# TARGET T0236 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0236.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.792 0.164 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 2 D 0.776 0.175 0.037 0.010 0.002 0.001 0.001 3 F 0.579 0.213 0.113 0.070 0.023 0.003 0.001 4 R 0.667 0.228 0.074 0.025 0.005 0.001 0.001 5 E 0.722 0.212 0.047 0.015 0.003 0.001 0.001 6 V 0.504 0.301 0.127 0.052 0.014 0.002 0.001 7 I 0.244 0.253 0.256 0.193 0.050 0.004 0.001 8 E 0.401 0.400 0.150 0.043 0.006 0.001 0.001 9 Q 0.744 0.222 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 10 R 0.337 0.397 0.192 0.063 0.010 0.001 0.001 11 Y 0.056 0.106 0.188 0.367 0.248 0.035 0.001 12 H 0.144 0.383 0.308 0.135 0.027 0.002 0.001 13 Q 0.261 0.447 0.221 0.061 0.009 0.001 0.001 14 L 0.037 0.096 0.156 0.317 0.304 0.087 0.002 15 L 0.014 0.023 0.060 0.204 0.431 0.255 0.013 16 S 0.077 0.268 0.311 0.236 0.085 0.021 0.002 17 R 0.071 0.270 0.315 0.224 0.097 0.022 0.001 18 Y 0.011 0.034 0.093 0.239 0.365 0.239 0.019 19 I 0.020 0.047 0.108 0.257 0.351 0.201 0.015 20 A 0.217 0.384 0.217 0.127 0.044 0.010 0.001 21 E 0.308 0.353 0.205 0.097 0.031 0.006 0.001 22 L 0.375 0.330 0.185 0.087 0.020 0.003 0.001 23 T 0.428 0.259 0.152 0.099 0.049 0.013 0.001 24 E 0.395 0.260 0.158 0.125 0.051 0.010 0.001 25 T 0.438 0.386 0.132 0.035 0.007 0.001 0.001 26 S 0.108 0.210 0.253 0.265 0.128 0.035 0.002 27 L 0.045 0.084 0.135 0.250 0.307 0.171 0.008 28 Y 0.083 0.195 0.249 0.266 0.165 0.040 0.002 29 Q 0.099 0.333 0.337 0.175 0.047 0.009 0.001 30 A 0.027 0.055 0.127 0.323 0.364 0.099 0.004 31 Q 0.245 0.367 0.213 0.119 0.044 0.011 0.001 32 K 0.316 0.408 0.191 0.068 0.015 0.002 0.001 33 F 0.076 0.139 0.232 0.313 0.204 0.036 0.001 34 S 0.201 0.289 0.199 0.181 0.102 0.026 0.001 35 R 0.409 0.379 0.151 0.050 0.009 0.001 0.001 36 K 0.532 0.362 0.085 0.017 0.003 0.001 0.001 37 T 0.143 0.234 0.274 0.240 0.093 0.016 0.001 38 I 0.073 0.094 0.189 0.334 0.252 0.057 0.002 39 E 0.401 0.347 0.159 0.069 0.020 0.003 0.001 40 H 0.390 0.382 0.160 0.055 0.012 0.002 0.001 41 Q 0.147 0.217 0.219 0.241 0.132 0.040 0.004 42 I 0.071 0.117 0.204 0.275 0.234 0.090 0.008 43 P 0.233 0.288 0.206 0.166 0.079 0.026 0.002 44 P 0.190 0.208 0.203 0.195 0.138 0.061 0.005 45 E 0.208 0.251 0.219 0.192 0.099 0.029 0.003 46 E 0.203 0.360 0.231 0.139 0.054 0.012 0.001 47 I 0.038 0.055 0.096 0.228 0.325 0.235 0.023 48 I 0.015 0.050 0.101 0.235 0.324 0.247 0.028 49 S 0.070 0.297 0.341 0.193 0.074 0.024 0.002 50 I 0.008 0.031 0.102 0.299 0.385 0.168 0.008 51 H 0.012 0.020 0.017 0.052 0.219 0.587 0.095 52 R 0.026 0.105 0.279 0.369 0.181 0.038 0.002 53 K 0.076 0.460 0.341 0.101 0.020 0.002 0.001 54 V 0.010 0.039 0.137 0.405 0.340 0.067 0.001 55 L 0.009 0.032 0.087 0.312 0.433 0.124 0.003 56 K 0.227 