0.022 0.181 0.053 0.056 0.077 0.179 0.120 0.145 0.091 0.060 80 Y 0.014 0.018 0.072 0.059 0.049 0.062 0.181 0.158 0.191 0.132 0.064 81 G 0.053 0.038 0.069 0.059 0.054 0.088 0.188 0.124 0.137 0.112 0.079 82 M 0.035 0.041 0.137 0.071 0.066 0.077 0.145 0.117 0.121 0.103 0.087 83 A 0.033 0.058 0.090 0.088 0.082 0.093 0.162 0.122 0.121 0.092 0.058 84 Y 0.045 0.047 0.080 0.075 0.050 0.063 0.128 0.111 0.145 0.143 0.111 85 Q 0.071 0.075 0.132 0.153 0.150 0.120 0.150 0.069 0.048 0.022 0.010 86 E 0.071 0.072 0.210 0.161 0.094 0.091 0.129 0.070 0.052 0.030 0.021 87 H 0.010 0.015 0.100 0.089 0.090 0.130 0.219 0.118 0.104 0.079 0.045 88 Q 0.036 0.026 0.161 0.105 0.096 0.126 0.230 0.112 0.067 0.029 0.011 89 T 0.017 0.055 0.250 0.274 0.203 0.111 0.060 0.018 0.007 0.003 0.001 90 L 0.006 0.018 0.110 0.033 0.032 0.052 0.158 0.146 0.191 0.164 0.089 91 R 0.032 0.055 0.291 0.270 0.158 0.082 0.074 0.023 0.010 0.004 0.001 92 G 0.221 0.205 0.457 0.079 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.028 0.073 0.290 0.168 0.098 0.120 0.136 0.049 0.023 0.011 0.003 94 Q 0.077 0.070 0.271 0.122 0.115 0.124 0.161 0.038 0.016 0.005 0.001 95 Q 0.155 0.097 0.603 0.098 0.027 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 96 E 0.011 0.042 0.290 0.240 0.183 0.139 0.071 0.016 0.005 0.002 0.001 97 I 0.006 0.010 0.182 0.028 0.038 0.086 0.256 0.163 0.132 0.071 0.029 98 K 0.016 0.026 0.607 0.212 0.090 0.032 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 99 S 0.011 0.036 0.714 0.155 0.059 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.004 0.010 0.362 0.044 0.042 0.075 0.193 0.111 0.090 0.049 0.020 101 I 0.005 0.008 0.451 0.043 0.042 0.070 0.243 0.079 0.040 0.015 0.004 102 E 0.004 0.016 0.857 0.090 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 I 0.006 0.026 0.449 0.099 0.108 0.136 0.126 0.031 0.013 0.005 0.002 104 A 0.009 0.009 0.397 0.028 0.025 0.037 0.148 0.105 0.123 0.079 0.041 105 A 0.017 0.025 0.582 0.135 0.092 0.067 0.060 0.015 0.005 0.002 0.001 106 N 0.011 0.038 0.536 0.224 0.121 0.045 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 107 V 0.028 0.052 0.416 0.060 0.059 0.062 0.121 0.068 0.067 0.044 0.023 108 Q 0.008 0.021 0.264 0.098 0.104 0.118 0.218 0.083 0.050 0.025 0.011 109 Q 0.024 0.076 0.569 0.149 0.098 0.043 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 110 T 0.054 0.097 0.195 0.166 0.152 0.100 0.099 0.057 0.040 0.026 0.013