# TARGET T0236 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0236.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.179 0.093 0.035 0.149 0.036 0.031 0.202 0.079 0.080 0.043 2 D 0.100 0.139 0.068 0.012 0.145 0.008 0.016 0.315 0.077 0.064 0.055 3 F 0.023 0.042 0.019 0.005 0.035 0.003 0.005 0.639 0.164 0.052 0.012 4 R 0.006 0.018 0.005 0.003 0.013 0.004 0.008 0.840 0.096 0.006 0.002 5 E 0.003 0.005 0.003 0.003 0.005 0.004 0.012 0.868 0.087 0.007 0.002 6 V 0.006 0.005 0.003 0.002 0.007 0.003 0.012 0.840 0.089 0.028 0.006 7 I 0.006 0.009 0.003 0.002 0.007 0.001 0.005 0.782 0.138 0.043 0.004 8 E 0.002 0.016 0.004 0.002 0.008 0.006 0.021 0.805 0.119 0.016 0.001 9 Q 0.002 0.011 0.006 0.006 0.007 0.013 0.066 0.801 0.073 0.012 0.003 10 R 0.005 0.008 0.004 0.001 0.006 0.003 0.031 0.811 0.085 0.040 0.006 11 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.799 0.153 0.030 0.004 12 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.906 0.085 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.946 0.042 0.002 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.927 0.056 0.008 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.086 0.009 0.001 16 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.916 0.071 0.003 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.901 0.052 0.007 0.001 18 Y 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.019 0.843 0.100 0.019 0.004 19 I 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.014 0.726 0.154 0.080 0.008 20 A 0.003 0.045 0.014 0.006 0.018 0.018 0.068 0.684 0.103 0.040 0.002 21 E 0.035 0.108 0.036 0.015 0.056 0.012 0.065 0.424 0.075 0.146 0.029 22 L 0.040 0.127 0.056 0.014 0.083 0.028 0.085 0.346 0.097 0.095 0.029 23 T 0.079 0.218 0.067 0.012 0.106 0.009 0.015 0.322 0.068 0.062 0.043 24 E 0.013 0.012 0.005 0.002 0.023 0.004 0.010 0.694 0.201 0.027 0.009 25 T 0.013 0.019 0.005 0.002 0.023 0.003 0.011 0.784 0.117 0.015 0.007 26 S 0.005 0.015 0.005 0.002 0.018 0.003 0.016 0.822 0.092 0.020 0.002 27 L 0.017 0.006 0.002 0.001 0.022 0.003 0.020 0.794 0.111 0.020 0.004 28 Y 0.008 0.025 0.011 0.018 0.020 0.027 0.043 0.734 0.098 0.011 0.005 29 Q 0.046 0.031 0.011 0.002 0.056 0.002 0.013 0.663 0.078 0.064 0.033 30 A 0.007 0.009 0.004 0.002 0.012 0.002 0.005 0.695 0.227 0.032 0.004 31 Q 0.003 0.018 0.007 0.003 0.011 0.005 0.020 0.780 0.147 0.005 0.001 32 K 0.007 0.015 0.005 0.002 0.013 0.004 0.043 0.776 0.092 0.038 0.006 33 F 0.023 0.032 0.012 0.005 0.029 0.023 0.070 0.631 0.082 0.082 0.011 34 S 0.018 0.273 0.060 0.004 0.057 0.001 0.004 0.491 0.065 0.018 0.009 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.854 0.129 0.009 0.001 36 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.917 0.069 0.003 0.001 37 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.906 0.062 0.011 0.001 38 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.834 0.128 0.014 0.001 39 E 0.004 0.006 0.001 0.003 0.006 0.009 0.054 0.690 0.174 0.048 0.003 40 H 0.005 0.145 0.056 0.012 0.051 0.039 0.156 0.335 0.134 0.061 0.005 41 Q 0.107 0.017 0.006 0.002 0.039 0.002 0.026 0.041 0.050 0.571 0.138 42 I 0.016 0.498 0.294 0.006 0.161 0.003 0.004 0.003 0.003 0.007 0.005 43 P 0.034 0.622 0.180 0.004 0.136 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.012 44 P 0.004 0.006 0.003 0.001 0.010 0.002 0.005 0.583 0.374 0.011 0.002 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.849 0.137 0.004 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.906 0.070 0.014 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.068 0.004 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.915 0.072 0.002 0.001 49 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.932 0.045 0.002 0.001 50 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.925 0.042 0.010 0.001 51 H 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.881 0.085 0.013 0.003 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.884 0.108 0.003 0.001 53 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.934 0.042 0.002 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.905 0.079 0.005 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.843 0.136 0.015 0.001 