0.563 0.170 0.035 0.004 0.001 0.001 57 E 0.265 0.469 0.205 0.053 0.007 0.001 0.001 58 L 0.020 0.078 0.190 0.381 0.292 0.038 0.001 59 Y 0.187 0.394 0.300 0.102 0.016 0.001 0.001 60 P 0.628 0.287 0.064 0.018 0.003 0.001 0.001 61 S 0.475 0.383 0.110 0.026 0.005 0.001 0.001 62 L 0.116 0.177 0.287 0.310 0.102 0.008 0.001 63 P 0.278 0.412 0.213 0.079 0.017 0.002 0.001 64 E 0.500 0.358 0.102 0.033 0.007 0.001 0.001 65 D 0.059 0.184 0.297 0.283 0.142 0.033 0.002 66 V 0.008 0.027 0.068 0.215 0.419 0.246 0.016 67 F 0.011 0.119 0.294 0.361 0.176 0.037 0.003 68 H 0.024 0.115 0.219 0.316 0.230 0.090 0.006 69 S 0.003 0.009 0.015 0.064 0.243 0.545 0.120 70 L 0.001 0.003 0.014 0.077 0.321 0.481 0.104 71 D 0.004 0.050 0.193 0.385 0.261 0.097 0.010 72 F 0.001 0.004 0.018 0.087 0.313 0.485 0.091 73 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.407 0.550 74 I 0.003 0.014 0.052 0.183 0.315 0.351 0.083 75 E 0.013 0.050 0.103 0.218 0.293 0.253 0.070 76 V 0.005 0.009 0.012 0.036 0.122 0.432 0.384 77 M 0.013 0.014 0.027 0.086 0.196 0.414 0.251 78 I 0.048 0.097 0.159 0.193 0.208 0.196 0.099 79 G 0.067 0.061 0.067 0.130 0.196 0.277 0.202 80 Y 0.039 0.042 0.057 0.117 0.190 0.316 0.239 81 G 0.133 0.119 0.154 0.176 0.174 0.163 0.081 82 M 0.137 0.148 0.135 0.175 0.183 0.151 0.071 83 A 0.150 0.109 0.087 0.147 0.194 0.240 0.074 84 Y 0.181 0.139 0.151 0.204 0.189 0.118 0.019 85 Q 0.370 0.274 0.181 0.105 0.051 0.016 0.003 86 E 0.320 0.265 0.190 0.135 0.064 0.024 0.003 87 H 0.286 0.183 0.162 0.188 0.138 0.041 0.002 88 Q 0.533 0.299 0.114 0.041 0.011 0.002 0.001 89 T 0.715 0.212 0.055 0.014 0.003 0.001 0.001 90 L 0.381 0.204 0.170 0.158 0.076 0.012 0.001 91 R 0.714 0.200 0.062 0.019 0.004 0.001 0.001 92 G 0.806 0.154 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 93 I 0.701 0.185 0.072 0.032 0.008 0.002 0.001 94 Q 0.718 0.172 0.071 0.031 0.007 0.001 0.001 95 Q 0.803 0.161 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 96 E 0.685 0.211 0.069 0.029 0.005 0.001 0.001 97 I 0.531 0.203 0.134 0.097 0.031 0.004 0.001 98 K 0.707 0.217 0.061 0.013 0.002 0.001 0.001 99 S 0.751 0.183 0.047 0.015 0.003 0.001 0.001 100 E 0.573 0.162 0.091 0.090 0.061 0.021 0.001 101 I 0.591 0.179 0.116 0.082 0.027 0.005 0.001 102 E 0.761 0.188 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 103 I 0.627 0.153 0.105 0.077 0.031 0.006 0.001 104 A 0.771 0.106 0.047 0.044 0.024 0.007 0.001 105 A 0.771 0.158 0.053 0.015 0.002 0.001 0.001 106 N 0.840 0.128 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 107 V 0.714 0.164 0.064 0.039 0.016 0.003 0.001 108 Q 0.757 0.130 0.073 0.035 0.005 0.001 0.001 109 Q 0.897 0.088 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 110 T 0.893 0.085 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001