56 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.757 0.222 0.005 0.001 57 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.076 0.759 0.131 0.025 0.001 58 L 0.010 0.129 0.102 0.009 0.053 0.015 0.072 0.215 0.173 0.213 0.010 59 Y 0.257 0.053 0.011 0.003 0.150 0.002 0.007 0.158 0.146 0.119 0.094 60 P 0.002 0.013 0.006 0.005 0.007 0.020 0.065 0.480 0.382 0.018 0.002 61 S 0.023 0.022 0.013 0.007 0.034 0.008 0.049 0.217 0.161 0.430 0.036 62 L 0.066 0.272 0.092 0.004 0.134 0.002 0.007 0.142 0.109 0.143 0.029 63 P 0.007 0.069 0.037 0.011 0.025 0.017 0.022 0.592 0.189 0.026 0.005 64 E 0.002 0.008 0.004 0.002 0.008 0.002 0.017 0.777 0.162 0.015 0.003 65 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.796 0.144 0.043 0.001 66 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.859 0.118 0.012 0.001 67 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.897 0.080 0.006 0.001 68 H 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.019 0.884 0.072 0.010 0.002 69 S 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.872 0.088 0.016 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.853 0.132 0.007 0.001 71 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.941 0.052 0.001 0.001 72 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.053 0.002 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.058 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.930 0.066 0.001 0.001 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.943 0.044 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.928 0.052 0.001 0.001 77 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.882 0.078 0.003 0.001 78 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.072 0.813 0.086 0.010 0.001 79 G 0.004 0.005 0.003 0.003 0.007 0.017 0.086 0.748 0.099 0.025 0.002 80 Y 0.018 0.027 0.019 0.022 0.023 0.033 0.074 0.535 0.143 0.087 0.019 81 G 0.008 0.030 0.028 0.031 0.018 0.033 0.031 0.542 0.174 0.091 0.014 82 M 0.020 0.031 0.009 0.004 0.034 0.008 0.024 0.640 0.171 0.046 0.011 83 A 0.015 0.042 0.016 0.006 0.025 0.007 0.034 0.701 0.109 0.039 0.005 84 Y 0.008 0.010 0.002 0.002 0.014 0.003 0.008 0.740 0.178 0.029 0.005 85 Q 0.006 0.014 0.004 0.005 0.012 0.008 0.028 0.816 0.097 0.007 0.003 86 E 0.014 0.009 0.006 0.003 0.015 0.008 0.037 0.782 0.071 0.045 0.009 87 H 0.016 0.011 0.004 0.003 0.020 0.005 0.012 0.714 0.146 0.055 0.015 88 Q 0.008 0.042 0.014 0.008 0.018 0.011 0.018 0.723 0.134 0.018 0.005 89 T 0.012 0.034 0.015 0.003 0.026 0.005 0.030 0.722 0.081 0.061 0.010 90 L 0.020 0.013 0.006 0.004 0.018 0.007 0.018 0.751 0.103 0.050 0.010 91 R 0.005 0.030 0.013 0.007 0.013 0.012 0.027 0.790 0.085 0.012 0.004 92 G 0.010 0.019 0.009 0.003 0.016 0.003 0.009 0.773 0.089 0.057 0.013 93 I 0.003 0.007 0.004 0.002 0.006 0.004 0.011 0.850 0.095 0.018 0.002 94 Q 0.003 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.008 0.858 0.102 0.010 0.002 95 Q 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.012 0.874 0.088 0.008 0.002 96 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.022 0.868 0.073 0.020 0.001 97 I 0.003 0.008 0.003 0.002 0.006 0.002 0.010 0.830 0.116 0.019 0.002 98 K 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.013 0.844 0.121 0.009 0.001 99 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.013 0.904 0.064 0.007 0.001 100 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.891 0.085 0.009 0.001 101 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.886 0.092 0.004 0.001 102 E 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.911 0.060 0.004 0.002 103 I 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.002 0.009 0.864 0.095 0.015 0.001 104 A 0.006 0.005 0.002 0.001 0.010 0.002 0.008 0.754 0.191 0.018 0.003 105 A 0.003 0.020 0.009 0.008 0.009 0.013 0.039 0.713 0.174 0.010 0.001 106 N 0.012 0.010 0.005 0.004 0.016 0.008 0.041 0.460 0.147 0.276 0.021 107 V 0.069 0.129 0.039 0.013 0.129 0.027 0.046 0.301 0.140 0.074 0.033 108 Q 0.082 0.095 0.033 0.012 0.128 0.016 0.046 0.328 0.132 0.086 0.042 109 Q 0.052 0.096 0.059 0.038 0.096 0.041 0.054 0.266 0.125 0.132 0.041 110 T 0.054 0.222 0.131 0.053 0.167 0.018 0.033 0.171 0.067 0.063 0.020